謎の敵・”破繰者（バグリモノ）”が出没するという都市伝説が広まっている秋葉原に来ていたタモツは、破繰者と戦う謎の少女・まとめに出会う。妹・にわかや街で出会った有紗とドタバタしているさなか、破繰者との戦いに巻き込まれ重傷を負ってしまう。まとめの不思議な力によって一命を取り留めるが、日常が非日常へと変化していく。

まとめに助けられた影響で秋葉原の街から出られなくなったタモツは、まとめとラトゥの自警団アジトに住み込み、新しいバイトを始めることにする。紹介所のマシロから紹介され、まとめたちと訪れたバイト先はクロバグや破繰者たちが集まるサバイバルゲームショップだった。そして、タモツが知らない真実が明らかになり……。

何事にもハマりやすいタモツはアキバ系アイドルに夢中になり、オーディオ機器等にも注ぎ込んだ請求に追われ、バイトに励むことになる。まとめ・にわか・有紗はタモツ不在のパトロール中に「アイドルにならない？」とスカウトを受ける。“まにあ～ず”としてアイドルの特訓に励む3人だったが、それはどれも怪しいものばかりで！？

アマチュア無線にハマっているタモツ。そこに突然、あらゆる通信機器を破壊する電波を発する破繰者が現れる。電波による照射に苦戦するタモツたち。この状況を打破するため、無線を駆使してブラジルにいるラトゥの恩師・柳生田ダイポール博士に助けを求めることにする。タモツたちは博士に知恵を借り、アキバの通信機器を元通りに戻せるのか。

ゲームセンターで遊んでいたタモツは、目の前でにわかを何者かにさらわれてしまう。「妹を返して欲しければ、格闘ゲームイベントに出場し、優勝してみろ」というメッセージが……。猛特訓をし、翌日の格闘ゲーム大会に挑む。プロゲーマーも多く参加しているトーナメント制の大会だが、タモツは優勝してにわかを助け出すことを決意する。

近頃パソコンが不調のタモツはカゲさんの協力で自作パソコンを組み上げた。そこにラトゥが開発したOSをインストールしたところ少女の人格が生まれ、タモツはそのパソコンにぴゅう子と名付けた。ぴゅう子に愛情にも似た感情をよせるタモツに嫉妬するマヨ。そんな中、パソコンショップ・モフマップに巨大パソコンロボが出現。戦うタモツたちを前に、ぴゅう子は……。

にわかの大事にしていたフィギュアを壊してしまい、弁償のために急遽バイトをすることになったタモツ。紹介されたバイト先は怪しげな社長が経営するメイド・執事居酒屋だった。宗教のような異様な雰囲気に最初は戸惑うが、バイト仲間たちにも支えられ、次第にバイトにのめり込むようになる。しかし日々の労働によりタモツの精神はだんだんと変調をきたし……。

家電量販店に炊飯器を買いにきたタモツたち。しかし、どの店舗も炊飯器が買い占められていた。爆買いした者の正体は、破繰者に操られた有紗の中国拳法の師匠だった。転売によるアキバの支配を企む破繰者・リサから師匠を救う為、アキバ大武闘会が開催されることとなった！中国拳法の達人同士による世紀の師弟対決の幕が今、切って落とされる――！

アキバの自警団が次々と解散の危機に陥っていた。どこも原因は新規加入した一人の女子を巡っての諍いだった。その女子たちを斡旋している会社・プリンセスカンパニーを調べにいくタモツたち。その社長・政田池輝は例によって破繰者であり、カードゲームでのバトルを挑んでくる。タモツはこの史上空前のバトルに勝利することができるのか。

友人に彼女ができた事にショックを隠せないタモツ。にわかとアリサの計らいで、いつか本当の彼女ができた時のためにと、マヨとデート（の練習）をすることに。食べてばかりのおかしなデートをする２人だが、その途中で大食い世界チャンピオンを相手にラーメン大食い対決をすることになってしまった。はたして勝負の行方は……？

国が後押しするアキバフェスの開催が決定し、準備に賑わうアキバ。マヨ、にわか、有紗も“まにあ～ず”としてステージをひかえ、リハーサルをこなしていた。そんな中、オタクたちを困らせるような数々の事件が発生。容疑者として自警団に逮捕されたのは、電気マヨネーズだった。疑いを晴らす為、偽者電気マヨネーズを見つけ捕まえようとするタモツの身に魔の手が忍び寄る。

人間に戻ってしまったタモツをマヨは冷たく突き放す。有紗も急遽アメリカ行きが決まり日本を離れることになった。アキバ禁止法で崩壊していく街の中をひとりで戦おうとするマヨだったが、妹・万世架うらめとの戦いで窮地に追い込まれる。一方、タモツは自宅で引きこもりと化していた。バラバラになってしまった電気マヨネーズの運命は――？

またひとつになった電気マヨネーズが向かうは、破繰者を従える実行部隊メトロチカ。破族の長であり、まとめの祖母・万世架ふかめにとうとうたどり着いたタモツとまとめ。昔の古き良き秋葉原を取り戻す為、現在の街を壊そうとするふかめを説得するが決裂し、最終決戦へ。このアキバを救うものは何なのか。今その答えが明らかになる――AKIBA'S LAST TRIP！