好奇心はおう盛で、怖いもの知らず。子供扱いされるのが大嫌いな少年が沖田総司との試合に挑む。勝てば新撰組の一員になれるのだ。「強くなれるなら…。俺は、新撰組の市村鉄之助になる！」打たれても立ち上がり沖田のスキを必死に狙うが、真剣勝負のはてに狂気の眼差しに変わった沖田の一撃が鉄之助の胴をつらぬき…。

新撰組入隊を認めてもらうために屯所の玄関先に座り込んで動こうとしない鉄之助は、雨にぬれながらも必死に訴えつづける。「小せぇくせに、度胸だけは一人前って眼しやがって…」とうとう土方は鉄之助を受け入れる。しかし鉄之助が与えられた役目は土方の小姓だった。納得がいかない鉄之助は不満の言葉を沖田にもらす…。

烝へのライバル心から、バレバレの女装をし彼の後をつける鉄之助。苦無を突きつけられ烝に責められる。鉄之助がムシャクシャしていると、数人の浪人が少女に因縁をつけていた。くってかかる鉄之助だったが、帯刀を許されない小姓の身分だけに、ピンチに追い込まれる。非番の沖田たちが偶然通りかかり事態は収まるが…。

頻発する不審火災の原因を調べていた土方は、その黒幕が長州藩士の吉田稔麿だと考えた。そんな中、この世ならぬものの声を聞くことの出来るという三番隊隊長の斎藤一のあとを鉄之助はおう盛な好奇心を押さえられずについて行ってしまう。そして、切っても起きあがる浪士たちによって斉藤は窮地におちいり…。

島原から朝帰りの山南敬助と初めて会う鉄之助。心優しい印象が鉄之助のホンネを引き出す。そんな鉄之助の気分を換えてあげようと、あゆ姉は買い物を頼んで街へ送り出す。すると数日前に助けた少女に再び出会う鉄之助。沙夜も両親を亡くした身寄りだが、強くなって仇を討とうとする鉄之助にココロの声を届けようとする…。

土方の留守中に新撰組隊士たちの武芸大会が開かれた。槍術勝ち抜き戦では原田左之助が文句ナシの一人勝ち。そんな中、道場では鉄之助が沖田に一試合申し込む。自分の胸のうちを沖田にぶつける鉄之助。…剣をとったところで人を斬ることなんてできない、と。答えを見つけようと焦る鉄之助に、沖田が語りかける…。

刀商の備前屋で一本の脇差に伸びる二本の腕。再会した鉄之助と鈴だが、店内で騒動を起こしてしまう。さらには来店していた侍の中山を怒らせる始末。仲介に入る辰之助の切切たる長広舌は圧巻。だが鈴は、そんな辰之助の兄という存在に想いがめぐる。鈴は吉田稔麿にある優しさと残忍さとの両極的な性格に戸惑っていた…。

土方に差料が欲しいと願い出たものの、呆気なく断られた鉄之助。近藤のお遣いで神社の出店へ行く鉄之助は黒飴屋の前で沙夜とハナに出会う。輪投げ屋で当てた景品は、沙夜が欲しがった瀬戸物の子豚でもなく、ハナが欲しがった赤いカンザシでもなく、オモチャの刀。お詫びにと鉄之助はオモチャの刀を差し出すが…。

鉄之助と辰之助は土方から兵庫港へ荷物を取りに行くように言いつかった。だが、鈴を見かけた鉄はあとを追って兄とはぐれてしまう。鉄と鈴は迷子になりながらも辰がいる船着き場にたどり着く。鈴と別れて船旅の半ばで大阪の枚方宿にいた時、坂本竜馬が現われる。鉄は亡き父、龍之介の面影と重なる坂本を追いかけて…。

一年前、近藤たちと行動をともにして芹沢鴨を暗殺した一件は、山南の心に深い傷を残した。ある時、見回り組が浪士に襲われたという一報で現場へ行く土方と沖田を追う山南だが、そこには陰陽師の布瑠部神実と彼が操る武装した巨人、膕が待ち受けていた。布瑠部の呪術により、山南は敵の膕に亡き芹沢の姿を見てしまい…。

スカウトと称して壬生屯所に坂本龍馬が侵入した。偶然通りかかった沖田にラブコールを送りつつ、一戦を交える龍馬は、平隊士たちの包囲網を突破し、辰にその名を告げて去っていく。入れかわりに家事手伝いの募集に応えて新撰組にやって来た、ほたるという少女。沖田のファンでオッチョコチョイな性格の彼女だが、実は…。

屯所前を道行く若い母親とその娘。鉄はその娘の姿に沙夜の面影を重ねる。この様子を見ていた永倉、原田、藤堂は、鉄が若い母親に憧れを抱いていると誤解する。膨らむ誤解の種は山南にも及び、鉄の小姓仕事をねぎらうための島原遊行へ発展。大勢の芸者に囲まれ、可愛がられ、恐怖でビビる鉄！ 辰之助、…いざ島原へ！

