「ケロロ小隊 絶好調! であります」ケロロは小隊の隊歌を作り、音楽で地球侵略を目論む。そして、学校の放送室をジャックしたケロロは、隊歌を流そうとするが…。/「ケロロ小隊 大共鳴! であります」共鳴コンクールの記事を見つけたケロロ。優勝すれば侵略予算アップという特典に目がくらんだケロロは…。

「ケロロ 合体!ケロロロボ であります」お揃いの専用ロボをクルルに作ってもらったケロロ小隊。彼らはペコポン侵略に乗り出そうとするが…。／「ケロロ 侵略!桜最前線! であります」夏美は秋と一緒にお花見に行けることになり、ウキウキしていた。それを聞いたケロロは、花見の場所取りに行くのだが…。

「プルル 看護長におまかせ! であります」プルルにより、小隊の健康診断が行われた。それぞれ問題を抱える小隊の面々に、プルルは治療を施すが…。／「夏美 今日の占い であります」毎朝、テレビの星占い番組をチェックしている夏美。それを見たケロロは、占いを利用して夏美をコントロールしようとするが…。

「ケロロ 過去の栄光 であります」突然、ケロロの部屋に侵略カウンターが降って来た。24時間以内にケロロ小隊の活動内容を報告書を提出せよ、とのことなのだが…。／「ギロロ 禁断の記憶 であります」インチキ活動報告がバレてしまったケロロ。プルルにどんな活動をしていたのかと聞かれたケロロは…。

「ケロロ 白熱!カードバトル であります」トレーディングカードが流行っていることに目をつけたケロロ。自分たちでトレーディングカードを作り売り出そうとして…。／「ケロロ 狙われた小隊 であります」地球に馴染んでしまったケロロたち。だが、実は地球に彼らが来た時から、何者かに監視されていた!?

何者かが西澤邸へ向かって来ており、親衛隊にガードされた桃華たち。だが、侵入者はいとも簡単に親衛隊を突破し、刻々と近づいて来て…。

突然やって来たサイケな宇宙人の『プタタ』が、色々な物に絵を書いて実体化させていた。それを侵略計画に利用できそうだとケロロは考えて…。

ケロン星のおもちゃ『チビケロハウス』を使って、手作り感のある秘密基地を作ったケロロ。その基地でケロロは、ギクシャクしてしまった小隊の結束を固めようとするのだが…。

「夏美 さよならサブロー であります」『623の俺ラジオ』が終了する話を聞いた夏美。その番組を大物プロデューサーに気に入られ、623が海外に行くらしいのだが…。／「冬樹&アリサ 雨の怪物 であります」冬樹の周りだけ常に雨が降っているという現象が起こった。そんな冬樹の前に、アリサが現れるが…。

「ケロロ ニョロロ滅亡? であります」ニョロロから逃げようと超空間ゲートに逃げ込んだケロロ小隊。だが、彼らは偶然出来たワームホールに入ってしまい…。／「ラビー お嫁に行きます! であります」空き地にいたラビーを見かけた556。そこで、556はラビーが結婚を申し込まれているのを目撃してしまう!

「クルル 臨時隊長 であります」入院したケロロに代わり、臨時で隊長となったクルル。彼は、ペコポンに来た違う星の大使を接待するが…。／「小雪 普通猛特訓 であります」小雪は、ケロロたちの『普通になろう教室』を試すことにした。だが実際は、ケロロたちが小雪をペコポン人スパイに鍛えようとしていて…。

「ケロロ くだけ!ウエットルロボ であります」ウェットルキングで夏美を攻撃するケロロ。だが、以前のウェットルキングとはどこか異なっていて…。／「ケロロ 突撃!ウエットルヒューマン であります」夏美に敗れ去ったウェットルロボ。そこで、ウェットルロボは弱点を改良して、再度、夏美に襲いかかるが…。

