突然変異を起こした動植物からスペースモンスターが生まれ、太陽系へと魔の手を伸ばしていた。天王星のギャラクシーエネルギーの放射が弱まったことが原因だ。月の王国の王女であるオーロラ姫は、キティ博士から与えられたクイーンコスモス号に乗り、超能力でエネルギーを復活させるために大王星へと旅立つことを決意する。キティ博士は姫を守る者として、暴れ者のジャン・クーゴを選ぶ。ところがオーロラ姫は、危険な宇宙海賊・スペースウルフに狙われてしまい…。
宇宙海賊スペースウルフを倒し得意になるクーゴに、オーロラ姫はたとえモンスターでも命をうばってはいけないと諭す。感謝されて当然だと思っていたクーゴは怒り、地球へ引き返してしまう。キティ博士のもとを訊ねたクーゴは、オーロラ姫の悲しい過去を聞かされる。たった一人で大王星への過酷な旅に挑む姫を想い、彼女を守り抜く決意をするクーゴ。その頃、姫は新手のスペースモンスターの襲撃を受けていた。急げクーゴ、姫が危ない！
損傷したコスモス号の修理のため、泥の惑星に立ち寄った一行。そこにドン・ハッカと名乗る怪力のサイボーグが操る、正体不明のマシンが襲いかかってきた。応戦するクーゴだが、慣れない地中での戦いで苦戦する。オーロラ姫はというと、クーゴと互角に戦うほどの相手ならばむしろ仲間につけるべきだと考えていた。コスモス号を攻撃しようと侵入してきたハッカはオーロラ姫と会い、その美しさと気高さに感動して供になることを了承するが…。
水の惑星に降り立ったクーゴたちに、サー・ジョーゴと名乗る一匹狼の男が攻撃をしかけてきた。オーロラ姫は激怒するクーゴをなだめ、話し合いで解決しようとハッカを使者に立てる。だが、サー・ジョーゴがハッカを水泥棒と決めつけたために交渉は決裂、戦闘になってしまう。クーゴも戦いの場に駆けつけたその時、二枚貝のスペースモンスター・アサーリとシジーミの軍団が押し寄せてくる。クーゴ・ハッカ・ジョーゴは一時休戦を決め、３人でモンスターに立ち向かう！
コスモス号は未知のエネルギーによって、謎の星に無理やり不時着させられた。調査に出た一行は、水晶の宮殿に住むクリスターの招きを受ける。オーロラ姫はクーゴが止めるのも聞かずに招きに応じ、案の定クリスターに囚われてしまう。策を求めて地球へ向かったクーゴは、キティ博士からクリスターの攻略法と「武器よりも強いもの」を託される。一方、クリスターはギャラクシーエネルギーを復活させぬよう、姫を生き埋めにしようとしていた！
オーロラ姫に夢中なクーゴたちは、誰がいちばん彼女を思っているかで言い合いになってしまう。そこに凶暴なスペースアバッチが襲いかかってくる。姫にいいところを見せようとはりきるクーゴは、これ幸いと得意のアストロ棒でたちまち蹴散らしてしまう。ところが面子をつぶされたアバッチは、本拠地である海賊島に応援を要請。知らせを受けたボスは、オーロラ姫の大王星行きを阻止しようと全軍で総攻撃をしかけてくる！
ＳＯＳ信号をキャッチしたコスモス号は、発信元のタンタル星へ急行する。住民はすでに死滅しているらしく、呼びかけても何の返事もない。偵察に向かったクーゴとハッカは遺跡を見つけ、神殿に不思議なマークがあるのを確認する。そのとき突然、遺跡が崩壊をはじめる。クーゴが逃げ遅れ、不覚にもモンスターに捕らわれてしまった。ハッカは男の友情を守るため、たった一人で地中を通って救助に向かう！
オーロラ姫の大王星行きを阻止するため、バリバリモンスターはコスモス号を中性子ゾーンに誘い込んだ。妖しい光で幻覚を見せて互いに争わせるバリバリエネルギーが、そこでは通常の100倍にもアップしているのだ。光のショックで気を失ってしまったハッカとクーゴは、目を覚ました途端に幻覚に惑わされて大乱闘になってしまう。ただ一人まともに光をみなかったジョーゴは、二人を正気に戻そうとするが、怒ったクーゴがコスモス号を破壊するとアストロ棒を向けてくる！
豊かな緑の星であるエスペランス。キティ博士からその美しさを聞かされていたオーロラヒメにとって、エスペランスは夢と希望と憧れの星だった。だが、もしもその星がモンスターの餌食になっていたら…不安を覚えたクーゴは、ジョーゴと共に先回りして上陸する。案の定、ギャラクシー・エネルギーの影響を受けたエスペランスは、住む人のない廃墟と化していた。やって来たオーロラ姫は、憧れの星のあまりの変わりようにショックを受けて姿を消してしまう…。
