謎の声に導かれ、４年の眠りから目覚めたコタローは、ガンマ団本部をモーターボートに乗って抜け出す。ところが、足の生えた奇妙なタイの大群に遭遇し、船もろとも海に飲み込まれてしまった。やがて目を覚ましたコタローの前に現れたのは、パワフルチミッコ・パプワくんと家政夫リキッドだった。しかしコタローは記憶を失っていたため、かつてパプワ島を崩壊寸前にまで追い込んだ張本人だと気付いたリキッドによって、ロタローと名付けられてしまう。

パプワたちに連れられて朝食を採りに来たコタローは、ドクツルタケのコモロくんに出会う。コモロくんの高飛車な態度にキレたコタローだったが、コモロくんと大乱闘するうちにコモロくん発する怪しげな粉を浴び、夢見心地になってしまう。その頃、逃げたコタローを連れ戻すためにガンマ団からパプワ島へ刺客が送り込まれようとしていた。

パプワ島にガンマ団の刺客・アラシヤマがやってきた。早速コタローの前に現れたアラシヤマだったが、コモロくんの邪魔もあってリキッドに追い返されてしまう。アラシヤマは何とかコタローを連れ戻そうとあの手この手を使って接近しようとするが、全く相手にされないため、ついにはリキッドに一対一の勝負を挑んでくる。

おかずを取りに海へやって来たコタローたち。リキッドが海底で見つけたという大きな真珠を探しに、コタローは浜辺に落ちていた潜水スーツを身に付け、パプワと一緒に海に潜る。初めて潜るパプワ島の海で色とりどりの生き物やサンゴに目を奪われるコタローの前に、やがて巨大な貝が姿を現す。

ある日パプワ島にかつてリキッドが所属していた元ガンマ団・特戦部隊が突然現れた。彼らの恐ろしさを身をもって知るリキッドは、突然のことに恐れおののき錯乱する。そこへ遊びから帰ってきたパプワたち。リキッドのあまりの錯乱振りに呆れて気絶させる。コタローは散らかっている部屋でリキッドのアルバムを見つけ、中を覗いて見るとリキッドの想い出がいっぱいに詰まっていた。

今日は一年に一度のパプワ島のお盆の日。島中のナマモノたちが集まり、みんなで力を合わせてご先祖さまたちを呼び出すと、ナマモノゾンビが土の中から現れる。最初は驚いていたコタローもみんなの楽しそうな雰囲気に馴染んでいく。ところが、傍らで様子を見ていた特戦部隊のロッドがナマモノゾンビに付きまとわれたことに腹をたて、お盆を台無しにしてしまう。

アラシヤマに引き続き、ガンマ団から新たな刺客が送り込まれてきた。ミヤギ・トットリ・コージ、かつてともに前のパプワ島にもやってきていた三人だ。パプワハウスを訪れた３人だったが、パプワたちは海水浴に出かけており、代わりにそこで特戦部隊の面々と遭遇してしまう。絶対絶命の中、ミヤギの『生き字引の筆』で変装して難を逃れようとするが、、、

トットリ、コージとはぐれてしまったミヤギは、アラシヤマと協力してコタローを連れ戻そうとする。記憶を無くしているコタローの胸に『生き字引の筆』で「小太郎」と書いて記憶を取り戻させようと企み、機会をうかがう。そして、特戦部隊も入り混じったごたごたの隙に、ついにコタローに文字を刻むことに成功する。その瞬間、コタローの封印された力が暴走を始め、、、

パプワ島にコタローを狙って新たな人間たちが上陸した。その名も心戦組！局長・近藤イサミは、コタローの父であるガンマ団元総帥・マジックにただならぬ恨みを持ち、その復讐をコタローにしようと考えていたのだ。何も知らないパプワとコタローは、偶然出会った彼らをパプワハウスに招待してしまう。心戦組のねらいを知ったリキッドは、コタローを守ろうとするが、心戦組十番組長・原田によって窮地に追い込まれてしまう。

