鉄刃は真のサムライを目指し、父である剣十郎たちと共にジャングルで日々修行に励んでいた。ひょんなことから剣十郎とジャングルで出会ったトラ・カゲトラと日本に戻り、父の友人である峰家に居候することに。峰家の娘・さやかは破天荒な刃に戶惑いながらも暮らし始める。ある日、さやかと共に彼女の通う学校に訪れた刃は、剣道の実力者である、⻤丸 猛と運命的な出会いを果たす。

鬼丸と勝負するため、どうにかして気を引こうとする刃。全く相手にしない鬼丸だったが、ジャングルから刃を追いかけてきたハゲタカ・庄之助に、大事にしていた鳩小屋を荒らされたことによって、ついに喧嘩が勃発する。刃のでたらめな剣により屈辱を受けた鬼丸は、悔しさの勢い余って自宅の灯篭を破壊してしまう。すると偶然にも、地下室へ繋がる階段と、魔剣・風神剣を見付けるのだった。

刃の元に、今度は鬼丸が勝負を挑んできた。ツノが生え、普段と様子の異なる鬼丸に違和感を覚えるも、戦いに奮い立つ刃。しかし、風神剣を手に入れた鬼丸の力に圧倒され、己の弱さを自覚する。鬼丸に対抗するには、もう一つの魔剣である雷神剣が必要であることを、父・剣十郎から聞かされる。雷神剣を手に入れるため、現在の所有者であり400年前から生きているという剣豪・宮本武蔵に会いに天狗岳へと向かうのだった。

雷神剣を⼿に⼊れたものの、雷神の⼒に呑みこまれ、暴⾛してしまった刃。剣を⾃在に操れるようになるために、武蔵から修⾏を受ける。⼀⽅、⻤と化した⻤丸は儀式によって⼋⻤を⽣み出す。さらに国会議事堂を襲撃して⽇本を乗っ取ってしまう。そして、刃が持つ雷神剣も狙う⻤丸は、⼋⻤のカエル男とヘビ男を刃の元へ差し向けるのだった。

武蔵の因縁の相⼿であり、古の剣豪・佐々⽊⼩次郎が持っていた魔剣・物⼲し竿を調べるため、巌流島を⽬指す刃たち。しかし道中、⻤丸の⼿下・⼋⻤の内の⼀⻤である、ナメクジ男に襲われ疲労困憊。そんな中、⽴ち寄ったのは下呂温泉。怪しい番頭から百万⼈⽬の通⾏⼈だと持て囃され、よく分からないまま温泉旅館に招待されることに。温泉を楽しむ刃たちだったが、雷神剣を狙う新たな魔の⼿が忍び寄る・・・︖

ナマコ男が加わり、再び巌流島へと⽬指す刃たち。その道中で名古屋を訪れた⼀⾏は、のん気に味噌串カツを堪能していた。その時、何者かの声が聞こえてくる。次の瞬間、さやかの串カツが無くなっていた。突如現れたバットガイと名乗る男に雷神剣を狙われる刃は、あまりの強さに防戦⼀⽅。すかさず助けに⼊った武蔵だったが、バットガイに⾸筋を噛まれてしまう。すると、武蔵の体に異変が起こる。

ついに巌流島に到着した刃たち。一方、鬼丸の命令によって先回りしていたクモ男によって、佐々木小次郎が復活させられていた。 しかし、急に復活させられたため、状況を飲み込めない様子。老いた武蔵のことも始めは認識できないようだったが、武蔵が挑発したことにより戦いが始まる。ところが、黄泉の国から舞い戻った400年前と変わらぬ姿の小次郎に武蔵は追い詰められてしまい、助けに入った刃もピンチになってしまう。

佐々木小次郎の必殺剣「つばめ返し」により、危うくやられる寸前の刃だったが、クモ男が開けた時空の穴に吸い込まれてしまい、気が付くとそこは400年前の世界。元の世界に戻るためには、武蔵が歴史通り、巌流島の戦いで小次郎に勝つ必要があった。しかし、刃の余計な一言により、武蔵の戦略が崩れ、歴史が変わろうとしていた・・・！？