姿を消してしまった姫を探すクーゴたちは、迷い込んだ地下の廃墟で人間に出会った。エスペランスの人々は荒れ果てた地上を捨て、地底に王国を造って生き延びていたのだ。瞬間移動装置で姫を攫ったエスペランスの大臣は、姫の命と引き換えに化石から甦ったモンスターを倒せと要求してくる。やむを得ずモンスターの谷へと向かうクーゴたち。ところがエスペランスの王女・ノバは、オーロラ姫が月の王国の姫だと知るや態度を急変させ、姫を奴隷にすると一方的に宣言する！
クィーン・コスモス号の軌道を知るために、マッド博士がサタンバーズを使ってキティ博士の研究所に襲撃をかけた。それを知ったオーロラ姫はキティ博士の身を案じ、クーゴに地球へ行ってほしいと頼む。ハッカ、ジョーゴもクーゴの後を追い、オーロラ姫は一人きりで宇宙に取り残されてしまう。マッド博士は守る者のいなくなったコスモス号に目をつけ、姫を誘拐しようと魔の手を伸ばす。超能力を持つ姫を研究材料に、人体実験を行おうというのだ！
コスモス号は流れる太陽と呼ばれるソルゾーンに入ってしまった。灼熱地獄から脱出するため、危険を承知でスーパーワープ航法を敢行する一同。だが、そのショックは人間である姫の身体には耐え切れるものではなかった。意識を失った姫を甦らせるためには、ペナン星にあるダイヤを手に入れて４時間以内に額にかざさなくてはならない。もし間に合わなければ、姫は植物人間となってしまう。はたしてクーゴたちは、姫の命を救うことが出来るのか！
コスモス号は激しい磁気嵐に巻き込まれて近くの星に不時着した挙げ句、前線基地建設をめぐるブロッガーたちの戦いに巻き込まれてしまう。もともと一つの種族だったブロッガーたちは、大地震のせいで二つに分かれて以来、激しい争いを繰り広げていた。彼らは旧式の武器しか持たないはずなのに、それぞれの陣地にはミサイルが打ち込まれている。誰かが裏で糸を引いているに違いない。そう推測したジョーゴは、真の敵を探し始めるが…。
敵のギンギンマンを追ってギンギラ要塞へと乗り込んだクーゴたち。だが卑怯なギンギンマンは隙をついてコスモス号を急襲し、オーロラ姫をまんまと手中に収めてしまう。とらわれの姫を救うため、クーゴたちは降参したふりをしてわざと捕虜になる。クーゴはスパークハウスに閉じ込められる直前に分身と入れ替わって脱出、無事に姫を救い出す。ところがそれを知ったギンギンマンが、巨大モンスター・ガンモスを使って戦いを挑んでくる！
ギンギラ要塞から脱出したギンギンマンは、レーダーでも捕捉不可能なプリズマーの中に隠れ、クーゴたちの前から姿を消してしまった。クーゴはドッジ助教授の力を借りて、ギンギンマンが植民地であるゴラリ星に潜んでいることを突き止める。度重なる失敗に業をにやしたギンギンマンは、再びオーロラ姫を捕らえる前に、邪魔なクーゴを抹殺しようと企んでいた。二度と出ることができないブラックホールへ誘い込もうというのだ！
コスモス号は突如現れた謎の宇宙船による攻撃でエンジンを損傷し、美しい緑の惑星に不時着した。身動きできないコスモス号に、巨大な花のモンスター・ラフレシアが迫ってくる。ハッカの機転で地中に姿を隠す一同。一人で偵察に出たクーゴは、再び謎の宇宙船と遭遇し、操縦者であるオリオからラフレシアによって人間が奴隷にされていると聞く。クーゴはオリオと共に悪魔の花ラフレシアを退治しようと決意する！
オーロラ姫に休息をとってもらおうと、コスモス号は穏やかな海の惑星に降り立った。クーゴたちは久しぶりの海を前にしてはしゃぐが、幼い頃のつらい記憶がよみがえった姫は、すっかりふさぎこんでしまう。姫を傷つけてしまったと反省するハッカは、海水浴の誘いを断わって名誉挽回のためのプレゼントを探しにゆく。それを見計らったかのように、蛾のモンスター・バゲバが現れた。姫の美しさを妬んだバゲバは、ロボットを差し向けて姫を連れ去ってしまう！
クーゴたちは漂流中のロケットに乗っていたジラールとアミラを助けた。二人の故郷であるベスター星では、ベラニアというモンスターの怒りを鎮めるために、若い娘が毎年犠牲として捧げられているらしい。それを知ったオーロラ姫は、残された人々を救うためにベスター星へと向かう。ベラニアは想像以上に強く、クーゴたちの力だけでは倒すことは不可能。それを知ったオーロラ姫は、胸にある決意を秘めて、誰にも告げずにドクロ岩へと向かってゆく…。
