千石大学の考古学者、柳生博士とその孫娘のナスティは碑文から世界の危機を予感していた。その頃、新宿に両親と買い物に来ていた少年山野純は、白虎を連れた真田遼と名乗る不思議な少年と出会う。虎を連れた少年の出現に騒然となる街を不可解な稲妻が襲い都市機能は麻痺し、人々はパニック状態に陥る。さらに妖邪兵が突如出現する。はぐれた両親を探し戦いに巻き込まれそうになった純を助けたのは、ニュースを見て駆けつけたナスティだった。遼はアンダーギア姿となり戦うも苦戦。そこへ羽柴当麻、秀麗黄、毛利伸、伊達征士の四人の仲間が駆けつける。五人のサムライトルーパー鎧擬亜をまとい妖邪兵に立ち向かうが、純とナスティが妖邪兵に捕まり窮地に陥ってしまう。
阿羅醐の牙城の出現により首都・東京の機能は停止し、新宿に取り残されたのはサムライトルーパーの五人と純とナスティのみ。仲間として名乗り合う一同のもとに、阿羅醐の四天王のひとり、鬼魔将・朱天が襲いかかってきた。サムライトルーパーたちは、純とナスティを守るために鎧擬亜で結界を張る。結界を保つためにアンダーギアで朱天と戦う五人は朱天の必殺技・紅雷閃により絶体絶命の危機に陥る。その時、どこからともなく飛来してきた謎の錫杖が、サムライトルーパーたちの結界を消滅させる。「こうなったら、もうやるまでだ」遼の決意とともに鎧をまとうトルーパーたちは、朱天に猛攻撃を仕掛ける。
阿羅醐の妖邪力から逃れるように、サムライトルーパーたちは光の玉となって飛び去った。新宿に取り残された純とナスティは遼の武器、烈火剣を発見、遼の連れていた白虎、白炎の誘導で遼のもとへ向かう。そんな二人に阿羅醐の命を受け妖邪兵軍団を率いた朱天が襲いかかるが、再び謎の錫杖に救われる。その頃、遼は富士の火口で目覚める。そこへ朱天が攻撃を仕掛けてきた。しかし、炎の属性を持つ烈火の鎧擬亜はマグマの熱を吸収してパワーアップしていた。朱天は一足遅れで到着した純とナスティをマグマの煮えたぎる火口に突き落とす。二人を助けるためには熱を帯びた熱い烈火の鎧を解除しなければならない。ためらうことなく武装を解除する遼。アンダーギアとなった遼は朱天の猛攻に窮地に追い込まれる。
遼たちは残りの四人を捜し出す手掛かりを求めてナスティの祖父・柳生博士がいる千石大学を目指す。しかし博士のところには既に妖邪の手が回っており、博士は毒魔将・那唖挫に操られ孫娘のナスティを手に掛けようとする。遼により正気には戻ったものの、毒に犯されていた博士は手がかりとなる５つの短歌をパソコンに呼び出し絶命してしまう。悲しみを堪えながら短歌の解読に取り組むナスティ。そこへ姿を表した那亜挫は蛇牙剣を操り情け容赦のない攻撃を仕掛けてくる。
柳生博士が残した短歌から光輪の征士が秋芳洞にいることを突き止めた遼たちは、さっそく山口県へと向かった。しかしその動きを監視していた那唖挫が秋芳洞の入り口で襲いかかる。那唖挫の毒で視力を失った遼は白炎に助けられ、鎧の共鳴だけを頼りに征士の居場所を探す。ようやく征士の封じられているすぐ近くまでたどり着いた時、ナスティと純を人質にした那唖挫が再び遼の前に現れ、目の見えない遼は絶体絶命のピンチに陥る。遼の叫びは光輪の征士を目覚めさせることができるのか。
残る短歌から残る二人の居所を突き止めた一同は二手に分かれ、遼と純と白炎は伸の眠る鳴門海峡へ、征士とナスティは秀の眠る大雪山に向かう。鳴門の渦の底に眠る伸を探す遼のもとに再び那唖挫の魔の手が迫る。武装して戦う遼だったが烈火の鎧は秋芳洞での那唖挫の毒と水圧により海の底に沈んでいく。深い眠りについていた伸を見つけた那唖挫に魚たちやシャチが立ち向かうが那亜挫の猛毒の前に次々と命を奪われて行く。遼の手から離れていた烈火剣が水滸の鎧に反応し、激しく共鳴を始め、ついに水滸の伸が覚醒する。那亜挫の行いに激怒した伸は二条槍で立ち向かう。
