インフェリアとセレスティアという対面する2つの世界。その両世界が衝突してしまうグランドフォールを止めるべく、リッド、ファラ、キール、メルディはインフェリアの最高峰であるファロース山を目指して旅をしていた。その道中、獲物を捕りに1人で森へと入ったリッドは、そこでコリーナという詩人に出会い…。

マローネと名乗る女性に連れ去られたリッド。そして海洋都市のベルカーニュに連れて行かれた彼は、その女領主であるエクスシアに謁見し、｢海の悪魔｣と呼ばれるモンスターを退治することを誓わされる。一方、マローネが野宿した後で触書を発見したファラたちは、リッドを取り戻そうとベルカーニュを目指していて…。

｢海の悪魔｣を倒したリッドたちは賞金を手に入れた上に、ウラヌスという高級宿屋に滞在することになった。そこにはマローネとコリーナも滞在していた。ファラは明日にでも出発しようと旅の準備を急がせるが、一向に準備をしようとしないリッドたち。そんな彼らの態度に怒ったファラは、1人で荷造りを始めるが…。

巨大ハリケーンで島の船が損壊し、ベルカーニュを離れられなくなってしまったリッドたち。そこで、ファラはマローネに飛竜のバロッサを貸してくれるよう頼みに行くが、理由も言わず断る彼女の態度に怒ってしまう。そしてついに口論となる2人。それを止めたプラティアは、ある方法で決着を着けることを提案して…。

一刻も早くベルカーニュから旅立つため、ファラの提案でリッドたちは船を造ることになった。だが、造船ラッシュにより材木の値段が跳ね上がったせいで、船を造ることができずに落ち込んでしまうファラとメルディ。そんなメルディを励ましたコリーナは、材木を買うお金を稼ぐために2人でアルバイトをしようとするが…。

結局、定期船の再開を待つことになってしまったリッドたち。そんな中、ウラヌスのお風呂が故障中だということで、ファラたち女性陣は観光地図を頼りに山の中にある温泉を目指すことになった。その地図に以前見つけたメルニクス文明の遺跡が載ってないことに気づいたキールは、リッドと共に旧市街へと調査に向かい…。

猟師の網にかかった黒竜王グリッド、黒豹のジョン、黒バラのミリーと名乗る3人を助けたリッドとファラ。｢漆黒の翼｣という世界を旅する勇者たちなのだというグリッドによって、リッドはその団員に加えられてしまう。そして、キールから謎の遺跡のことを聞き出したグリッドたちは、その遺跡に向かうが…。

キールは、この島がセレスティアと何らかの関係があることを確信した。それは謎の遺跡だけでなく、近くにいる仲間の強い感情に反応するメルディのエラーラが光るのを目にしたからだ。一方、エクスシアは、女性から男性への愛の告白が許される｢海祭り｣を復活させるというおふれをベルカーニュ全域に出して…。

リッドは、東の入り江でプラティアや露店商人のミニマと共にクレーメルダスト現象で光り輝く海を眺めていた。2人の｢向こうの岬に行くと、もっと見晴らしがいい｣と言う言葉を聞き、岬への道を案内してもらったリッドは、2人を追い越して1人で岬に立つ。その背後に短剣を手に持った白銀仮面と赤銅仮面が立っていて…。

インフェリアの滅亡を目論む｢ネレイドの福音｣。それはおよそ2000年前の極光戦争の際に、インフェリアへとやってきたセレスティア人の子孫からなる秘密組織だった。その首領である黄金仮面に大晶霊を奪われてしまったリッドたち。彼らは一時身を隠すため、気を失ったコリーナを連れて近くの無人島へと向かうが…。

大晶霊を手に入れた｢ネレイドの福音｣は、黄金仮面の指揮の元、インフェリアに対する総攻撃の準備を進めていた。そんな中、目を覚ましたコリーナは、母親が実の母ではなく、自分の持つ特殊な力を使うために利用していたに過ぎないというリッドたちの話を聞いてしまう。その話にショックを受けたコリーナは…。

極光戦争の折りにセレスティアからインフェリアに運び込まれた最終兵器｢制裁の楔｣。｢ネレイドの福音｣は、その最終兵器に搭載された長距離晶霊砲によって、インフェリアの王都を破壊しようとしていたのだ。それを止めるべく、キールは黄金仮面から盗み写したメルニクス語の暗号で書かれた古文書の解読を急ぐが…。

ついに｢制裁の楔｣から長距離晶霊砲が発射された。そのあまりにも強大な威力に絶句してしまうリッドたち。彼らが見つめる中、｢制裁の楔｣は王都を射程距離圏内に収めるため、移動を開始する。世界を救うべく｢制裁の楔｣に接近したリッドたちは、外壁に開けた穴から移動要塞内部に突入する！