気がつくと、オンラインRPG「エクスゲートオンライン」で最強まで育てたキャラ「黒翼の覇王」ルファス・マファールに憑依していた「俺」。それはルファス封印から二百年後の世界だった。忠実な参謀・ディーナと再開したルファスは、各地に散った「覇道十二星天」と「七英雄」を探す旅を開始する。

旅の資金を集めるため、オーク討伐依頼をこなしたルファスとディーナは、「七英雄」の一人、賢王・メグレズが治める、魔法大国「スヴェル」を訪れる。街で、封印されていた200年の間に起こった出来事を探るルファスは、魔神族によって人類が窮地に立たされている状況を知るのであった。

「七英雄」によるルファス封印の恨みから、メグレズの命を狙う覇道十二星天「雄羊」のアリエス。民を守るために迎え撃つメグレズと守護神レヴィア。その様子を伺っていたルファスは、次第に劣勢になるメグレズを見て、アリエスに"お灸をすえる"ことを決断する。

裏で糸を引いていた「七曜」火のマルスは、ついにスヴェルへの進軍を開始する。そこに現れたルファスとアリエスを前に、マルスは最大の秘技を繰り出すのだが…。そして、メグレズと再開したルファスは、彼が自分と同じ「エクスゲートオンライン」のプレイヤーかどうかを確かめる。

次なる目的地を「天秤」のリーブラがいるという「黒翼の王墓」に定めたルファスは、道中で見つけた温泉で疲れを癒やすべく、しばしの休息を取る事に…。そして遂に王墓へと辿り着いた一行は、王墓攻略に集まる冒険者の忠告をよそに、そそくさと内部へと足を踏み入れるのだった。

リーブラを取り戻すため王墓を攻略するルファスたち。内部で出会った冒険者パーティ「鷹の瞳」にかき乱されながらも、一行は遂に最上階へとたどり着く。リーブラが放つ防御スキル貫通絶対命中のスキル「ブラキウム」に耐えられない仲間たちを置いて、ルファスは一人対峙する。

リーブラを仲間にしたルファスたちは、「七英雄」天空王・メラクが治める「ギャラルホルン」に到着する。その頃、マルスを失った「七曜」は、ユピテルたちにルファスの監視を任ずる。一方王国では、同じ天翼族でも、翼の色が異なる白翼派と混翼派による争いよって内戦勃発の危機が訪れていた。

内戦を扇動する首謀者「七曜」木のマルスと交戦したリーブラは、彼を取り逃がしてしまう。一方でアリエスは、ユピテルに協力する覇道十二星天「山羊」のアイゴケロスを目撃し、必死に説得を試みる。そんな中、ルファスたちの不安をよそに内戦の火が上がり始めるのであった…

内戦の原因となった、人々にかけられた「狂化」の術を解くため、アリエスはアイゴケロスと対峙する。一方、長年の憎しみを抱え、怒りと恐怖に暴走する天翼族の人々に、紛争の停止を必死に訴えかけるメラク。その目の前に、ユピテルを捉えたリーブラが姿を表すのであった。

ルファスは、これまでの旅の中で、ディーナに対して度々不可解な違和感を覚えていた。一連の内戦騒動を通じて、その違和感の正体に気づいたルファスは、彼女を連れてギャラルホルンの外に出る。そこでディーナに、差し迫るルファスは、彼女から真実を聞き出すのだった。

ある日突然、異世界に召喚された普通の高校生・南十字瀬衣は、人類を脅かす「魔神王オルム」と「黒翼の覇王」ルファス・マファールを討伐すべく、勇者として旅立った……その矢先、いきなり目の前にルファスとオルム、ミズガルズ最強の"ラスボス"が二人同時に現れるのであった。

魔神王オルムとの激闘もつかの間、覇道十二星天「乙女」パルテノスに会うべく、ルファスの故郷「ヴァナヘイム」を訪れた一行は、ルファスを知る天翼族の謎の少女「ウィルゴ」に出会う。ウィルゴの案内で、パルテノスに会いに行った一行は、そのままルファスの生まれた街へと足を運ぶ。