神々の山と呼ばれる北海道の大雪山へ秀の救出に向かった征士とナスティは激しい吹雪の中、山犬の群れに囲まれる。さらに迫り来る雪崩から辛くも逃れ秀が眠る大岩にたどり着いた二人に闇魔将・悪奴弥守が現れる。激しく剣を交える征士と悪奴弥守。征士は雷光斬で一刻も早く秀を覚醒させようとするが、雷光斬は未完成ゆえにうまく行かず、悪奴弥守に秀の眠る岩に剣を突き立てられてしまう。命ある悪奴弥守の剣はじわじわと秀の心臓めがけ進んでゆく。そして、征士とナスティは滝壺に突き落とされてしまう。
遼、征士、伸、秀の四人が復活した今、残る鎧戦士は天空の当麻だけだが、彼の眠る場所を示す歌の意味がわからぬままだ。当麻復活の前にサムライトルーパーを倒そうと幻魔将・螺呪羅は一同の集合場所に先回りし、遼と伸に当麻は天橋立にいると告げると姿を消した。駆けつけた遼と伸は妖邪兵につかまっている当麻を発見し救出しようとするが、螺呪羅の幻術により同士討ちとなってしまう。純からの伝言を聞き駆けつけた征士たちは倒れた二人を見つける。武装して戦う征士と秀にも螺呪羅は幻術を仕掛けてくる。遼と伸の傷を不審に思う征士に秀の金剛杖が容赦なく振り下ろされる。
当麻が衛星軌道上を漂っていることはわかったが、遼たちは助ける手段がない。ナスティの提案で、同じく居所を突き止めている阿羅醐の様子を探ろうと夜明けを待って偵察に行くことにしたが、遼と秀は逸る気持ちを抑えきれずに夜中に新宿へと先行してしまう。阿羅醐は地霊衆を呼び出し、妖邪弾を打ち上げて当麻を抹殺しようとする。遼たちの目の前で妖邪弾が打ち上げられるが、どこからともなく放たれた錫杖によって消滅。だがビルの屋上に第二の妖邪弾が出現。今度こそ妖邪弾を止めようとするようとする遼と秀を地霊衆の力を得た朱天が阻む。
遼の飛び乗った妖邪弾は確実に衛星軌道上の当麻を目指していた。このままでは遼も当麻も宇宙の塵となってしまう。勝利を確信する阿羅醐に朱天は遼を正々堂々と倒したいと申し出るが、「妖邪のいくさに清い戦いはない」と叱責される。遼は鎧の力を信じ双炎斬を放ち妖邪弾を破壊するも力尽きて眠りに落ちようとしていた。その時、鎧が呼びあう音に目覚めた当麻の射た矢が遼を引き寄せ、光となり地球へと向かう。征士、伸、秀が鎧の共鳴で二人の無事を感じたように、朱天もまた遼の帰還を感じていた。朱天は打倒烈火に燃え二人を迎え撃つ。
遂に五人のサムライトルーパーが集結した。阿羅醐は妖邪門を閉じて守りを固め、新宿は深い霧に覆われた。阿羅醐城に向かう入り口は妖邪門のみ。遼たちはナスティと純、そして護衛の白炎を残し妖邪門へと向かう。門の中に足を踏み入れたサムライトルーパーたちを待ち受けていた螺呪羅は妖邪を呼び込み、その妖邪力で武装を阻むと蜘蛛の糸で、五人を絡め取り動きを封じていく。妖邪門の外で遼たちの身を案じていたナスティと純のもとに光り輝く錫杖が舞い降りる。錫杖を手にナスティたちは妖邪門に向かう。
阿羅醐城を目指す遼たちは一同が初めて出会った場所に来る。純は連れ去られた両親を想い廃墟の中へと駆け出し、ナスティが追いつき遼たちのもとへ戻ろうとするが、そこに妖邪兵が襲いかかる。助けようと戦うサムライトルーパーたちは妖邪兵の攻撃にバラバラに分断されてしまう。逃げ惑うナスティと純のもとに駆けつけた征士は武装して妖邪兵を倒すが、さらに悪奴弥守が立ちふさがる。三人を地下鉄に誘い込んだ悪奴弥守は、得意の闇に潜み黒狼剣で光を吸収し暗黒を力とすることで光輪の鎧を無力化しようとする。征士は雷光斬ならば闇の中だろうが悪奴弥守を倒せるだろうと思うが、それではナスティと純も巻き込んでしまうかもしれないと悩む。
