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夏休み。浦和第三高校鉄道部の調、常盤、南、緑、桜の面々、そして生徒会の彩湖、子鹿、ついでに美園は、市民プールで夏を満喫していた。楽しい1日だったが、最後に彩湖が「鉄道部は廃部になるから」と告げる。

生徒会長の彩湖から、「鉄道部は廃部」と突然告げられた調、常盤、南、緑、桜ら鉄道部の部員たち。登校日、生徒会室へ抗議に行くことにした彼女たちは、そこで廃部撤回のための条件を提示され...。

鉄道部の廃部撤回のために出場を決めた鉄道甲子園埼玉県予選。その必勝祈願をしようと、氷川神社にやってきた調、常盤、南。祈願前にご当地グルメを楽しんでいた3人の前に、謎の5人組が現れ...。

ご当地グルメを楽しんでいた調、常盤、南の前に現れた謎の5人組は、調たちをライバル視する聖大宮女学院の鉄道部員たちだった。なぜか、高砂調のことを目の敵にしている部長の“お嬢”こと桜木錦。その理由とは...。

鉄道甲子園の壮行会のため、大宮公園にやってきた調、常盤、南。そこに、またしても聖大宮女学院鉄道部の部長・桜木錦が現れる。錦と南は鉄道甲子園の前哨戦としてUWAAR(ユーワール)で戦うことに。

突如現れる宇宙空間。迷い込んだのは風紀委員長の三室美園。そこに聖大宮女学院の“宇宙少女”清河寺栄が現れ、壮絶な宇宙科学バトルが繰り広げられる。

鉄道甲子園埼玉県予選準決勝。勝ち進んできた浦和第三高校と聖大宮女学院の直接対決が始まる。初戦の競技は「埼玉県大盛りグルメ 大食い対決」。全く鉄道とは関係のないこの競技に勝利したのは...。

鉄道甲子園埼玉県予選準決勝。2試合目は、大宮盆栽村で行われる植物クイズで対決。浦和第三高校の部長・道祖土緑と聖大宮女学院の寿能栽子が、互いの知識を駆使して激戦を繰り広げる。

鉄道甲子園埼玉県予選準決勝。3試合目は、大宮・荒神東、浦和・上木崎常盤がラップバトルで対決。完璧な理論的ラップで浦和勢の前に立ちはだかる東に大苦戦の常盤。そんななか、助っ人が現れ...。

鉄道甲子園埼玉県予選準決勝。4試合目は、忍城を舞台に歴史クイズで対決。浦和第三高校は田島桜が初登場。聖大宮女学院は優雅な黒髪美少女・一ノ宮四恩が出場。どちらも博識で激戦は必至。勝敗の行方は...。

鉄道甲子園埼玉県予選準決勝。5試合目の最終対決は、最後まで鉄道が関係なかった自転車競技。浦和第三高校・高砂調、聖大宮女学院・桜木錦が激突。因縁の対決となった勝負の結果は...。

鉄道甲子園埼玉県予選準決勝は聖大宮女学院が勝利。敗戦し、とぼとぼと浦和の商店街を歩く調、常盤、南は、同じく元気のない大宮の5人と出くわす。浦和の廃部は?錦と調の関係は?そんな全ての謎が解ける最終回。