海の世界で生活する海人、マリンとその妹、ウリン。ある日、空(地上)から落ちてきた美しい指輪を拾った二人は、指輪の持ち主を探すため、関わる事を禁じられていた空(地上)の世界を訪れる。天神子島に辿り着いた二人は、指輪の持ち主である女子高生・夏音に出会う。しかし夏音は、それは元カレからもらった物で、もういらないから捨てたのだと言って、再び指輪を放り投げてしまう。マリンは、空人にも美しい心があるはずと信じて、再び指輪を探しに行くのだが……。

石棺に封じられていたセドナの半身が復活し、天神子島に暗雲が立ちこめる。夏音たちの前に突如現れたカメの長老、松本。彼が持っていたバミューダストーンが反応し、マリンは海の巫女として選ばれた。人語を喋るカメに光る石…現実離れした出来事の連続に、事情を飲み込めない夏音は、マリンや松本たちの言う事をインチキ霊媒商法だと言って、その場を立ち去るが、その帰路、海から上がってきた怪しい女に襲われるのだった……!

海の巫女マリンと共に、空の巫女としてセドナに立ち向かうことになった夏音。宮守家に居候する事になり、初めて入るお風呂や初めて着る洋服等、空の世界(地上)の生活に大はしゃぎするマリンたちをよそに、少しずつセドナの力は世界に影響を及ぼし始めていた。そして、いつものように夏音がインチキ占いのアルバイトをしているところへ、同級生の鈴木が訪ねてくる。彼女は、どうやら夏音の事を気にしているようなのだが、夏音は鈴木を避けてしまう……。

来るべきセドナとの戦いに備え、巫女でありながら邪悪オーラがあふれている夏音を、ピュア100%にするべく、松本は夏音に｢宝の地図｣を渡す。そこに隠されていると言う『ピュアな心になれる秘宝』を手に入れるため、夏音はマリンと二人で陽炎島の洞窟へ向かうことになった。一人留守番をするよう言い渡されたが、納得が行かないウリン。こっそりマリンたちの後を追おうとしたところ、都から陽炎島の恐ろしい言い伝えを聞いてしまう…

数百年ぶりに日食が見られるということで観光客が押し寄せ、天神子島はかつてない賑わいを見せていた。だが一方で、日食はセドナが邪悪な力を蓄えるための絶好の機会でもある。巫女でありながら、まだピュア100%になりきれていない夏音に対し、不安を抱く松本から、夏音が闇に心を支配されないよう見張っているように言い渡されたマリン。ウリンは、日々深まりつつある夏音とマリンの巫女同士の絆の前に、入り込めない疎外感を感じ始めていた…。

日食によるセドナの力の影響は、夏音ではなくマリンの方に現れた。もともとピュアな心の持ち主であるマリンの中に、今まで抱いた事の無い負の感情が生まれ、それを持て余したマリンは、巫女に変身する事が出来なくなってしまったばかりか、ウリンにも辛くあたってしまう。マリンに突き放されたのは自分に力が無いせいだと考えたウリンは、絶望のまま一人、崖の上で海を見つめていた。やがて、何処からか現れた無数の真っ黒な美しい蝶がウリンを包みこむ…。

突然、一人で海に帰ってしまったウリン。夏音は、ウリンの手にあった黒い蝶のあざの事をマリンや松本に話す。ウリンがセドナに利用されている可能性があるという松本の話を聞いたマリンは、ウリンの身を案じ、いてもたってもいられず、海へ向かってしまう。地上に残った夏音は、マリンたちを追って海の世界へ行くため、『オルテリウスリング』を探すことに。その頃、海ではウリンが海に封じられたもうひとつのセドナの半身を開放しようとしていた…!

ウリンを助けるため、海底神殿に行ったマリンたち。しかし、ウリンはマリンたちを拒絶する。いまだ巫女の力を取り戻せないまま、焦りと不安を抱えたマリンは、ウリンがセドナに魅入られたのを夏音の指輪のせいにして心を閉ざしてしまう。一旦、地上に戻る事になった夏音は、案内役のワリンに、ウリンとマリンの姉妹の絆の成り立ちを聞き、改めて自責の念に駆られるのだった。そして、地上に戻っても落ち込んだままの夏音の携帯に、大島からの電話がかかってきて…。

邪悪な心を持ちながらも巫女になれる夏音の中に、鍵が隠されていると考えたマリンは、再び空(地上)へ戻る。夏音もマリンを受け入れ、巫女の力を取り戻すため、一緒に頑張ろうと約束した。海辺で、マリンと共に、鈴木に習ったヨガを実践していた夏音は、偶然居合わせた大島から、小島の件で宣戦布告される。気持ちを整理するため、少しの間マリンと別行動をとることにした夏音。突如降りだした雨の中、夏音は、人と向き合うことから逃げていた過去を振り返る・・・。

復活を遂げたセドナは、海を赤く染め、海に住むものたちを次々と兵士に変えてしまう。マリンは、前にも増して強くなった巫女としての力で広がり続けるセドナの闇を浄化するが、そうしている間にも、空の世界にセドナの影響が及び、小島の心も闇に支配されてしまう。それを目の当たりにした夏音は、少なからずショックを受ける。闇に堕ちた小島の言葉が、彼の本心のようにも思えたからだ。一方、夏音たちの知らないところでも、島の住民たちの心に翳りが出始めていた…。

ワリンやサム、そして市川までもがセドナの闇の力に呑み込まれ、夏音たちに襲いかかる。増幅したマリンの力でも抑え切れないセドナの闇。しかし、夏音と二人で力を合わせた時、その闇を溶かすほどの強烈な光の力が発現し、海を赤く染めていた闇の力を祓った。かつてない二人の巫女としての力を見た松本は、ウリンを犠牲にせずにセドナを倒すことも夢ではないかもしれないと思う。そしてその夜、マリンと夏音は、ウリンを探しに海底神殿へと向かうのだが…。

闇の巫女となったウリンは、圧倒的な闇で、マリンと夏音を退けるが、夏音には、セドナの正体が分かりつつあった。ウリンは、セドナに、巫女の力を失ったマリンを助けるには、マリンに光の心を捨てさせるしかないと言われ、姉妹の思い出の場所で、マリンを闇に染めようとする。しかしマリンは、そんな中でも、まだ、ウリンの笑顔が戻ってくると信じていた。ウリンのすべてを受け入れようとするマリンの抱擁に、ウリンの中のセドナが反応を起こし始める…!

マリンとの別れから一年。夏音は、たとえ会えなくても、マリンのいる海に関わりたいという思いから海洋学部へ進学。夏休みを利用して天神子島に帰省した。鈴木や大島とも再会を果たし、遠距離恋愛中のコジマとともに天神子島の海でスキューバダイビングをすることに。一方、海の世界のマリンたちは、第一回海ぶどう祭りが開催される中、迷子のジュゴンに出会う。ウリンは寂しそうに鳴く子ジュゴンをどうしても放って置けず、お母さんを捜してあげたいとマリンに訴え、ジュゴン捜索隊が結成されたのだが…。