ガリア公国にある国境の街ブルールでは、戦火を逃れるべく住民たちが疎開を始めていた。 自警団の班長 を務めるアリシアの元へ不審者の通報が入り駆けつけると、そこに居たのは川原でのん気にスケッチをする青年ウェルキンだった。スパイ容疑で拘束するが、ウェルキンは妹のイサラに会うため密かに抜け出してしまう。気づいたアリシアが追いかけてたどり着いたのは、なんとガリアの英雄ギュンター将軍の家だった。すぐそこまで攻め込んできていた帝国軍の容赦ない攻撃が始まり、彼らの運命が動き出す…。

妹のイサラと再会を果たしたウェルキンは、アリシアと共に、父が遺した戦車エーデルワイス号で家を脱出する。帝国軍の包囲網を突破し、自警団の詰所にたどり着いた三人。しかし、ガリア正規軍の到着には丸一日以上かかり、もはや帝国軍に街を占拠されるのは時間の問題だった。住人全員が正規軍のところまで無事避難できるよう時間稼ぎをするため、自警団と帝国軍は激しい攻防戦に突入する。ウェルキンたちは、親子風車を破壊され戦場と化したブルールを無事脱出できるのか…。

幼馴染みのスージーと義勇軍へ入隊したアリシアは、任命式で第7小隊への配属が決まる。なんと隊長はあのウェルキン。一方のウェルキンは、大学時代の親友で第１小隊長を務めるファルディオと再会するが、ゆっくりと喜ぶ間もなく、交通の要所であるヴァーゼル橋奪還の任務を受ける。しかし若い小隊長とその妹のダルクス人を気に入らない部下たちは反発ばかり。そこでウェルキンは信頼関係を築くため、この作戦が失敗したら自分が隊を去ることを条件に賭けをする。 果たしてその奇抜な作戦とは…。

ヴァーゼル橋の奪還に成功し、ウェルキンに不信感を持っていたアリシアや小隊メンバーも徐々に打ち解けはじめた。基地で束の間の休息。一方、ガリア方面総司令官マクシミリアンが率いる帝国軍は、ガリア南部に位置するクローデンの補給路を維持するため更に進軍する。第７小隊の活躍を快く思わないガリア正規軍のダモン将軍は、クローデンの森補給基地制圧作戦への義勇軍の参加を拒むが、帝国軍の圧倒的な力を前に敗北する。その作戦を続行するため次に司令部が命令を下したのは、なんと第7小隊だった…。

クローデンの森へ到着した第7小隊。アリシアとイサラが草むらに怪しい影を見つける。そこで捕らえたのはハネブタの子供だった。少人数で補給基地を制圧しなければならないウェルキンは、生物学の知識を生かして作戦の糸口を見つける。ウェルキン率いるエーデルワイス号と、ファルディオが率いる歩兵部隊での奇襲作戦が始まった。前線へ向かう緊張と恐怖の中、アリシアの意外な強さを知るファルディオ。そしてまた、二人を信頼して任務を任せたウェルキンとの間にも、深い友情と絆が生まれはじめる…。

義勇軍宿舎にウェルキンを訊ねて、ラジオGBS従軍記者イレーヌ・エレットが来訪する。ヴァーゼル橋奪還や、クローデンの森での作戦の立役者、ウェルキンに関する特ダネを取材しに来たのだ。第７小隊メンバーに次々と話を聞くが、みんな自分をアピールしようとして肝心の情報が得られない…。一方アリシアは、"変人ウェルキン"の正体がバレては義勇軍の名誉がガタ落ちになると、エレットにウェルキンを近づけないよう必死に振舞う。かくして、女同士の壮絶な戦いの火蓋が切って落とされた…。

またも、正規軍ダモン将軍のいやがらせによって、第３中隊は戦略的には価値のないバリアス砂漠の偵察を命じられた。苛立つラマールをよそに、この状況を楽しむことにしたウェルキンとファルディオ。アリシアとイサラも共に、これを機にダルクスの災厄にまつわる遺跡の調査に出かけることになる。遺跡内部では、ラグナイトの青い光に、古代ノーザン文字で書かれた石碑が浮かび上がっていた。興奮気味のファルディオを中心に見て回る三人。しかしその奥には、彼らが思いもかけぬ先客が訪れていて…。