秀は地下鉄のトンネルで当麻と再会するが、襲撃してきた妖邪兵によって再びはぐれてしまい、気付くと戦国時代の合戦場に居た。阿羅醐の声とともに四魔将の鎧が出現。お前の鎧も四魔将と同じ、殺戮と怨念の鎧。サムライトルーパーたちの鎧も天下を得ようとした野心ある鎧だと告げる。それを強く否定する秀に烈火や水滸、天空、光輪の鎧が襲いかかり、心ならずも仲間の鎧を倒してしまう。混乱する秀の前に螺呪羅が現れ阿羅醐と同じ言葉を繰り返す。阿羅醐は急速に成長するサムライトルーパーたちを分断させたまま、その力を利用して葬ろうとしていたのだ。
阿羅醐は妖邪のものではない「忠」の心に目覚めつつある朱天に地霊衆の邪念を注ぎ込み、完全な妖邪の戦士として復活させてサムライトルーパーたちを倒すように命じる。 遼たちは人気のない遊園地でようやく合流。喜ぶ一同の中で、秀だけは鎧に対する不信感から不安を感じていた。そこに朱天が襲いかかってくる。一同が武装して戦おうとする中で、鎧の心が信じられず武装できない秀はアンダーギアでの戦いを決意する。しかし妖邪の力に支配された朱天の猛攻にサムライトルーパーたちは苦戦し、次々と倒される。そして白炎と純も。純は薄れゆく意識の中、秀に「お兄ちゃんの鎧は正義の鎧だよ、武装して妖邪なんかやっつけてよ…」と訴える。
迦雄須はサムライトルーパーたちに鎧擬亜の秘密を語った。鎧には善にも悪にも、更には善悪をも吹き飛ばす強大な力があること。実は四魔将の鎧もサムライトルーパーと同じ鎧であり、鎧は正しい心を持ち続ければ善に、魔将のように妖邪に支配されれば悪になってしまうことを。迦雄須は朱天に錫杖をかざし、その額に浮き上がった「忠」の文字こそが朱天の鎧の心だと告げ、鎧の真実の心に従って生き、心の目を開くよう諭すのだった。一方、鎧の力を欲する阿羅醐は朱天の鎧を奪還するために三魔将を差し向け、阿羅醐城に戻らぬという朱天を力ずくで連れ戻そうとする。サムライトルーパーたちはそれを阻もうと挑むが、目の前で阿羅醐の放った稲妻が朱天と三魔将を連れ去ってしまう。
サムライトルーパーたちはナスティと純の護衛を白炎に託し、迦雄須が命と引き替えに遺した光の架け橋で阿羅醐城へ昇っていく。阿羅醐は地霊衆を使いそれを阻もうとするが、迦雄須の力がそれを撥ねつける。ついに阿羅醐城の前にたどり着いたサムライトルーパーたちに妖邪兵の大群と地霊衆によりパワーアップした悪奴弥守、那唖挫、螺呪羅が襲いかかる。城に入ろうと門をくぐった五人はバラバラに飛ばされてしまう。征士は悪奴弥守の闇神殿、遼と伸は那唖挫の毒地獄、当麻と秀は螺呪羅の幻惑界の間で、それぞれ戦うことになる。
阿羅醐城でサムライトルーパーと三魔将との壮絶な戦いが続いていた。遼たちを気づかう白炎の様子に「私たちにも何かできることがあるかもしれない」とナスティと純は白炎に乗り架け橋を渡った。阿羅醐はサムライトルーパーたちに手こずる三魔将の鎧を吸収し、半身を実体化させる。九つの鎧はもとは阿羅醐の鎧だったのだ。傷つき倒れた遼のもとにナスティと純が駆けつける。そして伸と当麻、征士、秀も遼のもとへ駆けつける。遼を守ろうと奮闘する仲間たちの前に巨大な阿羅醐が立ちはだかる。阿羅醐はさらに実体化を進めるためにサムライトルーパーたちも吸収しようと腕のみを分離させ襲いかかってくる。