コスモス号のクーラーが故障してしまい、船内が蒸し風呂のようになってしまった。修理のために降り立った惑星は、他でもないジョーゴの故郷。ところがその星は、氷のモンスター・トドーンによって冷たい不毛の世界と化していた。かつての部下・モンパと再会したジョーゴ。トドーンを前にした彼は日頃の冷静さを失い、クーゴたちが止めるのも聞かず、仲間たちの仇を取るために一人でトドーンに立ち向かってゆく！
植物のモンスターに襲われたコスモス号。クーゴとハッカが船外へ出て戦うものの、強靭なツルに機体を絡め取られた上に星の引力にも引っ張られ、不時着を余儀なくされる。様子を見に出たクーゴは、モンスターと戦っていた少年・マルタを助ける。大切な友達をモンスターに殺されたマルタは、自分の手で仇を討つと誓い、たった一人で戦い続けていたのだ。クーゴは幼い頃の自分に似ているマルタに、何とか仇をとらせてやりたいと願うのだが…。
強烈なエネルギー反応をキャッチしたコスモス号は、すでに廃墟と化している惑星に降り立った。偵察に出たハッカは、ルーゲン隊長率いるグリーク星の攻撃隊と遭遇する。ルーゲン隊長は地底都市で暮らす仲間の安全を守るために、地中に住むモンスター・アリンゴを絶滅させようとしていた。ハッカは無益な戦いを避けてほしいと頼むが、ルーゲンは地中に住む怪物を自分たちと同等だとは認めないと拒否、火炎地雷による最終絶滅作戦を開始してしまう！
クーゴがスペース・モンスターだと思いこんで破壊した船には、帰る星を失った避難民の少女たちが満載されていた。オーロラ姫は彼女たちを保護し、船を修理してやることに。そのオーロラ姫が時限爆弾で狙われる事件が発生。クーゴは少女・マリアに化けたモンスターが犯人だと信じ、大ケガを負わせてしまう。ところがどこにもそんな証拠はない。クーゴは次第に孤立してゆき、オーロラ姫にまで非情な宣告を突きつけられてしまう！
誰にも信じてもらえない辛さを抱え、コスモス号を後にしたクーゴ。追放を命じたオーロラ姫もまた、クーゴの行動を理解することが出来ずに苦しんでいた。事情を聞いたキティ博士は、一連の事件が超空間転移を使ったトリックであることを解き明かし、犯人が非生命体モンスター・べムラであることを見破る。だが時すでに遅く、コスモス号はべムラによって行方不明にさせられてしまった。クーゴはべムラの魔手から姫を救うことが出来るのか！
クーゴは助けを求める少年・ポンコを見つけて船に拾い上げた。ところがポンコは姫を人質にしてコスモス号を乗っ取り、他の星へ連れていくことを要求する。分身を使って取り押さえるクーゴ。単なる家出少年だと思い、迎えに来た母に引き渡そうとするが、ポンコは母をモンスターだと決めつけて激しく抵抗する。ポンコが嘘をついているとは思えず、コスモス号は要求通りに愛の星と呼ばれるダンダン星へ向かうのだが…。
バラの咲く星を見つけたハッカは、美しさに魅せられてこっそりと上陸した。だが、そこはギンギンマンの支配する星だった。宝物の番人であるバラランは、美しい女性に化けてハッカに接近する。バラランに夢中になってしまったハッカは、騙されているとも知らずに封印の鎖から解放してやると、使命を忘れてコスモス号から下りると約束してしまう。その頃、ギンギンマンを呑み込んだブラックホールが怪しい光を放っていた…。
ギンギンマンがキンキンマンの助けを借りて、ブラックホールからの脱出を果たした。争いを嫌うオーロラ姫も、宇宙を荒らし回るギンギンマンをさすがに許すことは出来ず、再び平和が戻る日まで閉じ込めておこうと行方を追う。そんな一同の目の前で、ギンギンマンは自分の欲望を満たすためだけに、コロン星の人々を無残にも全滅させてしまう。ギンギンマンと最強のモンスター・ドランゴに、怒りに燃えるクーゴが立ち向かってゆく！
捨て身の攻撃でドランゴを倒したクーゴ。その頃、コスモス号はキンキンマンが放ったモンスター軍団の襲撃を受けていた。光を吸収する星へ逃れてモンスターをやり過ごしたコスモス号だが、クーゴとは連絡が取れなくなってしまう。一方、ギンギンマンからの救援信号をキャッチしたキンキンマンは、自ら戦闘要塞・ゴルスターを指揮して出撃を開始した。どうしても自分の手でクーゴを倒したいギンギンマンは、それを知ると最後の切り札を繰り出してくる！