神殿の奥へと進んだ三人。ファルディオが目にしたのは、誰の目にも触れたことのない新しい碑文だった。そこへ現れたのは、なんと帝国軍ガリア方面侵攻部隊の総司令官であるマクシミリアンと、"蒼き魔女"の通り名を持つセルベリア。突然のことに、とっさにアリシアが銃を向け事態は一触即発となる。一方、外で三人の帰りを待つイサラとラマール。突然の大きな地響きに驚く間もなく、遺跡のそばに見たことのない巨大な戦車が現れる。次々と砲弾を浴びせられ、見る見るうちに崩れる遺跡。果たして中にいる三人は…。

帝国軍ガリア方面侵攻部隊本部に、セルベリアの部下として、カールが中央から配属されてきた。時期を同じくして、グレゴール、イェーガーの元へも同様に部下が配属される。そんな中、マクシミリアンが一人で本国へ召集されることになった…。この不穏な動きに焦りを感じるセルベリアは、マクシミリアンの後を追おうとする。それを強固に止めたのはカールだった。その頃、一人王都に向かうマクシミリアンの身に、怪しい影が忍びよっていた。主（あるじ）の危機に、セルベリアたちは間に合うのか…。

山岳部へ偵察に出たウェルキンとアリシア。しかし山の天候は不安定で、快晴から一転、猛吹雪に襲われる。仕方なく二人は、山小屋で嵐が去るのをやり過ごすことにした。そこへ突然、帝国兵が現われ事態は急変する。敵兵はひとり。しかし、その手にはピンを抜いた手榴弾が握り締められていた…。一方、二人が戻らぬことに不安を隠せない第７小隊の面々。ここは敵の勢力圏内で、二人の帰還を待てる時間には限りがある。指揮権を委ねられたラルゴが下した結論とは。ウェルキンたちは無事隊に戻れるのか…。

これまでの善戦を称えられ、ウェルキンとファルディオはガリア公国の公主コーデリア姫主催の晩餐会に招かれることになった。正装の二人に同行するのは、ドレスアップしたアリシア、イサラ、ラマール、ハンス。ランドグリーズ城で一行を待ち受けていたのは、華麗な装飾に、笑いさざめく貴族たちと、人形のように表情のないコーデリア姫だった。その頃、次々と招待客が車から降り立つ中ひと際目立つ一組の貴族が現れる。美しい妻の笑みがアリシアを見て凍りついた。なんと貴族夫婦は、イェーガーとセルベリアが変装した姿だったのだ。かくして波乱の晩餐会が幕を上げる…。

セルベリアが何の気なしに手にした、床に残されていたラグナイトの結晶。それはファルディオがアリシアにプレゼントしたものだった。アリシアの身に何かが起きたことを察したウェルキンたちに、イェーガーはこの城で起きている陰謀について教える。ガリア義勇軍と帝国軍、相容れない両者ではあったが大胆にもウェルキンは共闘作戦を持ちかけた。同じ頃、目を覚ましたアリシアは銀髪の少女がぐったりとしている様子に息を呑む。ヴァルキュリア人の末裔であると言われている、コーデリア姫その人だったのだ。果たして公主誘拐の裏に潜む陰謀とは。ウェルキンたちは助け出すことができるのか…。

今回ウェルキンたちが攻略命令を下されたのは、ガリアでも有数のラグナイト産出量を誇る工業都市ファウゼン。この街はダルクス人が住民の約3割を占め、山岳地帯に位置する。ドライ・シュテルンが一人グレゴール率いる帝国軍は、この地形を利用し装甲列車エーゼルで難攻不落の要塞を作り上げた。ウェルキン達に課された目的は、装甲列車エーゼルの破壊と、占拠している帝国軍の指令中枢である採掘基地の制圧、そして帝国の支配の象徴である"ダルクス人強制収容所"の解放である。この作戦への参加に気が重いロージーの前に、ダルクス人レジスタンスのリーダーである、ザカが現れた…。