阿羅醐は最後の鎧を取り込もうと遼を追い詰める。八人を吸収した阿羅醐の力は絶大で、遼が放った双炎斬も無力に等しく阿羅醐に捉えられてしまう。だが、阿羅醐の中に取り込まれたサムライトルーパーたちは遼への攻撃を阻もうと抗い遼を助ける。仲間が生きていたことの喜びと、このまま阿羅醐を倒しては四人も倒すことになるのではと苦悩し逡巡する遼に、阿羅醐は天空の当麻の必殺技、真空波を放つ。更に光輪の征士の雷光斬、水滸の伸の超流破、金剛の秀の岩鉄砕で攻撃してくる。仲間たちの必殺技を受け倒れ無力感に苛まれる遼に四人の仲間たちが阿羅醐を倒せと語りかけてくる。
阿羅醐に取り込まれようとする遼は幻を見ていた。それは一千年の昔、迦雄須が阿羅醐を倒し、その鎧怨念の残った鎧を九つに分割し、それぞれ仁、義、礼、智、信、忠、孝、悌、忍の心を込めて「善なるもの」に浄化し封印した。その中の五つが現在のサムライトルーパーたちのものであり、戦乱の世で四つの鎧が妖邪力を取り戻し、阿羅醐を復活させてしまったと知る。戦いに負け仲間たちと眠りにつこうとする遼は気付いた。諦めてはいけない、もう一度戦う力が欲しいと。そして正しい心に目覚め阿羅醐から飛び出した遼に四人の心が集まり、烈火の鎧は新たな純白の鎧に姿を変えた。
阿羅醐との戦いが終わり、富士の麓にある柳生邸で一見平和な日々を過ごすサムライトルーパーたち。ナスティは祖父の残した資料から白い鎧の正体を調べていたが、文献の中に記されていたのは「弾動力」という言葉のみ。その弾動力を上回るパワーは「超弾動」とでも呼ぶべきものであることをつきとめた。阿羅醐にかわってその白い鎧「輝煌帝」の力を手に入れようとする沙嵐坊と名乗る妖邪が現れる。白い鎧を手に入れようと目論む沙嵐坊は、白い鎧はサムライトルーパー全員の心がひとつに合わさることで発動し、遼が装着する事実を知らないため、全員に接触し、装着者を探し出して奪おうとしていたのだ。四人はまだ回復していない遼を守るため、彼に黙って沙嵐坊を迎え撃つことを決める。
遼は白い鎧が仲間たちの力を吸い取ってしまうことでみんなを傷つけてしまったと己を責めていた。そこに妖邪兵が現れ戦う遼に沙嵐坊が決闘を申し込む。仲間を気づかい単身決闘の場の東京湾に向かう。純の話から遼がひとりで戦うため東京へと向かったことを知り一同も後を追う。一方、烈火の鎧で決闘を始めた遼は沙嵐坊に動きを封じられ、必殺技、深怨斬で倒されてしまう。沙嵐坊は白い鎧を呼び出すために、意識を失った遼に術をかける。その影響は遼の救出に駆けつけた四人に激痛となって現れる。
「烈火剣では輝煌帝のパワーに耐えられない」ナスティは亡き祖父の資料を調べ「剛烈剣」の存在を知った一同。そこへ鎧をまとった謎の黒い虎が柳生邸内に躍り込んできた。黒虎は白炎と一戦交えると風のように去ってしまう。翌朝、早速樹海へと向かい剛烈剣を発見。結界を解除し、剛烈剣を手にしたがそれは偽物であった。落胆する一同の前に本物の剛烈剣を持った妖邪剣士・剣舞卿が黒い虎、黒炎王を連れ姿を現す。剣舞卿は遼に「私に勝てたらこの剛烈剣を渡す」と告げる。剣舞卿の強さに苦戦し、遼は白い鎧を武装し決着をつけようとするが、すでに限界だった烈火剣はついに砕け散ってしまう。
妖邪界最強の剣士を目指していた剣舞卿は、かつて阿羅醐と対決し、阿羅醐の策略によって命に関わる重傷を負ってしまった。自分の命がもはや長くないことを知る剣舞卿は、遺志を伝えられる人物を探していたのだ。一方、烈火剣を失い白炎が深手を負い、剣が使えないことで仲間にも迷惑をかけていると、遼は自責の念に駆られていた。遼の苦しみを知った白炎は重傷をおして剛烈剣を守護する黒炎王に立ち向かいひと振りの剛烈剣を奪取し、遼へと届ける。命を賭けた白炎の想いを受けとった遼は、剣舞卿との一対一の決闘に挑んだ。正々堂々ぶつかる二人。その後ろで純の呼びかけも空しく白炎は……。
