一見平和だが荒廃が進む世界。掃除屋のスヴェンは、知事に就任するお尋ね者のリブを確保しようとする。 だが彼が自身の特殊能力で予見したのは、暗殺されたリブの姿。 阻止を試むが、目前で抹殺者(イレイザー)にリブを殺される。怒るスヴェンの前から、姿を消す抹殺者。 その男こそ、世界の安定を目的とする秘密結社クロノスの特務部隊“時の番人(クロノ・ナンバーズ)”のNo.XIII、“ブラック・キャット”と呼ばれる男、トレインだった…。

スヴェンは仕事を求め、情報屋アネットの店“ケット・シー”へ。そこへ悪党に追われる女が飛び込んできた。 自慢の発明品で女を救ったスヴェン。エレナと名乗る女は、その腕を見込んで、武器商人のトルネオに誘拐された妹を救い出して欲しいと言う。 一方、トレインが出会った女は掃除屋のサヤ。 手から腐食液を出す能力を持つ大物賞金首、プレタ＝グール捕獲へ向かうと言う。 気になったトレインは、サヤの後を追うが…。

エレナの妹救出に向かったスヴェンが見たのは、少女に銃を向けるブラック・キャット。 トルネオも現れ一触即発の事態を、切り抜けて脱出するスヴェンたち。 エレナの正体は、泥棒請負人のリンスレット＝ウォーカー。 妹と偽った少女は、トルネオがナノテクノロジーで創った究極の生体兵器(バイオ・ウエポン)、イヴ。イヴはブラック・キャットの標的でもあった。 事の重大さに驚き、公園で策を練るスヴェンの前に、突然イヴが現れた…。

イヴのいるトルネオ邸に侵入したスヴェンとリンス。 リンスは地下研究室に潜り込みナノテクノロジーデータを回収を試みる。 スヴェンはイヴと再会するが、そこへブラック・キャットが現れた。 トルネオに命じられて闘おうとするイヴを、スヴェンが止める。 激怒したトルネオは“NS増幅振動機”を使い、彼女の体内ナノマシンを暴走させる。 体を武器に変身(トランス)させブラック・キャットと闘うイヴ。スヴェンは捨て身で飛び込むが…。

生体兵器(バイオ・ウエポン)の破壊が未遂行だと召還したクロノスの長老会に、「オレが正しいと思うように自由に行動する」と宣言するトレイン。 クリードは時の番人(クロノ・ナンバーズ)の隊長セフィリアに進言し、トレインの説得に向かう。 が、彼の実の目的はトレインと闘う事。 戦闘中、トレインの力に歓喜、高揚した彼は監視役のクロノス諜報員を瞬殺。 その後、トレインは「今のオレには必要ない」と言い、銃をサヤに預ける…。

クロノスへの反逆者とされたトレインとクリードに、それぞれ時の番人(クロノ・ナンバーズ)が迫る。 セフィリアとトレインが対峙する中、虫の大群と共にクリードの同士を名乗る道士(タオシー)、シキが乱入。 混乱に乗じて逃走するトレイン。そんな彼にサヤは「自分や大切な人を護るために必要」と、銃を返す。 翌日、“クリードからの手紙”を見つけて衝撃を受けるトレイン。 “トレインを惑わす魔女”としてサヤが狙われているのだ…。

サヤを殺されたトレインはクリードに闘いを挑むが、戦闘中にタンカーの爆発に巻き込まれる。 大ケガを負ったトレインを助けたのはスヴェンとイヴ。 標的(ターゲット)として狙われた事のあるイヴはトレインを警戒する。 そんなイヴに「てめぇだって殺し屋だ」と大人げない事を言い、スヴェンに怒られるトレイン。 イヴは隠れ家を飛び出し、クロノスの時の番人(クロノ・ナンバーズ)、No.VIIのジェノスと遭遇。彼はイヴを兵器として回収しに来たのだ…

スヴェンに救われて半年、掃除屋の仕事を手伝うトレイン。 彼に対抗心を持つイヴは、次の標的(ターゲット)の確保で勝負を挑む。 リンスには時の番人(クロノ・ナンバーズ)のジェノスが接触。クロノスに対抗する道(タオ)使いが使う“道(タオ)の力を会得できるドリンク”の盗みを依頼する。 イヴは単身、標的(ターゲット)確保に向かうが、その男・イゴールは道(タオ)使いのシャルデンとキョウコからドリンクをもらい、草木を操る能力を手にしていた。