すっかりウマ子に気に入られてしまったリキッドは、ショックで家事にも身が入らなくなってしまう。困ったパプワたちは魔法薬屋に『もてない薬』をもらいに出かけることにした。一方、イトウとタンノにつきまとわれていた土方も、『もてない薬』の話を聞きつけ、リキッドたちの後をつける。一行がたどり着いた魔法薬屋で待ち受けていたのは、コウモリのテヅカくんとチワワのタケウチくんの胸キュンアニマルズだった。

ある日、コタローがひどい虫歯になってしまった。魔法薬屋に薬をもらいに行くことになったのだが、パプワもリキッドも行けないので、かわりにチャッピーが行くことに。意気揚揚と魔法薬屋に向かうチャッピーだったが、その道すがら色々な邪魔が入り、なかなか魔法薬屋にたどり着くことが出来ない。ついには崖崩れに行く手を阻まれてしまい、途方に暮れるチャッピーだったが・・・

今日はパプワ島恒例の「雛キング杯」。その年のおひな様を決める競争なのだ。おひな様になると、一日島の女王様となってみんなになんでも命令できると聞いて、コタローは張り切って参加する。一方、リキッドをだましてコケシから脱出したアラシヤマも「雛キング」を目指して参戦、コタローの行く手を邪魔する。やがて、三人官女に扮した心戦組とアラシヤマとの戦いに巻き込まれたコタローが秘石眼を発動して――

今日は「パプワ島　男潮ビーチバレーボール大会」の日。賞品がクボタくんの卵一年分と聞いて家計が助かるとリキッドは大乗り気。同じく自給自足の生活で苦労している心戦組の土方と意気投合しペアを組むことに。なみいるナマモノペアを次々と倒し、むかえた準決勝の相手は、やめられない、止まらない、フジイくんとキムラくんの『カッパアンド海老戦隊』。　試合はリキッドとキムラくんの一騎打ちになり一進一退の攻防になるが――

今日はパプワ島の端午の節句。浜辺には武者人形に扮したナマモノたちや思い思いの鎧を着込んだ特戦部隊や心戦組の面々が集まって、男児（オットコ）祭りで賑わっていた。祭りの途中で現われたオットコ祭りの神様に、男児気（オットコギ）を試される「オットコ試し」を命じられたロタローは、パプワ、チャッピーとともにたらいに乗って海にくり出すが、海の番人と化していたアラシヤマに行く手を阻まれる。

オットコ祭りの神様・オットコ主に命じられたオットコ試しのために『オットコの穴』にやって来たコタロー、パプワ、チャッピーは、そこでイカの下半身を持つ美青年・ウミギシくんに出会う。ウミギシくんの自己犠牲に助けられて難関をクリアしていくコタローだったが、途中トラップに引っかかってしまったためパプワくんたちとはぐれ、一人になってしまう。出口を探し疲れて眠ってしまったコタローは幼い頃の夢を見て・・・

今日はパプワ島の父の日。普段、家事全てをこなしているリキッドの労をねぎらってやろうと、パプワたちは張り切って色々なプレゼントを用意する。しかし、どれもこれもリキッドには迷惑なことばかり。挙句の果てには身動き取れない状態でハーレムたち特戦部隊の待つ家へと連れて行かれてしまう。恐怖におののくリキッドだったが、中に入ると意外にも和やかな雰囲気で紅茶をすすり、各々の父の思い出を語るハーレムたちがいた。

雨により『生き字引の筆』で書かれた文字が消え、ようやくコケシの状態から脱出することが出来たミヤギたち３人は、ひとまずガンマ団本部に戻ることにした。しかし妹のウマ子のことが気になるコージは、一人パプワハウスに戻り、ウマ子が想いを寄せるリキッドに無理やり勝負を挑む。一方、ガンマ団本部ではコタローを逃がしたことでシンタロー嫌われることを恐れるマジックが、シンタローの帰還に恐々としていた。

ウマ子にケガをさせられて家事ができなくなったリキッドの代わりを雇うことにしたパプワたちは、家政夫代理選手権を開催する。すごいバイト料が出ると聞きつけたハーレムたちや心戦組の面々はお互いにライバル心剥き出しでレースに臨む。一方、久しぶりに家事から解放されたリキッドは束の間の休息を喜ぶが、次第に自分が用なしになるのではないかと不安にかられ、レースの様子が気になりだす。