キンキンマンとギンギンマンは、合体ロボ・キンギンダーを繰り出してコスモス号を襲う。クーゴはキンギンダーの必殺技・ストームプラズマによって腕を負傷し、アストロ棒が使えなくなってしまう。窮地に追い込まれたクーゴたちは、自分たちの身を顧みずにオーロラ姫を逃がす。使命を果たすには迷っている時間などないのだ。一度は大王星へ向かう道を選んだオーロラ姫だったが、共に旅をしてきた仲間を見捨てることができず、コスモス号を戦場に向けてＵターンさせる！
キンキンマンはオーロラ姫の持つギャラクシー・エネルギーを利用して、銀河系を征服しようと企んでいた。彼がクーゴたちを抹殺せよという命を与えたのは、行動隊長のソルダ。自分の故郷を持たないソルダは、理想の国を作るためだと信じ、ペトロスを使ってクーゴたちに攻撃をしかけてくる。激戦のさなか、突然ペトロスが爆発する。ギンギンマンが味方であるソルダに構わず、ペドロスを効率の良い爆弾にしようと仕掛けを施していたのだ！
ついに戦うことを決意したオーロラ姫。ずるがしこいギンギンマンは、ポイズ三兄弟の父の命を奪って、自分のかわりに戦場に送り込む。三兄弟は父親の死がクーゴたちの仕業だと思い込まされていた。復讐に燃えてコスモス号に迫ってくる三兄弟の攻撃に、クーゴたちは苦戦を強いられる。ところが三兄弟は、偶然にも父親の残したカセットで全てを知り、騙されていたことに気付く。計画の失敗を知ったキンキンマンは、再び合体ロボを出撃させる！
ついにキンキンマンの本拠地であるレンファ星に乗り込んだクーゴだが、ホルス攻撃隊に迎撃されて全てのエネルギーを使用不能にされてしまった。キンキンマンはその隙にコスモス号を襲い、オーロラ姫を手中に収めてしまう。服従を誓えと姫に迫るキンキンマン。ギャラクシー・エネルギーを自分の欲望のために使ってはならないと、姫は断固として拒否。怒ったキンキンマンは、記憶を奪われて奴隷にされたジョーゴに、オーロラ姫を鞭で打てと命令する！
巨大な蛾のモンスター・ドクンガがコスモス号に襲いかかってきた。メイン・ブースターに卵を産みつけたドクンガは力尽きて倒れてしまうが、孵化した幼虫はひそかに成長を続けていた。見えない力に引きずられるように小さな星へ不時着し、ドクンガの雄に襲われるコスモス号。危ないところでクーゴたちを救ったのは、探検に出かけたまま行方不明になっていたドッジの弟・ヘボンだった。ドクンガを憎むヘボンは、超音波で幼虫を誘い出して皆殺しにしようとしているらしいが…。
ギララ星系の支配者であるキング・ギューマは、オーロラ姫のギャラクシー・エネルギーを利用して銀河系を支配しようと企んでいた。ギューマはキャプテン・ガリアにコスモス号を捕らえることを命じ、隕石の雨を降らせてクーゴたちをスカルピア星へと誘い込む。スカルピア星の光景に故郷の思い出を重ねるハッカは、モンスター・スカルピアが暴れ出したのに怒って一人で出撃する。クーゴが止めに入るが、彼はスカルピアの毒によって視力を失ってしまう！
クィーン・ラセツ軍団は、コスモス号をガラスの星に誘い込むと、オーロラ姫とクーゴたち双方のもとに偽者を送り込んで引き離してしまう。離陸して大王星へ向かうコスモス号では、いつもと違うオーロラ姫の態度にジョーゴが不審を抱いていた。一方、残された姫は偽者のクーゴたちに捕らえられ、ギャラクシー・エネルギーを放射させられようとしていた。全ては滅亡に向かっている星を甦らせるための作戦だったのだ！
キング・ギューマは、物質転送マシンを使ってオーロラ姫を手に入れようと企んでいた。その部下であるキャプテン・ガリアは、モンスター・ブリグマーの攻撃力に目をつけ、子供を人質に取って利用することを思いつく。コスモス号を襲うブリグマー。子を想う親の強烈な攻撃に、クーゴとハッカは大苦戦を強いられる。事情を知ったオーロラ姫は、ブリグマーの子供を救うため、自らおとりとなってガリアの元へ向かう！
コスモス号は磁気嵐を避けてラムダ星へ避難し、そこで小型の宇宙艇を助けた。艇の中から現れたのはベラミスだった。クーゴに決闘を申し込んだベラミスは、羽根のような身のこなしと絶妙な剣さばきでクーゴと対等に渡り合う。その頃、クィーン・ラセツはラムダ星地底基地へ指令を出し、オーロラ姫を捕らえるように命じていた。一同を襲うミサイル。クーゴは星から脱出する瞬間、偶然にもベラミスのペットであるミュウを傷つけてしまう…。
