“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きながらえることができない存在“喰種（グール）”――。　彼らの脅威から人々を守るために設立された［ＣＣＧ］（喰種対策局）で、“クインクス”と呼ばれるチームが結成された。彼らは特殊な施術により喰種の能力を持つようになったヒトで構成されており、メンターとしてチームを率いる佐々木琲世（ささき はいせ）には、なぜか２年前までの記憶がない。そして彼には、［ＣＣＧ］内ではよく知られた秘密があった。 クインクスが結成されてまもなく、女性ばかりを狙い、その胴体のみを捕食する喰種“トルソー”がらみの事件が頻発する。［ＣＣＧ］が捜査に乗り出す中、クインクスの班長・瓜江久生（うりえ くき）が独自の捜査を開始し、これに同じくメンバーの不知吟士（しらず　ぎんし）が便乗。そんな二人に掘ちえ（ホリチエ）と名乗るフリーカメラマンが情報提供者として接触してくるが、彼女は彼らに関係する“変わったもの”を報酬として要求する。

クインクスのメンバー、六月透（むつき とおる）の捨て身の追跡により、駆けつけた瓜江、不知に追い詰められたトルソー。だがそこに“オロチ”と呼ばれる喰種が現れ形勢は逆転する。遅れて援護に入った琲世が単独でオロチに立ち向かうが、非常に危険度の高い「Ｓ～（Ｓ以上）レート」に指定されるオロチの強さに苦戦。部下たちを守るため、琲世は全力で戦う決意をするが、それは、あまりに強大すぎるがゆえに、彼自身にも制御が難しい“喰種の力”を解放することとなり、己を見失う危険を孕んだ行為だった。

[CCG]内での出世に執着する瓜江は、さらなる力を得るため、上官である琲世の許可を偽って自らの赫子の稼動レベルを引き上げる施術を受ける。一方クインクス班は、エース捜査官である鈴屋什造（すずや　じゅうぞう）率いる鈴屋班と、“ナッツクラッカー”と呼ばれる喰種の合同捜査を行うことに。ナッツクラッカーがＳＳレート喰種“ビッグマダム”の関与するオークションに出品するため、若い女性を中心にヒト攫いを行っていることを知り……。

ナッツクラッカーから首尾よく情報を引き出した六月によって、次回オークションの概要が判明した。[CCG]ではこの機会に大掛かりな喰種掃討作戦を行うことになり、六月と自ら志願した什造が“商品”として会場に潜入することに。当日――会場は、出品者や客、ビッグマダムがボディガードとして雇った“アオギリの樹（き）”構成員など多数の喰種で賑わっていた。什造と引き離され、外部との連絡も絶たれてしまった六月は、動揺を隠せないままオークションにかけられ……。

什造の奇襲により混乱するオークション会場。に、待機していた[CCG]の部隊がなだれ込む。大乱戦の中、六月は何とか逃げ出すことに成功するが、月山家に仕える喰種、カナエ＝フォン・ロゼヴァルトに執拗に追いかけられ窮地に陥っていた。そんな六月のもとに琲世たちクインクス班が駆けつけるが…!? 一方、掃討作戦決行中の[CCG]捜査官たちは、報告されているレート以上の戦力を見せつけるナッツクラッカーや、アオギリの樹の構成員で“オウル”と呼ばれる“半喰種（はんグール）”を相手に思いがけず苦戦を強いられることになる。

戦線離脱した六月と護衛の瓜江が、抜け道を使って逃走を図る多数の喰種を発見。別ルートでたどり着いた什造とともに戦いに突入する。彼らの前に立ちはだかるのは、什造と浅からぬ縁があるビッグマダム。 一方、不知たちとナッツクラッカーの駆逐に当たる琲世だったが、作戦の指揮を執る准特等捜査官・和修政（わしゅう　まつり）の命令で、行く手を阻むオウルに独り立ち向かうことに。オウルは、琲世の上司である真戸暁（まど　あきら）のかつての同僚、滝澤政道（たきざわ　せいどう）が喰種化手術を受けさせられた姿だった。彼は自分と似た境遇の琲世への対抗意識を露にし、激しい攻撃で追い詰める。

