過去の大戦によって，荒廃してしまった惑星．砂漠が広がるその世界に，刀一本で渡り歩くなんでも屋・火乃香がいた．ソード・ダンサーと呼ばれた彼女は，ある夜，不思議な雰囲気の一人の青年イクスと出会う．

砂漠でイクスを拾った火乃香は，街まで送っていくことを約束する．そんな折，ザ・サードの浄眼機が火乃香の前に現われた．イクスと謎めいた会話をした浄眼機は，火乃香を試すように自動歩兵を繰り出すと，忠告めいた言葉を投げかけるのであった．

エンポリウムタウンに戻り，イクスと別れて街での仕事を片付けていた火乃香は，そこでテクノスタブーに関する不穏な噂を聞く．そんなとき，イクスを確保しようと現れた自動歩兵の部隊に，火乃香は遭遇するのだった．

無事にPSPを渡してもらった火乃香は，しかし砂漠を進んでいく途中で，ブルーブレイカーの動きをキャッチし，ザンカンの危機を察した．慌ててザンカンの元へと戻っていく火乃香は，そこでブルーブレイカーと宿命の邂逅をするのだった．

額の蒼い天宙眼を見られてしまった火乃香は，イクスに自分がザ・サードのなりそこないであることを打ち明ける．彼女はなりそこないであるがゆえに，両親を知らないまま，キャラバンで育てられたという過去を持っていたのだった．

再び火乃香の前に宿命の敵・ブルーブレイカーが現れた．怒りの激情のままに，平静な戦いができないでいた火乃香は，PSPを駆って戦うものの，次第に追い詰められ，ついにブルーブレイカーの銃口を突きつけられてしまうのだった．

夜の砂漠で野営をしていた火乃香とボギー．そのボギーの車体に1体の機甲アリが取り付いていた．攻撃してくるわけでもなく，ただ巣別れをしようと夜明けを待っている女王アリの存在を，火乃香たちは眉をひそめつつも見守っていた．

ハイペリウスでこの惑星に危機が迫っていることが判明していたころ，エンポリウムタウンに渦巻く不穏な空気を感じていた火乃香は，謎めいた美女パイフウに出会う．パイフウは，揉め事に首を突っ込んできた火乃香に興味を持つのだった．

前大戦時の最終兵器グレイヴ・ストーンによって，世界は歪曲空間に飲み込まれる危機に陥っていた．そんなとき，火乃香は砂龍の暴走の原因調査のために，自分をパートナーだという謎の美女・パイフウとともに，砂漠の旅へと出発していた．

砂漠でイクスと再会した火乃香は，ベッドでうなされたりと，どこかいつもと違う様子を見せていた．そんな彼女に，イクスは引き返すように言うのだが，誰かに呼ばれているような違和感を感じていた火乃香は，先へ進むことに迷いはなかった．

グレイヴ・ストーンの作り出したドームを目前にして，自分を呼ぶ声をはっきりと自覚する火乃香．一方ハイペリウスでは，火乃香が関わっていることに気づいた浄眼機とフィラが，火乃香がなにかをしてくれるのではないかと，淡い期待を抱いていた．

パイフウとイクスは，それぞれグレイヴ・ストーンの作り出した少年と対峙していた．そのころ，グレイヴ・ストーンの作り出したもう1人の自分と出会っていた火乃香は，人と違うことを指摘されて傷つき，さらにその刀で胸を刺し貫かれてしまうのだった．

砂漠で妖精に出会ったと言う噂が流れていたころ，しばしの休暇を取ることを決めていた火乃香は，気ままな砂漠の旅行にミリィを誘うことにした．しかしそのころ，レオンというハンターが砂漠の妖精を狩ろうと動き出していたのだった．

砂漠の旅を続ける火乃香とミリィは，しかし言いたいことを言い出せないでいる，二人の間にある漠然とした隔たりを感じていた．そんなある夜，砂漠の怪物・パンケーキにミリィが襲われ，火乃香の目の前で砂中に飲まれてしまうのだった．

ミリィのためにも不思議な狼を追って旅をする一向は，妖精ともども狼を狙う，ハンターのレオンと遭遇した．狼を守るためレオンと戦うことになる火乃香．しかし実はレオンは，火乃香を凌駕する程の凄まじい戦闘能力を秘めていたのだ．

レオンによって傷を受け，倒れてしまった火乃香．そんな彼女を心配して，自分もいつか火乃香のように，がんばって生きれるようになりたいと語るミリィを，砂漠の狼・カムイはツキカゲトンボが光の乱舞を踊る，神秘的な場所に案内するのだった．

ハイペリウスで異変が起きた．以前，グレイヴ・ストーンを破壊するために準備したワームホールドライヴァが制御不能になり，同時に，浄眼機が囚われてしまったのだ．この事態に対してフィラ・マリークは，火乃香を頼ることを決めるのだった．

囚われた浄眼機を救い出すために，火乃香とパイフウはローナ・ファウナの施設へとのり込むことになった．まるで要塞のような施設に乗り込む，危険な作戦にも動じない火乃香たちの前に，突然イクスが現われ同行を告げるのだった．

ローナ・ファウナの施設への突入で，それぞれバラバラになってしまった火乃香たち．しかし迎撃部隊との戦いの最中で，火乃香はブルーブレイカーと合流し施設への侵入をはかり，そしてボギーとパイフウはその後を追うこととなった．

合流できないまま進んで行く火乃香たちとボギーたちは，ローナ・ファウナの送り出した迎撃部隊を，苦しい戦闘を経て，何とか撃破していった．しかし敵を倒したブルーブレイカーは火乃香に向かって，なんと自分を斬れと言うのだった．

ローナ・ファウナに操られたブルーブレイカーが，突然火乃香に襲いかかるが，火乃香は斬らないでいた．自分の存在する理由を知ろうとあがいている者を斬りたくないと言う火乃香の言葉は，ローナ・ファウナの心にも衝撃を与えるのだった．

ローナ・ファウナのもとへ辿り着いた火乃香に，彼女はすべてを告げた．自分の存在意義を見つけたかったのだと語る彼女に，火乃香は自分も同じような境遇だが，頑張って生きていると告げる．その言葉はローナ・ファウナを癒すのだった．

ジョーイがテクノスタブーに抵触してしまったことを知った火乃香は，ザ・サードに管理されることに対する疑問を胸に抱き，テクノスタブーの抵触地域であり，同時にザ・サードにとっても不可侵の場所「鋼の谷」に行くことを決心するのだった．

『鋼の谷』に向かう火乃香を止めるために，浄眼機は自動歩兵の部隊を繰り出した．『鋼の谷』にあるザ・サードが不可侵にしていた特異点は，彼らにも何が起こるか分からないエネルギー体が存在する，星の中で最も神聖にして，最も危険な場所なのだ．