超高々度迎撃機パイロット・メテオスイーパーの本庄美風は、彗星迎撃部隊の花形・コメットブラスターの養成施設でもある沖縄の下地島基地で、訓練の日々を送っていた。パイロット一家に生まれ、何の疑問も持たずにここまで来た美風だが、周りからとり残されていく不安感から次第にやる気を無くしていき…。

コメットブラスターになることが本当に自らが望んだものなのか、わからない美風。そんな時トラブルが重なり、美風達に出撃命令が下される。彗星の破片が地上に落下するまで、あとわずかの時間しかない。嬉々として迎撃機に乗り込んでいく彩雲と香鈴。しかし、静羽が見たものは、滑走路に立ちすくむ美風の姿だった。

宇宙へ行くという目標を見つけた美風。人が変わったように真剣に訓練をこなそうと頑張る美風だが、今までのだらけた生活がたたり、すぐにオーバーヒートしてしまう。そんな時、佐古達の高度記録の話を聞き、自分もいつか挑戦してみよう、と美風は心に決めるのだった。そして、ついに迎撃訓練の日がやってきた。

前回の迎撃が認められ1番待機になった美風。同期の翼は自分が美風に抜かれたことに納得がいかず、射撃訓練場で美風に対決を挑む。美風は翼の挑発など気にも留めていなかったのだが、負けず嫌いの性格からついつい本気に。そんな中、2度目の出撃の時が来た。今回は自信を持って、迎撃に飛び立った美風だったが…。

意識が戻らない香鈴。怒りが納まらない彩雲。何もできない静羽。そして、査問会に召集される美風。こじれた友情の絆をもとに戻す術を見つけられないまま、美風はどす黒い大人の社会に引きずり込まれていく。そんな絶望の中、偶然、憧れのコメットブラスターに遭遇した美風達。しかし、事態は思わぬ展開に…！？

広陳で飼われているデブ猫・アリス。通称「テートク」。18歳というこの老猫が、ある日基地に潜入したところから事件は起こった。機密データチップがテートクと共に消えたのである。事態を重く見た沙也華は、基地全体にテートクの捕獲を指令。基地をあげての猫騒動は、次第にエスカレートしていき…。

倉庫で眠る巨大な機体「ストラトス・ゼロ」。天体危機管理機構が初期に開発していた宇宙機で、完成を待たずに開発中止になってしまった代物だ。佐古は美春と共にこの機体の開発に関わっていたらしく、今でも1人で組み立てていた。だが、美風たちは、完成時に自分達をパイロットにすることを条件にその手伝いを始める。

年に一度催される基地祭の日。到着したジェット旅客機からは、基地に勤める人々の肉親や関係者が次々と降り立つ。両親達との再会を喜ぶ美風達。しかし、時間が経つにつれ、大人達と美風達の間に微妙なズレが生じ始める。一方、1人で海を見つめていた香鈴は、心配して様子を見にきた空に向かって、突然感情を爆発させる。

慰安旅行で温泉宿にやってきた美風たちは、厳しい訓練から離れ、心身共に疲れを癒していた。そんな中、美風達は天体危機管理機構にまつわるキナ臭い話を耳にする。しかし、オタク達の出現や温泉街ののどかな雰囲気によって、その話の現実味は薄れていくその頃、第7オービタルステーション内では異変が起きていた。

コメットブラスターの資格試験が迫り、シミュレーターで特訓していた美風たちが4人で反省会を開いていた。すると突然、全オービタルステーションが沈黙し、「コード00」が発令されて、地上迎撃のみで彗星を破壊する事態になる。だが、彗星を迎撃した瞬間、香鈴は失神し、昏睡状態に陥ってしまう。

携帯に「助けて」と残し、連れ去られた香鈴。美風と静羽は香鈴を救うべく東京へ飛んだ。しかし収容されたはずの病院に香鈴の姿はなく、あったのはメテオスイーパーに対する批判の声だけだった。落ち込む2人だが、そこで見知らぬ少女持ってきたデータチップを手がかりに、筑波にある天体危機管理機構の研究所へ向かう。

香鈴が第7オービタルステーションにいることを知った美風と静羽は、種子島基地に向かった。一方、下地島基地は美風と静羽を探しに来た兵たちによって制圧されてしまう。美風達に合流しようとしていた彩雲は、翼達の助けで何とか基地を脱出し、合流に成功する。そして3人は、香鈴のいる宇宙へ飛び立つのだった…。

交戦状態の第7オービタルステーションに到着した美風たち。千鶴たちの援護もあり、何とか香鈴の救出に成功した美風たちだったが、その間にも巨大な彗星・ナイジェル87は目前に迫っていた。コメットブラスターが壊滅状態の中、千鶴が美風達に差し出したもの、それは憧れのコメットブラスター章だった。