作戦が開始された。ダルクス人を毛嫌いするロージーだが、ザカと一緒に強制収容所の解放作戦のサポートを任される。反発するロージー。しかし、収容所の劣悪な環境に置かれたダルクス人たちの姿を観て言葉を失う。一方、採掘基地の制圧作戦を率いるウェルキンたち。山岳地帯独特の地形に苦しみつつも徐々に戦線を上げていく。そんな中、この作戦がただのレジスタンスによる反乱ではないことを見抜いたグレゴールは、ついに装甲列車エーゼルを発進させることにする。ロージーたちが線路に仕掛けた爆弾は、エーゼルの息の根を止めることができるのか。緊迫の時が訪れた…。

アマトリアン基地に戻った小隊メンバーは、これまでの連戦で心身ともに疲れていた。その様子を見ていた、中隊長のバーロットの計らいで宴の席を設けることに。各隊で出し物を披露することになり、ウェルキンは第7小隊の代表としてロージーに歌って欲しいと頼む。しかしロージーは「ダルクス人の前では絶対に歌えない」と頑なに拒否するのだった。そんな中イサラは、ロージーと少しでも分かり合うために、思い切って話し合おうとするが…。悲しい過去を持つロージーと苦悩するイサラ。二人は分かり合うことができるのか……。

帝国軍指令部では、ファウゼンで戦死したグレゴールの敗戦を取り戻すべく、次の作戦準備を進めていた。庭園で語りあうマクシミリアンとセルベリア。彼女がマクシミリアンに抱く想いの一端が垣間見える。一方、第7小隊は皆の気持ちがすれ違い、ギクシャクとした雰囲気になっていた。中でも、ウェルキンとアリシアのよそよそしい態度を見兼ねたラルゴは、ウェルキンを呼び出す。そこでラルゴが語りだしたのは、不器用な男とその親友、そして二人の間にいた一人の女性についての、前の大戦の時の話だった…。

作業の合間に、熱心に針仕事をするイサラ。大切な人へ贈り物をする精霊節が近づいているのだ。イサラが贈る相手が誰なのか気になるラマール。そんな中、第7小隊に次の指令が下される。マルベリー海岸にある帝国防衛基地の殲滅で、非常に困難な作戦だった。先陣を切るのは第7小隊。命じたのは、またしてもダモン将軍である。戦闘を目前に控え、隊員たちはそれぞれの思いを込めて精霊節の贈り物をすることに。イサラは手作りの人形をロージーに渡そうとするが…。徐々に近づき始める二人の心。そして作戦が開始される……。

雨が降る八月のある日、アマトリアン基地は悲しみに包まれていた。ロージーは医務室で憔悴し、小隊メンバーもこの悲劇を受け入れられずにいる。そんな中、ウェルキンだけが涙もみせずに淡々と仕事をこなし、事態を冷静に受け止めていた。いぶかしむ面々。そこに追い討ちをかけるように、正規軍のダモン将軍が現れる。イサラを侮辱し罵声を響かせるが、怒りに駆られる小隊メンバーをよそに、ウェルキンの反応は鈍く…。途切れてしまった小隊メンバーとウェルキンの心。両者を繋ごうと奔走するアリシアだったが……。

隊員たちの心配は伝わらず、独り心を閉ざすウェルキン。そこに更なる出撃命令が下される。攻略の目的地は、ウェルキンたちの故郷であるブルール。バーロットのせめてもの心遣いだった。新たに入隊してきた、ファウゼンで一緒に闘ったザカと共に、第7小隊は戦地に向かう。その頃、ファルディオは書庫にこもり、ヴァルキュリア人に関する文献を読みあさっていた。彼の脳裏に繰り返し現れるのは、アリシアが見せてきた様々な事象。そして、あの夜光を放っていたラグナイトの欠片だった……。

