夏休みが終わり、元の平穏な学園生活に戻ったレゴシ。しかしテムを食べた食殺犯はいまだに捕まっておらず、野放しのまま。誰もが認めるビースター候補・ルイが行方不明になったこともあり、生徒たちのなかに『怪談話』として不安が伝播していく。 　犬部屋の仲間とともに怪談事件を解決するレゴシだが、誰にも聞こえない謎の物音にさいなまされる。一匹きりになったレゴシの前に姿を現した音の正体、それは体に６つの目玉の模様を持った巨大なガラガラヘビだった…！

レゴシはガラガラヘビの警備員・ロクメに腕を見込まれ、テムを食べた食殺犯を探し出すことに。ふとしたきっかけで自分の『肉食動物』としての身体性を改めて実感し、「自分にだからできること」について改めて考える。事件のあとテムに花を手向けていたルイの背中から滲む悔恨を思い出したレゴシは、テムの死の真相に向き合っていく決意をする。しかしレゴシの決意とは裏腹に、シシ組の新たなボスとなったルイは裏市でのし上がってゆく腹を決めていた。

二ヶ月前。シシ組のボスにトドメを刺したルイを待ち受けていたのは、「ここで食い殺されるか、シシ組のボスになるか」という究極の二択。「生き抜け、俺」と自分を鼓舞し、草食獣の肉を食らう気概を見せてボスの座を手に入れる。一方、ハルへの想いを「信仰と履き違えている」とアオバに指摘されたレゴシは、ハルともう一度向き合おうとする。しかし、キスをする寸前に、彼女のなかにまだルイを気に掛ける想いが残っていることに気づき、「俺の恋は君への祈りだ」と距離を置くことに。

食殺犯と思われる肉食獣に校内で襲われ、相手の顔も声もわからないままボロボロにされるレゴシ。「事件を嗅ぎまわるな」という犯人からの警告と受け取ったレゴシは、裏市のゴウヒンを訪ね、弟子入りを申し込む。 　ルイはシシ組のシマにあるストリップ劇場の偵察へ行き、草食獣のストリッパー・コスモを凶暴化した肉食獣の客から救いだす。裏市でのシシ組への信頼を順調に勝ち取っていくルイ。そんなルイのもとへ客が訪ねてくる。それはなんと、演劇部のジュノだった。

裏市のルイのもとに、ジュノが訪ねてくる。なんとか学園へ連れ戻そうとするジュノだが、ルイの覚悟は揺るがない。 　ゴウヒンに弟子入りしたレゴシは、シシ組に素性がバレないように短く毛を刈って変装し、日中は学校、夜は裏市での訓練という過酷な生活をスタートさせる。そんなレゴシの一つ目の訓練は、忍耐力をつけるために、草食獣の肉の塊と密室で向かい合うこと。自分の本能に振り回され、精神的にも肉体的にも追い詰められていくレゴシ。

ゴウヒンから課せられた訓練により、自分の本能と悪戦苦闘していたレゴシ。しかし自分の向き合っているものが『かつて生きていた誰か』だと気がつき、命への敬意を持ったことによって自分の欲のコントロールに成功する。訓練に使った草食獣を埋葬するレゴシに、ゴウヒンは「第一関門突破」を言い渡す。 　疲れ切って学校へ戻ってきたレゴシの前に、ハルが現れる。寂しがっているハルとの関係をこのままにはしておけないと思ったレゴシは、なんとプロポーズする。

演劇部の稽古場で、悲劇が起こる。クロヒョウのタオが、アリクイのキビの腕をあやまって引きちぎってしまったのだ。キビを保健室に運んだレゴシは、同行してきたヒグマのリズに向かってある言葉を言い放つ。「テムを食ったのお前だよね」。リズこそが食殺犯だったのだ。なぜリズはテムを食べたのか？　リズにとってテムは、肉食獣としての自分のありのままを受け入れてくれる唯一の友人だった。そしてその味と記憶は、『鮮やかな青春の宝物』として、リズの心にいまもなお輝いていた……。

ゴウヒンの訓練はさらに過酷になっていく。口輪をはめたまま、裏市の食肉中毒の肉食獣を捕まえるよう命じられたレゴシは、手足だけで立ち向かうことを余儀なくされる。 　一方、学校ではひょんなことからジュノが園芸部のハルの土いじりを手伝うことに。ハルのかわいらしさに惹かれてしまうジュノは、自分が草食獣の魅力を恐れていたことを知る。 　シシ組のナンバー２・イブキから、子供の頃食肉のために売られていた過去を聞くルイ。似た境遇を歩む二匹の間には、絆が芽生えていく。

裏市の港で、ついに鉢合わせたレゴシとルイ。食肉のために裏市を出入りしていると思い込んだルイはレゴシに対し失望と怒りを抱き、化けの皮を剥がすためにシシ組との食事に同席させるが、レゴシは肉の匂いに全く動じない。表の世界へルイを連れ帰るために説得を試みるレゴシだが、ルイは「はなから自分はこちら側だ」と裏市に残ることを宣言。「お前はヒーローになれ」とレゴシに希望を託そうとする。そんなルイの姿に、変わらずに強く眩しい信念をレゴシは見る。

ルイの身を案じるハルを前に、「一匹たりとも不幸にはさせない」と気持ちを新たにしたレゴシは、すべてを解決してからハルを抱きしめることを決意する。 　一方、トイレでリズから脅迫を受けるピナ。しかしピナはその恐怖と怒りを芝居にぶつけ、脅しには屈さないことを態度で示す。さらにピナはリズを追い詰めるために無謀な作戦を企て、それをきっかけにレゴシはリズと大流血の喧嘩に。学校では決着をつけられないと判断した二匹は、大晦日に決闘をすることを約束する。

リズに対抗できる強さを求めて『昆虫食』をしたレゴシは、食べた幼虫の潰えた未来の姿である蛾の幻覚と対峙。命への敬意を学ぶ。 　そして大晦日当日。レゴシは約束の場所でリズと相対する。が、リズの体はすでにピナの血で真っ赤に染まっていた。 　また、レゴシから決闘を見届けて欲しいと懇願されていたルイは、その覚悟に立ち会うケジメとしてシシ組を足抜けしようとする。しかしイブキはそれを許さない。自分を殺さなければここでルイを食うと脅し−−真夜中に銃声が響いた。

大晦日。リズとの激しい決闘の中で、友だちを食べたリズのことを「あり得たかもしれない自分の姿」として見るレゴシ。そして絶体絶命になった瞬間、来るはずのないルイが現れる。ルイの命令のような懇願により、レゴシはルイの呪縛を解くため、そして戦いに勝つために、敬愛するルイの足を自分の血肉にする。強い信頼関係のうえに成り立つ同意の食肉を目の当たりにしたリズは、テムとの間にあると信じた偽りの絆を振り返り、ついにレゴシへの敗北を認めるのだった。