身分を隠そうとする沙夜。しかし鉄は純粋に沙夜に会いたかったのだと告げる。座敷で仲良く遊んでいるところへ、鈴が現れる。鈴は吉田に先立って、芸者として素性を隠す、くノ一の明里に会いに来たのだ。何かといがみ合うが、似た者同士の鉄と鈴。立ち去ろうとする鈴を、鉄と沙夜は引き止め、三人で遊んでいたが…。

鉄之助は島原での一件以来、押し入れの中に閉じこもってしまった。一方、山崎烝は敵方に正体を暴かれた責任を感じて自刃の覚悟を決めるが、姉の歩から諭されて思いとどまる。そんな歩は弟に代わって、偵察の仕事を請けに土方のもとを訪れる。そして鉄に、歩は弟、烝の良き友人になって欲しいと、涙ながらに語りかけて…。

阿鼻叫喚の巷と化した新撰組…。原因は豊玉発句集という名の俳句集にあった。沖田の手から鉄之助に託された句集は、なんとも珍妙な俳句の数々が収められていて、思わず吹き出してしまう作品ばかり?! 持ち主である土方が奪還のため、鬼のような表情で大追跡劇が始まった。そしてようやく奪取し、一安心の土方だが…。

才谷屋と名乗る男が桝屋を訪れた。長州藩浪士のリーダー、吉田稔麿との会見に望むその男は坂本龍馬である。龍馬は持論を掲げて過激な吉田の思想を改めさせようとするが、吉田の意志は変わらない。一方、京都見廻組の役人が襲撃される事件が起こる。その犯人は、沖田に瓜二つの人斬りである夜毎屋の吉三郎だった…。

暗躍する夜毎屋の吉三郎が屯所に侵入。沖田と見間違えた土方が襲われるが、斉藤の助太刀によって難を逃れる。しかし吉三郎を捕り逃がす。追跡捜査する土方、沖田、斉藤は青蛾中将邸にたどり着くが、布瑠部の術によって八門遁甲の陣に捕らわれてしまう。ピンチを救ったのは、あとをつけて来た、意外な人物…？

鉄之助は、山崎歩が一週間も屯所に帰っていないことを心配し、その理由を聞きに烝に詰め寄るがまともにとりあってもらえない。烝は姉の身を本当は心配していることを鉄にさとられないように感情を隠しているのである。一方、長州藩浪士の屋敷に弓と称して潜入していた歩だが、すでに桝屋にその正体がバレていた…。

長州藩浪士に接近し、情報を探っていた歩が正体を知られたうえに浪士たちに襲われた。新撰組が救助に出動する時も烝はかたくなに心を閉ざそうとするが、鉄之助から姉の遺言を聞くと単独で行動を始める。雨の路上で、息絶えた姉を前に立ちつくす烝。そして、烝は初めて鉄之助に心を開き、涙を流して友情の暖かみを知る…。

早朝、死んだはずの歩が桝屋を訪れた。それは姉に変装した弟の烝であった。新撰組は桝屋喜右衛門と屋敷に潜伏する長州藩浪士たちを次々に逮捕する。遅れて現場に駆けつける鉄之助は途中で鈴に再会するが、案内された廃屋で突然刀を向けられる。そこへ吉田稔麿が現れ、鉄を押し入れに追い込み、屋敷に火を放ち…。

土方が桝屋こと古高を執拗な拷問にかけ、京都に潜伏する浪士たちの陰謀を吐かせることに成功した。近藤以下、祇園会所に集合する新撰組の隊士たち。一方、鉄之助は再び押し入れに閉じこもってしまった。土方の命令で、鉄之助に隊服と差料を届ける烝が説得を試みるが、ショックから立ち直れない鉄之助は、心を閉ざして…。

かたくなに心を閉ざし、他人との接触を拒絶する鉄之助。事情を何も知らない沙夜が見舞いに訪れていることを知ると、何かに触発されたように正気に返り、甲斐もなく帰りかける沙夜を引き止め、出陣の意志を告げる。元治元年六月五日の夜、池田屋の空に打ち上げられた照明弾で一路、鉄之助は歴史的事件の渦中に向かう…。

元治元年六月五日、夜。池田屋を舞台に繰り広げられた新撰組と長州藩浪士たちの死闘は終焉を迎えようとしていた。別動隊の土方たちが到着した時、彼の小姓鉄之助は一人吉田に立ち向かっていた。一方、長州藩邸に援兵を呼びに向かった鈴だが、邸内からは何の反応もない。失意の鈴が池田屋の裏庭に戻ると、そこには…。

池田屋事件の翌日、祇園祭で賑わい、警戒中の隊士たちも祭り気分で心が踊っていた。鉄之助は辰之助、烝と一緒に祭り見物に出かけたが、沙夜を誘おうと島原の揚屋へ向かう。辰兄と烝は一昨日の不和を解消、仲直りをする。一方、揚屋を訪れた鉄は、「刀は抜いても…絶対…ずっと…殺さないから」という約束を沙夜にして…。