無人島でUMAの撮影に挑戦していた動画クリエイターが消息を絶つ。それは突如現れたＵＭＡ＝奇獣の襲撃の始まりに過ぎなかった。生物学者・番場宗介の奇獣を巡る数奇な物語がここから始まる。

番場のもとに、友人の登山家・黒田ミカが雪山で重症を負ったとの知らせが入る。瀕死の彼女は「謎の生物に襲われた」とうわ言のように話していたという。周囲は黒田が幻覚を見たと疑い信じようとしないが、番場は…

高校生・ケンタは、恋人・ハルカを海に現れた奇獣に連れ去られてしまう。以来、奇獣を激しく憎みハルカの敵討ちを誓うケンタ。一方、村を訪れた番場は海洋学者・水崎から驚愕の事実を知らされる…！

小学生のシュンとユウタは、失くしたドローンを探して下水道を探検中、奇獣に出くわしてしまう。調査で町にいた番場は、襲われる二人を発見し脱出を試みるが…製薬会社のエージェント・木村に救われる番場たち、彼らの目的とは…？

深夜のコンビニ。店員のレンは､先輩サイトウにこき使われる怠惰な日々を送っていた。しかし､突然店内にこだまする悲鳴により日常が一変する。レンとサイトウ､偶然居合わせた女子高生アユミを襲ったものとは…？

番場は奇獣調査のため､観光船に乗り南極を訪れていた。そんな中､深海にいた潜水艇に事故が発生。番場は乗客のヨウスケとチアキの救出に協力するが､深海に潜む魔物を目撃することに…！

田舎のとある小学校。放課後、カズトとミノリは残って遊んでいた。教師ハルコが見咎め、二人を下校させるつもりだったが…地震と共にグラウンドに突如現れたのは…！？

かつての恋人サオリと奇獣の調査に向かう番場。しかし道中、トンネルの崩落事故に巻き込まれてしまう。姿の見えないサオリ、生存者を襲う謎の生物、果たして番場は…！？

番場は、とある植物園で起こった事件の事情聴取に同席していた。唯一の生存者が淡々と話す不可解な経緯。番場は自らが追う奇獣が関係していることを直感する…！

番場は老婆から古い体験談を聞いていた。とある漁村に突如現れた奇獣・影鰐。村に犠牲者が出たことから村長は漁に出ることを禁ずる。しかし漁師の町蔵は娘の薬代のため、たった一人で禁じられた漁に出ようとするが…。

25年前。少年だった番場は、父親に怒られ、家の蔵に閉じ込められていた。窓外に広がるのどかな景色。しかしその平和な時は、突如現れたある黒い影によって、跡形もなく破壊されてしまったのだった…

敵対していた猿楽製薬で新薬開発に協力することになった番場。しかし木村が求めていたモノは新薬などでは無く、一連の奇獣たちの出現に繋がるものだった。過去から現在に繋がる、奇獣たちの真相が明らかに……！

カメ奇獣の突然の襲撃ー。木村は、一人セーフティーゾーンで窮地を脱した。奇獣たちの行方を捜索、監視映像を再生すると驚愕の事実が発覚！番場、木村、そして影鰐ー。それぞれの思惑が交錯する中、物語は終焉を向かえる。