大王星へ急ぐクーゴたちの前に、またしてもラセツ軍団が現れた。ベラミスもまたラセツ軍団の一人。故郷であるガリウス星を守るために志願してサイボーグとなったが、モンスターに母を殺され、故郷の星も奮闘むなしく消滅してしまった。今やたった一人の友だったミュウまでも失い、ひとりぼっちになってしまったのだ。ラセツからギャラクシー・エネルギーの話を聞いたベラミスは、エネルギーを利用して、帰る星を失った者のために理想の世界を作ることを誓う！
クーゴたちへの復讐を果たすため、キャプテン・ガリアは爆発物をしかけた隕石群へコスモス号を誘い込む。クーゴたちは僅かな隙間を通って脱出するが、強い磁力によって見知らぬ星へ不時着させられてしまった。コスモス号が磁力に邪魔されて発進できないため、クーゴたちは手分けして隕石を破壊に向かう。警備が手薄になるのを待っていたガリアはベルドーベルを侵入させてオーロラ姫を誘拐。ハッカが慌てて後を追うが、ベルドーベルの火炎をまともに浴びてしまう！
チーフキャプテンとなったベラミスが、戦闘母艦を率いてコスモス号に攻撃をしかけてきた。クーゴはベラミスをおびき出し、その隙にコスモス号を氷の惑星へ逃がす。氷の星の女王フロメダはジョーゴの亡き妹に生き写し。すっかり信用してしまったジョーゴは、彼女の勧めでコスモス号を呼び寄せる。雪の精であり人間となることを願うフロメダは、どんな手を使ってもギャラクシー・エネルギーを手にいれようとしていた。それを知ったジョーゴは思い直すように説得するのだが…。
度重なる失態に怒ったキング・ギューマは、オーロラ姫を捕らえるために駐屯部隊を差し向けた。迎え撃つクーゴたちだが、自らの命を犠牲にして相手を倒そうとするスパーク作戦に苦しめられる。機体を隕石に偽装して近づいてきたベラミスは、コスモス号を乗っ取り、オーロラ姫をラセツ星へ連れ去ろうとする。しかし、死滅してゆく星の引力によって不時着を余儀なくされ、二人は気を失ってしまう。やがて意識を取り戻したオーロラ姫はベラミスを介抱し、その身体に隠された秘密を知る…。
連れ去られたオーロラ姫の行方を必死に探すクーゴたちは、マグマの星で姫の首飾りを発見する。爆弾が仕掛けられているのも構わず、クーゴは首飾りを取り戻し、姫がこの星で生きていることを確信する。一方、爆発にまぎれてコスモス号を発進させたベラミスは、クーゴたちの目を欺いてデルタ小惑星に向かう。しかしキング・ギューマの差し向けたスペースモンスター・ブラッケンに行く手を阻まれ、絶対絶命の危機に陥ってしまう！
ギューマ軍の追っ手をくらますため、クーゴたちは短距離ワープ航法を繰り返しながら大王星をめざしていた。ベラミスはギララ小惑星へ先回りするが、ギューマ軍のキャプテンゴリオスの闇討ちを受け、キング・ギューマの元へ連行されてしまう。姫を捕らえるのはたやすいと豪語するゴリオス。ベラミスはもしもゴリオスが失敗したらギューマ・ラセツ両軍団のチーフキャプテンの座を自分に与えて欲しいと、キング・ギューマに要求する！
救助信号をキャッチしたコスモス号は発信源のザイクロ星へ向かう。しかし、助けを求める人々の姿はどこにもなかった。実はこれこそ、姫の思いやり深さを利用してクーゴたちから引き離そうというベラミスの作戦だった。出現したモンスター・ドラゴンフライとクーゴたちが戦っている間に、姫が捕まって連れ去られてしまう。大切なギャラクシー・エネルギーが、ラセツ星のために悪用されてしまうのか…。苦悩するジョーゴは、姫を乗せたカプセルに銃口を向ける！
ギララ星系の中心に近付いたコスモス号。焦るキング・ギューマは、どんな手を使ってもオーロラ姫を捕らえてクーゴたちを抹殺しろと厳命を下す。命令を受けたベラミスは、ギューマ・ラセツの両軍を率いて総攻撃をしかけてくる。クーゴたちは姫を安全な場所へ逃がそうと試み、罠とも知らず赤い砂漠の惑星に誘い込まれてしまう。クィーン・ラセツは、砂漠に住む無数の植物をモンスター化させ、プラズマ放射によってクーゴたちの命を奪おうと待ち受ける！
コスモス号がガマギン星に近づいたことを知ったクィーン・ラセツは、モンスター・ガマギンを使って攻撃するよう命令。べラミスは近くにあるラブリー星を巻き込んでしまうと反対するが、ラセツは一蹴する。ラブリー星は戦場となり、オーロラ姫はそこで病に倒れた少年を助ける。少年を救うためには、アイズナー星にある宝石を手に入れなければならない。クーゴはラブリー星を離れてアイズナー星へと急ぐ。それを知ったクィーン・ラセツは、ラブリー星への総攻撃を命令する！
