妖邪との戦いもすでに過去のこととなり、鎧戦士と言う役割から解放された五人の少年は高校生らしい夏休みを満喫していた。皆が楽しむ中で伸だけは鎧の戦いに疑問を持ち始めていた。その頃、首都圏の気温が急上昇していた。熱風が吹き、サバンナを思わせる象やキリンの蜃気楼が出現、さらに地面が陥没しパニックに陥って人々が逃げ惑う新宿に、鎧玉に導かれた遼がやって来る。新たな戦いを予感する遼の目の前で異変はますます強くなり、熱帯植物の幻影に包まれるビル街で空間を歪めながら褐色の肌の少年が現れる。巨大なブーメランを武器にした攻撃をしてくる少年。彼のブーメランの一撃はビルをも倒壊させてしまう。遼の危機を察し当麻が、征士がそして秀と伸が次々と駆けつけ、武装して戦うが、鎧擬亜よろいぎあを持ってしても太刀打ち出来ない。謎の言葉を発して鎧を武装する少年。その姿はなんと黒い輝煌帝の鎧だった。驚愕しながらも五人は白い輝煌帝を発動させようとするが、戦いに疑問を抱く伸の迷いから輝煌帝を呼ぶことができない。

見知らぬ場所で不安な夜を過ごした遼と征士に、褐色の肌の少年が夜明けと共に再び攻撃を仕掛けて来た。彼は白い輝煌帝との戦いを望んでいるようだったが、遼と征士にその意志は伝わらず、身を守るため鎧を武装した二人だが圧倒的な力の差で倒されてしまう。一方、遼と征士の行き先さえ掴めない当麻たち。戦うことに疑問を抱く伸と秀は激しく対立し、伸が当麻を殴ったことで遂に喧嘩になってしまう。「ケンカをしちゃだめ！」と止める純の言葉に部屋を飛び出した伸は、鎧との決別を決意し水滸の鎧と鎧玉を湖底に投げ棄ててしまう。当麻と秀は純の必死の訴えに、パソコンを駆使して遼たちの行方を捜していたナスティに協力。褐色の少年が発した謎の言葉がタンザニア地方に伝わる幻の言語とわかりアフリカに向かうことを決める。その頃、牢に捕われた遼と征士の前に現われた少女はナリアと名のり、自分があの少年ムカラの許嫁であると語った。少年はこの村に住むタウラギ族に古くから伝わる黒水晶の鎧で村を守る戦士だと言う。白い輝煌帝と対をなす黒い輝煌帝の存在に驚く遼と征士。黒い輝煌帝は白い輝煌帝との戦いを求めている。ナリアは黒い輝煌帝の意志により、暴走するムカラを止めてほしいと懇願する。

ナリアの制止をよそに、遼と征士に攻撃を仕掛けるムカラには戦いを止めようとしない。戦いの中、征士の光輪剣は、この戦いが心のない鎧によって操られている真実を映し出す。戦いにのみ走る鎧の意志に振り回されて戦うことを否定する遼は、戦いを放棄。征士もそれに続く。だが、無抵抗な二人にムカラは攻撃の手を緩めなかった。一方、当麻たち四人はムカラの村の近くにまでたどり着いていた。しかし、待ち伏せていたタウラギの村人に襲われ、当麻とナスティ、秀と純の二組に分断されてしまう。谷底から生還した当麻とナスティは、村の近くの遺跡の壁画から白い輝煌帝と黒い輝煌帝の因縁を知る。秀と純は、ナリアの後を追って隠されていた村へと侵入を果たし、黒い輝煌帝の儀式に利用されようとしていた遼と征士を目撃。怒りに任せて飛び出す秀。だが、武装した金剛の鎧は邪悪な気を発し始める。駆けつけた当麻の鎧もこれに呼応し始め、このままでは自分たちも邪悪な気に支配されてしまうと判断した当麻と秀は武装を解除するが、すさまじい反動力に弾き飛ばされ倒れる。ただ一人日本に残った伸は湖底の鎧に呼び寄せられ、仲間の危機を察知する。

ムカラとの戦いで瀕死の状態の遼と征士を純とナスティはナリアと共に必死に看病するが回復がみられない。二人の回復を願う純の前に迷いを乗り越えた伸が現れる。鎧の力で仲間たちの傷を癒やした伸は、鎧が自分たちの意志の外で戦いを始めていると語る。回復した遼たちは伸と共に戦いの決意を新たにする。その時、何処からともなく現れた白炎から黒炎王が分離し、伸と水滸の鎧を分離させ、水滸の鎧を珠に封じると水晶の谷のムカラのもとへと届ける。鎧玉から五体の鎧を呼び出し、白い輝煌帝を発動させるムカラ。彼の目的はサムライトルーパーたちではなく、黒い輝煌帝の欲する白い輝煌帝との対決なのだ。駆け付けた遼たちはこの無意味な戦いは、全て鎧が求める戦いへの欲求だと知り、輝煌帝を破壊することでこの戦いを止めるしかないと、武装して輝煌帝に対峙する。力で倒そうとしても全ての攻撃は弾き返されてしまう。心を一つにして強い心をぶつける五人に白い輝煌帝は正しき力を得た。しかし、黒い輝煌帝は再びムカラに憑き、白い輝煌帝をまとった遼に襲いかかる。ナリアは白炎とともに戦いを止めようと飛び込んで来る。