時代が変わり雑然とした明治新京都の町に一人の青年が降り立った。名を坂本竜之介。かの維新の英雄・坂本龍馬の息子である。母、おりょうの手紙を受け取った竜之介は日本に帰国し、京都の町に戻ってきた。一方、京都の町に跋扈する無許可妖怪を取り締まるべく奮闘している集団があった―。

相変わらず赤字続きで経営に苦しむ新撰組は、今日も借金取りの浦沢センに厳しく取り立てられ、源内の新発明を担保として取り上げられる始末。この現状をなんとかしなければと考えた竜之介は新規の株を発行することを企画するが…。

西洋喫茶｢シャムル｣は竜之介と猫丸がよく行くお店。竜之介は｢シャムル｣の看板娘・山崎小夜子とも仲が良い。竜之介が上海に戻るのではという噂が流れた時、勇子はそれを阻止するため、竜之介と小夜子が結ばれるよう画策し、源内が“ほれ薬”を作りだすのだが…。

イマイチ女性に興味を示さない竜之介を心配する新撰組の面々。なんとかならないかと考えたあげく竜之介を祇園の町に連れ出し、“舞妓遊び”を経験させようとしたが、そこで竜之介は小雪という舞妓さんと出会い…。

竜之介と小夜子をくっつけようと、またもや画策する勇子。そんな折、源内が心理学を応用した作戦を思いつき、早速実行に移してみようと考えた勇子は竜之介と小夜子を万博博覧会会場に呼び出して…。

｢シャムル｣の看板娘、小夜子は万博会場の西洋式劇場で行われている歌舞伎に最近夢中になっていた。それを知った勇子は、二枚目役者の坂崎雪之丞に小夜子を口説かせ、竜之介の嫉妬心をあおろうと画策するのだが…。

竜之介と小夜子をくっつけようとする新撰組の面々だが、計画は失敗ばかりだった。さらに竜之介のことが気になっている沖田はちょっと複雑な気持ちになっていた。そんな中、近藤は最後は神頼みだとばかりに縁結びの神社で神様を呼び出したが…。

銭湯に出かけた竜之介と猫丸だが、ふとしたことで竜之介が命を落としてしまう。あわてた猫丸は間違って女性の命を吹き込んでしまい、命を取り戻した竜之介はなんと女性の姿に…。一方、近藤は竜之介を自分達の誰かと結婚させてしまえばいいのでは?と思いつき…。

京の町で子供をかどわかす事件が多発し、町をぶらついていた勇子は急に警官隊に尋問される。しかも警官は勇子と因縁のある松方だった。腹の虫がおさまらない勇子は警察よりも早く犯人をつかまえようと竜之介と沖田に囮捜査を提案するが…

竜之介のことが気になって仕方がない沖田。勇子と歳絵に問い詰められ、竜之介を好きになってしまったことを打ち明けた。一方、万博会場で許可書を持った妖怪がいなくなってしまう事件が頻発し、早速捜査に乗り出した新撰組だったが…。

琵琶湖で休暇を満喫していた新撰組の面々の頭上に突然超巨大な餃子型の飛行船が出現した。飛行船から降りてきたパラシュートにぶらさがっていたのは、自称竜之介の許婚・中国少女の蘭々と全身傷だらけのパンダ・漢々だった…。

中国から来た蘭々は天国荘まで押しかけてきた。上海に竜之介を連れて帰ろうとする蘭々と、それを阻止しようとする近藤が激しい争いを繰り広げていた。一方、つばめ組の面々はモンタギュー伯爵という西洋からの客人を港で迎えていた…。

美姫は、おりょうに代わり、新撰組の代表取締役を勤めると宣言する。新撰組の面々は憤慨するが、おりょうは意外にもあっさりと了承した。天国荘も追い出され途方に暮れる面々だったが、竜之介の元にモンタギューから知らせが届き…。