ミョウジョウ学園１０年黒組、ついに開講。 お互いの素性が伏せられた中集められた暗殺者12人と、ターゲットである1人で始まる学園生活。 東のアズマ”と称される一族のエリート暗殺者、東兎角、そして自分が標的と知りながら、生きて卒業するという強い意志を持った一ノ瀬晴。 学園の寮で、この二人が同じ部屋になり…！？

一夜明け、遂に10年組黒組のメンバーが全員揃った。 授業がスタートするも、10年黒組のメンバーはお互い様子見の空気。何食わぬ顔で「クラスメート」を演じる雰囲気に、妙にイラだつ兎角。 そんな中、変わらず無邪気に過ごす晴に、兎角は不安を募らせる。そして、終業後、「裏オリエンテーション」の招集がかかる……。

「一ノ瀬晴には、誰も触らせない」そう誓った兎角。 兎角が晴の守護者となることが理事長に正式に了承される中、それぞれの思惑をもって動き出す暗殺者たち。 一夜明け、初めての課外授業は巨大な植物園。ひとり盛り上がる溝呂木を尻目に、しらける黒組生徒たち。すると、晴のタブレットにメッセージの着信が……。

ミョウジョウ学園はテスト期間を迎える。 真剣に復習に取り組んでいる晴。頬杖をついて教科書を開いているだけの兎角。 そんな中、ミョウジョウ学園の学園七不思議を耳にする。図書館にあるとされる「禁断の書」。晴は兎角に、図書館に忍び込んでみたいと相談し、ふたりは図書館に忍び込むことに……。

ミョウジョウ学園の創立記念祭が行われるということで、出し物をして参加しようと張り切る溝呂木。演目は、「ロミオとジュリエット」に決まる。シナリオを手にした黒組生徒たち。兎角はシナリオには手もつけず、自分の携帯をぼんやりと見つめている中、晴は出しものに心を弾ませる。

ミョウジョウ学園の創立記念祭を翌日に控え、最終リハーサル中の黒組の面々。兎角はティボルト役、晴はマキューシオ役で舞台に臨む。練習終了後、台本を無くしてしまった晴は、兎角と一緒に探すことに。見つけられなかったら、ランチ一週間分の罰金をかけられ、焦る晴。そんな中、一発の銃声が響きわたる。

独立記念祭が終わり、３人が一斉に転校してしまったことに、意気消沈する溝呂木。 休息も必要だと提案する首藤。面白いものを見つけたと、学校施設内にあるプールに10年黒組一同向かうことに。そこは遊園地のような施設が広がっていた。一同驚きながらも、それぞれ様々水着に着替はじめた。兎角も水着に着替えるために、ロッカーを開けると、ロッカーの中には予告票が入っていた……。

ミョウジョウ学園には、嵐が近づいていた。ひと気がなく、ガランとした校内や寮の部屋をみて晴は寂しさを漏らしていた。そんな晴をみて、兎角は、無事に生きて黒組を卒業することが夢なのだろうと問う。そんな晴は、俯きながらも、逆に兎角の夢は何なのか聞き返す……。

窓の外では激しく風が吹き荒れる中、兎角と伊介は対峙していた。 晴の安否を心配するも、伊介に阻まれる兎角。一方は、晴は、番場に追い詰められていた。 番馬にハンマーを振り下ろされたところを間一髪でよけながらも、逃げ惑う晴。兎角は晴のもとに向かうべく、伊介にナイフを向ける。

残り４人になった黒組の教室内。黒板には自習の文字。残るは、英純恋子ひとりと兎角は警戒心を高める。そんな中、英は晴に歩み寄り、一枚の封筒を差し出した。予告票かと思いきや、中にはお茶会への招待状が入っていた。部屋に戻り、晴は英との話し合いの末、和解が出来ないかと考えていた……。

ガランとした教室内に、残った３人。そんな中鳰から、兎角と晴に真オリエンテーションの開催が告げられる。晴はビクつきながら、俯いてしまう。そんな晴を無言で見つめるしかない兎角……。兎角は、英が言っていた「女王蜂」とは、どういう意味なのかと晴に問う……。

兎角から突き付けられた予告票をみて、愕然とする晴。まるで揺るぎもしない兎角。晴の手が震え始め、ぐしゃりと予告票を半ば握り潰すようにしながら、泣きそうに叫ぶ晴。攻撃を避けながら逃げまどう中、背後の靄の中から伸びてきた手が、晴の手をぐっと掴んだ……。

ミョウジョウ学園の校旗をはためかせて進む船のデッキでは海を見てはしゃいでいる晴やその後ろで微笑ましく見守る兎角など、水着姿の10年黒組メンバーの姿があった。そんな中、鳰が怪しげにタブレットを操作すると、船が突然爆発する。10年黒組のメンバーが流れ着いたのは、無人島。そして、鳰からのアナウンスが入る…。