如月ハニーは聖チャペル学園で寄宿生活を送る女の子。彼女の毎年の恒例行事は、父の如月猛博士と誕生日を共に祝うことだった。ところがその父が、正体不明の犯罪組織・パンサークローに追われる身となっていた。私立探偵の速見青児に窮地を救われた彼女は、自分の家が火をかけられて焼け落ちるのを目の当たりにする。

ハニーは黄昏のプリンスに与えられたチョーカーを使ってキューティーハニーに変身したが、父の救出には一歩及ばなかった。青児によると、パンサークローは猛の完成させた「空中元素固定装置」を狙っているらしい。その父も生きているとのこと。幸せを取り戻すため、ハニーは再び愛の戦士に姿を変えて立ち上がる。

花嫁衣装が次々と盗まれる事件が発生。どれも友菱財閥の令嬢・ゆりえが世界の４大デザイナーに特注した、この世にふたつとない高価な品だ。ハニーは事件の裏にパンサークローがいることを知り、ゆりえに結婚式を中止するよう申し入れる。青児の協力を得た彼女は、新郎新婦と入れ替わって罠を仕掛ける。

「人魚姫の涙」という高価なイヤリングに、パンサークローが目をつけた。現在の持ち主はロックシンガーのアリナ。彼女のボディーガードを務めているのは青児だ。人魚姫の涙はアリナのデビュー祝いに彼女の父が贈ったもの。ところがイヤリングの片方が盗まれても、アリナの父は気にする様子さえ見せない。

占い師のマザー・フォーチュンは、アンティークドールを使った占いでどんな人間の運命でもたちどころに言い当ててしまう。パンサークローが、その不思議な人形に目をつけた。キューティーハニーが助けに来ることを予見していたマザー・フォーチュンは、青児の探偵事務所にかくまわれることになるが…。

聖チャペル学園の学園長室で、麗しの貴婦人像という貴重な美術品が発見された。パンサークローから像を盗み出すという予告状が届き、ハニーは青児や学園長たちと警戒態勢を敷く。しかしミハル先生の失敗で一同は金庫の中に閉じ込められ、その隙に怪人・ボンバークローにまんまと像を盗み出されてしまう。

かつてシスタージルの襲撃に遭って沈没した客船・シービュー号が、積まれていた金塊と共に引き揚げられることが決まった。最後までシスタージルと勇敢に戦い、犠牲となった私立探偵も船に乗っていた。その人こそ青児の父親だった。青児はキューティーハニーの協力を得て、再び現れたシスタージルに立ち向かう。

パンサークローが「ローズルネッサンス」という伝説的な香水を狙って、調香師の青年・林原薫を襲撃した。救い出された薫に夏子が恋をする。二人を暖かく見守るハニーは、香水の材料になる花を採りに出かける薫に夏子を同行させる。香水は無事に完成するが、怪人・ローズクローが一行に襲いかかってくる。

黄昏のプリンスからかかってきた電話が、いきなり切れてしまった。事件のにおいをかぎとったハニーは、青児と共にプリンスの居所を探る。そのプリンスは財閥の令嬢・芳村エリカを怪人から救った縁で、彼女の邸宅に滞在していた。すっかり恋人気分のエリカは、現れたハニーにプリンスと絶縁するよう言い渡す。

パンサークローが怪人・ファンタスティックバタフライを新たな刺客として送り込んできた。ファンタスティックバタフライはキューティーハニーを誘き出し、鱗粉攻撃によって視力を奪う。襲撃現場に到着した青児は、倒れていたハニーを医者に担ぎ込むが、失明の危険性が高いと宣告されてショックを受ける。

シスタージルは長らく意識不明だった如月博士が目を覚ましたと聞き、さっそく空中元素固定装置のありかを聞き出すために締め上げにかかった。博士は装置のありかは口にしなかったが、娘がいることは判明した。シスタージルは博士の娘が誰なのか突き止めるために、怪人・くの一カメレオンに女子高生を次々と襲わせる。

如月博士がパンサークローのアジトから脱出を図った。青児が無事に保護するが、博士の記憶は失われたまま。連絡を受けたハニーは青児の事務所へと急ぐが、途中でシスタージルに襲撃されてしまう。何とか逃れて事務所に辿り着いたものの、時既に遅く、博士は混乱に紛れて姿を消していた。ハニーは父の姿を捜し続ける…。

如月博士が再びパンサークローに捕らわれて人質になってしまった。こちらから敵のアジトに出向けば生きて帰れない可能性が高い。けれど、それでも行かなければならない！　ハニーは青児と共にシスタージルの居城に乗り込んでゆく。ところがその青児までが人質となり、ハニーは空中元素固定装置を渡すよう要求される。

