常住戦陣！“死ぬまで勝ち続ける武士”を目指す月島仁兵衛は、江戸「蟲奉行所」でのお勤めを志願する。 人々の平和を守るため、強烈個性の仲間——孤高の天才剣士・無涯、発破の女忍者・火鉢、人斬り・春菊、陰陽師・天間——と、仁兵衛の戦いが始まった！

ピンチを救われた仁兵衛は無涯にあこがれる。しかし「あたしの方がずっと憧れてるんだからね！」と仁兵衛に敵意むき出しの火鉢。そのうえ春菊・天間にも相手にされず、小鳥からは抜刀禁止令がだされる。 蟲がすぐ眼前に迫ってくる！どうする仁兵衛!!

仁兵衛は春菊の剣技に惚れ込み、弟子入りする。そんな時、連続強盗事件の容疑を掛けられた春菊は、町奉行所に捕えられた。 「恋川殿の太刀筋は嘘をつきません！」と、春菊を信じて奔走する仁兵衞。 そして――九十九斬り春菊――衝撃の過去が明らかになる。

土御門家を復興させるため、蟲奉行所のお勤めに励む天間。式神を自在に操る天才陰陽師だが、人には知られてはいけない秘密があった。しかし、その秘密を仁兵衛たちに知られたとき、突然巨大蟲が襲ってきた。

無涯が蟲退治の相方に仁兵衛を選んだ。あこがれの無涯と相方になり、有頂天になる仁兵衛。だが、敵は強大！　仁兵衛はめちゃくちゃに叩きのめされる。しかも無涯が仁兵衛を選んだ理由には、ある秘密があったのだ。

蟲奉行所に侵入してきた謎の能面男・長福丸。しかし長福丸の知識は広く深い。危険を冒してまで蟲奉行所に入り込み、蟲の知識を得ようとする情熱に感動した仁兵衛は、意気投合した。そして、蟲文庫にたどり着いたとき、禁断の書物を発見する。

季節は夏！隅田川の川開きで活気づく江戸の街と蟲奉行所のメンバー。江戸で見る初めての花火に心躍らせる仁兵衛だったが、いざ出発という時、庭に佇むひとりの美少女と出会う――。

蟲奉行の居場所を聞き出すため、仁兵衛に近づく蜜月。「私にかかればどんな男もメロメロよ！」魅惑の身体と巧みな言葉で人の心を惑わす彼女の罠に、仁兵衛が、お春が、危機に陥る。

夏の到来。江戸に迫る巨大な蟲たち。蟲奉行は人々を守るため八丈島へお籠りに向かう。が、そこへ謎の集団「蟲狩」が追ってくる。武家、寺社、市中見廻り組が迎え撃つが、圧倒的な敵の力に仁兵衛たちは叩きのめされる。

蟲狩の強大な力の前に、成す術のない仁兵衛。しかし、ボロボロになりながらも必死に蟲奉行を守ろうとする姿に、彼女の魂（こころ）が揺れる。――蟲奉行の真の姿、黒揚羽降臨！

能力を失ってしまった蟲奉行。無涯、市中見廻組の応戦で退却するが、蟲狩の攻撃は止まない。気を失った仁兵衞を背負い、必死に逃げる蟲奉行に追手が迫る。絶体絶命と思われたその時、仁兵衞の様子が...。

蟲狩との戦いで、自分の無力さを痛感した仁兵衞は、父と修行の旅に出る。相手は富士山！噴火を止められる期限は三日間。 仁兵衞は、月島流奥義を習得することができるのか。

瓦版屋のお園は、みんながあっと驚くスクープを求めて日々邁進中！今回は蟲奉行所について取材すべく、女湯に潜入する！ そこにはお春が、火鉢が、蟲奉行が！なんと！なんと！なんとっ！！

