ミツバチのマーヤは、好奇心旺盛でおしゃまな女の子。生まれてすぐに先生を質問攻めにしてしまいます。
知りたがり屋のマーヤは何にでも首をつっこみ一人で行動してしまうので、先生はいつもハラハラしています。
蜜(みつ)を集めるのが自分の仕事だと聞いたマーヤは、蜜を集めすぎてお城まで運べなくなってしまいます。
お城の近くの花の蜜を取りつくしてしまったので、よその世界がどうなっているのか、カッサンドラ先生が探しに行くことになりました。
憶病なクソコガネ夫婦に出会ったマーヤは、病気の奥さんのためにお医者様を探してあげようとします。
一度はマーヤを食べようとしたトンボのシュヌックとマーヤは友だちになります。シュヌックが男の子に羽をもがれそうになったとき、マーヤは…。
目を覚ました老人にハエたたきで追い回され、マーヤは人間が恐ろしい生き物であることを思い知るのでした。
オトシブミのママがクモのテクラの巣にかかってしまいました。泣き叫ぶ坊やを見てマーヤは自分が身代わりになると言います。
雨の日、空も飛べず泳ぐこともできないイモムシが取り残されておぼれそうになりました。マーヤはみんなが止めるのを振り切り、助けに行きます。
カタツムリの親子の巣立ちの場面に出合ったマーヤ。そのとき、火事が起こり、絶体絶命の事態に。火事を消すためにマーヤは懸命に働きます。
ミミズのマックスは自分がのろまで空も飛べないし、歌も歌えないから友だちができないとしょんぼりしています。マーヤとウイリーはマックスにカッサンドラ先生の教えを話します。
自分が何の虫か知らない迷子の青虫、ジェーンのママ探し。虫は親と子が似ていないことが多いのでマーヤたちのママ探しは行き詰まります。そして10日たったそのとき…。
記憶喪失になってしまったウイリーは自分をアリだと思い込み、マーヤのことも忘れてしまいました。トンネル工事や子どもの世話やら懸命に働くウイリー…。
森にハサミムシの家族が引っ越してきました。マーヤは親切に一家を一番美しい場所に案内しますが…。
クモのテクラの巣にひっかかったところをカブトムシのクルトに助けてもらったマーヤは、クルトの危機のときは助けに行くと約束します。
ハイキングに出掛けたマーヤとウイリーとフィリップ。自分のお弁当をカワゲラに食べられてぷんぷんしていたフィリップは、食虫植物ハエトリ草に捕まってしまいました。
物事を決めるのにあれこれ考えすぎるムカデのヒエロニムスにマーヤはうんざり…。
マーヤとウイリーを狙って、アマガエルがあれこれ策を労しますが失敗ばかり。自分は未来を予測できるとホラを吹きますが、井戸に落ちて困ってしまいます。
風の強い日の洞くつの中で、皆は風にまつわる話をかわるがわる話し出します。
ウイリーがお化けと間違えたのは、ホタルのジミーでした。地底への穴を見つけたマーヤは、いつもの好奇心でウイリーをお供に、ジミーを明かりにさっそく探検に出かけます。
バッタの大移動で取り残されたおばあさんバッタをマーヤは仲間のところまで連れて行くことにしましたが、行く先々で騒動を起こします。
アリ部隊を助けたマーヤは、飛ばないことを条件に一日隊長に任命されます。アリ地獄に落ちたずっこけアリを、皆は見殺しにすると言いますが…。
ジャンプ大会で若いバッタに優勝をさらわれてしょんぼりしていたフィリップ。そんなときにカエルがやって来て…。
地上への出口をふさがれて困っているセミの幼虫に出会ったマーヤとウイリーはセミの幼虫を外に出すことに成功します。
アリの子ロクバンは規則がいやになり隊から脱走してしまいます。マーヤがロクバンの身代わりになり、ロクバンは一人でエサを見つけたり、敵から身を守ろうとします。
人間に捕まった恋人ジョンを心配するコオロギのメリーのため、マーヤは人間の家へ向います。人間はジョンを竹のかごに入れ、太らせて食べてしまうつもりらしいのです。
木くい虫から遠くのすてきな森の話を聞き、マーヤはウイリー、フィリップとともに出かけることにしましたが…。
マーヤとウイリーを震え上がらせたスズメバチは、実はトラカミキリでした。虫には身を守るために擬態をして相手の目をごまかすものがいるのです。