戦いから戻ったハニーの前に、謎の少女・葉月聖羅が現れた。学園に転入してきた彼女は、フェンシング部の新しい仲間になるらしい。部のエースであるハニーを負かすなど腕前も一流。瞬く間に学園のアイドルになるが、彼女にはどこかミステリアスな雰囲気があった。どうやらパンサークローと関係があるらしい…。

シスタージルを倒しても、ハニーの試練は続いていた。父は彼女のもとを去って試練を突きつけ、聖羅は謎めいた言葉を口にする。真実を知れば苦しむことになる、とは一体どういう意味なのか？　聖羅への不信感が日増しに高まる中、フェンシング部の部室が荒らされ、パンサークローの怪人・ペガサスパンサーが姿を現す。

やはり聖羅はパンサークローなのだろうか？　ハニーは疑念を消すことが出来ぬまま、テニス部の練習を見学に訪れる。今日は青児が臨時コーチとして指導を引き受けているのだ。ハニーはそこで、学園のアイドルの座をかけて聖羅とテニス勝負をすることになった。聖羅のプレーにはハニーに対する憎しみが満ちていて…。

動物園に怪人が現れ、人々は大混乱に陥った。ハニーが事態を解決して学園に戻ると、父である如月博士から電話がかかってきた。博士はハニーに驚くべき秘密を打ち明ける。空中元素固定装置は、プリンスゼラの協力を得て開発したというのだ。二つ存在する装置の不完全な方は、廃棄したつもりだったらしいが…。

聖羅は如月博士がハニーに対して愛情を抱いていることが、どうしても我慢できずにいた。自分を捨てた父が、自分ではない別の誰かに愛情を注いでいる…。彼女はハニーを嫌い、これまで敬愛していた博士にまで反発する。パンサークローは拭い去ることの出来ない憎しみを利用し、彼女を意のままに操ろうと試みる。

ハニーたちは連れ立って夏の海に遊びに来た。相変わらず協調性のない聖羅。ビーチには青児も来ていて、久しぶりの依頼を受けて探偵活動に励んでいる。依頼内容は、新婚の夫婦がなくした結婚指輪を見つけること。結婚式中の豪華客船が幽霊船に遭遇した時の驚きで、海に落としてしまったらしいのだが…。

心の奥に深い寂しさを抱えた聖羅は、いつも孤独感に苦しみ悩まされていた。聖羅は、信頼するプリンスが“憎しみの刻印”を彼女の胸に刻んだ者と話しているのを目撃し、強いショックを受ける。そのうえ、受け取ったラブレターが同級生たちがイタズラ目的で作った偽物と知り、黒い憎しみを爆発させる。

ハニーは自分を憎む聖羅に、共に生きてゆこうと真心から訴える。だが、聖羅はミスティハニーに変身し、青児を人質に取って最後の対決を迫ってくる。青児はハニーの正体を知り、現れたプリンスは残酷な事実を明らかにする。ハニーと聖羅は空中元素固定装置の造り出した新生命体、つまり人間ではないというのだ。

二つの空中元素固定装置は、如月博士とプリンスが競って開発していたものだった。不完全な方の装置をプリンスが実用化したことで聖羅が生み出され、偽りの記憶と憎しみを植え付けられた彼女は、ハニーと戦うための道具に変えられたのだ。真実を知って絶望した聖羅から、ダークパンサーが出現する。そして…。 24

聖羅はハニーの目の前で炎の中に消え、空中元素固定装置が形見に残された。ダークパンサーに刺された父も既に事切れている。残酷にも姉妹の心を弄んだプリンスに、ハニーは怒りに震えながら剣を繰り出す。青児は彼女のあまりにも痛々しい姿を見て、「自分にもハニーのために何かできるはず」と立ち上がった。

パンサークローは着々と復活を遂げつつあった。一方のハニーは、もう誰も戦いに巻き込みたくないと思い詰め、生活の場をひそかに青児の事務所に移そうと考えていた。それを知った夏子は引き留めようとするが、ハニーに自分こそキューティーハニーだと打ち明けられると、ショックを受けて寮を飛び出してしまう。

焼け落ちた寮の跡地で、ハニーが不思議な小動物を拾った。彼女はその動物を“ダンダン”と名付け、ペットとして可愛がることに。ところがダンダンのせいで、ハニーたちの通学バスがゴーゴンクローに狙われてしまう。激闘の末にゴーゴンクローを退けたのも束の間、ダンダンが突如としてハニーに牙を剥いた。

パンサークローの怪人・エレクトリックパンサーが、世界一高価なルビーとして有名な“アメリカの女王”を強奪した。取り戻した者には500万円の報奨金が支払われるらしい。寮再建の資金を稼ごうと、ハニーと青児は捜査に乗り出す。意気込む二人のもとに、パンサークロー幹部・スカッドパンサーからの挑戦状が届く。