突如現れた謎の人型蟲、猿飛佐助。江戸のピンチに市中見廻組は不在。寺社・武家見廻組が総出で戦いに挑むが、圧倒的な力の差を見せつけられてしまう。佐助の素早い猛攻に、もうダメかと思ったその刹那...！？

猿飛佐助に続き、真田十傑蟲なる蟲人が次々と村を襲撃。一刻を争う事態に江戸城へ趣いた蟲奉行は、長福丸の部屋である秘密を発見する。そして仁兵衞の父・源十郎と母の若き日の出会いも明らかに。

失った能力を取り戻すため、紀州へ向かうことになった蟲奉行。同行するのは江戸一番のキレ者と名高い大岡忠相。お供として指名された仁兵衞だったが、武士としての立ち振る舞いにダメ出しを連発されてしまう。その時、十傑蟲の一人、根津甚八が行く手をさえぎった！

真田幸村の命により、紀州の民全員から追われる身となってしまった仁兵衞一行。道中の「岩松村」で襲撃に遭うも、山賊を撃退したことで村人の心を動かす。しかし安心したのも束の間。真田十傑蟲、六郎コンビが少女を人質に...！

紀州の若き重臣・山県正近のもとへと趣いた仁兵衞たち。そこにいたのはなんと火鉢であった。市中組と合流し、束の間の休息を取る一行。しかし、真田が仁兵衞たちを捉えるよう約束した刻限が迫る。十傑蟲が紀州の民に襲いかかったその時...！？

ついに真田十傑蟲との正面対決が幕を開ける！第１戦は月島仁兵衞VS根津甚八。開始早々庭園の堀に引きずり込まれ、水中戦という圧倒的不利の状況に追い込まれてしまう。仁兵衞に打開策はあるのか！？そして十傑蟲の真の姿とは！？

和歌山城第２戦の相手は真田十傑蟲筆頭、霧隠才蔵。幻術を操り、相手を翻弄する妙技を得意とする。幼き頃の幻影を見せられ戸惑う火鉢。祖父と霧隠の因縁、最強の忍者の名かけた戦いが今ここに！

超人的な生命力を持つ三好兄弟。人の命を奪うことを救いだという彼らに、春菊は過去の自分を見る。昔の春菊を知る大岡は、戦いに懸念を抱いていた。過去を断ち切り、命の重さを背負って生きる為、春菊は斬撃を振るう！

和歌山城第４戦は一乃谷天間VS穴山小介。「ジャスティス」を連発する穴山。その歪んだ正義観が天間を追い詰める。ボロボロになりながらも天間の願いはただ一つ。まだ見ぬ父母に会うこと。穴山の正義と、天間の強い信念がぶつかり合う！

順調に駒を進める仁兵衞たち華組。一方蟲奉行たち雪組は、常世の井戸に辿り着いたが。そこで正体を表した霧隠才蔵と無涯の一騎打ちが始まった！蟲奉行を守る為、地下へと走る仁兵衞。大岡は真田に真っ向勝負を挑む！

和歌山城戦は激戦に継ぐ激戦！無涯VS才蔵、由利・筧VS蟲奉行所、そして仁兵衞VS幸村という三つ巴の戦いが繰り広げられる中、蟲奉行は常世の井戸へ身を沈める。謎に包まれていた蟲奉行の過去が初めて解き明かされる・・・

井戸の力により、お付きの方の記憶が失われると知った仁兵衞は、彼女を追いかけ猛毒の井戸に飛び込んだ。一度は記憶を失う決心をしていた蟲奉行だったが、仁兵衞の説得により、再び井戸の外へと出る。と、そこには真田幸村の姿が......。

井戸によって力を取り戻し、白揚羽へと変身した蟲奉行だったが、その記憶は失われていた。自我を失い、仁兵衛に攻撃を繰り出す白揚羽。真田は井戸の力を使い更に強大な力を手に入れた。死ぬまで勝ち続けると誓った仁兵衞の前に最後の敵！　皆の思いを背負い、最後の決戦、いざ参る！