乾相談所が反拡張主義の「スピッツベルゲン」に襲撃される。彼らは十三がローサから手に入れたデータを目的としており、鉄朗とクリスが人質として拉致されてしまう。メアリーは突如現れたレフティに促されるまま進むと、意外な人物と遭遇する。それは、彼の兄であるヴィクターだった。ヴィクターはスピッツベルゲンのテロ部隊の一員となっており、拡張体を瞬時にバラバラにしてしまうことから「解体者」と呼ばれていた。

メアリーが再会を果たした実の兄・ヴィクターは、彼女が知るかつての彼とは 大きく変わっていた。困惑するメアリー。十三とも深い因縁があり、 彼も驚きを隠せなかった。スピッツベルゲンの襲撃を退けた十三とメアリーは ヴィクターの捜索に九星窟に向かう。 その途中、十三はヴィクターから受けた、メアリーにまつわる依頼の話をする。 ヴィクターのアジトにたどり着き、その真意を問いただそうとするが、 そこにEMSが姿を現す。

スピッツベルゲンのアジトで十三とヴィクターの激しい戦闘が繰り広げられていた。ヴィクターは十三の隙をつき、「解体者」の二つ名が示すように、瞬時に十三の身体の解体を始める。十三の身体が軋みを上げる中、ヴィクターは十三の過去について語りだす。拘束され身動きができないメアリーは、意外な方法で脱出を試みる。ヴィクターを倒すため、十三とメアリーは起死回生の方法をとるのだが…

十三とヴィクターの戦闘は終結を迎えたが、そこにＥＭＳのアヴィ・コーボが姿を現す。ヴィクターの身柄を確保するため、メアリーを人質にとり、ヴィクターの「本体」の居場所を問い詰める。アヴィの「交渉」に割って入る十三だったが、その身体は満身創痍で彼にはもはやなす術がないかに見えた。しかし、その身体は突如変形をはじめ、誰もが予想しえない姿へとなっていく。

スピッツベルゲンとの抗争がひとまず終結を迎えた後、十三はスカーレットの父親の床屋を訪れる。父親に頭部の整備を依頼し、久々に平穏な時間を過ごしていた。すると、店に中年の男性客が入ってくる。スカーレットが対応するが、彼女が行動をおこす度に奇声を発し悶絶するのだった。理由も分からずスカーレットが困惑していると、そこにメアリーが現れる。彼女は中年男性の言動に不審な空気を感じる。

乾相談所にエマと名乗る女性が訪れる。十三の頭を見てもまったく動ずることがない彼女は、夫を捜して欲しいと言う。彼女の夫はエドムントといい、十三と同じく全身拡張者だった。夫の話から誰かに危害を加える可能性があることを悟り、十三に依頼してきたのだった。従軍経験のあるエドムントの経歴を探るため、十三は復興庁に向かうが、彼の情報には制限がかけられていた。十三はそこに上層部の意図を感じ取る。

エドムントが探しているのは、十三と同じガンスレイブユニットの「ファイブ」だった。だが十三から意外な真実が告げられ、エドムントは激しく動揺する。そして彼もまた、ファイブとの関係を告白する。それは大戦の終結間近、ファイブがエドムントを恨む原因となった出来事だった。一方で、鉄朗とメアリーも、ガンスレイブユニットと十三の関係について、ある疑問を抱いていた。

己の過去に苦悩する鉄朗は、十三の身体を乗っ取り、ウォシャウスキー博士の元を訪れる。彼こそは、ベリューレンと共に拡張技術を生み出した人物だった。そして、鉄朗のハルモニエが、ガンスレイブユニットに対してある重要な機能を有していることを明らかにする。鉄朗を確保すべく、島津たちが十三を取り囲む。かつて十三に敗北した島津は復讐を企図していた。

鉄朗は自身の理想を貫くため、ウォシャウスキー博士と対峙する。だが、自らをエクステンド化した博士に苦戦を強いられる。戦闘の中で鉄朗はハルモニエを使うが、それは博士が想定しえないものだった。一方、島津を倒した十三は功木と対峙していた。全身に功木の針を受けた十三は満足に身体が動かせない状況に追い込まれるが、今から相手をするのは島津だと告げられる。十三は困惑するが島津は意外な正体を明らかにする。

十三とセブンの激しい乱戦の中、功木は気を失って倒れる鉄朗の扱いを思案していた。そこに姿を現したのはクローネンだった。かつては同門の士であったが、いまや立場を異にする二人は戦闘を開始する。十三はセブンとの戦いの中で、過去に思いを馳せる。ただの戦いの道具でしかなかったかつての自分の姿にセブンを重ねる。十三が有利に戦いを進めるように思われたが、セブンはさらなる変化を始める。

十三にハルモニエを使った鉄朗は、彼の戦争中の記憶を目の当たりにする。それは十三が、仲間ともいえる同型のガンスレイブユニットに行った悲劇だった。十三と鉄朗が昏倒する中、クローネンとセブンの戦闘が繰り広げられ、そこにベリューレンの私兵が乱入する。混戦状態となるが、ペッパーは多くの市民が自分たちに注目しているのを知り、セブンに思いもよらぬ命令を下す。

ペッパーは幼い頃、孤児としてベリューレンに拾われるが、拡張処理との適合性が低いため「廃棄」されることになる。しかし、その前に最後の機会が与えられる。それはガンスレイブユニットを制御下に置くための「ハンズ」の移植処理に耐えられるかという試練だった。そこでペッパーはガンスレイブユニット7番機に出会う。強力な兵器ではあるが、不安定な個体のため適合者が見つからないとのことだった。