魔力を持たない”能なし”ライガットは、士官学校時代の友人であるクリシュナ国王ホズルと王妃シギュンに召喚され、隣国アテネス連邦による領内侵攻の事実を知らされる。その前線指揮官が、３人の親友・ゼスであることも。王都で発掘された推定1000年前の古代巨兵【アンダー･ゴゥレム】に偶然乗り込んだとき、ライガットの運命は大きく動き始める…。

ライガットの搭乗によって1000年の眠りから目覚めた古代巨兵【アンダー・ゴゥレム】は、圧倒的な力で石英を砕き、ついにその姿を現す。混乱するライガットの前に立ちはだかるゼスの強襲部隊。激しい戦闘のさなか、祖国の運命を背負って再会するかつての親友たち。彼のみが動かせる巨大な力を手にしたライガットは、戦乱の渦へと容赦なく飲み込まれてゆく。

ゼス率いるワルキウレス部隊は、着々と王都ビノンテンへと迫っていた。襲撃がゼスの本意ではないと信じるライガットは、交渉のためデルフィングで単身出撃。士官学校で〝書記長の弟〟と〝能なし〟として出逢ったふたりは、４年の時を経て戦場で対峙する。相手こそが兵を退くべきと譲らぬ交渉は、やがて思いもよらぬ運命を導き出す…。

交渉は決裂し、戦闘が再開された。両軍入り乱れる混戦から辛うじて離脱したライガットだったが、ゼスの部下・リィに遭遇。一騎討ちを余儀なくされてしまう。ゼスへの忠誠と武功に逸り、苛烈な攻撃でライガットを追い詰めるリィ。デルフィングの可動限界が迫るなか、ライガットが目にしたのは、あまりにも過酷な〝戦争〟の現実だった。

戦場の過酷さを目の当たりにし、一度は帰郷を決めたライガット。だが、民のため降伏も辞さないホズルの決意を知り、自ら戦士となる道を選択する。クリシュナ軍がデルフィングという強大な力を得る一方、アテネスで動き始める〝戦争の天才〟ボルキュス将軍。そして、リィを失ったクレオらワルキウレス部隊の攻撃第三波がビノンテンに押し寄せる。

多重装甲と大剣を装備されたデルフィングはアルガス機を粉砕、ゼス機のコクピットを押し潰す。クレオは決死の突撃で敵軍を圧倒、ゼス救出を果たすものの、自らは虜囚の身となった。かつての親友を殺しかねなかった初陣にただ虚脱するライガット。そして接収したエルテーミスの搭乗士として、謎の男・ジルグが選ばれるのだが…。

クリシュナ軍にナルヴィを隊長とした特別遊撃隊が編成される。訓練中の部隊は突如、赤いエルテーミスの襲撃を受けた。ゼスすら手こずった機体を易々と乗りこなしたジルグは、バルド将軍の息子であり〝味方殺し〟として投獄された男だった。ライガット、ホズル、シギュンらそれぞれの想いが募るなか、刻一刻、ボルキュスとの対決が迫る。

トゥル将軍率いる重騎士団を破り、クリシュナ国境を突破したボルキュス大隊。対するバルド隊はアラカン荒野でこれを迎え撃つ。両軍の雌雄を決する大衝突がついに幕を開けた。冷酷非情なボルキュスの奇策に戦況が混乱を極めたとき、重層装甲を纏【まと】ったデルフィングとミレニル部隊が到着、激戦はさらに混迷の度を深めてゆく…。

多大な犠牲を払い、一時の退却を余儀なくされるアテネス・クリシュナ両軍。厳しさを増す状況の中、ボルキュス大隊がライガットの故郷へ向け侵攻中との報せが入った。弟を救うべく、制止を振り切り単身急行するライガット。凄惨な光景を前に、ボルキュスの駆るアテネス軍最強ゴゥレム・ヒュケリオンとデルフィングの一騎討ちが始まった！

ナルヴィらの救援でかろうじて危機を脱するライガット。離脱をはかるミレニル部隊に、イオ率いる分隊が襲い掛かる。混乱に乗じてライガットを戦域から引き剥がすジルグ。ひたすらに弱者を嫌い、ジルグはライガットの本当の望みをえぐり出そうと問いかける。そのとき、アテネスの精鋭〝スペルタ部隊〟が出現。熾烈【しれつ】きわまる激戦の幕が開く！

ジルグの死がライガットの心を冥【くら】く塞ぐ【ふさ】。ボルキュス大隊の脅威が迫り、市民の避難が続く王都。ライガットの生還を信じるシギュンは巨大石英を調達、デルフィングの新兵器を鍛え上げる。要塞と化したビノンテンに、ついに開始された総攻撃。そのさなか、デルフィングを最終形態へと変貌させるべく、ライガットは決戦のただ中へと突貫する！

平和だった街を容赦なく破壊するゴゥレムの群れ。激烈な市街戦をくぐり、デルフィングは決戦兵器を手に最終形態へと生まれ変わった。友と出会い、時をはぐくみ、やがて訪れた別れ、死。過ぎ去った時間は取り戻せなくとも、決着はつけなければならない。すべての人々の想いを背負い、ライガットはボルキュスとの最後の闘いへと立ち上がる。