リンスの調査で、道(タオ)使いがメンバー候補に飲ませているドリンクは“神氣湯(しんきとう)”と判明。 しかも次の狙いは、国際捜査官時代にスヴェンが逮捕した男・ギャンザらしい。 トレインは街で悪党にからまれた少女を助け、ひと目ボレされるが、実はその少女こそ道(タオ)使いのキョウコ。 彼女は仲間のシャルデンと共にギャンザのもとを訪ねていた。スヴェンは、ギャンザが能力に目覚める前に確保しようと囮作戦をたてるのだが…。

クリードが生きていた!?「彼に会いたければ３日後にサンゼルス・シティへ」とシャルデンに告げられ動揺するトレイン。 彼とクリードの因縁を知らないスヴェンも、二人を会わせる事に胸騒ぎを覚える。しかし一行はシティへ。 シティで各国首脳会談が開かれるその日、クロノスはジェノスを送り込んで警戒するが、クリードと“星の使徒”が現れ、それぞれの道(タオ)能力で、会場を混乱させる。 そんな中、トレインはついにクリードと再会する！

スヴェンたちは横領逃亡犯を確保しようとフェクタータウンへ向かうが、その賞金首は“ブラックキャット”を名乗る男に確保された後だった。 一人、街へ出たイヴは“ブラックキャット”だと言う男・ウドニーと出会う。 実力もないのに、名乗るだけで相手をビビらせ賞金首を確保してきたウドニーにあきれながらも、彼のピンチをこっそりと救うイヴ。 だが、そこへ本物の“ブラックキャット”を探す、星の使徒のガンマン・デュラムが現れた!!

星の使徒のアジトへ向かう途中、トレインが姿を消した。 スヴェンは、トレインが再び暴走するのではないかと焦る。 アジトである古城では、時の番人（クロノ・ナンバーズ）のNo.VII・ジェノス、No.V・ナイザー、No.XI・ベルーガら“地獄の番犬（ケルベロス）”が、星の使徒と激突していた。 そんな中、ついにトレインとクリードが対峙！ トレインを仲間にしようと「僕を撃って昔の君に戻るんだ」と挑発するクリードは、スヴェンたちを人質にトレインに迫る…!!

独断でトレインに接触したデュラムを抹殺するクリード。 そのやり方に疑問を感じたシャルデンとキョウコが、アジトから姿を消す。 星の使徒のドクターはナノマシンを仕込んだ特殊弾“ルシフェル”を手に、キョウコを追う。 普段は普通の女子高校生のキョウコ。危機が迫っているとも知らず、一目ボレしたトレインに想いを伝えようと特製チョコを作って彼のもとへ。 そこへドクターが現れ、キョウコに“ルシフェル”を発射するが…。

“ルシフェル”を撃たれ、子供姿になったトレインは、街でギャングにからまれる少年・ティムを救う。 親を殺され、子供だけで暮らす彼らは、住みかの廃工場を立ち退くよう、ギャングに迫られていたのだ。 仲間の少女・レイラから、ティムが親の仇を取ろうとしている事や、姿を消した元リーダーの少年の話を聞くイヴ。 トレインはティムに自分を重ね、仇でもある育ての親・ザギーネを思い出す。 その夜、ギャングがティムたちの住みかに!!

「ビッグな仕事」と聞き、フレシアタウンに来たトレインたち。 情報源のウドニーを待つ間、スヴェンはクリードに30億ゴールドの賞金がかかったと聞く。 さらにクリードを狙う“掃除屋同盟”の結成を知り、単独で調査に。ウドニーの情報はマダム・フレシアのペット探し。 半年前の写真を見て、トレインたちは軽く引き受ける。 一方、同盟を訪ねたスヴェンに、首謀者の情報屋・グリンは「クリードの居場所を知っている」と告げた。

クリードのいるクラーケン島をめざすトレインは、途中の山で霧に包まれる。 翌日、目覚めたトレインの前にサヤが!?　それは、サヤそっくりの女・サキ。霧で迷ったトレインを助けてくれたのだ。 彼女の家は数々の罠が仕掛けられ、正に難攻不落。 トレインはサキに、なぜ仲間がいないのか？や、罠についてたずねるが、彼女は、ずっとここで大切なものを守ってきたとしか答えない。 その夜、サキの家へ、謎の木人が大群で押し寄せる…!!