聖チャペル学園のＯＢ・望月達彦は、“神風”と呼ばれるレーサー。彼の出場するレースが間近に迫ったサーキットで、パンサークローが暗躍を始める。察知したハニーと青児が、事件を未然に防ごうと行動を開始。ところが、正体不明のレースクイーンを追った青児が捕らわれ、レース開始直後に大事故が発生してしまう。

中近東で暴れまわるスカッドパンサー。“砂漠の悪魔”と恐れられる彼女には、ひとりの幼い女の子を助けた過去があった。その女の子と出会ったのは、悲惨な殺戮が日常茶飯事となっていた泥沼の戦場だった。出逢いによって、パンサークローの心の中に不思議な感情が芽生えた。しかし、女の子は殺されてしまい…。

聖チャペル学園の理事長邸から、地図と古文書が発見された。どうやら財宝のありかを示すものらしい。ハニーたちは鼻息も荒く、お宝が眠るというジャングルに足を踏み入れる。しかし行く手には、凶暴な食肉植物や落とし穴など危険がいっぱい。後をつけるパンサークローも手を焼く、とんでもない困難が待ち受けていた。

商店街の福引きで、ハニーが豪華賞品を引き当てた。夢の列車バイオレットトレインで旅する、３泊４日のツアーだ。しかし怪人カッタークローが現れ、暴走する列車に時速100キロ以下になるとスイッチの入る爆弾をしかける。ハニーは機転を働かせてパニックを防ぎつつ、夏子たちと協力して爆弾の捜索に取りかかるが…。

国際科学者シンポジウムに参加する予定だった科学者の一人が、パンサークローに誘拐された。それを知った学園長は、ハニーに神崎美津子という女性のボディーガードになってくれるよう頼む。美津子は学園長や如月博士が大学時代に憧れたマドンナで、彼女もまたシンポジウムに出席する予定の科学者だった。

青児は腹が減っていた。しかも水道水で空腹をごまかす以外に術を持たない始末。パンサークローの追跡に力を入れるあまり本業がおろそかになり、とうとう蓄えも尽きてしまったのだ。彼に救いの手を差し伸べたのは夏子だった。ハニーと食べ歩きツアーに出かけるので、ボディーガードに付き添って欲しいのだという。

実験用の宇宙ステーションが、パンサークローに乗っ取られた。ステーションを開放すべく宇宙空間に向かうハニーに、青児が危険を承知でついてくる。ハニーは捕らわれて変身不能の状態にされるが、敵の仲間割れによって何とか勝利。宇宙空間に放り出された青児を捜すうち、彼に対する本当の気持ちを自覚する。

宇宙空間で再会したプリンスゼラは、既にパンサークローを離脱していた。彼によると、パンサークローは欲望そのものから生まれ、人の世に影のように寄り添い続けてきた存在らしい。人類が滅亡しない限り、パンサークローもまた滅びることはないのだ。プリンスはパンサークローのいない世界へ行こうとハニーを誘う。

ハニーとフレディクローの戦いは続いていた。青児とハニー親衛隊の少年は、発射準備態勢に入ったミサイルの解除に必死で取り組んでいる。発射用の制御装置を解体するためには、回路を正しい手順で断ち切らねばならない。最後に残された赤と緑どちらの線を切るべきか、青児の決断と勇気に運命が託される…！

ハニーと夏子はプロレスの観戦に出かけた。プリンセス・ユリとコング・ザ・ヒールが激突する会場で、青児が警備員のアルバイトをしているのだ。試合開始の直前になって、シスタージル率いるパンサークローの一団が現れ、会場を占拠する。ジルはハニーにプロレス勝負を要求。ハニーも挑戦に応じようとするが…。

パンサークローの首領・パンサーゾラが、ハニーたちの前に姿を現した。その途端、聖チャペル学園の一帯は深い闇に包まれ、夏子たちが地中深くに引きずり込まれてしまう。しかも闇は全世界へと拡大しつつあるらしい。難を逃れたハニーは眠る青児を事務所に残し、プリンスゼラに導かれながらパンサーゾラの居城へ向かう。

ハニーの前に宿敵・シスタージルが立ちはだかる。闇の中に囚われていた夏子や学園長たちは、遅れてやって来た青児が救出。パンサーゾラは倒される度に復活するシスタージルを体内に取り込み、空中元素固定装置を奪おうとハニーに魔の手を伸ばす。人の世の影であるゾラは、やはり封じ込めることが出来ないのか…。

最後の聖戦から３年後、大学生になったハニーは青児と結ばれ、娘の聖羅を加えた３人で探偵事務所で暮らしていた。費用が足りずに断念した結婚式は、ようやく今日になって挙げるに至った。ところが復活したパンサークローに結婚指輪が奪われ、聖羅まで誘拐されてしまう。愛の光を守るため、立ち上がれ、花嫁ハニー！