中学一年生の工藤タイキは困っている人を放っとけないお人好し。そんなタイキの耳に、ある日、謎の声が聞こえてくる。もうすぐ死ぬという弱々しい声を励ますタイキの前に、突如出現した赤く輝くクロスローダー。思わず手にしたタイキは、陽ノ本アカリ、剣ゼンジロウとともに、異世界に吸い込まれてしまう。

シャウトモンたちの住む微笑の里に、再びバグラ軍が攻めてくる。劣勢のシャウトモンを、デジクロスで合体させて助けるタイキ。シャウトモンはタイキに、これからも一緒に戦ってくれと頼むが、タイキは人間の世界に帰ると言う。引止めるために必死のシャウトモンが、「この世界のキングになりたい」と言うと、タイキは…。

仲間になったシャウトモンたちデジモンと、タイキ、アカリ、ゼンジロウ。一方、マッドレオモンの上司であるバグラ軍幹部・タクティモンが、微笑みの里にドリモグモンを放つ。ゼンジロウが巨大タケノコに引っ掛かり、はるか上空へ。するとキリハという謎の少年が現れ、助ける代わりに仲間になれとタイキを誘う。

タイキが手に入れたのは、デジタルワールドのゾーンを支配する者の証・コードクラウンだった。ネネに教えられた通り、次のゾーンへ移動したタイキたちは、海に浮かぶアイランドゾーンにたどり着く。バグラ軍からアイランドゾーンを守るため、アーケロモンとチビカメモンにコードクラウンのありかを聞くが…。

コードクラウンのありかがホエーモンの腹の中と知ったネプトゥーンモンが、空から巨大ポテＤに紛れさせて爆弾を落とす。すると、動き出す島--それは巨大なデジモン・ホエーモンだった。爆弾でホエーモンを弱らせ、腹の中のコードクラウンを探すという作戦だ。シャウトモンは、その爆弾を危険を省みずに払いのける。

別のゾーンで戦うキリハのもとに、ネネがタイキたちの戦況を伝えに来る。その頃、タイキたちは、捕らわれているアーケロモンを残し、次のゾーンに行くべきか話し合っていた。放っとけないというタイキに賛同するメンバー。タイキがアーケロモンと引き換えに、コードクラウンとデジメモリを差し出そうとした時…。

マグマゾーンにやってきたタイキたち。温泉を見つけて喜ぶが、そこにバグラ軍のデスメラモンたちが現れ、タイキたちを捕まえようとする。窮地を救ったのは、やって来たドルルモンだった。手当てを受けるタイキは、ドルルモンが両親を探すキュートモンとともに旅をしていることを知る。

洞窟全体を揺らしながら、背中の火山を噴火させて怒るエンシェントボルケーモン。その圧倒的なパワーに、偽のクロスローダーを差し出して降参するタイキ。ひとまず捕まることで、デジモンたちの牢獄の場所を知ろうという作戦だ。キュートモンの両親は捕まっていなかったものの、牢獄からは簡単に出られないと判明し…。

戦場で仲間を裏切ったというドルルモンの話をするタクティモン。その言葉に反発するタイキに、タクティモンが必殺技・壱の太刀を放つ。一方、別の場所で戦うキリハは、ネネからタイキが処刑されると聞いていた。処刑前の牢屋で、タイキとドルルモンを陰から見つめるシャウトモンたちは…。

仲間と共にレイクゾーンにやってきたタイキは、バグラ軍によって氷の湖に落とされたナイトモンを助ける。喜ぶナイトモンは、姫が探す伝説のジェネラルが見つかった、とタイキたちを連れて城へと向かう。王女バステモンと面会するタイキだが、そこにはすでにジェネラル候補のキリハがいた。