主人公の少年 東和馬は6歳の時、近所のパン屋のオジさんとの出会いをきっかけに、日本が世界に誇れるパン“ジャぱん”作りの夢を抱く。そして10年後、真のジャぱんを追い求め、ベーカリー界のカリスマ・パンタジアの門を叩く。

生まれつき人並み以上に温かい『太陽の手』を持つ和馬は、パンタジア本店の新人採用試験に挑む事となった。試験途中、太陽の手で作ったジャぱん55号(あんぱん)を食べた河内恭介は、和馬を警戒して妨害。試験の残り時間1時間で和馬の生地を台無しにしてしまうのだが・・・。

パンタジア本店採用試験の次の課題は“クロワッサン”。河内は諏訪原がクロワッサン作りの名手と知り、試験に勝つために和馬の太陽の手を利用しようとする。和馬・河内・諏訪原・月乃、果たして本店採用の栄光は誰の手に…！

和馬と河内は、二人の実力と人柄を認めた月乃にスカウトされパンタジア南東京支店で働くことに。しかし月乃は、二人の作るフランスパンを店頭で販売するか否かを店長に判断してもらうと言う。そして、南東京支店長の松代は販売を認めるために、二人へ奇想天外な課題を出すのだった！

パンタジア南東京支店長、松代は馬も喰うフランスパン作りを命じ、明日までにできなければ和馬と河内の採用は取り消すと宣言！食物アレルギーを起こす牛乳もバターも使わずに、かつ、味も損なわないパン作りを目指し、二人はそれぞれの方法で課題をクリアーしようとするのだが・・・。

パンタジア青山本店の盛況ぶりに比べ、パンタジア南東京支店の営業が振るわない。斜向かいに立つライバルベーカリーに客を奪われているせいだ。その店、サンピエール東京本店の店長・模糊山剛と初めて出会った和馬は、あからさまな挑発を続ける模糊山と、テレビで新作パン対決を繰広げる事となるのだった。

サンピエールVSパンタジアの新作パン、テレビ対決が開幕。模糊山は得意の菓子パン“クイニ・プディング・アマン”で、和馬は“ジャぱん57号歌舞伎揚げパン”で勝負をかける。そしてなんと、審査員には本物の服部先生が登場!?

パンタジア新人職人を一堂に集めその頂点を競う新人戦に和馬と河内が招集された。初戦の課題は“3週間カビない食パン”！すぐに材料を求めて飛び出していく和馬に対し、打つ手のない河内。だが河内は、月乃の勧めでパン職人にとって最強の武器『太陽の手』に匹敵する『太陽のガントレット』入手のため秘密のトレーニングを開始するのだった。

たった3週間で太陽のガントレットを手に入れるため、過酷な筋トレを続ける河内に対し、和馬は、早くも予選通過条件をクリアできそうなパンを作ってしまう。全く勝算の無い河内は気持ちで負けてしまうが、松代の言動から予選通過のパンを作るきっかけを得るのだった!

予選課題のカビない食パン審査が始まった。防腐剤使用等の不正を検知する黒柳は、予選免除で挑む諏訪原にも容赦なくプレッシャ－をかける。一方、筋トレに励む河内から冷たくされ嫌われたと思う和馬だが、松代から真の男として好敵手として認められたのだと教えられ、気持ちを新たに新人戦へ挑むのであった!

本選会場に津軽支店の海野カツヲ他不合格者達が乱入！　不合格に異議を申し立てるという波乱と共に新人戦２次予選が始まった。課題のバターロールはバター選びが合否のポイント。しかし、知識のない和馬が選んだバターは、試験官黒柳を失望させてしまう。果たしてその選択は・・・？

バターロールが課題なのに、バターではなくマーガリンを選んでいた和馬。選択失敗に不合格を言い渡す黒柳だが、諏訪原は和馬が失敗を覆す焼成技を使ったのを見抜く。黒柳も気づいたそのテクニックとは、林家ペー・パー子も驚きの意外なものだった！

本選1回戦の課題はメロンパン。だが、和馬はメロンパンが苦手。しかも松代は、メロンパンには未だ誰も解決できない未完成部分があるという。勝機が見えず消沈する南東京支店一同。そこへわさびパンの時に三浦で和馬と出逢ったしのぶ寿司の大将が現れた。大将の寿司に勇気づけられ舌鼓を打つ中、和馬は新たなジャぱんのヒントを掴む！