「556 カップメンの作り方 であります」ラビーがスーパーの福引きで当てたカップ麺を持って来た。だが、初めて見るカップ麺に556は…。／「ケロロ 攻略!クロスワード であります」クロスワードで景品を当てた冬樹。それを見たケロロは、景品欲しさにケロロ小隊を集めてクロスワードに挑むが…。

「ケロロ 期間限定大侵略 であります」ケロロは、クルルに『開運! 何でも限定ガン』を作らせた。そして、ケロロは何でも価値があるように見せまくるが…。／「桃華 七夕限定の私 であります」七夕パーティーに冬樹を誘った桃華。その中で、彼女は七夕の年に一度しか会えない故の結びつきの限定効果を知り…。

「ウレレ 電車の王様 であります」売れっ子侵略者のウレレがケロロの前に現れた。ウレレは、ある侵略方法を試すためにやって来たと言うが…。／「ギロロ 美少女と液体ケロン人 であります」突然、シュララ軍団の攻撃を受けたギロロ。ギルルの放った液体によって、体が液体化してしまったギロロは…。

「冬樹&ケロロ あばけ!七不思議 であります」学校の怪談話の中で、まだ調査中の話を冬樹から聞いたケロロ。その謎を解明しようと考えたケロロは、学校へ向かうが…。／「プルル&散世 秘密の友達 であります」久々に日向家へと遊びに来たプルル看護長。そこで彼女は、天井裏に潜んでいた散世と出会い…。

「タママ 理由なき反抗 であります」突然、あからさまに態度が悪くなったタママ。冬樹と夏美は、反抗期になったらしいタママを更生させようとするが…。／「クルル と お留守番? であります」ケロロは、クルルだけを置いて宇宙船で出かけてしまった。クルルと留守番をすることになった冬樹と夏美は…。

今年の夏も土井中海岸にやって来たケロロたちは、そこでアリサたちに出会った。そして、アリサたちからダークレイスの大物がいると聞いた冬樹は、目を輝かせるのだが…。

一人でミステリーポイントに出かけて行った冬樹。彼の大切なオーパーツコレクションを誤って壊してしまったケロロは、冬樹が怒って一人で行ってしまったと思い、慌てて彼を探しに行くのだが…。

「ケロロ ブッチャ毛アフロで音頭? であります」秋奈ばあちゃんの家に行った冬樹、夏美、小雪。その頃、ケロロたちはダンス☆マンのコンサートの準備をしていて…。／「ドロロ 不思議の山 であります」ドロロは、秋奈ばあちゃんの家の近くの山で修行をしていた。その途中、ドロロは不思議な少女に出会い…。

「ケロロ 飛び込め!ビニールプール であります」本格的な夏が来て、ケロロはひからびかけていた。そんな時、ケロロは日向家の倉庫からビニールプールを発見して…。／「冬樹&夏美 新しい朝がきた であります」秋奈ばあちゃんからスイカが二つ送られて来た。ケロロ小隊も揃って皆で食べようとするが…。

夏休みの宿題で作った工作にいたずらをされていることに気がついた冬樹と夏美。二人は、真っ先にケロロを疑うが…。

「ドクク ガスケロン人第1号 であります」ドククが夏美の部屋に幽霊のごとく現れた。それをケロロの仕業と見た夏美は、彼の部屋に向かい…。／「ケロロ ペコポン一のガンプラ男 であります」ガンプラでペコポン侵略を思いついたケロロ。ガンプラ会社の社長になるため、彼はイメージトレーニングを始めるが…。

幽霊を調べるため、冬樹は図書館へと向かった。そんな冬樹の様子を見て、自分も幽霊になれば彼と一緒にいられるのではと思った桃華は…。

「ケロロ 出馬する! であります」奥東京市の市長を決める選挙が始まった。ケロロは、その選挙で当選して奥東京市を皮切りにペコポン侵略を企むが…。／「夏美&ギロロ 帰れない二人 であります」突如、ケロロの冷蔵庫が暴走してしまった。その際に発生した時空の歪みに、ギロロと夏美が飲み込まれてしまい…。