第7小隊の活躍により、劣勢になりつつある帝国軍。マクシミリアンは本国から指揮権の剥奪を言い渡され、ガリアに総力戦を挑んできた。決戦地ナジアル平原で、士気も高く戦地に立つ第1小隊に、対するはマクシミリアンが指揮する大型戦車ゲルビル。激戦の中、蒼いオーラに全身を包み、巨大な槍と盾を手にしたセルベリアが、ファルディオたちの目前に立ちはだかる。そして、ダモン将軍の意向により後方支援を命じられた第7小隊や、兵士を鼓舞するため戦地を訪れていたコーデリア姫の元に、衝撃が走った……。

「蒼き魔女」の異名を持つセルベリアの強大なパワーにより、主力部隊は甚大な被害を受けた。新たに出撃命令が下された第7小隊に、アリシアまでもが瀕死の重傷を負ったとの知らせが入る。動揺するウェルキンたちだったが、帝国を止めることがアリシアを護ることだと、やむなく前線へ出撃する。一方、ヴァルキュリア襲来の報を受け、本陣も混乱を極めていた。ヴァルキュリア人の血を引くというコーデリア姫に、助けを求めるダモン。そんな中、医療テントで昏睡状態に陥っているアリシアの元に、ある人物が現れた……。

ナジアルで辛くも勝利を収めたガリア軍。しかし、アリシアは正規軍の監視下に置かれてしまう。心配するウェルキンだが、面会謝絶を言い渡され未だ会えずにいた。営巣に収監されたファルディオの元を訪ねたウェルキンは、親友が犯した衝撃的な事実を知る。亀裂が入る友情。そこへ、追い討ちをかけるように、第7小隊隊員たちから話があると言われる。一方、ゲルビルとセルベリアの力を持ってしても敗北してしまった帝国軍。追い詰められたかに見えたが、マクシミリアンは底知れぬ笑みを浮かべ、次なる作戦を進める……。

アリシアは階級が大尉になり、正式に正規軍所属の身となった。第7小隊から離され、次々と戦いに駆り出される。一方の第7小隊の面々は、これまでアリシアと過ごしてきた日々を思い返し、最後に傷つけてしまったことを悔いていた。そこに次の任務が下され、その内容に隊を衝撃が走る。アリシアを引きとめようとするウェルキン。そんな中、ガリアと帝国の戦いはいよいよ佳境に入っていた。正規軍主導の下、帝国軍最後の拠点ギルランダイオ要塞で掃討戦を挑むことになる。その最前線に立つのは、やはりアリシアだった！

アリシアの取り計らいにより、第7小隊はランドグリーズまでコーデリア姫の護衛任務についた。独り戦場に残るアリシアを想う隊員たち。一方、ギルランダイオ要塞では、ダモン将軍率いるガリア正規軍とセルベリア率いる帝国軍の最終決戦が始まった。アリシアとセルベリアは、それぞれが守るべきものを抱え、愛と信念を貫くために戦いに挑む。その頃、マクシミリアンは、ギルランダイオを離れランドグリーズ城にいた。極秘会談を申し入れ、コーデリア姫との謁見を果たす。その真の目的とは……。

首都ランドグリーズへの総攻撃を開始した、マクシミリアン率いる帝国軍。戦艦マーモットの強靱な装甲と砲撃により、迎え撃つウェルキンたちも窮地に追い込まれていく。そんな中、第7小隊の元へ謎の大爆発によりギルランダイオで正規軍が壊滅したという一報が届く。果たして最前線にいたアリシアの運命は……。一方、自らの野望のため帝国と準皇太子の身分を捨てたマクシミリアンは、永きに渡って隠され続けてきた、ランドグリーズ家最大の秘密…ヴァルキュリアの聖槍を遂に手に入れる！

アリシアを救出するため、ウェルキンたちは果敢にも巨大戦艦マーモットへ立ち向かっていく。鉄壁の戦艦に活路を見出し、決死の覚悟でマーモットへ突入する第７小隊。力のみを追い求めるマクシリミリアンを、もはや止められる者はいない。マクシミリアンの切り札“人造ヴァルキュリア”を前に、彼らは生きて帰ることができるのだろうか……。そして、愛する故郷と大切な人を守るために、ウェルキンが取った最後の行動とは。七ヶ月に及ぶ戦いに終止符が打たれる！