西暦3000年、そこは魔法が当たり前に存在する世界。 紗伊阿九斗は大司祭になるという志を胸に、 コンスタン魔術学院の編入生として新学期を迎えていた。 だが、編入初日の健康診断で人工精霊ヤタガラスの予言により、その適正を「魔王」と診断されてしまう。 おかげで友情の契りまで交わしていた服部絢子には決闘を申し込まれ、その決闘中にけーなという少女の 乱入でますます事態は誤解の一途へ。 「魔王」になっちゃうかもしれない阿九斗の誤解を解く試練の日々が始まった！

編入初日に魔王と診断されてしまった阿九斗。周りの誤解を解こうと必死に行動するが、全てが裏目に出てしまい、ますます周りから冷たい視線を浴びる事になる。挙句に政府から派遣された人造人間リラダンのころねに常に監視されたり、突然現れたけーなになぜか全裸で抱きつかれたり、いつも大騒ぎに。しかし、学院一のアイドルで女子寮長の江藤不二子は阿九斗の不遇を理解し、絢子との仲直りに協力すると言ってくれたが…。

絢子との仲直りのため不二子の薦めで風紀委員に申し込む阿九斗だったが、その職務は風紀を乱す者の討伐という「将来の魔王」にふさわしいものだった。不二子への疑問を感じる阿九斗だったが、不二子が絢子と会えるよう約束を取り付けてくれた事でその疑問も消え、指定の待ち合わせ場所に向かう。 なぜかそこに待ち伏せしていた不良生徒たちを阿九斗は返り討ちにするが、遅れてきた絢子に目撃され、不良を配下に学院の征服を企んでいると勘違いされる。ついに絢子は学院に討伐申請を行い、阿九斗は全生徒から狙われることになる…。

けーなの仲介でなんとなく絢子と仲直りする事が出来た阿九斗。しかし、マナ制御を習得する授業でまたもや絢子を気絶させてしまう。そんな阿九斗を見た美津子先生は阿九斗に精神修養房での修行を勧める。死人も出た事があると噂される独房に、憂鬱な気分で臨む阿九斗。何故か、ころねとけーなも同行し、狭い独房で2人に挟まれる羽目に。 しかし、そこで謎の地図を発見！宝の地図だと興味津々のけーな。翌日、けーなの手によってコピーされた地図は全校に広まり、学院内は騒然となってしまう！しかし、不二子はその地図の筆跡に見覚えが…。

けーながばら撒いた地図のお宝を目指して学院内は負傷者が続出してしまう。阿九斗は風紀委員として宝の散策をやめる様全校集会で呼びかけるが突然乱入してきた照屋栄子の提案で地図の示す場所を確認する事になってしまう。 地図が示す学院の地下迷宮を目指す阿九斗ところね、そしてヒロシ。 しかし、その地図が示していたのは、その昔魔王のみが所有する事をゆるされた秘宝が隠された場所であった…。

不二子をかばう形で魔王の秘宝：ピーターハウゼンという名のドラゴンを従える事になった阿九斗。自分の本心とは裏腹に益々魔王の悪名は高まってしまう。そして、政府の監視下にある阿九斗は学院の臨海学校にも行けないと知り意気消沈。 しかし、ころねが全責任を負う形で臨海学校へ行ける様手配してくれた。 阿九斗は、絢子たちと一緒に臨海学校のある島のビーチを満喫（？）して絢子といい雰囲気になりかけるが、ころねやけーなが相変わらずの天然ぶりを発揮して大騒動になる。

臨海学校のある島はヒロシの故郷だった。 そこにはこんな伝説があった…魔王が復活するとき、魔獣が現れ、その魔獣と魔王を倒す勇者が現れるという。 ただの伝説だというが、ヒロシには元気が無い。その夜、ヒロシの妹ユキコが現れ、魔王は誰かと尋ねる。ユキコは兄ヒロシが勇者であると固く信じ、魔王が存在すれば兄も勇者になれると思っているのだ。しかし、否定する阿九斗に失望したユキコは泣きながら飛び出すが、突然現れた謎の男に捕らえられてしまう！ そして、ユキコを追いかけていったヒロシたちの前に、巨大な魔獣が現れた！

伝説の剣を手に入れ、勇者・ブレイブとなり魔獣を倒すヒロシ。しかし、その正体は誰にも打ち明けてはいなかった。 一方阿九斗はけーなの髪飾りが自分が幼少期にプレゼントしたものではないかと思い、けーなを意識する様になる。しかし当のけーなは何も覚えておらず、相変わらず授業をさぼってばかりいる。授業に出席させようとけーなを説得する阿九斗。 そんな阿九斗を切ない気持ちで見つめる絢子。臨海学校での阿九斗との一件以来、どうも様子がおかしい。そして、絢子はころねから実家で阿九斗と見合いをするように勧められるが…。

絢子と阿九斗の見合いが伊賀の里の実家で行なう事が一方的に決まった。阿九斗の事を意識している絢子はそのことを切り出せず、ほかの理由をつけて阿九斗を伊賀の里に誘う。見合いの話など露知らぬ阿九斗だが、自分が原因で起こった騒動に責任を感じ絢子に付いてゆくことに。 その夜、絢子は決意して阿九斗の部屋を訪ねるが…。またまた勘違いで騒動が巻き起こる中、阿九斗は、目の前に現れた照屋栄子からスハラ神がけーなを危険とみなし照屋家に暗殺指令が出た事を知り、驚愕。 大きな怒りを覚えた阿九斗の魔王が覚醒する！

抹殺されそうになったけーなを内閣魔術情報官の大和望一郎が助けだした。 しかし、それは、神を支配する為に『自同律』であるけーなを我が物にするためであった。魔王の力を発揮して学院に駆け戻った阿九斗は望一郎と対決するが、マナの力を超えた望一郎の攻撃で深手を負ってしまう。その時、魔獣を従えた不二子が現れ、二人を助け出し、ピーターハウゼンの元へと戻る。 一方、学院の外では照屋栄子指揮下の政府軍が集結し、魔王討伐のために破城槌作戦が開始される。ついに、魔獣を率いる魔王と人間の大戦争が始まったのだ…。

けーなを守る為に神殺しを決意した阿九斗はピーターハウゼンと共に飛び立つが、政府軍の巨大飛行空母『玄鶴』が現れ、内閣魔術情報調査室の２Ｖが操作により、阿九斗は『玄鶴』に押しつぶされてしまう。 一方、照屋栄子率いる政府軍は学院を占拠している魔獣を討伐するため学院内に侵入するが、生徒会長のリリィ白石が立ちはだかる。栄子は、服部ゆう子を盾に身の安全を図り絢子にリリィ討伐を命令する…！ 学院では阿九斗の死に呆然とする不二子。しかし、けーなは阿九斗が生きている事を確信。そこに再び望一郎が現れ、けーなをさらってゆく。

けーなを連れてスハラ神殿にやって来た望一郎。『自同律』であるけーなと単一者の契約を結び神を支配しようとする。が、そこに阿九斗が現れ、神を前にしたふたりの戦いが始まった。 遂に阿九斗は望一郎を倒し、けーなを奪還。そこで自分は、『自同律』と契約を果たし神の代行者として人類を滅ぼす為に作られた存在＝魔王であることを知る。 しかし、その役割を拒否し「神を殺す」と宣言した阿九斗に対し、神の防衛システムが作動した。神が作り出した魔王という反逆の物語を終わりにする為、阿九斗は自らの命をかけて神と対決する！