ケロロを支えることができていなかったモアは、しっかり者のプルルを見て落ち込んでしまった。そんな時、カララとチロロ、そしてタママがケロロの争奪戦を始めるが…。

「ムシシ 虫の居所を探せ! であります」ムシシから虫の居所のせいで夏美の機嫌が悪いと聞いたケロロ。彼は、それをペコポン侵略に利用しようとするが…。／「桃華 争奪!二人三脚 であります」娘の桃華と運動会で二人三脚をするため、梅雄は日本へ向かおうとしていた。だが、そこに妻の桜華が立ちふさがり…。

「ケロロ 埋蔵金スペシャル であります」冬樹のおばあちゃんからケロロ宛に手紙が届いた。中に入っていた地図を埋蔵金の地図だと思った冬樹は…。／「タママ対タママ であります」コピーロボットにより、二人になってしまったタママ。見分けがつかないため、ケロロたちは二人のタママを対決させようとするが…。

ギロロと夏美たちの前にガルルが突然現れ、緊張する小隊の面々。ガルルはどうやら休暇を使ってギロロを訪ねて来たらしいのだが、その用事とは…?

「冬樹 オカルト文化祭 であります」文化祭でオカルトクラブの研究発表をすることになった冬樹と桃華。文化祭当日、2人は研究成果を発表するが…。／「夏美 ロミオとジュリエット? であります」夏美のクラスでは、「ロミオとジュリエット」を予定していた。だが、突如クラスメートたちが風邪や腹痛になり…。

「ロボボ 機械化大作戦 であります」平和に過ごしていたケロロたち。だが、彼らの元にシュララ軍団の刺客であるロボボがやって来て…。／「タママ ノートですぅ であります」タママは、似顔絵を描かれた人間がその通りの行動を起こすノートを拾った。彼はこれを利用して、地球を侵略しようとするが…。

冬樹から、日本に伝わる妖怪の話を聞いたケロロ。地球侵略がちっとも進まないケロロは、架空の妖怪「侵略が進まない」を作り上げ、そのために侵略が進まないのだとみんなに説明するが…。

「ケロロ 勤労を感謝せよ であります」勤労感謝の日、ケロロは「隊長」の仕事を頑張る自分に感謝するよう小隊の面々に説明した。だが、隊員たちは…。／「ケロロ 戦え!ワキレンジャー であります」牛丼につける紅生姜を忘れたケロロは、ガッカリしていた。その時、ケロロは侵略のアイディアが閃き…。

学校の帰り、幼い頃に持っていたぬいぐるみに似ているというクマのぬいぐるみを拾って来た夏美。だが、ギロロはそのぬいぐるみから殺気めいたものを感じ取っていて…。

元上司のジララ大尉が宇宙脱走兵となったのを知ったドロロ。彼は、それ以来様子がおかしくなってしまい…。

「ギロロ 目標!プレゼント! であります」自分の誕生日を前にうかれるケロロ。一方、その1週間前にある夏美の誕生日にギロロはプレゼントをしようと考えるが…。／「ケロロ 誕生日大パーティー! であります」夏美が何故か出かけてしまうため、誕生日会は中止となった。夏美がどうしても気になるギロロは…。

「ケロロ あいつとララバイ伝説 であります」秋から、掃除機をそろそろ買い替えるという話を聞いたケロロ。だが、長年使っていて愛着のある掃除機を変えたくないケロロは…。／「ケロロ プラモ王大決戦! であります」突然、現れたプラモ大魔王から挑戦を受けたケロロは、プラモ対決を始める!