フィリップのいとこのイナゴのフランツが大群を引き連れてやってくるというのでマーヤは心配です。イナゴはあたりの草木や花をすべて食いつくして去るのです。
願い事をかなえてくれるという花の妖精に、マーヤは人間がどういう生き物なのか知りたいと言います。妖精はマーヤを人間の夢の中へ連れて行きます。
ある日、小鳥ほどに大きくなったマーヤは怖いものなしで大得意。でも花粉取りのとき、自分の重みで花をつぶしてしまいます。アッと思ったらそれは…。
ミミズのウエルナーのかぼちゃ畑に出かけてマーヤとウイリーは久しぶりにごちそうをいっぱい食べます。ところが油断しているスキにスズメバチに狙われてしまいます。
フィリップの制止を振り切って飛び出したマーヤは、コマドリに追いかけられます。魚、カエルに続いて人間の子どもたちの手からも命からがら逃げ出します。
冬に備えて虫たちがそれぞれ家を用意しはじめるなか、自分の名もわからず家の作り方も知らないミノ虫。マーヤは彼の家つくりのために奔走します。
ジュースのびんの中に入り込んだマーヤ、ウイリー、カワゲラは小川を流れながら水中見物としゃれこみます。
小鳥のヒナをハロルドと名づけ、マーヤはママがわりに育てることにします。ウイリーもアリの隊長もおっかなびっくりですが、マーヤはハロルドの世話にいそしみます。
カブトムシのウイラードは力がありすぎて失敗ばかり。ウイラードはみんなと仲よくしたい一心でやせる決心をします。見ごとにやせたウイラードでしたが…。
フィリップと弟のフラップはうり二つ。フィリップになりすました弟のフラップは次々にいたずらをします。誰もがフィリップの仕業と思ってカンカンになります。
虫たちが冬ごもりの準備をするなか、ノミのキティは住み着く人間がいないので大弱り。ちょうどそのころ、テントウムシ2匹が葉っぱを取り合って争っていました。
初雪の降った朝、マーヤとウイリーはいつものとおり元気いっぱいですが、ほかの虫たちは思い思いの方法で冬ごもりをしています。
雪解けの季節。雪の上に落ちてしまったサナギを見つけたマーヤは、自分たちの家へ運び暖めてあげることに。
チョウになったばかりのリリーは、飛ぶことがうれしくて一人で遊んでいるうちに、クモの巣にかかってしまいました。危機一髪のところを助けてくれたガのジャックは夜の森を案内してくれるのでした。
アリの牧場にはアブラ虫がたくさんいて、アリはアブラムシのみつ液をもらうかわりに彼らを守ります。別のアリの軍隊がアブラムシを奪いにやってきました。
クロアナバチの巣のエサを横取りしようとするヤドリバエをやっつけるため、マーヤたちはミミズの協力を得てニセの穴をたくさん掘ります。
ゴキブリのクライドが森にやって来て、自分が人間の家でいかに大事にされているか自慢します。足長グモの子を助けに行ったマーヤたちが見たクライドと人間の実態は…?
白アリと友だちになったマーヤは、スリバチ虫の巣をふさいであげます。スリバチ虫はマーヤと友だろになりたがりましたが、マーヤは本気にしません。
空も飛べるし、水中も泳げるし、地面も早く走れるし、歌も歌えるというマーヤの理想にぴったりのオケラは皆から仲間はずれにされていました。
イエバエのメリーは卵を産むのに忙しくて2~3日前に産んだ卵がどこに行ったかわかりません。マーヤたちがやっと見つけた卵はハエトリグモのものでした。
ミツバチのバートは自分が強いとうそをついていましたが、スズメバチのビッグ・フリーをやっつけるよう皆から頼まれ困ってしまいます。
アリのアンソニーは隊からはずれていたずらばかりしていました。よそのアリの巣にまで侵入してメチャメチャにする始末で、今にも戦争が始まりそうです。
スズメバチに捕らえられたマーヤは、スズメバチたちが翌日マーヤたちの国を襲う計画をしているのを知ります。仲間に知らせなくては!
スズメバチ急襲の知らせを持ってマーヤは自分の城に戻り、女王様にすべてを告げます。マーヤは皆とともにスズメバチの大群を迎え撃ちます。