オークション会場を狙った喰種掃討作戦と、同時進行していたＣＣＧの移送車両の護衛作戦が終了した。捜査官にも喰種にも多数の死傷者が出る中、ハイセは“過去の自分”を知る喰種の少女、笛口雛実（フエグチ　ヒナミ）の“所有権”を申し入れる。今回の作戦で働きを認められたクインクスは、同じく功績を認められたほかの捜査官たちとともにメンバー全員の昇進が決まり、ハイセは上司の暁や、親交のある特等捜査官、有馬貴将（ありま　きしょう）を招いて、メンバーの昇進を祝うホームパーティを企画。だが、パーティ当日、ハイセの中にいるもうひとりの人格“カネキ　ケン”を知る何者かから、“奇妙な贈り物”が届く。

[CCG]で、大量誘拐犯の喰種集団“ロゼ”の捜査が始まった。だが組織的に訓練され、痕跡をほとんど残さない彼らを追い詰める有効な手立ては見つからない。捜査が遅々として進まない中、琲世は自分宛に届いた“マスク”からヒントを得て、ある策を思いつく。 一方、先日のオークションで六月を狙ったカナエは、大きな喪失感から心を病んだ主、月山習（つきやま　しゅう）の姿に心を痛めていた。そんなカナエに、月山の友人ホリチエが、彼を助けるための作戦を持ちかける。

ホリチエから琲世の写真を見せられた月山は、“金木研”が生きていたことを知り喜々として会いに行く。だが“カネキ”としての記憶を失った琲世には、月山のことがわからない。そんな中、[CCG]准特等捜査官キジマ式が、ロゼの一件で捕らえた月山家の使用人、ユウマの拷問映像をＳＮＳ上に流す。それは月山家はもちろん、[CCG]内部でも反発がおきるほどショッキングなものだった。月山は何とかしてユウマを救い出そうと、捜査官である琲世に協力を頼もうと考えるが……。

いまだ全容がつかめないロゼの捜査に、クインクスの特性を生かした琲世考案の“マスク作戦”が導入された。だが捜査を進める中で琲世は、喰種にすら畏れられる“眼帯の喰種”の存在を知り、“彼”の調査を始める。そして[CCG]の資料室で、殉職した捜査官、亜門鋼太朗（あもん　こうたろう）が遺したレポートを見つけ……!?　そんな中、キジマが仕掛けた新たな策から、ロゼの捜査が大きく進展する。

[CCG]に屋敷に踏み込まれ、父・観母（みるも）や使用人たちが投降する中、側近の松前（まつまえ）とともに逃げのびた月山は、彼を生かすために命を賭した者たちのことを想い、“当主”となる責任を噛み締める。その月山の前に喰種捜査官として立ちふさがる琲世。 一方、“月山家駆逐作戦”で伊東倉元（いとう　くらもと）率いる伊東班と合流したクインクスは、“ノロ”と呼ばれる喰種と遭遇。脅威の再生力を持つノロを相手に迷いを断ち切った不知が、ナッツクラッカーの赫子から作り出したクインケで応戦するが……!?

ノロを相手に次々と仲間が倒されてゆく中、踏みとどまって戦う不知。その姿を目にし、必死で立ち上がる瓜江。ふたりの渾身の攻撃がノロを捉える。 一方、月山の窮地に駆けつけ、怒涛の攻撃を仕掛けるカナエだったが、“カネキ”の記憶を取り戻し始めた琲世の反撃に瀕死の重傷を負う。そこに“隻眼の梟（せきがんのフクロウ）”と呼ばれる半喰種、エトが現れ悪意を振りまく。最後の力を振り絞るカナエだが……。そして、琲世がついに、“カネキ”として完全に覚醒し――。

