199X年、核の炎が世界を包み人類は滅びたかに思われた。しかし人類は生き残り、わずかな水と食料を巡り争いを繰り広げていた。暴力が支配する時代の中、荒野を息も絶え絶えに進む一人の男がいた。その男は水を求め村へと入るが、村の自警団によって捕えられてしまう。村の長老が男の身体検査をすると、男の胸には７つの傷が刻まれていた……。

北斗神拳の伝承者・ケンシロウとバットが荒野を歩いていると、武装したバギーに乗った悪漢たちの集団に追われる老人を目撃する。悪漢たちはその老人が大切に抱えていた「種もみ」を狙っていた。バットの制止を無視し、老人を助け出そうとするケンシロウ。そんなケンシロウを悪漢たちのリーダー・スペードの放ったボウガンの矢が襲う!!

悪行の数々を繰り返すKING軍の本拠地であるサザンクロスという街にたどりついたケンシロウとバット。夜を待って街の中へと潜入するとKINGの部下のクラブが何の罪のない奴隷たちに残虐な行為を働いていた。その光景を目の当たりにしたケンシロウはクラブに北斗神拳を炸裂させる!!

ついに因縁の相手であるKINGこと南斗孤鷲拳伝承者・シンの元にたどりついたケンシロウ。復讐の怒りに燃えるケンシロウの前に、シンの部下であるハートが立ちはだかる。拳法殺しのハートがもつ分厚い脂肪に北斗神拳が通用しない。絶体絶命の危機に陥ったケンシロウ……果たしてケンシロウは勝機を見出すことが出来るのか!?

最愛の婚約者ユリアを奪ったシンに対し、怒りの炎を燃やすケンシロウ。シンは眼の前にいるケンシロウの変貌ぶりに驚きを隠せない。南斗孤鷲拳を繰り出し応戦するもケンシロウに技を見切られ焦るシン。自らの不利を悟ったシンは恐ろしい事を実行に移す。シンとケンシロウ、その長きに渡る因縁についに決着の時が迫る……!!

活気のあるオアシスへとたどり着いたケンシロウとバットは食料を調達すべくとあるバーに立ち寄る。そこで店主から、この付近にはGOLANと呼ばれる狂信的な戦闘集団が存在する事を知らされる。そのGOLANによって奴隷として捕らえられ、トラックで連行されているリンの姿をバットが目撃する。

GOLANの本拠地であるゴッドランドに単身で乗り込むケンシロウ。そこでGOLANの兵士たちの教育係であるマッド軍曹と遭遇する。かつて特殊部隊・レッドベレーに所属し、高い戦闘能力を誇るマッド軍曹は手下の兵士たちと共にケンシロウへと一斉に襲い掛かる!!

バーで話をしていたケンシロウたちの前に屈強な男たちが現れ、ケンシロウを仲間に引き入れようと誘ってくる。ケンシロウがその男たちを軽く蹴散らした直後、うす汚れた少年がバーへと入ってくる。彼の名はタキ、かつてバットと共に寂れた村で暮らしていた少年だった。

身寄りのない大勢の子供を引き取り、惜しみない愛情を注ぐ慈悲深き老婆トヨ。バットやリンにも分け隔てなく子供たちを愛するトヨにケンシロウは尊敬の念を抱いていた。夜更けにケンシロウたちが村を立ち去った後、トヨと子供たちに大いなる危険が迫る。卑劣極まる男、ジャッカルとその一味はケンシロウがいなくなった時を狙い、トヨの村を襲撃する。

ジャッカルがトヨに対して行った悪逆非道の振る舞いに対し凄まじい怒りを燃やすケンシロウ。ケンシロウは必ず復讐する事を誓い、ジャッカルたちを徐々に追い詰めていく。ケンシロウに怯えるジャッカルは恐怖に駆られ、とある刑務所に収監されていた悪魔の化身「デビルリバース」を解放してしまう。

子どもたちを預かる代わりに村の護衛をする条件を受け入れ、村へとやってきたケンシロウたち。その村には豊かな湧き水のおかげで多くの作物が育ち、花までも咲いていた。その光景を見ていたケンシロウの前に、死んだはずの恋人・ユリアに似たマミヤという女性が現れる。一方、村の外では女性と見紛うほどの美しき男が、胸に7つの傷を持つ男を探しまわっていた……!!

牙一族（きばいちぞく）の手によりコウの命が奪われてしまう。マミヤは、村のリーダーとして皆の前で毅然と振舞っていた。だが、マミヤは人目のつかないところで一人、弟コウの死にひっそりと涙を流していた。その光景を目にしたケンシロウとレイは、コウの遺品を奪って行った牙一族の後を追う……北斗と南斗の二人の男の拳が今、炸裂する!!

レイが探し続けていた妹のアイリの居場所を突き止めた牙親父は、アイリを人質にした上、弱みにつけ込みレイを操ろうとする。久しぶりに妹に会ったレイはアイリの変わり様に絶望し、我を忘れる。その様子を見た牙親父は喜びを隠せない。なんとかレイを落ち着かせようとするケンシロウだが……。