砕けた烈火剣を修復するため、遼とナスティ、純そして黒炎王により蘇った白炎は富士山へ向かう。マグマの中で「炎」の鎧、烈火の武器である烈火剣は完全に復活し、喜び帰路に就く遼たちの前に新たな妖邪、黒陽炎が立ちふさがった。帰りを心配して駆けつけた四人のサムライトルーパーたちも加わり戦闘が始まる。黒陽炎の目的は、白い鎧と剛烈剣の力を見極めることだ。黒陽炎が繰り出す分身の術で、押され始めるサムライトルーパーたち。彼らを救おうと黒陽炎に飛びかかった白炎は炎に包まれ、現れた姿は黒炎王そのものだった。白炎が武装した白炎王の背中の剛烈剣に五人の鎧が共鳴する。
復活した阿羅醐のもと那唖挫は偽の鎧で水滸を倒す計略を立てる。その頃サムライトルーパーたちは圧倒的なパワーを持つ輝煌帝の鎧は妖邪の鎧ではないかと不安な思いを抱え、悩んでいた。彼らの夢に現れた迦雄須は「力ではなく心を磨け」と告げる。その言葉に従いそれぞれが封じられていた場所へと修行に向かった。鳴門の海に着いた伸に那唖挫の造った偽水滸が襲い掛かる。本物を名乗る偽水滸は鳴門の海に毒をまき散らし、死の海へと変えていく。愛する海を汚された伸は怒りのまま偽水滸に挑むが敵の圧倒的なパワーにピンチに陥る。
迦雄須の言葉に従い、心を磨くために秋吉台を訪れていた征士は野犬の群れに取り囲まれた子鹿を見つける。野犬は征士の姿を見てその場を退くが、なぜか助けた子鹿も怯えたように逃げ去ってしまう。不思議に思う征士の前に現れた悪奴弥守は、征士から発する妖気が動物たちを警戒させてしまうと語る。新しく手に入れた力は我々と同じ妖邪の力だと告げる。否定しようとする征士だが、光輪剣の曇りから悪奴弥守の言っていることが嘘ではないと感じる。悪奴弥守の手を逃れ瞑想する征士。彼をおびき出そうと悪奴弥守は森を凍結させてしまう。
迦雄須が夢で告げた「砂の目」の意味を理解するため、秀はかつて鎧の心を悟らせてくれた大雪山へと向っていた。そこに螺呪羅と二人の妖邪・砂竜人が襲いかかる。秀は体を自由に砂に変える砂竜人に翻弄され、螺呪羅たちに大雪山へ先回りされてしまう。一足遅れてたどり着いた秀が目にしたのは豊かな自然が石に変えられた姿だった。驚愕する秀の前に再び螺呪羅と砂竜人が姿を現す。秀は武装して岩鉄砕を放つが、砂に姿を変える砂竜人には無力であり、石に変えられた周囲を徒に砂へ変えてゆくばかりであった。砂を自由に操る砂竜人の攻撃に倒れ伏す秀の脳裏に迦雄須の「砂の目を読め」という言葉が浮かぶ。
天橋立を訪れた当麻は迦雄須のかけた謎を解き、心の曇りを射抜く事に成功する。そんな彼の前に迦遊羅と名乗る少女の妖邪が現れ、伸、征士、秀が妖邪界に囚われたと告げ姿を消し、次に富士にいる遼のもとに現れる。迦遊羅は遼と駆けつけた当麻に水滸の武器、二条槍と光輪の武器、光輪剣を証拠に残して立ち去る。柳生邸に戻った遼と当麻はナスティを交え三人の救出について討議するが、意見が対立する中彼らの前に阿羅醐城が現れ、さらに地霊衆に苦しめられる伸、征士、秀の姿を見せつけられる。そして現れた迦遊羅は遼と当麻をも妖邪界へ連れ去ろうと戦いを挑む。