“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きられない存在、“喰種（グール）”――。 喰種から人々を守るために組織された〔CCG〕（喰種対策局）で喰種捜査官として働く佐々木琲世（ささき　はいせ）は、もとは“ヒト”でありながら、喰種が持つ特殊な内臓器官“赫包（かくほう）”を移植されたことで“半喰種（はんグール）”となった青年・金木研（カネキ　ケン）であった。 〔CCG〕が、喰種の一大組織“アオギリの樹”の本拠地が“流島（るしま）”にあることを突き止め、殲滅に乗り出す。激戦が繰り広げられる中、作家の高槻泉（たかつき　せん）こと芳村（よしむら）エトは、記者会見を開き、自ら“喰種”であることを公表。以前からエトを追っていたカネキは捜査官として彼女を喰種収容施設“コクリア”へと連行するが、そこでエトから、あることを託される。

コクリアに収容された喰種の少女、笛口雛実（フエグチ　ヒナミ）の“処分”が決まった。彼女のことを幼い頃から知る金木は、すべてを失う覚悟でヒナミを救い出す。同じ頃、アオギリの樹の構成員、霧嶋絢都（キリシマ　アヤト）と万丈数壱（バンジョー　カズイチ）率いる一団もまた、ヒナミを助けようとコクリアを急襲。だがそんなアヤトたちの前に「死神」と呼ばれる〔CCG〕最強の捜査官、有馬貴将（ありま　きしょう）が立ちふさがる。援護に現れたアヤトの姉、霧嶋董香（キリシマ　トーカ）や叔父の四方蓮示（ヨモ　レンジ）の力も及ばず追い詰められていく一同。そこに現れ、有馬に対峙したのは、かつて捜査官時代に彼を師と仰いだ金木だった――。

流島の各地で〔CCG〕と“喰種”との死闘が続く中、喰種捜査官・阿原半兵衛（あばら　はんべえ）は、敬愛する班長・鈴屋什造（すずや　じゅうぞう）に恨みを持つ半喰種、安久黒奈（ヤスヒサ　クロナ）と遭遇。高い戦闘力と強靭な肉体を持つクロナに完全に追い詰められていた。そこに現れたのは…？ 一方、法寺項介（ほうじ　こうすけ）と真戸暁（まど　あきら）が率いる部隊の前に立ちふさがったのは、アオギリの樹の幹部、タタラだった。法寺との遺恨を晴らすべく、容赦ない攻撃を仕掛けてくるタタラ。そこに突如、“オウル”と呼ばれる元喰種捜査官の半喰種・滝澤政道（タキザワ　セイドウ）が割って入り……!?

殉職したはずの同僚・滝澤と、上司だった亜門鋼太朗（あもん　こうたろう）との思いもよらぬ再会を果たしたアキラ。だが今の二人は、“実験体”としてその体に赫包を移植された半喰種だった。驚き混乱するアキラ。そこに瓜江久生（うりえ　くき）率いる “クインクス班”が到着した。クインクス班とは〔CCG〕が人工的に造り出した半喰種で組織されたチームであり、法寺・真戸班の援護のため、連携して滝澤たち“喰種”を追い詰めてゆく。 一方、金木と有馬の戦いは激闘の末、有馬が捜査官人生で初めての敗北を喫する。有馬は金木にあることを託すが、それは金木がエトから託されたことと同じであった――。

流島から逃れた喰種と、有馬の命を受けて金木たちの逃走を手助けした元〔CCG〕の“０番隊”、平子丈（ひらこ　たけ）たちが隠れ家に集まった。互いに敵対する立場だった喰種と０番隊は相容れないものがありながら、それぞれが信じるもののために手を組むことにし、“対・人間”の組織“黒山羊（ゴート）”を結成。金木が彼らをまとめるリーダー“隻眼の王（せきがん　の　おう）”となる。　そして、やはり流島から逃れ、金木たちのもとに身を寄せていたアキラと亜門は、迷い悩んだ末に、自分自身の心に従うことにし……。

最強の捜査官・有馬を失ったばかりか、トップである和修（わしゅう）一族を暗殺され混乱する〔CCG〕。　そんな中、世間を騒がせていた“ピエロ”と呼ばれる喰種の集団が、各区の〔CCG〕支局を同時に襲撃する。これに対し、総議長・和修常吉（わしゅう　つねよし）の遺言により新たな局長となった和修分家の旧多二福（ふるた　にむら）は、「彼ら喰種が次に狙うのは本局である」と推測。各区の防衛はそのままに、本局を有馬にかわる最強の捜査官、鈴屋什造に守らせる作戦に出る。　各区で戦いが繰り広げられる中、クインクス班を率いる瓜江は、因縁のある喰種、ドナート・ポルポラの姿を目にし……!?

