中学一年生の工藤タイキは困っている人を放っとけないお人好し。そんなタイキの耳に、ある日、謎の声が聞こえてくる。もうすぐ死ぬという弱々しい声を励ますタイキの前に、突如出現した赤く輝くクロスローダー。思わず手にしたタイキは、陽ノ本アカリ、剣ゼンジロウとともに、異世界に吸い込まれてしまう。

シャウトモンたちの住む微笑の里に、再びバグラ軍が攻めてくる。劣勢のシャウトモンを、デジクロスで合体させて助けるタイキ。シャウトモンはタイキに、これからも一緒に戦ってくれと頼むが、タイキは人間の世界に帰ると言う。引止めるために必死のシャウトモンが、「この世界のキングになりたい」と言うと、タイキは…。

仲間になったシャウトモンたちデジモンと、タイキ、アカリ、ゼンジロウ。一方、マッドレオモンの上司であるバグラ軍幹部・タクティモンが、微笑みの里にドリモグモンを放つ。ゼンジロウが巨大タケノコに引っ掛かり、はるか上空へ。するとキリハという謎の少年が現れ、助ける代わりに仲間になれとタイキを誘う。

タイキが手に入れたのは、デジタルワールドのゾーンを支配する者の証・コードクラウンだった。ネネに教えられた通り、次のゾーンへ移動したタイキたちは、海に浮かぶアイランドゾーンにたどり着く。バグラ軍からアイランドゾーンを守るため、アーケロモンとチビカメモンにコードクラウンのありかを聞くが…。

コードクラウンのありかがホエーモンの腹の中と知ったネプトゥーンモンが、空から巨大ポテＤに紛れさせて爆弾を落とす。すると、動き出す島--それは巨大なデジモン・ホエーモンだった。爆弾でホエーモンを弱らせ、腹の中のコードクラウンを探すという作戦だ。シャウトモンは、その爆弾を危険を省みずに払いのける。

別のゾーンで戦うキリハのもとに、ネネがタイキたちの戦況を伝えに来る。その頃、タイキたちは、捕らわれているアーケロモンを残し、次のゾーンに行くべきか話し合っていた。放っとけないというタイキに賛同するメンバー。タイキがアーケロモンと引き換えに、コードクラウンとデジメモリを差し出そうとした時…。

マグマゾーンにやってきたタイキたち。温泉を見つけて喜ぶが、そこにバグラ軍のデスメラモンたちが現れ、タイキたちを捕まえようとする。窮地を救ったのは、やって来たドルルモンだった。手当てを受けるタイキは、ドルルモンが両親を探すキュートモンとともに旅をしていることを知る。

洞窟全体を揺らしながら、背中の火山を噴火させて怒るエンシェントボルケーモン。その圧倒的なパワーに、偽のクロスローダーを差し出して降参するタイキ。ひとまず捕まることで、デジモンたちの牢獄の場所を知ろうという作戦だ。キュートモンの両親は捕まっていなかったものの、牢獄からは簡単に出られないと判明し…。

戦場で仲間を裏切ったというドルルモンの話をするタクティモン。その言葉に反発するタイキに、タクティモンが必殺技・壱の太刀を放つ。一方、別の場所で戦うキリハは、ネネからタイキが処刑されると聞いていた。処刑前の牢屋で、タイキとドルルモンを陰から見つめるシャウトモンたちは…。

仲間と共にレイクゾーンにやってきたタイキは、バグラ軍によって氷の湖に落とされたナイトモンを助ける。喜ぶナイトモンは、姫が探す伝説のジェネラルが見つかった、とタイキたちを連れて城へと向かう。王女バステモンと面会するタイキだが、そこにはすでにジェネラル候補のキリハがいた。

ダウンしたタイキに代わり、ゼンジロウの指揮の下、クロスハートが団結する。だが、アカリはタイキの看病役をバステモンに取られて機嫌が悪い。そのうえ彼女は、バステモンの寝言で、デジタルワールドと人間界が共に危機にあるのではと不安になるのだった。その夜、眠れないアカリは、城の鏡に映る家族の姿を見る…。

新たにタイキたちがやってきたのは、見渡す限りの広大な砂漠・サンドゾーンだった。どこかに宝物が眠っていると聞き、宝探しを始めるタイキたち。その途中、彼らは地下のバグラ軍基地に落ちてしまう。そこにはバグラ軍三元士の一人・ブラストモンがいた。タイキたちは、迫り来るスコピオモンたちから必死に逃れる。

遺跡から出たタイキたちを、突如バアルモンの銃撃が襲う。一方、ブラストモンと戦っていたキリハとネネは、タイキがコードクラウンを手に入れたと知ってその場を去る。ブラストモンの技の衝撃波で、タイキとバアルモンは、地下に埋もれる女神の神殿に落ちる。バアルモンは、かつて存在した女神の戦士の話を始め…。

タイキたちは敵に囲まれ、ピンチに陥りながらもバアルモンをかばう。クロスローダーを使えばバアルモンを救うことができるかもしれない…。だが、復活の儀式を行っている間は、クロスローダーが使えない。クロスハートのメンバーは、迫り来るリリスモンの手下にデジクロスなしで必死に対抗するが…。

天使系デジモンの住む、ヘブンゾーンへ飛ばされたタイキたち。そこはバグラ軍も手が出せないほど、警察が強固な防衛網を張り巡らせていた。しかし、大統領のスラッシュエンジェモンとその配下による管理は異常に厳しく、ごく些細な罪に対しても処刑が行われていた。ドンドコモンも捕えられそうになるが…。