ベラミスの不服従に怒るクィーン・ラセツは、特殊部隊のキルメスを利用し、マグネビームで小惑星を消滅させて磁力線の乱気流を引き起こす。アダバ星の基地がコスモス号の姿を捉えるが、味方のはずのキルメスの攻撃を受けて全滅。救助に向かったクーゴたちは外人部隊の少女・シルスの亡骸を発見し、その無残な仕打ちに憤る。クィーン・ラセツから部隊を全滅させたのはクーゴだと思い込まされたベラミスは、クーゴに一対一の決闘を申し込む！
コスモス号はギューマ星とラセツ星に迫っていた。業を煮やしたキング・ギューマは、もはや部下には任せておけないと自らが出撃することを決意する。先手を打って出たクーゴたちは、ギューマ軍の前線基地を発見してこれを破壊。ベラミスは小惑星へ逃れたコスモス号をおびき出すため、反物質爆弾を仕掛ける。ところがその星には、避難民たちの宇宙船が不時着していた。クーゴとベラミスは戦いを一時中断し、爆発によって瓦礫に埋まった宇宙船を救い出そうとするが…。
コスモス号はキング・ギューマの手によって挟み撃ちにされ、ワープして逃げようと試みるものの、スペースウォールに跳ね返されて動けなくなってしまう。クーゴたちと対面したキング・ギューマは、姫を渡して降参しろと要求。断るクーゴたちめがけ、ギューマ軍はソニックブラスターを発射する。間一髪でコスモス号を逃がしたのは、キング・ギューマに姫を奪われることを恐れたラセツだった。必死で逃げるコスモス号に、クィーン・ラセツはしたたかに魔の手を伸ばす！
ついにキング・ギューマが全艦隊を率い、コスモス号に総攻撃を開始した。クーゴたちはオーロラ姫を守るため、心をひとつに合わせて迎え撃つが、圧倒的な数に押されて次第に苦境に追い込まれてゆく。このままではクーゴたちの命が危ない。オーロラ姫は自分の命と引きかえに攻撃をやめるようにキング・ギューマに要求。それを知ったクーゴは、敵の目をごまかすために姫をレフトフライ星に隠すが、そこにはベラミスが待ち構えていた。姫はベラミスの手によって、ラセツ星へと連行されてしまう！
ついにオーロラ姫を手中に収めたクィーン・ラセツは、ギャラクシー・エネルギーを独り占めしようと、姫の体をスーパーコンピューターの一部としてセットする。その瞬間、ラセツの裏切りを知ったギューマ軍団が攻め込んでくる。両軍入り乱れての戦いとなり、スペースウォールが崩壊。クーゴはその隙に乗じてオーロラ姫を救い出すことに成功するが、怒ったラセツが仁王ロボを差し向けてくる。アストロ棒も通じない強敵に、クーゴは一体どう戦うのか!?
ギューマ星爆発の影響を受け、ラセツ星にも終わりの時が近づいていた。ベラミスはクイーン・ラセツを丁重に弔うため星にとどまっていた。彼女はクイーンに亡き母の面影を見ていたのだ。やがてラセツ星も爆発、巻き込まれたベラミスは行方知れずになってしまう。クーゴたちも結局、ラセツ星の人々を救うことが出来なかった。哀しみに打ちひしがれながら大王星へと進んでいると、モンスターの襲撃を受けて全滅した宇宙船を発見する。光もレーダーも受けつけない怪物の仕業らしいが…。
ギューマ星とラセツ星が滅亡した後も、オーロラ姫の平和を願う祈りもむなしく、ギューマ軍の残党たちはなおも活動を続けていた。キング・ギューマの息子であるプリンス・ガイマは、星が滅亡したという報せを聞いて驚く。クーゴとかいう男が父を倒し、故郷を滅ぼしてしまったらしい…。プリンス・ガイマはギララ星系最強のサイボーグ戦士である誇りにかけて、コスモス号とクーゴたちに復讐を誓う！
ベラミスは悪の軍団を葬り去ることこそ自分に課せられた使命だと悟り、単身ギューマ軍団に戦いを挑んだ。だが、プリンス・ガイマの砲撃を食らって小惑星に落とされてしまう。プリンス・ガイマは偵察に出ていたクーゴの前にも、突如として姿を現す。彼はクーゴを仇だと誤解し、弁解も聞かずに攻撃を仕掛けてくる。このままでは埒があかないと感じたクーゴは、ギララ太陽の日蝕がせまっているのを利用して、スペースシャーク号に対して奇襲に打って出る！
プリンス・ガイマの罠にはまり、オーロラ姫と引き離されてしまったクーゴたち。急いで後を追うにも、クローベルトは水素スペクトルの爆発を引き起こす恐れがあるので使うことが出来ない。小惑星へ逃れていたオーロラ姫のもとにはスペースシャーク号がせまってくる。オーロラ姫は重力が十分の一しかないことを利用して敵の目を眩ますが、プリンス・ガイマに見つかってしまう。洞窟へ逃れたオーロラ姫に、もはや逃げ場はどこにもない。どうする、クーゴたち！?
