「ケロロ 大地に立つ であります」ケロン星から地球侵略に来たケロロ。潜入した日向家で冬樹、夏美に見つかり地球侵略は早くも失敗！ケロロの運命は!?「我が輩がケロロ軍曹 であります」日向家に正式配属（居候）することになったケロロに、秋から専用部屋が与えられる。喜ぶケロロだが…。

「桃華＆タママ 出撃！ であります」人は誰でも秘密を抱えている。西澤桃華も秘密を抱える少女であった。冬樹が見たその秘密とは？「桃華＆タママ 日向家上陸 であります」日向家にて『宇宙人特別対策作戦会議』を開くことになった。桃華とタママは招待されるが、作戦会議はすんなり進まず…。

「ケロロ 危険臨界点突破 であります」ストレスが溜まり過ぎたケロロは、臨界点突破状態？冬樹とタママはケロロを救うべく様々なアイデアを出すが…。「ケロロ 極秘任務開始 であります」最近のケロロの行動に疑問を感じる夏美は、『地球安全保障会議』と称してケロロの1日を観察する。

「ギロロ 宇宙で最も危険な男 であります」突然爆発した日向家のテレビからケロロの部下・ギロロ伍長が登場、地球侵略を開始するが…。「ケロロ 雨時々危険な男 であります」ギロロは地球の生活に馴染んだケロロを元に戻すため、加湿器で部屋の湿度をケロン星と同じにするが…。

「ケロロ おもちゃを愛する男達の歌 であります 前後編」家事手伝いに精を出し、ママから『おこづかい』の支給を受けたケロロ。早速ケロロは大好きなガンプラを買いにおもちゃ屋へ向かうが、ガンプラは買えなかった。冬樹と再度おもちゃ屋に行ったケロロは、おもちゃ屋は今月で閉店するという話を聞いて…。

「桃華 ラブラブ南海大作戦 であります」桃華は南の海へ冬樹を誘うが、日向家の面々もついて来てしまう。冬樹の気を引くため、色々な作戦を実行する桃華だが…。「桃華 ひゅ～どろ南海大作戦 であります」南の海で楽しむ日向家とケロロたち。夕暮れ時バーベキューを始めたケロロたちは…。

「モア はじめての地球破壊 であります」ある予言書の一遍『1999年の7の月。天から恐怖の大王が降ってくる』ある日、日向家の裏庭に女子高生が降ってきて…。「タママVSモア 結果はタママの負けであります」日向家でケロロとくつろぐアンゴル・モア。それを見ていたタママは…。

「ケロロ 侵略作戦絶好調！ であります」本来の目的『地球侵略作戦』を思い出したケロロ。作戦を実行に移すため、秘密基地作りを始める。「ケロロ 間違いだらけの基地作り であります」地下秘密基地で、ケロロたちは侵入者撃退の作戦を考える。次々と倒されてゆく隊員たちだが…。

「夏美 恋の行く手に来るクルル であります」今までの失敗から、作戦計画の要であるクルル曹長を思い出したケロロたちは、クルルを探し始める。「日向秋 ダイナマイトな女 であります」クルルの発明した『人生二度あればガン』で子供に戻ってしまった秋。青春を満喫しようとする秋は…。

「決戦！ 第三大臼歯 であります 前後編」居間でお菓子を食べていたケロロの歯が、突然痛み出す。もちろん虫歯が痛んでいるのだが、その虫歯は実はケロン人の歯に寄生した宇宙人であった！それらを排除するため、ケロロの口の中に入り戦いを始めるが、その戦いの行方は…。

「ケロロ小隊 テレビに出演せよ！ であります 前後編」宇宙の星々を旅して回る人情感動番組で大人気の2人組タレントが、番組収録で日向家に突如現れる。ケロロ小隊の面々はスタッフにおもてなしを始め、収録が進むうちに強引に温泉で混浴を収録することに。秋も帰宅し、基地にある地下温泉で収録が始まるが…。

「すもも アイドルは宇宙をこえて であります」朝、冬樹はベットで眠る宇宙人に驚く。その子は宇宙で人気のアイドルスターだった。「ギロロ 戦場のちいさな天使 であります」基地に現れたギロロは、いつも身に付けているベルトを無くしたことに気付く。懸命にベルトを探すギロロだが…。