今日はバレンタインデー。リキッドは特製のチョコレート菓子を用意するが、あっという間にパプワたちに食べ尽くされてしまう。おかわりをせがまれたリキッドは仕方なくパプワたちと一緒に材料のカカオを採りに森へ向かった。一方、リキッドのために身を削ってチョコレートを作ろうとしたウマ子だったが、カカオが無いことに気付き、やはり森へと向かう。そこでみんなを待ち受けていたのは・・・

アラシヤマと久々の再会を果たしたコージ、ミヤギ、トットリの３人は、見殺しにされたことを根に持ち、仕返しをしようとする。身の危険を感じたアラシヤマは、とっさにガンマ団の士官学校時代の思い出話を始めた。士官学校の入学式の日、それまで修行のためにマーカーと二人きりで山暮らしをしていたアラシヤマは、いきなりの奇妙な連中との遭遇に仰天する。それは、若かりし日のコージ、ミヤギ、トットリだった。

今日はパプワ島の七夕祭り。思い思いの願い事を書いたパプワたちは短冊を飾りに出かける。パプワ島では短冊を飾る場所が決まっているのだ。一方、リキッドへの想いを込めた短冊を書き上げたウマ子も、イトウくんたちに短冊を飾る場所を教えてもらい、飾りに出かける。その頃ガンマ団本部では、コタローがいなくなった事を知ったシンタローが、コタローを捜しにパプワ島へ出発しようとしていた。

島中のみんなの短冊を背負ってジャイアントイッポンダケを登り始めたリキッドは、その途中ジャイアントパンダのセキノくんに遭遇し、登るのを邪魔されてしまう。しかし、そこに恋の短冊を握り締めたウマ子があらわれなんとか危機を脱出する。ようやく頂上にたどり着いたリキッドだったが、やはり短冊を飾りに登って来たミヤギ、トットリ、コージがあらわれ、リキッドの邪魔をしようとする。

ついにパプワ島へ戻って来たシンタローを島のナマモノたちは大歓迎する。早速コタローを捜し始めようとするシンタローだったが、連れ戻されるコタローのことを心配するリキッドに、ガンマ団に戻って本当にコタローは幸せになれるのかとつめよられ、喧嘩になってしまう。しかしそこへ、パプワ、チャッピー、そして遅れてコタローがあらわれ、シンタローは我を忘れて駆け寄っていく。ところが、シンタローを見たコタローは――

久しぶりにパプワハウスを訪れたシンタローは、コタローのことを相談するためにパプワを連れ出す。一方、リキッドはハーレムに連れ出され、特戦部隊に戻って鍛えなおせと命令される。キンタローたちとともにパプワハウスに残されたコタローは、いつまでたってもパプワ達が戻って来ないことに業を煮やし、チャッピーとともにパプワハウスを抜け出してパプワ達を探しに出かけ、ジャイアントイッポンダケに登るが――

コタローに真実を告げる決意をしたシンタローは、コタローと二人で海辺へと向かう。しかし道すがら、記憶をなくしながらも島に馴染んでいるコタローを見て、シンタローは決意を鈍らせる。海辺についた二人はそこで『ノアの方舟』を見つけ、方舟の中へと入るが舟が突然崩れ落ち、逃げ遅れたシンタローは木材の下敷きになってしまう。さらに追い討ちをかけるように火が出て森にも燃え移り、それを見たコタローはパニックに陥る。

記憶を取り戻したコタローは自分が第一のパプワ島を破壊しかけたことも思い出す。そして島のみんなに迷惑をかけたことの罪の意識にさいなまれ、茫然としながら島を徘徊する。やがて、偶然たどり着いたパプワハウスの前でパプワ達に見つかるが、もう島にいられないと考えたコタローは、わざと悪態をついてパプワハウスを後にしてしまう。飛空艦に戻ったコタローはシンタローにこらえていた思いを涙ながらに語る――