ヒューマンとチンパンジーの間に生まれたハイブリッド、「ヒューマンジー」であるチャーリーはチンパンジー研究の権威であるギルバート夫妻に育てられる。15年後、成長したチャーリーは高校に編入し、非凡な身体能力で注目を浴びる。そんな中で出会ったルーシーと関わっていく一方で、不穏な影が彼に目をつけ始めていた。

ニューヨークで動物解放同盟「ALA」が爆破テロを起こし、ヒューマンジーであるチャーリーは事件への関与を疑われる。ALAのテロリストであるリヴェラ達は彼を取り込もうと画策。 学校に通い続けるチャーリーは孤立してしまうが、ルーシーは彼の味方を続けることを決意する。そんな中、ルーシーに謎の接触者が現れる。

ルーシーはチャーリーの出生母エヴァと面会するが、彼女は重い障害を抱えており意思疎通は叶わない状況だった。研究所を出たルーシーはギルバート夫妻宅を訪れる。遂にチャーリーにも友達ができたと喜ぶバートとハンナ。一同は家族の穏やかな時間を過ごしていたが、その裏ではALAがチャーリー宅周辺に待機していた。

突如学校から姿を消したチャーリーにハンナとバートは焦っていた。一方でチャーリーは単独でALAの潜伏先に赴く。リヴェラら3人と対峙するチャーリーは、持ち前の洞察力でその場を乗り切り、警察に捕まるよう彼らに呼びかける。チャーリーの言葉通り「警察に出頭する」と一同は車で保安官オフィスに向かうが──

ヒトとそれ以外の動物を分断する法の大きな『壁』を打ち壊すと意気込むリナレス議員の力添えもあり、留置場から釈放されたチャーリー。日常生活に戻り学校に通うチャーリーだが、生徒たちからは異質な存在として誹謗中傷の矛先を向けられる。ルーシーはヒューマンジーであるチャーリーの権利獲得に向けて動き出す。

校内でプラカードを掲げ「動物の苦痛」を主張するゲイルは怒れるオジーを挑発。2人の対立はエスカレートしていくが、争う2人をチャーリーが制止する。その様子はSNSでも拡散され注目されていた。一方、SNSを見ていたALA側はゲイルに接近。リヴェラは巧妙にゲイルを唆し、暴力へと導き、事態は凶行へと転じる。

ゲイルによる校内銃乱射事件は動画配信され、瞬く間に世界へ拡散した。チャーリーは校舎へ駆け込み、負傷者の救護を行う。一方、教卓の下に潜んでいたルーシーはゲイルに発見され、彼の行為の不正義を問いかけるが、その声は届かない。自身の犯行の拡散を確信したゲイルは、配信を通してチャーリーへの呼びかけを始める。

ゲイルによるシュルーズ校の銃乱射事件は沈静化したが、事件が人々に与えた影響は今でも残り続けていた。ALAへのアンチ運動の激化により、全国でヴィーガン店への襲撃やシュルーズ周辺住民の抗議が発生し、チャーリーの家には追い出しの要求が届く。町の敵意に晒されたチャーリー一家をルーシーは支えようとするが──

ルーシーはチャーリー宅から帰る途中のフィルを訪ね、とある相談を持ちかける。一方、自宅ではハンナがチャーリーにルーシーへの気持ちを尋ね、学校で人間関係を築く彼の成長を実感していた。そんな折、ルーシーからの着信に応答するチャーリー。しかし、電話の相手はリヴェラだった。リヴェラの真の目的とは──

監禁されたルーシーを救出するため、チャーリーは単身で現場へ乗り込む。次々とALAメンバーを翻弄し、リップマンと激しい応酬の末に、チャーリーはルーシー、そしてリヴェラの待つ山小屋へと辿り着いた。しかし、リヴェラはチャーリーの生物学的な父親であるグロスマン博士の存在を匂わせ、とつとつと語り始める。

チャーリー不在の間に自宅が放火され、命を落とすハンナとバート。しかし、直接の死因は火災ではなく何者かによる殺害だった。その後、チャーリーは姿を消し、2人の葬儀が執り行われる。近隣住民数名が自宅への放火を認めるも殺意は否認。一方、懸賞金がかけられたチャーリーを探そうと州内外から人々が押しかけていた。

フィル家の里子となったチャーリー。保安官ナヴァロの詰問に対し、チャーリーの引き渡しを拒んだフィルは停職処分を受けるが、チャーリーを守る決意は揺らがない。ある日、チャーリーはコーンバーグ研究所で精密検査を受ける。身体能力の向上を見た研究者たちは彼が「思春期」に差し掛かっている可能性を指摘する。

チャーリーら3人は地元のスーパーへ買い出しに行く。偏見の目で見られながらもチャーリーは子供と交流を行い、「友達になろう」と歩み寄る。国内ではALAによる凄惨な事件が続いており、そんな中で、チャーリーの出生母、エヴァが危篤との連絡が入る。チャーリーの出自の秘密とは？ALAが隠していた真の目的とは──