プリンス・ガイマによって洞窟に閉じ込められたオーロラ姫。天井や壁はいつ崩れ落ちてもおかしくない。姫の行方を突き止めたクーゴたちは救出に向かうが、入口が埋まっているため、ハッカが地中を掘り進んで救出に向かうことになる。オーロラ姫が生きていると知ったプリンス・ガイマは激怒し、再びスペースシャーク号で攻撃をしかけてくる。クーゴは決着をつけようと、スタークローで突進してゆく！
スペースシャーク号が航行不能となった。戦闘意欲をなくした兵士たちを怒りに任せて処刑していった結果、船内にはプリンス・ガイマただ一人が残される。彼はメカロボットヒドラで脱出し、コスモス号へと迫ってくる。クーゴたちは姫を大王星へ向かわせ、自分たちは残ってヒドラに立ち向かう。強大な力を持つヒドラにはバラバラで戦っても勝つのは不可能、三人同時に懐に飛び込む以外に勝つ方法はない。見事ヒドラを倒し、プリンス・ガイマの野望を打ち破ることができるのか！
食事中のハッカが姿の見えない幽霊に殴られる。しかもエネルギーパイプが壊され、コスモス号は停電してしまう。赤外線照明に切り替えた途端、ハッカは幽霊の正体を目の当たりにする。それは燐に似た性質を持つガス状のモンスターだったのだ。一刻も早く追い出さなければならないが、船内を壊してしまう恐れがあるので存分にアストロ棒を振るうことができない。やがてモンスターは、ギャラクシー・エネルギーを求めて姫の部屋に押し寄せてくる！
オーロラ姫のもとに大王星の女王からのメッセージが届く。だが、それは本当に大王星から送られてきたものだろうか？ 疑念を拭えないまま女王の宮殿へ向かう一行。すると、オーロラ姫がクーゴたちの目の前で姿を消してしまう。案の定、その星は大王星ではなかったのだ。女王の名はエドラ、アルゴ星を統べる者だ。ギューマ軍との戦いで国を失った彼女は、故郷の星を元に戻すため、オーロラ姫を奴隷にしてギャラクシー・エネルギーを独り占めにしようとしていたのだ！
コスモス号にSOSを求める信号が入る。遊星に閉じ込められた船があるらしいのだ。コスモス号が向かうには軌道を修正しなくてはならないので、ひとまずクーゴがスタークローで現場に向かう。遊星の引力に引き寄せられたクーゴは、突如として見知らぬ兵士たちからの攻撃を受ける。彼は攻撃を逃れると、べラミスと再会し、マンドラゴと呼ばれる神像によってギューマ軍の外人部隊が催眠状態にされていることを聞かされる。そこでベラミスと共にマンドラゴ退治に乗り出すのだが…。
ギャラクシー・エネルギー低下の影響を受け、太陽熱が低下を始めた。そのため世界中に異常気象が発生する。都市は突然現れた恐竜によって破壊されてゆく。異変を知ったオーロラ姫はキティ博士の身を案じ、見かねたクーゴがオーロラ姫のかわりに地球へ向かう。なんとか太陽熱の低下を押さえようと、研究所ではギャラクシー・アンテナの突貫工事が進んでいた。それを狙う恐竜が研究所を襲撃する。クーゴは人類最後の希望であるアンテナを守り切ることができるのか!?
恐竜の化石から甦ったモンスターが、キティ研究所へと押し寄せてくる。クーゴは親友モーリーと共にキティ博士を守るが、最後の希望であるギャラクシー・アンテナを壊されてしまう。キティ博士はやむなく研究所ごと宇宙へ避難し、太陽に向かってギャラクシー・エネルギーを放射する方法を選ぶ。避難所のパトロールにでかけたクーゴとモーリーは、再び現れたモンスターと戦うことに。だが、そこでモーリーが命を落としてしまう…。
コスモス号の後を追うクーゴだが、その行方は一向にわからずにいた。そのコスモス号は海底惑星であるアテランテスに不時着し、守護神像を壊してしまった。しかも兵士たちの奇襲を受け、姫がとらわれの身となってしまう。ハッカとジョーゴも捕虜として牢に繋がれてしまい、絶体絶命のピンチに。地震発生機を使ってアテランテスを支配していたギルスは、オーロラ姫を魔女だとして裁判にかけ、いけにえの淵に沈めよという決定を下させる！
クーゴたちはアテランテス星系を抜けた。だが、安堵したのも束の間、ドッジ助教授から太陽に向かって放射していたギャラクシー・エネルギーの残量が残り少ないことを知らされる。エネルギーは持ってあと二日。それを過ぎると太陽系はどうなってしまうかわからないというのだ。クーゴたちは大王星へと急ぐが、ガス状星雲の竜巻に遭遇したため、小惑星の中に逃げ込んで嵐をやり過ごすことになる。わずかな休息を取る一行に、アメーバ状の物体が不気味に迫ってくる！