河内の一回戦の相手は、給食業界に君臨するトップクーン本橋優子であり、“おふくろの手”の持ち主だと言う松代。 太陽のガントレットを持つ河内であったが、強敵の出現に焦りを見せる。しかし本橋優子には意外な真実があった！

パンタジア新人戦2回戦に挑む和馬であったが、アイディアが浮かばず超スランプに。そんな和馬を見かね、河内は怒涛の罵声を浴びせるのであったが・・・！！

2回戦、最優秀焼きそばパンを作ったのは新東京支店のコアラ。賞金を奪おうとする劉の必殺拳をかわすコアラを見た松代は、その正体と実力に気づく。はたして3回戦でコアラと対決する和馬に勝ち目はあるのか！？

コアラの竜パンと和馬のカメパンの対決が始まった！ 黒柳から驚愕のリアクションを引き出したコアラの竜パン！ だが一方の和馬のカメパンには、通常不味いパンしかできない ある方法がとられているという。果たしてこの対決の行方は・・・！

準々決勝、月乃不在の中、河内とカツヲの勝負が始まった。 その様子を見守る諏訪原の元に謎の少年 冠茂が現れる。 果たしてこの少年の正体は！そして、河内とカツヲの勝負の行方は？ また、月乃はどこへ行ったのか？

準決勝で河内が対戦する相手・冠茂は、黒柳も在籍した米国ハーバード大学食品化学研究室出身だった。 もし冠が、特殊な天然酵母を作っていれば自分でも勝てないと断言する松代であったが、以外な秘策が河内に授けられる

河内VS冠のパンタジア新人戦準決勝。正々堂々と勝負が行われるはずか、雪乃が河内用の小麦粉に、パンのタンパク質を分解してしまう酵素・エンドプロテアーゼを混入! 対する冠が作り出したパンは、驚くべきものであった! 果たして勝負の行方は!?

太陽のガントレット・オーバーコートを発動した諏訪原は、648層クロワッサンで、かつて和馬に敗れた雪辱を果たそうとする。 しかし、和馬は試作史上最強のジャぱん44号を完成させ、和馬のパンを食べた黒柳とデーブ橋口の驚愕のリアクションが巻き起こる！

パンタジア新人戦決勝進出者は東和馬と冠茂に決定。 両者に与えられた決勝課題は自由。決戦日は１週間後。 その同日、3位決定戦も開かれ、河内と諏訪原が闘うことになった。 俄然やる気が出た河内に、松代はとある場所へ修行して来いとメモを渡す。 果たしてその場所とは・・・？

松代に紹介された聖アンドリュー教会を訪れた河内はアフロヘア風の外観に動揺。だが、同教会のシスター真子に強引に内部へ連れ込まれ、懺悔を強要される。果たしてシスター真子の真意とは！？

アフロヘアーになった河内も駆けつけ、ついに決勝戦の審査が始まった。審査員は霧崎GM。最初に試食した冠のパン・オ・リスティックは、いきなり最高点！だが、和馬のジャぱん60号は、さらなる驚愕のリアクションを引き出した！

決勝戦に敗北した冠は、腹を立てた雪乃によって研究所を爆破され研究データの全てを失うが、他人の力で夢を叶えようとした過ちに気づく。一方、何故かアフロヘアーになってしまった河内が、その驚きの原因を語り出す・・・。

新人戦最終試合、3位決定戦。くしくも諏訪原と河内が作ったのは、共にフランスパンであった。諏訪原の作る「踊るフランスパン」、河内の作る「歌うフランスパン」、果たして勝負の行方は? そして、新人戦最後を飾る黒柳のリアクションとは!!

パンタジア新人戦優勝は和馬！そして、2位に冠茂。3位に諏訪原と河内が入賞。家族のため河内は本店への移籍を希望。だが、フランス留学の権利を持つ冠は南東京支店への移籍を希望する。果たしてその真意とは!?

