宝島の戦いから半月後…。活気あふれる台湾の街中を走るタクシーの車内に、黄金、木乃亜、静流、柊の姿があった。しかし、東の姿はない。東は一人だけ出国手続きに手間取り、飛行機で台湾へと向かっている最中なのだ。初めて訪れた台湾に浮かれる黄金たちに苛立つ柊が、｢俺たちは、宝島が落ちた時に行方不明になった王舞の体を探すため台湾に来たのを忘れるな｣と言いかけるや否や、台湾の空港の滑走路に首なしブランキが現れる。

薫子、エピゾ、マクシム、劉、レティシアたち5人の心臓資格者を前に、欧州に潜む首なしブランキの大半を殲滅したレティシアの戦果を称えるギー。ギーにナンバーワンの心臓使いとして認められたい薫子は、心中穏やかではない。さらにマクシムに特別任務が与えられたと知り憤る薫子に、心臓使いとしての才能を示す事が先決だと微笑むギー。そんな薫子をあざ笑う劉。しかし、薫子は自分が王舞で世界を守るのだと不敵に笑うのだった。

にらみ合う東と薫子の周囲で繰り広げられる、手足のブブキ使い同士の戦い。木乃亜の猛攻に身を守るしかない温。静流に圧倒される白。趙も黄金に一切の攻撃を封じられていた。そしてラクシミもまた、柊とイワトオシの主従を超えた連携に苦戦を強いられていた。リーダーである劉に一方的に支配されるがままだったアジアチームの面々は、リーダーの東に縛られることなく奔放に戦う柊たちとの戦いを通し、ある変化の兆しを見せ始める。

雲海の上を自由自在に飛行するブランキ“炎帝”。それを操っているのは礼央子ではなく、薫子だった。ギーの率いるデモクラティアは、炎帝に薫子を疑似的に礼央子だと認識させることを技術的に可能にしていた。炎帝の圧倒的な性能に酔いしれる薫子に、デモクラティアの内部に裏切り者がいると告げるギー。しかもその裏切り者が自分と同じブブキ使いだと知らされ、さらにその抹殺を命じられた薫子は当惑を隠せずにいるのだった。

デモクラティアの本拠地・要塞島の一室で、ギーが口にした裏切り者のブブキ使いの正体を知りうつむく薫子。どうして私はいつも何も知らないのか……。なぜこんな事になったのか。答えを求める薫子は、現れたドゥーブルに問いかける。しかしドゥーブルは、要塞島に来るであろう東と王舞を葬り、ギーの期待に応えられなければ、裏切り者と同じ末路を辿ることになる。お前はしらなくていいことなのだと言い残して、立ち去るのだった。

台湾の寄宿学校に一人預けられていた薫子は、父・明と会う方法をずっと探していた。ある日、ギーに呼び出された薫子は、明が母・汀と再会したと伝えられる。汀に会うため、脳の朽ち果てていない個体、つまり人間と契約していないブランキの力を借りてまで宝島に上がった明。それを知り、どこかさみし気な様子を見せる薫子の、強がりながらも心の底では両親に会いたがっている気持ちを利用しようと、ギーはある提案を持ちかける。

車窓を流れるのどかな風景。東は、自分を車に乗せてくれた上に、協力を申し出てくれた親切な人物がギーと知らないまま、目的地である要塞島へと向かっていた。その頃、黄金たちが残る隠れ家は敵襲を受けていた。窮地のなか東の姿がないことに気づく的場井と石蕗。東はここにはいない。薫子を助けて戻ってくるまでは自分たちで戦う。柊や木乃亜はそう言うが、的場井が渋い顔して見上げる先には、ブランキ“バトロフ”の姿があった。

草原を越え丘を越え、風よりもはやく軽やかに、見守る人の視界から一瞬で消え去り上昇を続けるブランキ“エピメウ”。コクピットのレティシアたちは、オオハクチョウの群れに歓声をあげる。車イスで過ごすしかないレティシアにとっては、鳥たちの見ているこの広い世界が素晴らしく見えるのだった。鳥を追いこし、雲よりも高く上昇を続けるエピメウ。もっともっと高く。その先に広がる宇宙を見つめるレティシアは一体何を思うのか。

ギーの要塞島から礼央子を救い出した東たちは、アルゴー・ガウラで日本を目指す。しかし、日本の領海にさしかかろうというころ、高速で接近する飛翔物体が現れ、焦る的場井。心臓のブブキの持つ固有波形から、相手はブランキ“メガララ”と判明する。心臓を手に取り飛び出す東は、アルゴー・ガウラの船体上でメガララと対峙する。ブブキ使いでなければ、ブランキさえ関係なければ最高の友人になれたはずの二人の戦いがいま始まる。

『受け継ぐ』この言葉を一言で言いかえるとするなら『呪い』である。一族に伝わる心臓のブブキを受け継ぐギーは、呪いを解こうと唯一の方法を取り解放されるが、皮肉なことに『呪い』は突然、ギーの元に戻ってくる。悲嘆にくれたギーは決意する。人間の血をけがし、この忌まわしい『呪い』をかけたブランキ達を消し去り、この世界を純粋な人間の手に取り戻すと。それから16年後。人々が見上げる先の空に、巨大な彗星の姿があった。

嵐の吹き荒れるなか天を貫くほどの巨体を現すデウス・マグナ。その脳内には倒すべき敵・ギーがいる。ブランキ“バトロフ”“メガララ”、そして薫子の乗る “ザンパザ”は、それぞれの想いを胸に、そしてレティシアの遺した武器を手に、全員の心を一つにしてデウス・マグナへの決死の攻撃を試みるが歯が立たない。その頃、デウス・マグナの体内に入った東たちもまた、ギーを倒し、礼央子を助けようと、“王舞”とともに戦っていた。

あれから一年。日常は穏やかさを取り戻し、人々はいつもの生活に戻っていた。東は新たに一人暮らしを始め、黄金の通う高校に転校することを決めた。ギーの率いていたデモクラティアが占有する全てのブランキが国営公社に移管される。そんなニュースを聞きながら朝ご飯を食べるこの生活は、父・明に連れられ宝島から逃げだし、ギーを倒すまでの日々と比べて嘘みたいに静かだと感じながら、東はエピゾから届いた手紙を開く。