「ケロロ クリスマスを防止せよ! であります」クリスマスにガンプラを買いに行ったケロロは、売り切れのせいで悔しい思いをした。その最中にケロロは侵略計画を思いついて…。／「ケロロ小隊 ケーキは男の戦場だ! であります」売れ残りのケーキを556から売りつけられたケロロ。食べきれないケロロは…。

「ケロロ 仁義なき初詣 であります」元旦に人気の大魔神社にお参りに行こうと出かけたケロロたち一同。やっとの思いで鳥居にたどり着くケロロたちだが…。／「ケロロ セチラvsゾニラ であります」西澤邸の新年パーティーへ招待された冬樹たち。彼らが桃華にお土産を渡す中、ケロロが持って来たのは…。

「トイレ 今、立ち上がるとき! であります」突然秘密基地の非常ベルが誤作動で鳴り響いた。驚いたケロロはトイレにはまってしまい…。／「クルル と 子犬 であります」クルルがラボで子犬に餌をあげているのを見た冬樹と夏美。そのことをケロロに話すのだが信じてもらえず、夏美は証拠を見せようと…。

「夏美 私もスキーに連れてって! であります」スキーに行きたいと騒ぐケロロと夏美だが、秋に子供だけで行くのは反対された。そこでケロロは…。／「ケロロ 温泉っつうたら卓球だ であります」桃華から西澤クループの旅館に招待された冬樹たち。ケロロから卓球に誘われ、みんなで卓球をすることに…。

相変わらずペコポン侵略の成果の出ないケロロだが…。今回はスペシャルバージョン「帰ってきたゲロゲロ30分!」何が飛び出すかは、見てのお楽しみ!

「ゼロロ 増えすぎ? であります」幼い頃、ケロロたちは工場見学を抜け出して謎の宇宙船内に侵入した。だが、ドロロが誤って物質転送装置に入ってしまい…。／「ケロロ 穴があったら掘りたい! であります」日向家で、みんなが大事にしていた物に穴が空けられる事件が起きた。真っ先にケロロが疑われるが…。

「ちびケロ チビチビ大冒険! であります」秘密基地に侵入した宇宙シロアリを撃退していた幼いケロロたちは、シロアリの落とした飴を食べてしまい…。／「夏美&桃華 義理チョコ禁止! であります」義理チョコで悩む夏美と桃華。そんな二人に、クルルがこの世から義理チョコを無くしてやろうと持ちかけて…。

「クルル クルルンアイドル伝説 であります」アイドルとして売り出されることになったクルル子。あっという間に人気アイドルになってしまい、忙しい日々が続くが…。／「ケロロ 初心に帰る! であります」自分が地球を侵略しにやって来たことを思い出したケロロ。彼は次々と侵略計画をたてるが…。

今年の2月は29日まであることに驚くケロロ。聞けば4年に一度やって来て、来なければ大変なことになるというが…。

「ギロロ 3月3日は耳の日? であります」3月3日が、ひな祭り以外にも耳の日と呼ばれていると知ったケロロ。それに便乗した侵略作戦を思いつき…。／「ケロロ じゃなくて女の戦い であります」宇宙ひな祭り女子バンドコンテストに出場した夏美たち。その優勝商品『虎ノ門ボール』をかけて争うのだが…。

シュララが送った年賀状の住所をたよりに、ケロロ小隊の面々はアジトに乗り込む。だが、そこには様々な罠が待っていた。

シュララに敗れたケロロは、ケロンスターを奪い取られてしまう。ところが、シュララが手にしたケロンスターには両面テープが付いていてニセモノだった! 本物はいったい何処に…。

「ロボ 556 であります」ケロロは侵略作戦の実験台として、お金のない556をロボットにして操るのだが、その時丁度、夏美が現れて…。／「ケロロ&夏美 雨宿り であります」秋の大事なマグカップを誤って割ってしまったケロロ。慌てて同じ物を探しに商店街へ出かけるのだが…。

ケロロとモアは、ピクニック気分で活断層めぐりをしている最中に謎の地下トンネルに落ちてしまう。そこに何故か地下鉄が現れて…。