冠のパンタジア移籍の真の目的は、ライバルのサンピエールと共謀しパンタジアを乗っ取ろうとしている雪乃の計画を阻止する事だった！だが、計画阻止のために試作したダイエットパンには、大きな問題があった！

ついに南東京支店がサンピエール本店のシェアを奪還！業を煮やした雪乃が呼び寄せた凄腕職人たちは、どこか懐かしさの漂うコワモテの三連星（三人組）であった。果たして彼らの実力は！！

和馬、河内、諏訪原がフランスへ旅立った。フランスでの真の目的であるパンの世界大会モナコカップ出場にテンションの上がる和馬達であったが、彼らの前におそろしい敵が現れる！果たして彼らの正体は！そして、世界大会出場者達の実力とは！

和馬達はモナコへ移動し、モナコカップのエキシビジョン用のデコレーションブレッドの制作に入った。だが当日、なんと河内はそのパンを修復不可能な程に破壊してしまう！エキシビジョンは明日！そして追い詰められた和馬達は、河内が提案した禁断の作戦に手を出してしまう！果たして、禁断のロダン作戦とは！

冠の読み通り、オッズは300倍に達したものの、河内の醜態で日本代表の評価は最悪。しかも日本代表は、減点2点で予選に挑まなければならなくなってしまった！さらに、1次予選の食材ルーレット勝負では卵しか手に入らない…。窮地に追い込まれた日本代表、果たして勝負の行方は…!

和馬達日本代表が作ったジャぱん21号・カステラジャぱんを食べ、突如自らの生い立ちを語り始めるピエロ。だがそこには、ピエロの驚くべき秘密が隠されていた！

食材ルーレット得た大量の食材全てを使ったパンを作るというピンチに見舞われた諏訪原！だが諏訪原は、世界中の食文化を盗んで自得した試作パン“ルパン”で勝負に挑むという。果たして“ルパン”とは！ そして諏訪原の運命は！

ついにモナコカップ本選がスタートし盛り上がる日本代表であったが、その頃日本では、霧崎が南東京支店を閉店に追い込むため、サンピエール本店の謝恩セールを開始した！果たして南東京支店の運命は？

モナコカップ本選1回戦は、制限時間60分のスピードパン作り勝負。時間内に作るため、和馬は電子レンジを使ったパンを作るが、なんとピエロは個人的に電子レンジが大嫌い!!果たして和馬達の運命は！

モナコに現れた霧崎雄一は、大会運営委員長のラメと接触し、日本代表を潰すように命じる。その謀略のため本選2回戦は無人島での甘いパン作りに決定。2回戦に進んだ8カ国が上陸したのだが、なんと日本代表の和馬達の本拠地は満潮時に水没する海岸!!こんな不利な条件の中、果たして日本代表はどうするのか！

猛火に囲まれた諏訪原と河内を救った、エジプト代表のピラミッド男。実はその正体は、モナコカップの不正を探っている、モナコ秘密警察だった！砂に埋まった和馬も彼らに助けられ一安心の日本代表であったが、肝心の森は全焼！果たして日本代表はどんなパンを作るのか？

和馬達は、他作品からゲスト参加した獣医の者の診察で事なきを得る。そして、たい焼きジャぱんの種明かしをする和馬。しかし、2回戦・無人島での試合は無効試合になってしまった!果たして和馬達の運命は!?

深い洞窟に落とされ、脱出の方法が見つけられない日本代表とピエロ。 絶望的な雰囲気を和らげるために、ピエロはあるウソをついてしまう。 だが、そのウソが以外な結果につながる事に・・・。

ウアウトラ洞窟から脱出した和馬達の前にモナコ王が出現。 委員長のラメに代わり、以後自ら大会を指揮すると宣言する。 そして、次の対戦は、フランスとのスポーツパン対決！ ついにカイザーとの直接対決が始まった！果たして勝負の行方は!?

ついにモナコカップ準決勝が始まった！対戦相手のフランス代表は、遂にカイザー家の長男グランが登場！だが、食材を捜しに出た和馬が会場へ来ない。そして和馬不在の中、遂に試合が開始されてしまう。諏訪原と河内のみで、果たして日本代表はどんな戦いを繰り広げるのか！？

モナコカップ準決勝! フランス代表グラン・カイザーが繰り出してきた青いパンの効能に驚く日本代表。対する諏訪原は、臆せずグランのパンに立ち向かう。しかし、ピエロは諏訪原のパンの試食を拒否！和馬は遅刻し、諏訪原は作ったパンを食べてもらえない…。果たして日本代表の運命は!

