西暦2000年。G機関によって訪れた新たな繁栄の一方で、姿なき侵略者による怪事件が発生していた。G機関搭載列車の消失を目撃したビリーとペニーは、空軍大尉クレイトンとともに事件の真相を追う。その最中に出会った謎の少女が告げる「インファーベル」の正体とは? 今、地球に未曾有の危機が迫りつつあった!/謎の円盤に襲われるビリーたちを救った所属不明の戦闘機。クレイトンはその操縦技術から、行方不明の部下ジェームズの存在を確信する。やがて侵略者たちは攻撃を再開。首都上空に巨大円盤が出現した。非常事態を前に世界的科学者であるブレスト博士は、ついに地球防衛組織・迷宮機関を始動させる。
地球防衛組織・迷宮機関の働きで、怪円盤群に襲撃された首都メトロポリタンは、かろうじて窮地を脱する。しかし侵略者の正体は不明で各地の防衛体制完備に遅延を来たす状況が続く。そこへ各国要人の失踪事件が発生。さらにペニーとロッタは、怪円盤ヘルメットワームに襲われ、連れ去られてしまった!/牢獄で目覚めたペニーとロッタ。二人は怪円盤ヘルメットワームに誘拐され、移動要塞島に捕らわれていたのだった。そんな二人を救出するべくクレイトン大尉やエメリーらと共に敵要塞島へと突入を試みるビリー。やがて首都近海に姿を現す要塞島。そして、その内部にある荷電粒子砲がメトロポリタンXを狙っていた。
謎の敵は人類社会へ本格的な侵略の魔手を伸ばしはじめた。捕虜の死体から再生したゾンビ兵を各地へ潜入させて、無差別破壊活動を続ける侵略者たち。次の標的は迷宮機関とその超兵器・空中戦艦インビンシブル号だった。人類の希望たる超兵器を守るため、ペニーは悲しみを乗り越えて亡き母のゾンビ兵と対峙する。/ビリーたちの前に、再び姿を現した謎の少女。彼女の言葉とともに怪しいオーロラが輝き、全世界のG反応炉は強制的に停止してしまう。その影響は衛星軌道上のインビンシブル号にまで及ぶ。ついに人類へ宣戦布告した侵略者・バグア遊星人! ビリーたちは卑劣な企みを退け、インビンシブル号を救出することができるか?
G反応炉停止を招く未知の物質エンゼル・ヘアー。その謎を追うビリーとペニーに、銀髪の怪人が襲いかかる。二人を窮地から救ったのは、不死身の男・ジェームズだった。そしてついに解明されるエンゼル・ヘアーの秘密。迷宮機関は反応炉の停止した空中戦艦インビンシブル号を救うべく、新たな作戦を展開する。/インビンシブル号を救出したビリーとペニーは、バグア遊星人の恐るべき実態を目撃する。その後、一連の事件のカギを握る少女と出会うビリーたち。一方、バグア遊星人は次なる侵略計画を進めていた。南極に出現した気象制御装置バグアタワー。極寒の氷原を舞台に、人類の命運を賭けた激戦の火ぶたが切って落とされた!
南極バグアタワーにより、刻一刻と迫る地球凍結の時。タワー攻略の手段は地中からの攻撃のみだった。凍土層の下、地底戦車スーパーモールを駆るジェームズとバグア遊星人との攻防は続く。その頃、重傷を負ったマーガレットは、ペニーらの働きで病院に収容されていた。だがそこに敵の魔手が! はたして彼らの運命は?/バグア遊星人の催眠音波の影響を受けた通称・ラジオ人間との衝突により、各地に混乱が広がっていく。一方、スチムソン教授邸にたどり着いたペニーとマーガレットは、教授が遺した研究の謎に迫ろうとしていた。ついに解明されるエレメントX、そしてインファーベルの正体。地球に今、最後の審判が近づきつつあった。
バグア遊星人はエレメントXの秘密を求め、すべてのカギを握るマーガレットを連れ去っていった。やがて月軌道上に出現するバグア遊星。彼ら遊星人は全世界の主要都市を遊星爆弾の標的とし、人類に全面降伏を勧告する。最後の戦いを決意したブレスト博士は、ついに宇宙戦闘機・ユニバースナイトの発進を指示するのだった。/遊星攻略の手段とは、惑星推進装置の破壊だった。クレイトン大尉の尊い犠牲を経て、宇宙に飛びたつユニバースナイト。一方バグア遊星へ連行されたペニーは、マーガレットと再会する。遊星人が求めるものとは、ペニーが解明したエレメントXの秘密だった。地球の未来に待ち受ける運命、そこにあるものは絶望か希望か?