教会暦526年。ウェニアス王国と呼ばれるこの地で、教会は正義の名のもとに魔女狩りを続けていた。偉大なる魔女ソーレナが罪人として処刑されたことを機に魔女たちの反乱が巻き起こり、対する王国は傭兵を招集、魔女の討伐に乗り出した。そんな時代、人々に“獣堕ち”と蔑まれる半人半獣の傭兵がいた。傭兵は王国の招集に出向く途中の森で、ゼロと名乗る美しき魔女に自分の護衛にならないかと依頼される。

世界を滅ぼす可能性を秘めた魔法書を探すゼロと、獣堕ちから人間に戻すことを条件に護衛を引き受けた傭兵。二人は魔術の贄になる獣堕ちの首を狙っていた、アルバスと名乗る魔術師から、ゼロが探す魔法書を聖典とする“ゼロの魔術師団”の存在を知る。アルバスは魔法書の持ち主だと言うゼロを魔術師団の隠れ家に案内することを決めるが、目的地を目指す途中、魔女の襲撃があった村で騒動を起こしてしまう。

難を逃れたゼロたちは、商業の中心地であるフォーミカムに辿り着く。獣堕ちがいるという理由で宿探しに苦労する傭兵たちは、途中、奴隷の少女を連れた犬面の獣落ちと出会う。その夜、酒場でゼロと傭兵に出くわした犬面は、少女たちは魔女であり、教会に裁かれるところをかくまってやっているのだと告げる。少女たちが魔女ではないと見抜いた傭兵は、少女たちを逃がすため、夜更けに犬面の宿に忍び込む。

フォーミカムで束の間の休息を楽しんだゼロたちは、ゼロの魔術師団の隠れ家があるというラテットに向けて出発する。目的地への旅路は、故郷の森の穴ぐらしか知らずに過ごしてきたゼロにとって新鮮で輝きに満ちたものだった。そんな旅の途中、ゼロはアルバスに、自らが生み出した魔法という技術の本質を伝える。足取りも軽く目的地に到着した一行だったが、ラテットの入口に差し掛かった時、状況は一変する。

ラテットに到着したゼロたちの目の前に無残な光景が広がっていた。魔術師と思われる者を含む村人が何者かに襲われ、あちこちに死体が散乱する異様な光景を確認したゼロは、「これは魔女の襲撃だ」と断言する。アルバスはゼロと傭兵に、ゼロの魔術師団から追放され村や街で略奪を繰り返す“はぐれ魔女”の存在を告げる。そしてさらに、国家に忠誠を誓い魔女狩りに加担する、ある国家魔術師の存在を口にする。

強制召喚によってゼロたちが呼び出された先は王都プラスタの王城の中だった。【ゼロの書】を追っていた十三番は、既に王国に魔法が広まっていることを知り、本を奪還し魔女の秩序を取り戻すため国家魔術師になったという。そして反発するアルバスを言葉巧みに追い詰め、協力しなければ火刑に処すと告げる。一方、仲間に裏切られた過去を持つ傭兵はアルバスを助けようとしないゼロに対し、猜疑心を募らせていく。

ゼロのもとを去った傭兵は城下町で獣堕ちたちの粗暴なふるまい、それに怯えて暮らす人々の姿を目の当たりにする。自分も獣堕ちにすぎないと身を持って知った傭兵はひとり王都を後にするが、フォーミカムで決闘を果たした犬面の策略により、魔女たちの襲撃にあってしまう。魔女のひとりを追い込んだ傭兵は、化物と蔑まされる自分への苛立ちから我を忘れ魔女に襲いかかるが、その時、ゼロの言葉が脳裏をよぎる。

魔女の裏切りにより負傷した犬面・ホルデムは、意外にもソーレナの名を口にした。自分はソーレナの下僕であり、冤罪で処刑されたソーレナの復讐のために家を出た孫娘を探しているという。傭兵はホルデムと共に【ゼロの書】を探す手がかりとなる孫娘を追う決意を固めるが、その時、王都で魔女の処刑が行われることを知る。アルバスが十三番への協力を拒絶したことを悟った傭兵はアルバスを救うため処刑場に向かう。

傭兵とホルデムによって処刑場から救出されたアルバスは、善悪の区別なく魔女を一掃しようとする十三番を倒し、無秩序に人間を襲うはぐれ魔女たちに対抗する、ある作戦を思いつく。その作戦にはゼロの協力が不可欠だったが、ゼロは十三番からの攻撃に倒れ、連れて行かれたという。人探しの占いによってゼロの居場所を特定するため、3人はゼロが身にまとっていたローブを手に入れるべく、フォーミカムへ向かう。

王城・暁の塔の最上階までたどり着いた傭兵の前に、冷たい表情のゼロが現れる。頑なに傭兵を拒絶するゼロだったが…。再会も束の間、作戦を伝えようとした傭兵が“アルバス”の名を口にした途端、ゼロと傭兵は再び強制召喚によって十三番のもとへと飛ばされてしまう。一方、ゼロの魔術師団によって拘束されたアルバスとホルデムは、“あの方”から「すべての魔術師で十三番を討て」との指令がくだったことを知る。

凄まじい魔力を放出し合うゼロと十三番。力は拮抗していると思われたその時、ゼロの魔力が十三番を圧倒し始める。冷たい表情のまま十三番を追い詰めるゼロに気がついた傭兵はゼロを止めるため、とっさに十三番の前に飛び出していた。一方、アルバスは“あの方”の指令によって十三番の討伐の準備を進めるゼロの魔術師団への説得を試みるが、もはやアルバスの声は戦争に勝利する道を突き進む魔術師たちには届かなかった。

アルバスとホルデムの危機を救ったゼロは十三番の企みの全てをアルバスに告げる。ソーレナを死においやった原因をつくった十三番を許すことができないアルバスだが、作戦の成功には十三番の協力が不可欠だった。詠月の魔女ソーレナの直系として、アルバスはある決断を下す。そしてついに、はぐれ魔女、騎士団、ゼロの魔術師団のそれぞれの思惑による戦いが始まった。その時、封魔の儀式を進めるゼロたちの身に最大の危機が迫っていた。