和馬のジャぱんとシャドウのゴぱんが、F1レーサーに振る舞われた。 だが、優勝ドライバー・シューカッパは、ゴぱんを世界チャンピオンと判定。 初めての敗北を味わった和馬、果たしてどうなってしまうのか！？

モナコカップ決勝戦第1試合、パンの衣食住の衣は、造形の美しいパン対決！ 実は諏訪原が対戦するモニカは、霧崎にスカウトされモナコカップに参加した、パン以上に造形を重視するパティシエ界の王者だった！ この勝負内容では世界最高峰の実力を発揮するであろうモニカ。果たして勝負の行方は！

決勝戦第１試合造形勝負、諏訪原VSモニカ。 諏訪原は王冠の如く美しいパンドール戒を完成させ、脅威のリアクションを引き出す。 対するモニカのライ麦パンに秘められた秘密は、さらなる脅威のリアクションを生み出した。 果たして決勝戦第1試合の勝者は？

決勝戦第2試合は食事パン勝負。もう負けられない日本代表の重責で河内は戦意を喪失してしまう。 だが、モナコに現れた冠ら南東京支店の一同に父恭太郎の志を思い出せと叱咤され、新たな決意を抱く。 そして河内は、パン業界に革命を起こすパンを作る事を胸に誓うのであった。

古代米味噌を使ったシャチホコのパンが完成し、ピエロは大人気の某アニメキャラに扮した驚愕のリアクションで河内を翻弄する。怒り狂う河内であったが、なんとピエロは、その審査の最中にテロに遭いナイフで刺されていたのであった…。

重傷のピエロが危篤状態に陥った。大量の輸血が必要だったが、世界で数百人しかいない稀な血液型のため輸血はほぼ不可能！そんな時モナコ王が、自分もその血液型で、実は誘拐され死んだと思われた息子がいたと説明。そして、モナコ王とピエロの驚くべき関係が明らかになる！

ピエロのため天国へ行けるジャぱんを作り、亡き父と会わせると約束する和馬！だが、対戦相手シャドウの正体は、世界レベルのパントマイマーだった！パン職人としての実力は限りなく無いが、ある職人の技術を真似た世界一の技術を駆使し、和馬に襲い掛かる！

モナコカップ決勝戦最終試合開幕! シャドウは、幻の餅米・女鶴 ・アメリカ発の健康飲料などを使い究極のゴぱんベーグルを完成させた! そのパンを食したピエロは、何故か空を翔けるSLに乗り、宇宙へと旅立つ。そこに待っていたのは…!

和馬のジャぱん61号で23年前にタイムスリップしてしまったピエロは、父母のモナコ王と王妃に再会。息子と明かせぬまま、二人との日々を過ごす。つかの間の親子の再会を楽しむピエロであったが、お腹に赤ん坊(未来のピエロ)を宿す王妃が突然の激痛に襲われる。果たしてピエロは、王妃を助け、未来を救うことができるのか!!

日本代表がモナコカップ優勝を勝ち取った！そして、パンタジアを守る資金120億円が獲得できたのだが、時すでに遅く、雪乃と霧崎の乗っ取りは完了…。パンタジアはサンピエールの霧崎の手に堕ちてしまった…。落ち込む和馬達の前に現れた霧崎は、TVでのパン対決を申し込んできた。果たしてその戦いの内容とは!?

TVでのパン対決第1回戦は青森県大間町。スーパーマグロで有名な地でアイドル料理人と対戦することになった和馬達。だが、パンタジアを憎む雪乃の妨害が入り、スーパーマグロが買い占められてしまう！！さっそくピンチに陥った和馬達。果たしてこの窮地を乗り切る策はあるのか？

CMAPの坪塚との対決中、作ったパンをゴミ袋に入れた和馬。その行為を料理への侮辱と受け取った坪塚は、怒りをこめて大間に相応しいブレッド、スーパートロ炙りを完成させる! そして、食した黒柳は… 「スーパー黒柳」へと変身を遂げるのであった!!

ご当地パンＴＶ対決2回戦!特殊ルールで、課題が“中華まん”と指定される。しかも対戦相手はこの課題最強の男・中華の達人、劉さん! さらに、試合当日バスルームで感電した試験官・黒柳は、なんと味覚がマヒしてしまい、リアクションを失ってしまった!! 波乱尽くめの2回戦。果たして勝負の行方は!?

3回戦の相手は坪塚が脱退したCMAPの3人!対戦地の宮崎県西都市で食材を探す和馬達は、完熟マンゴーの美味さを知り生のままパンに閉じこめようとするが、欠点が判明。この改良に勝負の行方がかかる!果たして和馬達はこの欠点を克服することができるのか!?

CMAPの要、成海、千祭のマンゴーカレーパンが完成した！　試食した黒柳は“アノ動物”を他県から空輸するという、驚きのリアクションを出し高評価。一方、和馬の埴輪ジャぱんも完成！　だがマレーバクと一緒に試食した黒柳は、共に埴輪化し動かなくなってしまう。何がどうなっているやら誰にもわからない！ 審査の結果は果たして!?