遼たちの危機を救った錫杖を探っていた迦遊羅は迦雄須を思わせる雲水を見つけ出す。妖邪界に災いをもたらすと、嵐星斬を放つが、雲水は錫杖で躱すと姿を消す。柳生邸で策を練っていた遼たちは、かつて阿羅醐城の現れた新宿に妖邪界へとつながる歪みがあるのではと、新宿に向かうことにする。支度をする一同の前に姿を現わした雲水はかつての四魔将の一人、朱天であった。迦雄須と出会い人の心を取り戻した朱天は、迦雄須の遺志を継ぎ錫杖の命ずるままに生きると心に決めていた。遼たちに迦遊羅の策略に乗らぬようにと諭すが、彼らの固い意思を知り「烈火よ。心の目を開き、静かなる炎となれ、さすれば光が導いてくれよう」と告げる。
迦遊羅の攻撃で廃墟となってしまった新宿に残されたナスティと純の前に朱天が現れた。四百年前、小国の荒武者で天下統一の夢が叶わず焦っていた朱天は阿羅醐に妖邪界に引き込まれ鬼魔将となった。だが、迦雄須との出会いで人の心を取り戻せたと自らのことを語った。そして追ってきた螺呪羅にもとどめを刺さず、螺呪羅を諭そうとする。妖邪界で目覚めた遼と当麻は想像とは違う妖邪界の様子に驚く。そして阿羅醐に捕らえられた征士、伸、秀は鬼面堂に封じられていた。阿羅醐は地霊衆に三人の鎧のパワーを吸収させ、一振りの青竜刀を生み出す。その刀は迦遊羅の手から妖邪武将、堕羅に手渡され、妖邪兵の軍団を率いた堕羅は遼と当麻の討伐に出発する。
堕羅の率いる妖邪の大軍団に包囲され、強行突破を試みる遼と当麻だが、水滸、光輪、金剛のパワーを吸収した青竜刀の圧倒的な力で追い詰められてしまう。しかし、囚われている伸、征士、秀の力を吸収して輝煌帝を発動すれば、彼らの命すら危ないかもしれない。だが、当麻は妖邪の馬を奪うと「四つの光が空を駆ける時、迷わず白い鎧に武装しろ！」と言い残し、囚われた仲間の元へ向かい、阿羅醐城に向かって真空波を放つ。当麻が呼んでいることを知った三人は心をひとつに合わせ輝煌帝の鎧を発動させる。その頃、三魔将たちは地霊衆の長、芭陀悶から白い鎧こそが輝煌帝であり、人の心の闇を打ち払う輝煌帝の力は、使い方次第で世界を破滅させられると聞かされていた。阿羅醐はこの力をなんとしても手に入れようとしていた。
遼と当麻は妖邪の都、煩悩京に潜入した。芭陀悶は三魔将の鎧がサムライトルーパーの鎧と同じであることを利用し、遼に魔将の心を送り込み輝煌帝を支配しようとしていた。迦遊羅に光る砂を渡し、三魔将に悟られぬように作戦を指示する。阿羅醐の命で出陣した三魔将が遼たちと対峙した時、迦遊羅が現れ、光る砂を散布させると、芭陀悶の作戦通り、当麻と三魔将は自身の意志と関係なく遼に鎧パワーを送り意識を失い、輝煌帝の鎧が発動させられてしまった。妖邪に取り憑かれて苦しむ遼に笑みを浮かべた迦遊羅が歩み寄る。
輝煌帝の閃煌斬は妖邪界を突き抜けて人間界にも届いてしまった。そのパワーに人々はパニックに陥っていた。新宿上空に突如出現した阿羅醐城と九つの塔についての調査を進めていたナスティは、妖邪を敗るためには輝煌帝や剛烈剣と並ぶ対妖邪の神器、命の勾玉が必要であることを突き止めた。襲い来る妖邪兵を朱天に守られながら、ナスティと純は命の勾玉が隠されている大和の美玉湖に向かう。美玉湖に到着したナスティたちは、湖底に隠されていた神殿の中で命の勾玉を発見する。しかしそれを横取りしようと、芭陀悶の放った餓執羅が妖邪兵を引き連れて襲撃してきた。
命の勾玉を手に入れることができたが、朱天は命の勾玉と九つの鎧、そして錫杖が人智の及ばぬ意思によって動いているのではないかと考えていた。一方、阿羅醐は人柱のために地上から人間たちを連れ去っていた。囚われた仲間の救出のために阿羅醐城に向かっていた遼と当麻は迦遊羅の罠にはまってしまう。遼が迦遊羅に双炎斬を放つと、そのエネルギーは芭陀悶が造り上げた鬼面堂に吸い取られていく。自分でパワーを止められなくなった遼は力を吸いとられ、立ち上がることすらできなくなってしまう。当麻は白炎に遼を託し真空波で迦遊羅に立ち向かって行く。同じ頃、遼たちを案じていたナスティ、純、朱天のもとにある命の勾玉と錫杖が輝きはじめる。