新しい大統領に任命されたルーチェモン。しかし就任するや、彼は隠していた邪悪な正体を現した。ゾーンを割って闇の空中神殿を呼び出すと、封印されていたコードクラウンを手に入れてしまう。実は、バグラ軍・リリスモンの配下だったのだ。愕然とするタイキたちの前に、ダークナイトモンとネネが姿を現す…。

巨大化したルーチェモンに捕らわれたネネ。助けるというタイキに応えるシャウトモンたち。そこへネネを慕うスパロウモンが突っ込んでくるが、その激しい攻撃もルーチェモンには全く効かない。負傷したスパロウモンを連れて引き上げるタイキは、目覚めたスパロウモンにリスターを渡し、一緒にネネを助けようと言うが…。

ゾーン移動してきたタイキたちが飛び出たのは、何と空の上だった。落下中に二手に分かれてしまうクロスハート。落ちた所は強力なデジモンが生息する大密林の世界・フォレストゾーンだった。アカリたちを探して、ドルルモンらはタイキらの元から森へと向かう。だが、バグラ軍がタイキたちに迫っていた。

ダークナイトモンとネネは、森の聖地へ最強デジモンであるデッカードラモンを探しに向かう。後を追うクロスハートだが、聖地へ行くにはアカリとゼンジロウが伝説のラブラブダンスを踊らなくてはならないという。意を決してダンスを踊った二人のおかげで、神殿への道が開けるが、そこにグランクワガーモン軍団が現れる。

ゾーン移動中にダークナイトモンにさらわれるタイキ。だが、その心に暗黒の力がないことがわかると、用無しとして解放される。タイキはクロスハートに合流し、ゴミだらけのダストゾーンに降り立つ。だが、現れたトイアグモンらにクロスローダーを奪われてしまう。トイアグモンにはある目的があったのだ。

ダークナイトモンに追い詰められるも、廃墟の工場に逃れるタイキたち。だが、そこにダークナイトモンがネネを牢獄に閉じ込めたという情報が届く。人質を取ってネネを脅すダークナイトモンは、暗黒の力を集めてダークネスローダーを復活させようと企んでいた。タイキたちはネネを助けに行くが、意外な人物が立ちはだかる。

次のゾーンへの移動中、クロスハートのメンバーは、通りかかる者全てを喰ってしまうというデジモン・アルカディモンに捕まってしまう。リリスモンの企みで、空間の狭間をさまようことになったタイキだったが、デジタルワールドの解明を目指す研究者・ワイズモンに拾われる。その頃、バグラ軍本部では…。

モニタモンの故郷・シノビゾーンにやってきたタイキたち。しかし、シノビゾーンもまたムシャモン配下のバグラ軍に襲われ、城と姫を奪われていた。姫を返して欲しければコードクラウンを差し出せというムシャモン。タイキたちはコードクラウンを手に入れるため、コードクラウンを持つカラテンモンの社を目指す。

コードクラウンを手に入れたタイキたち。だが、ムシャモンの部下・シュリモンが、モニタモンの里への攻撃を計画していることを知る。タイキたちは里に残り、姫の救出には、ゼンジロウとドルルモン、そして里の落ちこぼれモニタモンズが向かうことに。里を襲ってくるシュリモンたちは、クロスハートのメンバーが迎え撃つ！

プリズムゾーンにやってきたタイキたち。そこではキリハとブラストモンが、コードクラウンを巡って熾烈な争いを繰り広げていた。キリハを助けようとするタイキに、彼は邪魔をするなと断る。すると、大地が陥没し、ゾーンの最下層にブラストモンやシャウトモンたちが落下してしまう。仲間を助けようと言うタイキだが…。

崩れゆく大地。クロスハートはタイキの機転で、プリズムゾーンの住人を連れてシノビゾーンへ。皆が安堵する中、力不足を自覚するシャウトモンは、バリスタモンとともにデジクロスの中心にふさわしくパワーアップするための特訓を始める。一方、自らの破片で分身をつくり、心を乗り移らせる能力を持つブラストモンは…。

タイキたちがスパーダモンに連れられて来た先は、お菓子だらけのスイーツゾーンだった。そこではバグラ軍の超甘党・マタドゥルモンがコードクラウンを奪い、パティシエたちを城に閉じ込めて自分の好きなお菓子だけを作らせていた。パティシエたちを助けるため、タイキたちはアカリを無理やりパティシエに仕立てる。

町の地下へと滑り落ちてきたタイキたちは、襲ってくるレアモンたちから逃れ、捕えられた町のデジモンやキュートモンの両親を探す。ようやく見つけた町のデジモンたちは、データを吸い取られていた。そのデータは、究極の破壊デジモン・ブレイクドラモンを作り出すために使われているらしい。それを知ったタイキは…。

ソードゾーンにやってきたタイキたちを、グレイドモン率いるバグラ軍剣士団が襲う。敵を倒し、ゾーンのコードクラウンを手にするタイキ。すると、なぜか瀕死のグレイドモンは黄金の善グレイドモンに再生して消え去る。そこへ現れたキリハが、タイキが手に入れたのは、デジタルワールド最後のコードクラウンだと告げる。

東京に戻ったタイキたちとシャウトモン。デジタルワールドで沢山の冒険をしたはずだが、戻ったのはデジタルワールドに旅立ったのと同じ日だった。シャウトモンの姿が目に見えない家族たちは、デジタルワールドのことも理解できない。そんな中、タイキにクロスローダーを渡した主であるオメガモンの言葉が聞こえてくる