武蔵の修行の成果によって、暴走せず雷神剣を操れるようになった刃。しかし今の刃では剣の力を扱うだけで、相当な気力と体力を消耗してしまっていた。そこで巌流島から峰家に帰ってきた刃たちは、何故だか家に居る小次郎や武蔵とともに、鬼丸に対抗できる新たな必殺剣を編み出すべく、さらに修行をするのだった。

修行の末、新たな必殺剣「かみなり斬り」を習得した刃は、ついに鬼丸城へ攻め入る。城を守る黒鬼たちを薙ぎ払い突き進む刃だったが、鬼丸を目前にしてクモ男の策略により、刃たち一行は城の底へとバラバラに落とされてしまう。そこで待ち受けていたのは、城の中とは思えない景色と、鬼丸が用意した新たな手下、鬼丸四天王たちであった。

⻤丸四天王を倒し、余裕を⾒せる刃。しかし、すでにその背後には、⻤丸が待ち構えていた。⻤丸は冷静に刃を⽇本征服の同志に誘うが、刃は⾃分は正義の味⽅であると主張する。⼒を⼿に⼊れる前から衝突を繰り返し、相容れることのない⼆⼈の運命は変わらない。さやかから雷神の⽟を受け取った刃は、本来の雷神剣の⼒を開放する。古来より続く雷神剣と⾵神剣の戦いが、ついに始まるのだった――

決戦は、刃は雷神の⽟を奪われ、⻤丸は⾵神剣を折るという痛み分けの結果となった。⻤丸軍団は消息不明となり、⽇本には束の間の平和が訪れていた。そんな中、近所で⼥性の「道場破り」が話題になっていた。いつも通り武蔵と修⾏をしていた刃は、さやかに買い物を頼まれ出掛けて⾏く。そして刃が留守の間に、噂の道場破りが峰道場へ来てしまう。彼⼥は、⾃分が刃の許嫁だと名乗っていて・・・︕︖

雷神の⽟を⻤丸に奪われてしまった刃だが、空を⾶べるという「⿓神の⽟」の存在を知り、⼿に⼊れるため、再び旅に出ることに。 撫⼦の持つ古い地図によると、いくつか⽟のありかは書いてあるものの、どれが⿓神の⽟なのかは分からないようだ。まずは刃⼀⾏は、地図が⽰している琵琶湖に向かうことに。⼀⽅、⻤丸は刃たちが⿓神の⽟を求めていることを知り、古の剣⼠剣豪の魂を使って新たな刺客を⽣み出し、刃たちの元へ差し向ける。

琵琶湖にあったのは龍神の玉ではなく、「水の玉」だった。どうやら龍神の玉の他にも伝説の玉があるようだ。次なる玉のありかを目指し、向かうは四国。剣山にはその昔、金長ダヌキが封じ込めたという伝説の玉があるらしい。玉を探す刃たちに忍び寄るは、忍者・風魔小太郎。そして、鬼丸は「鬼丸天下統一プロジェクト」を計画し、日本の全てを手中に収めようと、着々と準備を進めるのだった。

今度は四国で、変⾝することができる「⾦の⽟」を⼿に⼊れた刃たち。次なる⽟のありか・九州を⽬指す。さっそく⾦の⽟の⼒でイカダに変⾝して、皆を乗せ向かうのだった。九州に到着した刃⼀⾏は、いつかの敵であったヒトデ男と再会する。話によると、伝説の⽟が阿蘇⼭の⽕⼝の奥底に眠っているらしい。早速、ヒトデ男の案内で向かう刃⼀⾏。その後を、ひっそりとクモ男と天草四郎が追っていた。

九州で「⽕の⽟」を⼿に⼊れた刃たちは、奈良に訪れていた。撫⼦からの情報を待つ刃たちの元に、⽯⽥六右衛⾨と名乗る男がやってきて、仲間になりたいと懇願される。どうやら武者修⾏の旅をしていて、道中で刃たちの噂を聞き付けたのだという。その夜、さやかに撫⼦から⽟のありかが分かったと連絡が。皆に伝えようとするさやかだったが、なぜか武蔵はありかを⾔わなくてよいというのだった。