〔CCG〕が新造のクインクス部隊“オッガイ”を新たな戦力として投入。彼らの活躍と、新局長・旧多の手腕により、窮地に立たされる喰種たち。少しでも多くの喰種を救おうと、黒山羊（ゴート）のメンバーとともに戦う金木だが、すべてを救えるわけもない。　そんな中、喫茶“：ｒｅ”で束の間の休息をとる金木は、トーカから突然告白され動揺。そこに金木の〔CCG〕時代の部下、六月透（むつき　とおる）が現れた。金木に恋心を抱く六月は、どんな手を使っても金木を連れ戻そうと激しい攻撃を繰り出すが――!?

局長・旧多の下、喰種だけでなく、彼らと接点のある民間人に対しても厳しい弾圧を始めるなどの強硬手段に出た〔CCG〕。これにクインクス班の米林才子（よねばやし　さいこ）ら〔CCG〕内にも反発する者が現れるが、旧多は喰種排除の手を緩めようとしない。瓜江とベテラン捜査官の黒磐巌（くろいわ　いわお）は、旧多の暴走を止めるため査問にかけることを決めるが、局長室で彼らの前に現れたのは…!?そしてついに、多くの喰種が身を隠す黒山羊（ゴート）のアジトが見つかり、〔CCG〕による大規模な掃討作戦が始まった――!!

大切なものを守るため、目の前に立ちふさがる什造やオッガイたちと戦う金木だが、激戦の中で深刻なダメージを受けてしまう。動くこともできず追い詰められた金木はある行動に出るが……!? そして――　“東京”に、人間も喰種も見たことの無い巨大なバケモノ“竜（りゅう）”が誕生する！竜の出現により街は破壊され多くの犠牲者が出る中、これまで謎の喰種“スケアクロウ”として成り行きを見守っていた金木の親友、永近英良（ながちか　ひでよし）が、金木を救うため動き出す！

什造たちとの戦いの途中で意識が途絶えた金木が目覚めたのは、不思議な空間だった――。 金木はそこで、自分が数奇な運命を辿るきっかけを作った喰種、神代利世（カミシロ　リゼ）と再会する。リゼは金木を「人殺し」と呼びあざ笑うが、そんなリゼに対し金木は自身の決意を語る。 一方、“核”となっていた金木を失ったことにより、原形を留めることができず崩壊してゆく竜。だが、竜から産み出された不気味な“落とし児（おとしご）”たちが振りまく“毒”により、東京のあちこちで恐るべき現象が起こり始める。

竜とその落とし児の脅威に対抗するため、喰種の研究者・西野貴未（にしの　きみ）らが場所を特定した竜の中心部に、“落とし児の毒”に耐性のある金木が向かうことに。　そんな中、黒山羊の本部を和修家側近の武装集団“Ｖ（ヴィー）”が襲撃。月山習（ツキヤマ　シュウ）、西尾錦（ニシオ　ニシキ）らが〔CCG〕と協力し応戦するが、Ｖと手を組むピエロが“秘密兵器”を投入し、さらなる激闘が繰り広げられる。 一方、アヤトとともに調査に向かった金木は、ついに首謀者、旧多と対峙する――。

黒山羊＆〔CCG〕が、Ｖと激しい攻防を繰り広げていた頃、地下では金木と旧多の戦いが始まった。　和修分家に産まれた者たちの中でも突出した才能を持つ旧多は手強く、金木は苦戦を強いられる。　傷だらけになりながら、互いの思いをぶつけ合い、熾烈な戦いを続ける金木と旧多。 「あのとき　リゼに　出逢う事がなければ――」 それは、果たして“悲劇”だったのか……？　その先にある未来とは？