「ドロロ 忘れられた戦士 であります」地球に潜伏中の宇宙人たちが次々と襲われるという事件が発生。その犯人はケロロ小隊のドロロ兵長であった!!「ドロロ＆小雪 友情は美しき哉 であります」一旦は姿を現すも絶縁を宣言するドロロ兵長。しかしケロン人の天敵とも言うべきバイパーに捕まってしまい…。

「五人集結！ たぶん史上最大の作戦 であります 前後編」ケロロはドロロが気に入る地球侵略作戦を色々考えて、ドロロに伝えに行く。しかし、ドロロは逆に地球の平和を考えていたのだった…。

「桃華 裏桃華 降臨 であります」タママは弱気な桃華の根性を鍛えようとする。しかし、特訓中に桃華は裏桃華と分裂してしまう。「裏桃華 裏切りの裏側 であります」分裂してしまった裏桃華と桃華を元に戻すため、ドロロの提案で心と体を同調させるべく、地下秘密基地でシンクロを始めて…。

「モア 裏モア 降臨!? であります」繁華街の路地裏で、女子高生がケンカをしていた。ドロロやサブローが見かけたその女子高生は…。「モア モアモア大パニック であります」モアにそっくりな女子高生の麻美は、モアが選んだ地球人時のモデルだった。しかし、麻美は以前と変わっていて…。

「ケロロVS夏美 水中大決戦！ であります」スクール水着を発見したケロロ。その性能を調査するため、ケロロたちは夏美の学校のプールに潜入する。「冬樹 ようこそホラーワールドへ であります」TVの怪談を見たケロロたち。地球人と宇宙人の怪談話を対決させるべく、怪談大会を始めて…。

「夏美 爆笑！オトナの海岸物語 であります 前後編」ケロロたちは海に行きたがるが、子供と宇宙人だけでは行かせられないと秋に止められる。その時クルルが現れ、発明品を使って夏美を大人にする。一行は早速海に出かけるが…。

「ケロロVS夏美 おまつり頂上決戦！ であります」新たな地球侵略作戦を縁日の屋台で展開するケロロたちを見つけた夏美だが、その非道な商売ぶりに怒り…。「ケロロ あなたのお耳に侵略ラジオ であります」623のラジオの力を目の辺りにしたケロロは、ラジオを地球侵略計画に使おうとする。

「冬樹 ミーツ・ア・ガ～ル であります」地球表面の殆どが海に覆われていることを知ったケロロ。『まずは海を侵略しちゃおう作戦』を実行するが…。「冬樹 ノントルマの使者 であります」海を調べる冬樹とともに潜水艦で海に乗り込んだケロロたちは、海中で暮らす生命体に出会う。

「ケロロ 侵略も省エネでね であります」夏の暑い最中、町全体が停電となった。暑さで苦しむ夏美の前に小雪が現れて…。「ケロロ 田舎にむけて突撃せよ！ であります」秋の実家に帰省する夏美たちにこっそり付いて来たケロロたち。夏美は、おとなしくしているようケロロたちに命令するが…。

「タママ 今日からボクが隊長ですぅ であります 前後編」マンネリ気味の地球侵略作戦にケロロ以外のメンバーが不満を募らせている矢先、ケロン軍本部から届いた1通の通達により、タママ二等兵が隊長になることになった!? 果たしてその指揮官ぶりはいかに…。

「パニック！日向家の最も騒がしい一日 であります 前後編」ケロボールに『カンタン修復機能』があるのを夢で思い出したケロロ。壊れてしまったガンプラを修復しようと、冬樹の部屋にあるケロボールをこっそり使用するが、ケロボールは実は以前から故障しており…。

「ケロロ 正義と貧乏の宇宙探偵 であります」スーパーで買い物をしていた夏美。そこで宇宙探偵556と名乗る不思議な宇宙人に出会い…。「556 特撮就職最前線 であります」地球で暮らすことになった556は仕事を探すが、中々見つからず悪戦苦闘する。それを知ったケロロたちは…。

「桃華、愛と青春と波乱の逃亡 であります　前後編」オカルト研究会の野外活動（廃墟の病院探索）のため、父である西澤梅雄との約束をすっぽかした桃華は、父の精鋭部隊に狙われてしまう。ポールとタママにより、間一髪で精鋭部隊から逃れた桃華は、ケロロ小隊に護衛をしてもらう事になったが…。