石川五右衛門と大阪で戦いを繰り広げた刃は、巨大化する能力を持つ「大の玉」を手に入れたものの、五右衛門に水の玉と金の玉を奪われてしまった。玉を取り返すべく、川中島での決戦に備えて飛騨高山に来ていた刃たちは、道中で武蔵のかつての弟子である、柳生十兵衛三厳と出会うのだった。ただ、十兵衛は刃たちと会うまでどうしていたのか、記憶がおぼろげなようで・・・？

⼗兵衛が仲間になり、より戦⼒が増強した刃⼀⾏は、奪われた⽟を取り返すべく五右衛⾨との⼆回⽬の決戦へ向かう。川中島に到着した刃たちは、隠れていた五右衛⾨の奇襲攻撃を受けるものの、仲間と陣形を組んで応戦するが五右衛⾨が⽤意した⿊⻤忍者軍団に囲まれてしまう。やがて武蔵や⼗兵衛、撫⼦の奮闘によって敵将への活路を⾒出す。そして、刃と五右衛⾨の⼀騎討ちが始まるのだった。

五右衛⾨から⼿に⼊れた⽟の正体は、夢を持つ者を吸い込むという「闇の⽟」であった。⽟の中に吸い込まれてしまった刃と⼗兵衛は、ケロ吉という闇の世界の案内⼈と出会う。この世界では何でも夢を叶えられるが、何故かこの世界から抜け出すことはできないらしい。しかし、ケロ吉から闇の滝の裏側に出⼝があることを聞き出した刃と⼗兵衛はすぐに滝へと向かうが、ケロ介という河童が出⼝を守っているようで・・・︖

伝説の玉を六つ手に入れ、残すところあと一つとなった玉を探す刃一行は、最後のありかである青森を訪れていた。とある寺にたどり着くと、最後の玉に共鳴するように、刃たちの持つ玉が突如として光り出す。驚く一同の元へ、松尾芭蕉と名乗る老人が現れる。その手には、探していた最後の玉が。玉をめぐって戦いが始まるが、正体を現した芭蕉によって繰り出される石化攻撃に苦戦してしまう。

最後の伝説の⽟「当の⽟」に導かれ、富⼠の⽕⼝にあるという⿓神の⽟を⼿に⼊れるため、富⼠⼭へと向かう刃たち。当の⽟いわく、七つの⽟を集めたとき、⿓神の⽟を⼿に⼊れることができるという。その頃富⼠⼭では、新たなる必殺剣「⻯巻斬り」を習得した⻤丸が刃を迎え撃つべく待ち構えていた。⿓神の⽟をめぐる戦いが、始まろうとしていた――

富⼠⼭の⽕⼝に到達した刃は⿓神の⽟を⼿に⼊れるため、鍵である七つの⽟を使い⿓神の試練に挑む。直後、刃は⼊り⼝の罠で庄之介を失ってしまう。しかし、戦いには犠牲がつきものだと⾔ってのける⿓神に、怒りが込み上げる刃。武蔵の窘めで覚悟を決め、仲間を失った気持ちを飲み込み、次の試練に進む刃。ただ、⿓神の試練はまだ始まったばかりなのであった。

いくつもの試練を何とかクリアし、最後の試練にたどり着いた刃。そこには失ってしまったと思っていた仲間たちと、史上最強の⽟である「⿓神の⽟」が待っていた。⿓神からの最後の試練は、決断すること。それは、「仲間を救い、⿓神の⽟を失うか」。それとも、「仲間を⾒捨て、⿓神の⽟を得るか」のどちらかを選べ、という問いだった。 仲間の命か、⿓神の⽟か。刃が選択した答えとは――

試練に打ち勝ち、⿓神の⽟、そして魔剣「⿓神剣」を⼿に⼊れた刃は、空を⾶べる能⼒を得て、⻤丸と太平洋上で再び戦いを始める。しかし、決戦の最中、突如上空に巨⼤な船が出現したのだった。突然の出来事に驚く刃と⻤丸だったが、⼆⼈の前に⼀⼈の⼥性が現れた。その正体は、千年の眠りから⽬覚めたという⽉の⽀配者・かぐや。 刃、⻤丸、かぐやの三つどもえの戦いが、突如として勃発する。