長年暮してきた大麟館を出て、一人暮らしをする決意をしたオーリ。 彼はクラスメイトの墨鳥や牛島に引っ越しの手伝いをして欲しいと頼んでいた。 そんな時彼は、幼なじみの犬彦から、何人もの女性を殺害した凶悪犯が学校の近くをうろついているという話を聞く。 放課後オーリは、引っ越しを荷物をリアカーに積んで運んでいた。 その途中で彼は、近くの雑木林に人型の何かが落下するのを目撃する。 慌てて向かうと、そこには１年前に世空寺で見た少女が倒れていた。

幼稚園バスが玉突き事故に巻き込まれ、数人の園児が死亡するという痛ましい事故が発生。 死亡した園児の中には、オーリの顔なじみの「輝流」という女の子もいた。 ところが死亡したはずの輝流が、通夜の最中に生き返ったという。 ニュースの報道でそれを知ったオーリは、輝流にお見舞いの花を届けようと、彼女の入院した病院に赴くと、そこでまた雑木林で出会った少女に出会う。

正体不明の屍によって、若い女性ばかりが次々と殺害されるという事件が発生。 景世とマキナは、光言宗の僧侶・伊佐木と彼に従う屍姫・水薙生（みない）とともに屍を追跡していた。 ところが屍はいつも忽然と姿を消し、犠牲者ばかりが増えていく。 そんな中、マキナは、犠牲者の女性の持ち物の中にパスケースがあるのを発見。 その中には、依海南クリニックという産婦人科の診察券が入っていた。 そのころオーリは、風邪をひいて寝込んでいた。 熱でうなされる彼は、ぼんやりした意識の中で赤ん坊の声を聞く……。

依海南クリニックでマキナと出会ったオーリ。 彼はマキナの名が星村眞姫那であること、彼女が数年前に火事で一家全滅した星村家の娘であること、そして彼女が「屍姫」であることを知る。 マキナに興味を持った彼は、学校の図書館で星村家の火事について調べようとする。 その途中オーリは、景世がよく怪我をして帰ってくるようになった時期と、星村家が火事になった時期がほぼ同じであることに気づくのだった。

景世はオーリに、屍と屍姫のことや、マキナとの関係を打ち明ける。 だが部外者のオーリに光言宗の秘密を漏らしたことから、景世は屍と戦う守護の任務から外されてしまう。 そんな折、オーリが通う依海高校に、山神異月（イツキ）という転校生と、新任の保健教師・送儀嵩柾がやって来た。 美少女のイツキは男子生徒の、嵩征は女子生徒の注目を集め、たちまち人気者に。 そんな中イツキは飼っていた犬に似ているという理由で、オーリに親しく話しかけるのだが……。

イツキはマキナと同じ屍姫で、嵩柾はその契約僧だった。 2人は、光言宗を裏切り屍を生み出している背信僧・鹿堂赤紗を追い詰め、彼の目的を聞き出そうとする。 その戦いの場に居合わせたオーリは、イツキたちから戦いの邪魔だと追い払われてしまう。 無力感にうちひしがれながらその場を立ち去ったオーリだが、今度はマキナと屍が激戦を繰り広げる現場に行き会ってしまう。 戦いに巻き込まれそうになったところをマキナに助けられたオーリだが、今度はマキナに「死にたくないなら消えて」と言われてしまうのだった……。

オーリは同級生の墨鳥から、ある相談を受けた。 相談の内容とは、墨鳥の中学時代の剣道部仲間・光良のブログのこと。 光良は、不死身のヒーローになった自分が悪を倒すという妄想じみたブログを書いているのだが、その内容が現実に起きた出来事と奇妙に一致しているようなのだ。 調べていくうちにオーリは、光良が自覚のないまま屍と化していると察知し、ブログにコメントを書き込んで光良を呼び出す。 そして既に死んでいることを光良に理解させようとするが、光良はオーリを悪の手先だと決めつけ殺そうとする。

光良の屍は、自分が受けた攻撃を敵にはね返す、「呪い」という特殊能力を備えていた。 負傷した景世の代理として派遣された僧・伊佐木は、契約した屍姫・水薙生（ミナイ）に命じて、彼女が傷つくのも意に介さず光良を攻撃させる。 オーリは墨鳥に電話して光良に話しかけてもらい、光良の動揺を誘ってミナイを助けようとする。 戦いが済んだ後日、ピンチを助け合ったことがきっかけでオーリはミナイと仲良くなり、携帯番号を交換するが……。

時を遡ること2ヶ月前。オーリと同じ学校に通う女子生徒・春日望は、友達の強引な誘いで、人喰いビルと呼ばれる心霊スポットを探検した。 かつてビルに立てこもった強盗犯が放火し、多数の死者が出たそのビルで、望たちは屍と化した強盗犯に襲われる。 だが、危ういところでマキナに救われ、望は九死に一生を得たのだった。 望みは屍と戦うマキナの姿を美しいと感じ、マキナと再会したくて心霊スポットを巡るが、一向に出会えない。 そうして2ヶ月が過ぎたある日、望はマキナとオーリが言い争っている場面に遭遇し……。

オーリは知り合いになった望から、最近話題の新興宗教に一緒に入らないかと誘われる。 その宗教の教祖は不死の力を持っているとされ、望は入信すればマキナのようになれるのではと考えていた。 この宗教なら屍を救う術があるかもしれないと考え、オーリは教祖に会おうとする。 しかし、教祖が見せた不死の術は、屍を利用したまやかしに過ぎず、教祖は屍を使って信者を増やし、金儲けに勤しんでいたのだった。 そんな教祖の前に、オーリに先んじて謎の集団が現れる。

“七星”と呼ばれる屍の集団に、背信僧・赤紗が接触する。 屍でありながら理知的に行動し、時には同じ屍を殺す七星の詳細は謎に包まれていた。 光言宗壊滅のため協力をもちかける赤紗に、七星側は人間の心を完全に捨てた証を求める。 一方、七星の動きを知った景世は、オーリに自分の過去とマキナとの関わりを打ち明ける。 早くに親を亡くした景世は星村家の世話で育ち、マキナと縁ができた。 その星村家を全滅させ、マキナの命を奪った仇が、七星なのだった。

七星と赤紗が手を組み、マキナと景世に戦いを仕掛けてきた。 景世と修行時に同室だったことから、彼の人となりをよく知る赤紗は、大麟館を標的にするそぶりを見せる。 子供たちを守るため、景世は急ぎ大麟館へ向かうが、それこそが赤紗の狙い。 大麟館の無事を確認した景世がホッとした隙に、七星の重無に体を乗っ取られたオーリが景世の武器を奪い、襲いかかる。

死を間際にした景世に頼まれ、オーリはマキナとの契約を引き継いだ。 殉職した景世の葬儀が営まれる中、オーリは景世の師匠格にあたる僧正・高峰から、改めて光言宗と屍姫に関する説明を受ける。 光言宗への誤解が解けたオーリは、自分も景世のようにマキナと共に戦いたいと考えるようになった。 しかし、光言宗の監察官・白江は、オーリには戦う力がないと指摘し、新しい契約僧が決まり次第マキナとの契約を譲渡するよう告げる。 自分の無力さを自覚しながらも、諦めきれないオーリは……。