「ケロロ 一致団結！ 運動会を侵略せよ であります 前後編」来週の運動会にヘコむ運動音痴の冬樹とは対照的に、夏美は秋との2人3脚に出場するのを楽しみにしていた。しかし、仕事の都合で秋は運動会に出られなくなりそうになる。落ち込む夏美を見ていたケロロは、何とかして秋を連れてこようとするが…。

「ケロロ 父キタル父カエル であります」ケロロにハガキが届いた。そこには、ケロロの父親が出張ついでにケロロの様子を見に来るとあったが、それを見たケロロは…。「ケロロ 温泉GO！GO！GO！ であります」地下にある秘密基地に天然温泉をひくため集められたケロロ小隊の面々は…。

「ケロロ 雪合戦サバイバル であります」侵略作戦で都市に雪を積もらせたケロロ小隊。あまりの寒さにヘコたれたケロロは、雪上訓練を始めようとする。「クルル クックックのクッ であります」ケロロ小隊不人気ナンバーワンのクルルは、ケロロ小隊に変わって様々な陰湿な嫌がらせを始めるが…。

「夏美＆小雪 舞台にかける青春 であります」夏美は学校で突然、小雪とお芝居をする事になる。苦手な芝居に戸惑う夏美は…。「ケロロ スクープはNG であります」すっかり地球の生活に馴染んでいたケロロ。しかし、冬樹の通う学校の新聞部に正体をスクープされそうになって…。

「タママ ケロン星から来た少年 であります」西澤家の庭園に未確認飛行物体が落下した。中にいたのは、タママの後輩・タルルで…。「桃華 めざせナイスバディ であります」西澤家のコンピューターは、桃華がオトナになれば冬樹と親密になると分析した。それを知った桃華は…。

「ケロロ 帰りたい帰れない… であります 前後編」宇宙インターネットの個人オークションで小型ソーサを手に入れたケロロ。大喜びしたケロロは、夏美が止めるもの聞かず、早速外に出て乗り回しに行く。しかし、途中でソーサが壊れ、ケロロは迷子になってしまう。果たしてケロロは無事日向家に帰れるのか…。

「ケロロ 動物隊員大集合 であります」動物を兵士に変える光線銃で動物をケロロ小隊にスカウトしようとするケロロだが…。「ギロロ ネコは言いたい であります」手作りのお守りを夏美に渡そうとするギロロだが、うまくいかない。以前ギロロに助けられたネコはそれを見て…。

「ケロロ小隊 アニメで地球侵略 であります」ケロロの好きなマンガがアニメ化されたのをきっかけに、アニメを利用した地球侵略を考えたケロロ小隊の面々。早速自分たちが主人公のアニメを制作しようとするがうまくいかず、アニメの制作会社の作業を見に出かけるのだが…。

「桃華VS小雪 温泉争奪バトル であります」商店街の福引で温泉チケットを当てた冬樹。それは桃華が仕組んだことで…。「ケロロ＆冬樹 まったり行こっ であります」冬樹はふと気に留まった遊歩道を通る最中に偶然ケロロに出会う。二人は遊歩道を通って散歩をすることになり…。

「極秘！ 夏美のお誕生日大作戦 であります」夏美の誕生日が近づいている事を知ったケロロ軍曹は小隊の面々と夏美の誕生日パーティーをする事に。夏美をビックリさせるため内緒で準備を始めるケロロ小隊の面々であったが冬樹は何故か乗り気ではなかった。その訳とは…。

「ケロロ 死闘！軍曹VS冬将軍 であります」ボーナスを貰ったケロロ軍曹はガンプラを買うため冬樹とプラモ屋に行こうとするが…。「冬樹 そ～なんですよ西澤さん であります」桃華はケロロ小隊の雪中訓練を手伝う名目で冬樹たちを西澤家専用スキー場に誘う。彼女の目的とは…。

「ドロロ きたれ忍者教室へ であります」ケロロ小隊はドロロを使って忍者教室を開くが、全く人は集まらない。仕方がないのでまずはケロロたちが訓練を受けるが…。「ケロロ の恐竜 であります」地下からの騒音が気になる夏美と冬樹は、様子を見にケロロ小隊の基地を覗きに行くが…。

「ギロロ 愛の機動歩兵 であります」宇宙TVからギロロをビックリカメラで騙そうと依頼を受けたケロロたちは、いろいろなドッキリを仕掛けるが…。「ギロロVS夏美 めぐりあい…も であります」クルルの発明した変身チョーカーが外れない夏美は、それを付けたまま学校に登校するが…。