第4回戦、サンピエールが送り込んできた対戦者は怪しい忍者の二人組。なんと正体は諏訪原とモニカ！　対戦地は秋田県の大曲。さらに曲がったモノをパンに使用せよと示唆する黒柳。和馬達は地元特産品・曲がりネギと秋田比内地鶏の卵のブランシールを使ったパンを考えつく。しかし、諏訪原も全く同様のパンを考えていた！

『焼きたて!!9』第4回戦、大曲での試合が始まった! 双方が同じ曲がりねぎという食材を使い、同じ調理法を選ぶ中、諏訪原はトゥルニュという生地をねじ曲げる技法で竈伸びの良いパンを完成させる。そして、食した黒柳の体には驚愕の異変が起こる!さらに、その状態のまま和馬のパンを試食しようとする黒柳。本当に大丈夫か、黒柳!?

冠の異母兄・堤政伸は日本でただ一人のオーストリア宮廷料理人! その堤が『焼きたて!!9』に参戦。冠は、この戦いに負けた方が日本一の暴力団橋口会の組長の父の跡を継ぐという賭けをする羽目になる…。しかも作る課題は、ジャムであると予め決まっていた。オーストリア料理に欠かせない食材でもある代物。果たして冠達に勝機はあるのか!?

堤が作ったジャム・フランベは、紅玉のカルヴァドスを使ってフランベした究極のジャム!顔を突っ込んで食した黒柳は顔が腫れ上がり、“あの”おじさんと化す。壮絶なリアクションに騒然となる河内たち! 果たして冠に勝機はあるのか? そして、権利関係は大丈夫なのか!?

第６回戦の対戦者は桃屋の人、三木のり平！　対戦地は島根県の十六島(うっぷるい)、しかもこの地の特産物は海苔! のり平が挨拶代わりに振る舞った海苔佃煮トーストを食べた和馬は、番組タイトルが『焼きたて!! ジャぱん○○○!』になるという前代未聞のリアクションを取らされた!! 海苔のエキスパートである三木のり平に対し、和馬達はどのように立ち向かっていくのか!!

和馬の海苔パンが完成。食した黒柳は、十六島を表現するため、なんと自らも島となるべく結婚して苗字を変えてしまった！ 驚くべきリアクションが炸裂した和馬達のパンであったが、のり平が作った海苔パンは、なんと、会場全体を巻き込んだ、想像を超えるリアクションを巻き起こしたのであった！ 果たして勝負の行方は!!

第7回戦、対戦者はパンダの着ぐるみを着た男！すぐさま和馬は、かつて戦ったコアラこと模糊山剛と見破る。対戦地は岐阜県下呂。そこでの課題は温泉で蒸した温泉パン！パンダ模糊山は、自ら開発したスーパーベーキングパウダーを使い、究極の蒸しパンで和馬達に挑んできた！！究極のパウダーを開発した模糊山に、和馬達が勝つ見込みはあるのか！

模糊山と和馬の蒸しパン対決が始まった！生地内に入れた栗きんとんの温度差を利用し作った模糊山の蒸しパンと、温泉で煮出した笹茶を練り込んだ和馬の蒸しパンの究極対決となった。そして究極の対決に相応しいリアクションが炸裂！果たして勝利の行方は！！

第8回戦、対戦相手は、あの梓川雪乃！『逆さ折り』という、バターに生地を挟んで折るタルト作りが以外にも得意な雪乃との対決は、果物の産地・千葉県富浦。そして、課題はタルト！雪乃の得意分野での対決となったが、和馬も究極のタルトを完成させた！そして、2つのタルトを同時に食した黒柳のリアクションが、ジャぱん史上、類を見ないリアクションを発動させた！

異世界に飛ばされた和馬と河内は月乃似のプリンセス、ムーンに出会い、松代似のケン、冠似のクラウニー、マイスター霧崎似のマイストロフを従え、邪悪な雪の女王スノーザ退治の旅に出る。もはや“焼きたて!! ジャぱん”かどうかもわからない壮大な物語が始まる！

『焼きたて!!9』最終戦の課題地は新潟県能生。霧崎雄一の息子、マイスター霧崎が最後の敵として立ち塞がる。最後の戦いにふさわしい両者のパンが出揃い、黒柳最後の審査が始まる。そして、ジャぱんの最後を飾る究極のリアクションが巻き起こる…！ 見逃すな!!