大王星を目前にしたコスモス号は、謎の黒雲に追いかけられて月へ逃げ込む。黒雲の正体は粒子モンスターだと判明するが、つかみ所のない相手に大苦戦。クーゴは戦いの最中にベラミスと再会し、一時休戦して強敵に立ち向かうことになる。粒子モンスターを倒すには、電磁エネルギーでコアを破壊する以外にない。べラミスは星を失った人々の願いを背負い、命をかけてモンスターに向かってゆく！
大王星へ呼び戻され、オーロラ姫と再会したクーゴたち。彼らはキティ博士から、ギャラクシー・エネルギーの届かない辺境の星・ゴルゴア星系の人々をモンスターの手から救い出して欲しいと要請される。ゴルゴアの王女プレネに自分の過去を重ねたオーロラ姫は、人々に平和をもたらすため再びコスモス号で旅立った。第一の惑星に到着した一行は、ゴルゴアモンスター・ドラガの襲撃を受ける。クーゴは未知なる敵に、ドッジ助教授から授けられた新たな力で立ち向かう！
ゴルゴア星系、第二の星へ向かったコスモス号。スタークローで降りてきたクーゴは、大王星を崇める住民たちに神と間違えられてしまう。彼らの村は一見すると平和そうに見えるが、実はビッグマーというモンスターに支配され、無理やり食べ物を作らされていた。クーゴたちは恋人を奪い返そうとする若者を追ってビッグマーの洞窟に向かうが、妖力の鞭によってすべての武器を奪われてしまう。しかもオーロラ姫まで捕虜になってしまった！
第三の惑星・アムル星をめざして旅を続けるクーゴたち。だが、アムル星はすでにゴルゴアモンスター・ジェミンガにより支配され、心を操られた人々は互いを憎み合い、相手が誰であろうと死ぬまで戦わされ続けていた。二人の兵士が戦う姿を見たクーゴは、戦いを止めさせるため麻酔光線で二人を眠らせてコスモス号へ連れ帰る。姫から二人が親子だと聞かされたクーゴは、なんとか無益な戦いをやめさせようとするのだが…。
クーゴたち一行は、豊かな緑に囲まれた美しい星・トパズニアにやって来た。だが、子供の姿がどこにも見当たらず、町の人々は質問されたことに答えようとしない。不審に思ったオーロラ姫は学校を訪ねるが、校長から「この星にモンスターなどいない」と言われて追い返されそうになる。確かに子供たちはおいしい食事を与えられ、何不自由なく暮らしている。子供好きなハッカはピコという少年と仲良くなるが、不審を抱いたクーゴはミクロ変身で校内を探索、隠されていた恐ろしい真実を暴く！
ゴア星を訪れたコスモス号。出迎えた女王からモンスターとの戦いがあったと聞かされ、クーゴは様子を見に硫黄の谷へと向かう。ところが突如としてゴア星人の部隊が現れ、彼を逮捕してしまう。指揮をとっていたのはモンスターではなく、アンドラという少女だった。軍人だった父の意思を継ぎ、戦いのために命を捨てることも構わないアンドラに、クーゴは命を粗末にしてはいけないと諭す。共に戦う仲間となった二人の前に女王が現れるのだが…。
かつてクーゴに破れたモンスター・ドラガは、復讐のためにクーゴに化け、スパレタ星に攻撃仕掛けた。彼はオーロラ姫に服従することを拒絶する王の息子に大怪我を負わせ、人々に憎しみの心を植えつける。そうとは知らないクーゴは身に覚えのない罪によって攻撃を受けてしまう。ジョーゴが人質になることを条件に、クーゴは自らの手で偽者を捕まえることになるが、もしも真犯人を捕まえることができなければジョーゴの命は奪われてしまう！
青く輝く星と呼ばれたソルブルー星。ギャラクシー・エネルギーが弱まったため、今はその面影はなく、宇宙のゴミが集まるガス状のかたまりと化していた。オーロラ姫は漂流していた瀕死の若者を助けるが、彼は手当のかいなく命を落としてしまう。せめて亡骸を送り届けようと立ち寄った町では年に一度の祭りが行われており、今の状態に満足しているという王からギャラクシーエネルギーを復活させないで欲しいと言われてしまう。クーゴが涙を流していた人々の態度に不審を抱き、密かに調べ始めると…。
コスモス号はついに最後の難関・魔王ゴルガの本拠地へと乗り込んだ。ゴルガはビッグマーとサバタに命じて、クーゴたちの抹殺をはかる。クーゴはビッグマーとの戦いに巻き込まれた少女を助けようとして罠にはまり、アストロ棒を奪われてしまう。武器を持たないクーゴの身を案じるオーロラ姫。アストロ棒が魔王ゴルガの城にあると知ったクーゴは、奪い返そうと危険を承知である計画を立てる…。
クーゴたちは魔王ゴルガを追って、魔王星の月へ向かった。ゴルガはミュータントの群れを操り、クーゴたちを襲わせる。ミュータントは元々、何の罪もない草や木や動物。クーゴたちはどうしても命を奪うことが出来ずに苦戦を強いられる。彼らを元に戻すには大王星のギャラクシーエネルギーが必要だが、電磁性物質が邪魔をして届かない。怒りに震えるクーゴの放った一撃に、魔王ゴルガはついにその正体を現す。銀河系すべての平和をかけた戦いに、決着をつける時が来たのだ！
