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レンの準優勝で終わったチームバトル「セカンド・スクワッド・ジャム」（SJ2）から三ヵ月後。「サード・スクワッド・ジャム」（SJ3）の開催が発表された。 それから程なくしてピトフーイ、エム、フカ次郎、そしてレンによる最強チーム「LPFM」が結成されたというニュースが流れる。 レンに執着するクラレンス、ピトフーイをキルしようと闘志を燃やすシャーリー、SJ1でレンに負けた雪辱を晴らそうとするSHINCの面々。 SJ2を上回る白熱の狂宴が間もなく始まる……！

SJ3がスタートした。今回のフィールドは四方を海に囲まれた島。小高い丘になった中央部分は「UNKNOWN」と記されている。 「このUNKNOWNが、今回の《特別ルール》かな？」 レンがそんなことを考えたとき、海岸の水位が上がっていることに気づく。何とフィールドである島が少しずつ沈んでいたのだ！ どんな危険があるか分からないUNKNOWNに向うことを余儀なくされるレンたち。その途中で、優勝候補のLPFMを倒すために手を結んだ連合チームに襲撃される。

連合チームの多くを返り討ちにしたLPFMだが、その間にも島は沈み、活動可能エリアは大幅に減少していた。レンたちは海側を避け、連合チームが固まっている北東を突っ切る作戦を立てる。 時を同じくして、クラレンスは連合チームに参加。2人ずつのチームに小分けになり、LPFMに波状攻撃をしかける作戦を提案する。だが作戦開始直後、クラレンスは裏切り、味方に牙を剥く。さらにKKHCを離れ単独行動をしているシャーリーも連合チームに攻撃を加える！

クラレンスとシャーリーによって連合チームは壊滅。その2人も激闘の末、相討ちになり、KKHCも全滅する。LPFMは貨車の中にあったトラックに乗り、無人の野を行くがごとく悠々とUNKNOWNへと向う。 一方、島の南東部に転送されたSHINCは、スキャンを待たずに進軍を開始。その途中で荒くれ者のチームBKAと遭遇し、あっさりとこれを撃破。続いて光学銃だけを装備するRGBと遭遇する。光学銃対策を万全にしてきたSHINCは対戦車ライフルによる遠距離狙撃でRGBを易々と壊滅させるのだった。

運営チームから衝撃の特別ルールが発表された。それは残った6チームからそれぞれ1人が《裏切り者》として選ばれ、新たにチームを結成するというもの。LPFMからはピトフーイが、SHINCからはチームリーダーのエヴァが選ばれる。レンと戦えることを喜ぶピトフーイ。エヴァはレンと戦えることを願って潔くチームを抜ける。 そしてすべての《裏切り者》たちがUNKNOWNに設置されていた豪華客船で合流、これをもって最恐チーム《ビトレイヤーズ》（BTRY）が結成される！

島の中央に向ったレンたちは、そこに鎮座する豪華客船を発見した。島は依然として沈み続けており、この船に乗り込まないと溺死してしまう。だが船にはBTRYが待ち構えており、うかつに近づけない。 どのチームが先に動くのか。残存チームが牽制し会っている中、豪華客船から小型艇が落下し、船体下部の侵入口を次々と塞いでいく。 覚悟を決めたLPFMはエムの射撃を合図に突撃。同時に他のチームも客船へと向う。 BTRYと残存チームの生き残りを懸けた決死の戦いが始まる！

ピトフーイの命令で浸水を止めないまま航行している豪華客船は、徐々に沈み始めていた。 LPFMは激戦の末、SHINCを全滅させる。 一方、MMTMはピトフーイのしかけた罠によって全滅。ビルの屋上に取り残されていたT-Sたちもピトフーイの命令で突っ込んだ豪華客船によってビルを崩され、海に落下して死亡。元T-Sのエルビンもピトフーイによってキルされる。 チームの仲間を謀殺したピトフーイに怒り、対決を宣言するデヴィッド。一方エヴァはレンとの対決を求め、行動を開始する。

LPFMの真の《裏切り者》はレンだった。 ピトフーイは本気のレンと戦うため、自分が《裏切り者》だと嘘をついていたのだった。 事実を知ったレンはキレてピトフーイを倒すと宣言。エヴァと合流しBTRYとしてLPFMとの対決を決意する。 対するピトフーイはBTRYと対等の戦いをするため、エムに勝負を邪魔しないよう言いわたすと、フカ次郎をパートナーにしてBTRYへ挑む。 SJ3最後の戦いが、ついに幕を開ける……！

激動のSJ3から一ヶ月が過ぎた。北海道に帰省した香蓮は、GGOを続けるかどうか迷っていると美優に打ち明ける。だが美優は香蓮の本当の悩みが、エルザや咲から向けられるピュアなライバル心に困っていること、そしてGGOでの殺し合いに戸惑いつつも、戦う楽しさに魅了されていることだと見抜く。 そんな中、GGO運営からSJとは違う、新しいゲームへの案内が届く。その内容は、「専用特設フィールドで新型NPC達が守る《拠点》を、複数チームで同時に攻略する」というものだった。

SHINC・エヴァと本気で戦うため、レンはゲームへの参加を決めた。このゲームのクリアには、7人のNPCを全滅させるか、彼らが奪ったガス弾頭を奪い返すことが必要。LPFMのメンバーとともに敵が待ち構えている目的地へと向うレンは、その途中でSHINCと遭遇。突撃しようとした瞬間、ZEMALからの攻撃を受ける。 《バックパック型給弾システム》によって隙の無い連射を可能にしたZEMALの攻撃は凄まじく、反撃の糸口を掴めずにいた。

城に立てこもったNPCは想像を絶した強さで、MMTMもSHINCもあっさりと全滅させられてしまう。続いてZEMALが「敵対勢力にあらず。俺達を城に入れてくれ！」と書かれたプラカードを掲げて城に入ろうとするが、こちらはピトフーイの妨害で失敗。このときのNPCの攻撃でLPFMは虎の子とも言うべきドローンが撃ち落とされてしまう。そこでピトフーイは、他のチーム全員に協力プレイを申し出ることを提案。T-SとZEMAL、MMTM、SHINCとともに城攻めを開始する！

NPCの捕虜になったレンは、自滅することで脱出した。 待機エリアで装備を整えながら腕時計を見るレン。文字盤は21時54分を示している。リスポーンに3分かかるので、フィールドに戻るのは21時57分。タイムリミットまで3分しかない。味方は死力を尽くしているが、敵は手強く、このままでは敗北は免れない。ピトフーイが奥の手にとっておいたバズーカを取り出すが、それとて勝利を決定するには届かない。 かくして勝敗はレンの手に委ねられる……！