下町で人気の定食屋「ゆきひら」。店主の息子である中学3年生の幸平創真は、父を越える料理人になろうと店を手伝いながら修行に励んでいた。ある日、「ゆきひら」の土地を狙う地上げ屋たちに、創真は「客が求める料理を出せなかったら店をたたむ」と宣言してしまう。地上げ屋たちは卑劣な方法で冷蔵庫の肉をダメにし、その上で創真に「肉料理」をオーダーした……。

父・城一郎に言われて創真が向かった先は、日本屈指の料理学園「遠月茶寮料理學園」。編入試験の審査員・薙切えりなは、内部進学の学園生。彼女は人類最高の味覚「神の舌（ゴッドタン）」を持ち、幼い頃から日本中の有名店の味見役を務めていた。えりなに「才能なし」と言われたら、料理業界では生きていけない。編入希望者は恐れるあまり、試験から逃げ出すのだが…!?

なんとか遠月学園の編入試験に合格した創真。だが始業式の編入生挨拶でいきなり豪胆な宣言をし、生徒達から嵐のようなブーイングを受けてしまう。創真のような悪目立ちはしまいと決心する女生徒・田所恵。あと１回でも不可もしくはＥ評価を取ったら即退学なのだった。ところが最初の授業で創真とペアを組むことに！

学生寮への入寮を希望していた創真は、期待に胸を膨らませて「極星寮」へ向かった。たどり着いたそこは、荒れ果てた外観の不気味な洋館。そして怒号とともに、寮母である大御堂ふみ緒が現れる。料理を作り、ふみ緒にその味を認められた者のみ入寮が許される――。創真は入寮をかけ、極星名物「入寮腕試し」に挑む!!

極星寮に住む唯一の2年生・一色慧。彼は遠月十傑の1人だった。十傑入りを目指し、創真はさっそく料理勝負を挑むが、そこで初めて遠月学園伝統の料理対決「食戟」のルールを知る。一方その頃、えりなは自分専用の調理棟の建設のためちゃんこ鍋研究会の主将と「食戟」を繰り広げていた…。

学園内の料理研究会に興味を持った創真は、恵を連れて「丼物研究会」へ見学に行く。出迎えたのは意気消沈した主将・小西ただ１人。丼研はもうじき、えりなの手で潰される運命にあると言う。丼研を潰すのが惜しいと感じた創真は、小西に代わって初めての「食戟」に挑む!!

水戸郁魅VS幸平創真の「食戟」開戦！えりなを含め会場の誰もが、ミートマスターこと郁魅の勝利を確信していた。一方の創真は、登場しただけでブーイングの嵐…。「食戟」のテーマは丼、メイン食材は肉。果たして創真は丼研を守ることができるのか!?

遠月学園高等部、最初の地獄と言われる「宿泊研修」。この合宿では連日何十人もの生徒が強制送還・退学となり、生徒数が半分以下まで減るという噂もある。研修場所は、「遠月リゾート」が経営する豪華ホテル。創真たちはそれぞれの想いを胸に、生き残りをかけた地獄の合宿へ!!

遠月OG・乾日向子の課題は「ここにある食材で日本料理を作る」こと。調味料以外は建物の周囲で確保しなければならない。合鴨を見事に捌き、一発で合格したアルディーニ兄弟。創真をライバル視するタクミは、まだ調理に入らない創真たちを挑発する。創真は「ここにある食材」という言葉である秘策を思いつき、恵とともにフィールドへ駆け出す!!

なんとか合宿1日目を乗り切った極星寮メンバー。恵は創真のサポートをちゃんとできたことで手ごたえを感じ、少しだけ自信を持ち始めていた。迎えた合宿2日目。創真と恵は、昨日１日で30人以上を退学にしたと言われる、フランス料理の天才・四宮の課題に取り組む…。

恵の退学を取り消すため、無謀にも四宮へ「食戟」を申し出た創真。四宮は創真との「食戟」を拒むが、堂島の命令で半ば強制的にこの勝負を受ける。四宮に挑む創真＆恵、しかもメイン調理は恵という条件付き！創真たちが勝てば恵の退学は取り消し。だが負ければ、恵だけでなく創真も退学することに。地下の厨房で、密かに「非公式の食戟」が始まる―！

四宮VS恵・創真の「非公式の食戟」開戦！懸けるのは、恵と創真の退学――。四宮の料理に続き、恵の料理の審査が始まる。初めて恵がメインシェフとなって作った料理。それは、四宮の課題「９種の野菜のテリーヌ」を意識した、7種の野菜の層による「虹のテリーヌ」だった！