クリードのいる島への潜入前夜、掃除屋同盟の首謀者・グリンの正体を見抜くトレイン。彼は時の番人（クロノ・ナンバーズ）の新No.X・リン＝シャオリーだった。 クロノスに利用された事に怒る掃除屋たちは分散。 残るスヴェンたちは船を借りようとするが、「あの島は呪われている」と断られる。 一方、トレインに接触したシャオリーは「掃除屋はクロノスに勝てない」と告げ、二人は一触即発。 その時、星の使徒の刺客である怪物が現れた！

島には時の番人（クロノ・ナンバーズ）のNo.III・エミリオ、No.IV・クランツ、No.VII・ジェノス、No.VIII・バルドル、No.IX・デイビッドが奇襲をかけ、セフィリア、ベルゼーらと共にクリードの根城をめざす。 エキドナの攻撃を受け、散り散りに上陸したトレインと掃除屋たちは、星の使徒のドクターと、彼が開発した怪物達と激突。 イヴの前には風使いのリオンが現れる。彼は、イヴが旅の途中で友だちになったレイラたちの仲間だった…。

いち早くクリードの元に着いたセフィリア。 彼女の剣はクリードを貫くが、傷がふさがっていく。彼はナノマシンの力で、超再生能力を手にしていたのだ。 “己が神として君臨する楽園を創る”と宣言するクリード。 レベルアップする彼の剣・幻想虎徹（イマジンブレード）に、セフィリアも歯が立たない。 振り下ろされるクリードの剣を弾いたのは、トレインの弾丸だった。 「掃除屋として確保しに来た」と言うトレインに、クリードは逆上する！

島を離れようとしていたセフィリアとベルゼーに、突如現れたNo.XII・メイソンが反逆。 エミリオ、クランツ、バルドル、星の使徒だったシキとドクターらを加えた“ゼロナンバーズ”を率い、“究極の平和”を実現すると宣言。二人に迫る。 一方、闘いを終え一息つくトレインたち。スヴェンはイヴをこのままにしておけないと考え、学校に通ってはどうかと提案し彼女を怒らせてしまう。 そんなイヴの前にドクターが現れ、彼女を捕らえる。

クロノスに反旗をひるがえした時の番人(クロノ・ナンバーズ)No.XIIのメイソンによって、イヴがさらわれた。 リンスが連れてきたナノマシン研究者・ティアーユはイヴの写真に異常な反応を示し、「イヴを停止させないと…」とつぶやく。 彼女の話によると、ナノマシンを注入した人間を、道(タオ)の力で管理する“エデン・プロジェクト”のために、イヴが必要なのだという。 イヴはその計画のために創り出された存在だったのだ…!!

ついに機械生命体・エデンが始動。 その中枢にいるイヴは、無意識下でエデンに近づく全てを攻撃する。 ティアーユの話では、完全に吸収される前にイヴを取り除けばエデンは停止するという。 掃除屋同盟の仲間たちはもちろん、ニュースでエデンのことを知ったキョウコやシャルデン、仲間の元へ帰ったリオン、そしてセフィリアら時の番人(クロノ・ナンバーズ)と共に、トレインたちはイヴ救出を開始。空を浮遊するエデンへの侵入を試みる。

ナノテクと道(タオ)の融合による“エデン・プロジェクト”を“完璧な生態系”と語るメイソン。 かつて異大陸との闘いで、ある道士(タオシー)から道(タオ)の奥義を伝えられた彼は、計画のため密かに人材を集め全てを操っていた。 そしてその核となるイヴに様々な知識を学習させるため、逃走後も泳がせていたのだ。 攻撃を受け付けないオリハルコンの鎧を持つメイソンを相手に、窮地に立たされたトレインとスヴェン。そこへクリードが現れる…!!