時は2015年。最新の技術力で作られた人工島にある科学省の長官・山之上博士は、史上最強のロボットを作るべく、日夜その開発に明け暮れていた。だが、一向に満足するものが出来上がらない。そこで山之上博士は、科学省外部にいた川下博士に、高性能の人工頭脳の制作を依頼した。こうして日本の科学技術の粋を集めた少年ロボット・ジェッターマルスが誕生する。しかし、誕生したばかりのマルスはまだ何も知らない子供。どのように教育すべきか、山之上博士と川下博士の意見が真っ向から対立してしまう。あくまでも日本の平和を守る戦士として厳しく育てようとする山之上博士と、人間と同じ心を持ったロボットにするべきだと考える川下博士。本当の強さとは何か? マルスは様々な事件を経て成長してゆく。
科学省の山之上長官は、盟友・川下博士の協力を得て、新型ロボットのジェッターマルスを完成させる。
勉強がイヤで家出したマルスは、ロボット専門の密輸団に捕らえられてしまう。
マルスは科学省の復興式で、プロファイターのマッドマスクと闘うことになった。激闘の勝敗やいかに?
マルスは出会った子犬を自分の弟として可愛がる。だが、その子犬には重大な秘密が隠されていた…。
マルスは町でロボット専門の芸能プロにスカウトされる。ベタ褒めされたマルスは、すっかりその気になってしまい…。
宇宙から来た少女・ドリーと出会ったマルス。彼女を狙う炎博士と、マルスは戦闘ロボ・スターコングを使って対決する。
町にギャング団が現れた。そんな折、美理が行方不明になってしまう。果たして美理はどこへ消えたのか…?
新型爆弾の実験中、山之上博士が生死不明になってしまう。そして、科学省には新長官の田鷲が赴任して来る。
父を失って落ち込むマルス。そんなマルスを利用しようと、ある悪人がまた一人姿を現す。
マルスの弟ロボット・メルチが誕生した。だが、マルチはいたずら者のメルチに手を焼く。
学校に行くことになったマルス。だが、入学早々、メイスン率いるロボット強盗団を追うことに。
謎の冷凍球体が出現。マルスはロボット嫌いの秘密諜報員・ジャムボンドと合同捜査にあたることになる。
マルスのクラスに、可愛らしい少女ロボット・ハニーが転校して来た。だが、彼女には人には言えない秘密があった…。
夜間に若い男女が襲われ、さらわれる事件が続発する。犯人はさらに川下博士に狙いを定める!
科学省に脅迫電話が入った。川下博士は、その声に聞き覚えがあった。電話の主の正体とは…?
未知の星・ジプシー星に向かった探検隊が怪物に教われた。マルスたちが救援に向かうが…。
遠足に行ったマルスは、そこで侍の幽霊が出るという噂を聞きつける。早速、幽霊退治に向かうマルスだったが…。
トースター島に、古代マウ文明のタイムカプセルがあることが判明。発掘隊が派遣される。
名門校であるセント・アブサン学院の女生徒、アグネス。彼女に恋をしたマルスは、さっそく家に招待する。
仁博士の新発明である電子回路。それを取り付けられたマルスは、侠気溢れるヤクザの若親分になってしまう。
マルスは公園でジョー アスナロと名乗る男に出会う。彼はロボットによるボクシングである「ロボシング」のチャンピオンだった。
川下博士は親友の月丘博士から、息子のタケシとマザーロボットのマユミを預かることになるが…。
突如、行方不明になったメルチを捜すマルス。探索の最中、彼はアメリカ製のロボット・アディオスに出会う。
少女ロボット・サロミは、川下博士を訪ねる。ロボット博士・セシモの手による電子頭脳を修理してほしいというのだが…。
川下博士について長野県の山に向かったマルスは、そこで耕作という不思議な少年に出会う。
川下博士に失望して家出したマルスは、山中でアディオスと再会する。そして、その先に待っていたものとは…?
ロプラス国の大統領を守ることになったマルス。しかし、大統領には重大な秘密が隠されていた…。
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