リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。 バーディーとつとむの二心同体生活は相も変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会う。それはまた、封印された忌まわしい「過去」を呼び覚ますことになるのだった･･･

幼い頃、まるで兄妹のようにいつも一緒だったナタル。ナタルは現在、理学療法士として病院で働いているのだという。故郷を遠く離れた地球での、懐かしい人物との再会を喜ぶバーディー。しかしそんな二人の姿を面白くないと思う少女が。翔子である。彼女はリュンカ事件で死亡したナタルの親友、各務の妹で、自身もリュンカ事件で怪我を追い入院していたのだ。バーディーにヤキモチを焼く翔子。一方のバーディーは捜査を進め、ついに逃亡犯の一人、アグラズーメを追い詰めるのだが……。

リュンカ事件の際、お台場と同じように攻撃を受け、廃墟と化してしまった六本木一帯。その避難所を取材に訪れたのは、早宮引き入る報道研即席メンバー。 その前に現れた、まりなとたくみ、という二人の子供。避難所を案内してあげるというのだが、それは、ガイド料目当てなのだった。小さな二人がお金に執着するのには、ある理由があるようなのだが…。 一方、つとむは避難所内の診療所にナタルの姿を見つける。まりなとたくみの姿を見て自分の幼い頃を思い出したのか、ナタルはつとむにバーディーとの懐かしい思い出を語り始める……。

逃亡犯たちの逮捕は依然として難航している。それどころか、バーディーが手がかりを掴んで辿り着くと、犯人は必ず何者かの手によって既に殺害されている。いたちごっこの状況に業を煮やしたバーディーは、強行手段に出る。 地球人に変身できる擬装チップを密売して捌いている売人を尋問し、犯人へ繋がる手がかりを得ようとしたのだ。彼の口から出た名前は、バーディーにとっては衝撃的なものであった。 その頃、逃亡犯達は、仲間が次々と殺されていることから、自分達を売った人物を処分することを決めていた。その人物とは……。

情報を得るために事務所に来たバーディーだが、イルマは不在。朝からずっと姿を見せていないのだという。そこにバーディー宛で電話がかかってくる。 それは脅迫電話だった。なんとイルマは誘拐されていたのだ。　バーディーが仲間を殺害をしていると勘違いした逃亡犯達が、バーディーをおびき寄せて返り討ちにするために、誘拐したのだった。 イルマ奪還のため指定場所に向かったバーディーだったが、そんな彼女を軍出身のガトールが離れたビルからスコープで狙う。バーディーは攻撃を受けつつも、なんとかイルマ奪還に成功するが……。

ガトールから受けた攻撃のダメージにより、バーディーとつとむは精神融合を起こしかけていた。このままでは、バーディーの精神が消失してしまうという。それを食い止めるべく、つとむはバーディーの意識深層へのマインドダイブを決行する。そこには、アルタ人迫害の風潮にさらされながらも、養育係のマリオネット・ヴァイオリンと共に平穏に暮らす、幼き日のバーディーの姿があった……。

クリステラ・レビが招いた「アクラバルの悲劇」。その犠牲者を追悼する式典がセントラルタワーで行われようとしていた。 多くの見物客でごった返す会場。つつがなく式典が執り行われようとしていたその時、大きな爆発音がしてタワーが崩壊を始める。 テロが再び引き起こされたのだ。空間のゆがみから次々と現れる帝国時代の兵器たち。 混乱を極めるタワーには、検査のため入院していたヴァイオリンと、そして彼女を見舞いに来たバーディーもいた…。

リュンカ事件により、唯一の肉親であった兄を失った翔子の元に、彼女の親戚が里親を申し出た。ナタルのそばを離れたくない翔子は彼に相談しようとするが、バーディーとナタルが親密にしている所を目撃し、ショックで病院を飛び出してしまう。翔子の行方を追って街を駆け回るバーディーとナタル。つかまりたくない翔子は、あの手この手で二人を振り回す……！

モスの襲撃を受けるナタル。激しい攻撃を受けながら、ナタルの隠されていた『力』が覚醒する。そのお陰でその場は回避できたものの、病院で再びモスの襲撃に遭い、力を使ったナタルは、ついに立ち上がれぬ程に消耗し、室戸のアパートに匿われることになる。自分がとてつもない力を持ち、そしてそれが自らの命を削っていく…。残された時間がわずかだということを悟ったナタルは、室戸からも翔子からも、そしてバーディーの前からも去る決意をするのだった……。

つとむの学校の文化祭が明日に迫ってきた。文化祭の場で、六本木廃墟などでこれまでに取材してきた事を発表するため、準備に追われる早宮たち。その一方で、つとむは別の事が気になっていた。ナタルが消息を絶って以来、バーディーがすっかり塞ぎこんでしまっているのだ。なんとか元気づけたいつとむだが、発表用の廃墟の写真の中にあるものを発見してしまい…。

いよいよ文化祭が始まった。学校はたくさんの出し物で賑わっている。だが、バーディーとつとむはそんな楽しく幸福な会場を後にする。 ナタルに会いに行き、そして真実を確かめるために……。 そのころナタルは、残された時間で自らの目的を果たすために最後の行動に出ていた……。

真実を求め、最後の戦いに挑むバーディー、つとむ、そしてナタル。 その先にあるものは･･･…。