クビになって落ち込むボス・ベイビーは、身のふり方を考える中、パパとママと赤ちゃんのプレイグループに参加。でも、そこに新顔が現れ...。

美術館の家族用トイレの前に長い列。赤ちゃん愛を増やしたいボスは、トイレに立てこもる犯人を立ち退かせて、手がらを立てようと計画するが...。

寄付集めのため雑誌こう読をかんゆうするティムに力を貸すボス・ベイビー。そんな中、赤ちゃん言葉をささやくあやしい男が現れ、チーム解散の危機に!

ベイビー株式会社の新しい社長の方針で、週末も研修にかり出される社員たち。閉口するステイシーは、研修をぼう害しようとボス・ベイビーを送り込む。

ベビラク社が商品カタログのモデルをぼ集。ボス・ベイビーたちがさつえいにのぞむが、スクーターが表紙をかざることになり、ボス・ベイビーは大あわて。

手首を折ったボス・ベイビーは病院へ。そこには、おそろしい看護師とすべるジョークを連発する医者が。そんな中、ティムの幸運のえん筆がのろわれる!?

ベイビー株式会社に面接に呼ばれたボス・ベイビー。でも面接の時間までに、ベビラクのハイテク技術でロックされた遊び部屋からだっしゅつできるか?

親たちが公園でのワンコパーティーをき画。ボス・ベイビーは、旧敵の子ワンコ商事の元刺客(しかく)と再びたたかう。"はじの首輪"が敗者を待ち受ける。

回想シーンを通して、メガ・ムチムチがベイビー株式会社をクビになった日から、有名なニュースキャスターの養子になるまでのいきさつが語られる。

町中がハロウィーンにうかれる中、宿敵ベビラク社へのしんにゅうをもくろむボス・ベイビーと現場チーム。だが、ステイシーがその計画に水を差す。

赤ちゃん愛が最高記録をこう新し続ける中、シミュレーションでは大暴落が予想される。ボス・ベイビーと仲間たちは、ベビラク社をつぶすべく作戦を練る。