遼と当麻は、命の勾玉と錫杖の力で妖邪界に来た朱天、ナスティ、純とともに敵の本陣へと強行突破をかけるが、圧倒的な妖邪の数と迦遊羅の力に苦戦する。当麻は仲間を助けるために敢えて迦遊羅に挑み敵の手中に落ちる。朱天は遼に当麻を追わせ、迦遊羅に勝負を挑む。朱天がとどめとばかりに振り下ろした錫杖はなぜか迦遊羅の前で動きを止めてしまう。妖邪兵に仲間のもとへ連れてこられた当麻は石のように封じらた伸、征士、秀を目覚めさせるために天空の矢を彼らに放つ。当麻の後を追った遼の前に螺呪羅、悪奴弥守、那唖挫の三魔将が立ち塞がる。
五人が集結したサムライトルーパーたち。しかし遼、伸、秀は三魔将の策にはまり分断され、それぞれ那唖挫、悪奴弥守、螺呪羅を相手に苦戦を強いられていた。迦遊羅と戦う当麻と征士もその強さに翻弄されていた。錫杖の輝きによりサムライトルーパーの危機を知った朱天は阿羅醐城に突入し、遼たちを三魔将の攻撃から救出する。伸と秀は遼から朱天が仲間になったと知らされ、驚きながらも心強い仲間の出現を喜ぶ。迦遊羅に押される当麻と征士のもとに遼たちが駆けつける。五人は力を合わせ、一気に輝煌帝を発動させる。
迦遊羅の事で悩む朱天に、征士たちは再び迦遊羅が立ちはだかれば容赦はしないと告げ、阿羅醐との決戦に向かう。その頃、阿羅醐城の迦遊羅は胸のプレートが傷つけられたことにより、迦雄須一族の記憶を取り戻しつつあった。阿羅醐の野望を果たすために芭陀悶は自ら迦遊羅に憑依し、操ろうとする。武装して妖邪兵と激戦を展開するサムライトルーパーたち。迦遊羅が迦雄須一族の者だと感じた朱天は、自分が迦雄須に救われたように迦遊羅を救おうと向かう。そんな朱天を三魔将が阻む。そしてサムライトルーパーたちの前には芭陀悶に支配された迦遊羅が現れ、地霊衆最大の技である妖邪弾を発動させ、サムライトルーパーたちを一気に押し潰そうとする。
迦雄須により目覚めた朱天は、芭陀悶により操られている迦遊羅と三魔将を悪の力から目覚めさせようと鬼魔将として戦いに挑む。迦遊羅の中の芭陀悶はサムライトルーパーたち五人とともに三魔将も御堂に封じ込めようとする。阿羅醐の本心に気づき手先となったことを三魔将たちは後悔するもすでに身動きもできなくなっていた。朱天も奮闘むなしくついに捕らえられてしまう。九つの鎧を手に入れた阿羅醐。さらに芭陀悶に操られた迦遊羅は純の持つ命の勾玉を狙ってくる。芭陀悶の最も恐れるものが、勾玉であることを見抜いたナスティを人質に純に勾玉をよこすように迫る。その悲鳴を聞いた朱天は御堂を抜け出し「この鬼魔将の鎧にかけて、迦雄須一族の最後の一人、迦遊羅を救い出す！」と戦いを挑む。
阿羅醐城の天守閣で阿羅醐と戦う迦遊羅のもとに加勢に加わる三魔将、そしてサムライトルーパーたちも続々と集結していた。阿羅醐は「黒い太陽が人間界に闇を落とす時、妖邪界となる」と告げ、芭陀悶は阿羅醐を迎えるべく地霊衆を率いて一足早く人間界を蹂躙していく。阿羅醐は九つの御堂の中心の塔を伸ばすと人間界に姿を現す。人間界を妖邪の世界にしてはいけないとサムライトルーパーたち五人は最後の力で輝煌帝の鎧を発動させる。「この鎧は正しき五つの心に与えられたもの。妖邪に渡すわけにはいかん！」遼は輝煌帝となり阿羅醐との決戦に挑む。
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