合宿3日目の夜。創真たち極星寮のメンバーは、過酷な課題をクリアして、何とか全員生き残っていた。研修のしおりには、今日の就寝時間が書かれていない。極星寮メンバーが不思議に思っていると、召集のアナウンスが入る。堂島が疲労でボロボロの生徒たちに与えた新しい課題、それは明日の朝までに「卵を使った朝食メニュー」を考えること―！

課題合格の条件は、「卵を使った朝食メニュー」をビュッフェ形式で2時間以内に200食以上食してもらうこと。創真の「スフレオムレツ」はお客さんが手に取る前にしぼんでしまい、残り30分でまだ10食以下と絶望的な状況。創真は城一郎の言葉を思い出し、起死回生の一手に懸ける……!!

宿泊研修が終了し、生き残った生徒たちは遠月学園に戻る。そんな中、創真は帰りのバスに乗りそこねて呆然と立ち尽くしていた。一方、えりなも部屋に忘れ物をして別の車で帰ることに。運良くえりなと出会えた創真は、同じ車に乗り……。気まずい車中でえりなが語る「秋の選抜」とは!?そして極星寮では意外な人物が待っていた――。

極星寮にふらりと現れたのは、創真の父・城一郎。城一郎は遠月学園、そして極星寮のＯＢだった！「お前がどれだけ成長したか見せてほしい」城一郎は創真に料理勝負を持ちかける――。審査員はふみ緒・一色・恵の3人。創真VS城一郎、久しぶりの「親子対決」が始まる!!

創真は連休を利用して、編入以来初めて実家へ帰る。店の風通しをするだけのつもりだったが、「お食事処ゆきひら」の復活を待っていた人が押しかけ、少しだけ再オープンすることに。店内は大盛況。だが、その片隅で「すみれ商店街」の若旦那衆が俯いている。どうやら商店街の客を『駅ナカ』に取られてしまい……!?

「お食事処ゆきひら」がある「すみれ通り商店街」は、駅ナカに出来た唐揚げの専門店「もず屋」に客を奪われていた。流れてしまったお客さんを取り戻すべく、創真は倉瀬や助っ人の肉魅らと一緒に対抗策を考える。創真たちが辿り着いたキーワードは、「食べ歩きの唐揚げ」！すみれ通り商店街……唐揚げ夏の陣、開戦!!

遠月学園、１学期の終業式。学園内の掲示板には、『秋の選抜』に出場する生徒の名前が張り出されていた。創真をはじめ、極星寮のメンバーやタクミ、肉魅など、実力のある１年生たちが名を連ねる。予選のお題は『カレー料理』。創真はカレーについて話を聞くために、城一郎から教えてもらったある“先輩”のもとへ向かう。

スパイスを知り尽くす葉山と出会い、カレー料理の奥深さを知った創真と恵。『秋の選抜』に出場する１年生たちは夏休みの期間を使い、それぞれ自らのカレー料理と向き合っていた。そして迎えた試合当日。『秋の選抜』本選出場をかけた予選が幕を上げる――!!

ついに始まった『秋の選抜』の予選！生徒たちはＡ・Ｂの２ブロックに振り分けられ、調理を開始する。本選に出場できるのは各ブロック４名のみ。Ａブロックの創真は、優勝候補の葉山らが注目を集める中、マイペースで自分の調理を進める。一方、Ｂブロックでは恵が地味に作業をしていた。それまで目立たなかった恵は、ある特殊な食材を取り出し……。

『秋の選抜』予選、各ブロックの審査が始まる！Bブロックではすでに緋沙子らが高得点を出し、会場を沸かせていた。続いて北条やタクミ・イサミ兄弟、アリスも次々とオリジナルのカレー料理を披露していく。そして最後に、観客も審査員も期待していない恵のカレー料理。創真から勇気をもらって作り上げた、恵の料理とは――？

激闘が続く『秋の選抜』予選大会。Bブロックからは、アリス、緋沙子、タクミ、そして恵が本選に出場！一方、Ａブロックでは審査員の千俵なつめが０点を出し続け、いまだ高得点の選手が現れない。次に登場するのは、アリスの側近である黒木場リョウ。謎に包まれた黒木場の料理が、いよいよ姿を現す！

ダークホースの黒木場がトップのAブロック。その審査もいよいよクライマックス！ついに登場する、スパイスの天才で優勝候補の葉山アキラ。「香りの爆弾」のようなフィッシュヘッドカレーに、会場中が圧倒される。葉山の審査を終えて、一気に沸き立つ場内。そして満を持して——創真のカレー料理が登場する！