「ケロロ クリスマス大作戦 であります」ケロロはクリスマスに浮かれる地球人の隙をついて侵略する作戦を立てた。しかし小隊の面々は次々と作戦から抜けていき…。「ケロロ 仕事納めの大掃除 であります」年末の大掃除に張り切るケロロ。しかし、日向家の面々は間違った掃除を始めて…。

「モア ていうか 謹賀新年？ であります」ケロロ特製のお雑煮を薦められるが誰も食べようとしない小隊の面々。それを見たモアは無理矢理食べ始めるが…。「ケロロ おせちもいいけど宿題もね であります」本部からの宿題を何もしていないケロロ。慌てて取り組むケロロだったが…。

「ケロロ すごろく攻略戦 であります」夏美と口論になったケロロは、決着をクルルが作った双六でつけることにするが…。「ドロロ もーれつに熱血せよ であります」ドロロは556の存在感の強さを見て関心する。早速556のその存在感の秘密をドロロは教えてもらうのだが…。

「ケロロ 赤き血のケロロ小隊 であります」テレビでサッカーを見ていたケロロは、熱狂のあまり小隊を集めて世界を目指そうと練習を始めるが…。「タママ 友情の嫉妬シュート！ であります」タママはある日、公園で一人でサッカーの練習をしていた少年に会い、サッカーを教えるのだが…。

「ギロロ 泣けない赤鬼 であります」ペコポンの童話に感動したケロロは、夏美にとりいる作戦「青鬼さん作戦！」を開始するがそんなにうまくいくはずもなく…。「ギロロ 飛び出せ節分！ であります」節分を夏美から教わったケロロは夏美を鬼に変身させ、日頃の恨みを晴らそうと企むが…。

「ケロロVS冬樹 スポーツで激闘 であります」クルルの調査でケロン人と地球人の運動能力の比較データを取ることになる。夏美が名乗りを上げるが…。「クルルVS秋 侵略ロボで爆闘 であります」ケロロと冬樹が対決する一方で、クルルは秋に開発した侵略ロボの試運転を依頼していて…。

「ケロロ 愛のいきなり団子 であります」バレンタインチョコの代わりに「ケロロ印のいきなり団子」を売り一儲けする作戦に出た小隊だが…。「夏美＆桃華 V作戦発動！ であります」バレンタインに気合いが入る桃華と夏美は、冬樹とサブロー先輩にそれぞれチョコを渡そうとするが…。

「ケロロ あなた忘れられていませんか？ であります」日向家でなぜか怪現象が頻繁におきるようになる。夏美はケロロたちの仕業かと思うが、同じような恐怖をケロロ達も感じていて…。

「夏美 ひなまつりを守れ！ であります」夏美と小雪にひな祭りを教えてもらったケロロは地味な祭りを盛り上げようとするが…。「ケロロ アフロでみゃおん であります！」ダンス☆マンの歌を気に入った夏美は、コンサートに行きたがる。それを聞いたケロロとクルルはチケットを売りつけて…。

「ケロロ小隊 春のうららの大作戦 であります」春の陽気でダラけた冬樹を見たケロロは、そのダラけたエネルギーを利用しようと企む。「冬樹 ダメダメハザード救出作戦 であります」ダメエネルギーが漏れたおかげで町はダラけきっていた。冬樹とドロロは漏れたダメエネルギーを止めようとするが…。

「クルル 宇宙でうまくやる方法 であります」クルルは、普段の行いとは違う事をして夏美と冬樹に褒められていた。それを見ていたケロロも早速マネをするが…。「桃華 Wデイ頂上作戦 であります」冬樹からバレンタインのお返しを貰った桃華は、冬樹から告白をされるように色々シュミレーションして…。

「夏美 高熱の地球戦士 であります」ギロロは自分の荷物を整理中に、1枚のディスクに映った過去の自分を見て、侵略作戦を思い出すのだが…。「ギロロ 俺がやらねば誰がやる であります」具合の悪くなった夏美を助けようと、ギロロはあやしい宇宙商人から薬を買おうとするが…。

「ケロロ小隊撤退！ さらばペコポンよ であります」 突然、上官からペコポン撤退命令を下されるケロロ小隊。猶予はたったの24時間。未だ地球侵略を成し遂げていないケロロ軍曹は、「ペコポン侵略マニュアル」を片手に、隊長の心得を一から学びなおすが…