猿楽製薬での大規模事故と失踪した番場宗介を追うジャーナリスト・川上。 ある時、事故に関わる情報を掴んだ川上は空港を訪れていた。 そこで旅客機から乗客全員が消失する怪事件に遭遇。唯一生き残ったＣＡが語った真相とは…？

豪雨の中、岬を走る寝台列車を海から来た何かが襲う。 運転手を失い、制御不能となった列車は、崖に突き進む。 番場を護送中の岩崎刑事は事故を免れるため、やむを得ず協力を求めるが…。

恋人・由美香と山奥にある秘湯を訪れた達也。 しかし由美香は忽然と姿を消してしまう。 旅館の従業員達は、最初から達也一人だったと口をそろえるが…。 秘湯に潜む呪われた儀式を目撃する…！

猿楽本社に連行された番場は、極秘任務に同行させられる。 同社の兵器化実験の失敗で奇獣が氾濫した町に潜入、 研究チームの甲斐博士を救出しようとするが、奇獣の群れに取り囲まれ…！

突然鳴り響いた謎の音に、番場は身動きを封じられてしまう。 苦しむ番場、その姿をあざ笑うかのように一人の少女現れる。 一方、木村は一連の騒動の背後で蠢く思惑に気がつき、回避しようとするが…！

番場を襲った事件の真相が明らかになる。 それは木村も知り得ない新たな奇獣計画の一部だった。 そんな中さらなる奇獣事件が発生。 猿楽研究員・秋良とその娘・莉央が襲われてしまう…！

霧子は、猿楽の研究所より脱走したある貴重な奇獣を追っていた。 その奇獣は番場宗介と同じく、人間の知性を残したまま、影鰐の能力を備えているという。 そしてついにその奇獣を発見し、捕獲したのだが…！

番場宗介は、猿楽製薬に囚われていた。 検体として投薬を繰り返される中、謎の夢を見る。 それは影鰐に関わるある記憶だった。 番場は、影鰐を生み出した者、影鰐に喰われた者、そして一人生き残った者を目撃する！

番場は、本間局長率いるチームの研究施設に運び込まれていた。 そこで行われるのは、奇獣や番場を利用した新たな生物兵器の生成、そしてビジネスー。 本間に体の自由を奪われ、兵器生成の検体に組み込まれる番場。脱出不可能の危機が迫る…！？

木村の協力により猿楽研究施設を抜け出した番場は影鰐を追う。 その頃、ナギは奇獣の気配を辿り、ある廃墟の町に辿り着いた。 一人の少女と一夜をともにすることになったのだが…。 奇獣と母を失った記憶、二つの悪夢がナギに襲いかかる…！

番場と木村は雲南省の廃村にたどり着く。 そこはかつて蟲毒の儀式が行われ、影鰐が潜む忌まわしき場所。 意を決する番場の前に、鋭く突き刺さる槍、いつの間にか忍び寄る影鰐。 ついに死闘の幕があける…！

追い詰められた影鰐の力は悍ましいほど強大だった。 だが番場の目は生きていた。 クローンを解放し、身を奇獣化させながら、最後の闘いに挑む番場。 脈々と続く負の連鎖、そして復讐、番場は影鰐と人間の因縁を断ち切ることはできるのか…！？

木村のねらいは全ての始祖である影鰐の力を手にすることだった。 圧倒的な力を手に入れ、自らを選ばれし者と称する木村に対し、番場とナギは為す術もない。 過ちの代償は受け継がれて行く。物語の終わりと共に――。