普通の小学生として暮らしているワタル。彼はある日を境目に、人が変わったかのように悪事と喧嘩を繰り返すようになってしまった。そんな彼の元にシバラクとヒミコが現われる。魔界の王アンコクダーによってワタルの「良き心」が抜き取られているというのだ。神部界へと無理やり連行されたワタルは、モンジャ村の村人から救世主再来を歓迎される。しかし、「良き心」とともに救世主としての記憶を失っていたため意味がわからず、混乱してしまう。その時、シバラクが倒したはずの魔神・ジャイガンダーが復活。だが、「良き心」をアンコクダーによって抜き取られているワタルは、登龍剣をかかげても龍神丸を呼び出すことができない…。

第一界層でワタルがたどり着いた町は、バンジータウン。ここは、町の支配者・バンバンジーによって人々は足にゴムを括りつけられ、毎日バンジージャンプをさせられていた。バンジ―ジャンプが好きなバンバンジーが地震を起こし、無理やりバンジージャンプさせるような状態にしていたのだ。町を元に戻すためには、遙か谷底にある「バンジーロック」をバンジージャンプで取ってこなければならないという。底の見えない深さに怯えるワタルだったが、町を元に戻すため挑戦する。

次にワタルたちが訪れたのは、まるで巨大な野球盤と化してしまった町ボールパークタウン。この町を支配しているサンカンオーは、毎日のように野球盤ゲームをプレイし、巨大なボールの標的にされた家屋は、次々と破壊されていた。しかも、反抗的な町の人がいれば「良き心」を奪って配下に加えていっていた。そんな町で瓦礫に埋もれそうになっている老人とその孫アダールを救出したワタルたちは、この悪事をとめるべく、サンカンオーと野球盤ゲーム対決をすることになる。アタールは、ワタルに龍の炎さえも通さないという伝説の装備ドラゴングローブを託す…。

ホラー好きのウラメシヤンが支配するドロンドタウンは、彼の好みによって町人がみんなお化けに変えられている町。ウラメシヤンは、自分を怖がらせるよう町人に強制しているのだ。ワタルたちは、あらゆる手段でウラメシヤンを怖がらせようとするが、ことごとく失敗。逆にワタルたちは「この世で一番怖いもの」が見えてしまう術を架けられてしまう。しかし不覚にも、自ら術にはまってこの世で一番怖いものがドナルカミ大王であることを露呈してしまう。焦りいらだつウラメシヤンは、魔神オバケンダーを召喚する…。

コギャルが喜びそうな店が建ち並ぶチープリタウンへやってきたワタルたち。町の人々も老若男女問わずコギャルの格好をさせられていた。どうやらこの町を支配するエーコが好むような町になっているらしい。危ういところをガクによって助けられたワタルたちは、コギャルの恰好をして町に潜入することに成功する。町とエーコ自身を元の姿に戻すためには、エーコのカバンに付いているマスコットにガクの制服の第２ボタンを縫いつけるしかないらしい。そこでワタルたちは、エーコ主催のミス・チープリコンテスト開催中に、エーコ自身も出場をしている隙を狙ってエーコのカバンに第２ボタンを縫いつけようと画策するのだが…。

車輪付きの家々が、まったなしでレースさせられているサーキット村。元々は、誰でもレースを楽しめる良い村だった。そこで、ナビと名乗る少女を救出したワタルたちは、彼女から町を変えたカメニックの話を聞く。カメニックは、有能な整備士で、元々はナビの仲間だった。しかし、アンコクダーに良き心を奪われ、レーサー不必要なマシンづくりに留まらず、町までも改造をしていたのだ。この悪行を止め彼を元に戻すには、レースで優勝するしかない。ワタルは、整備兼レーサーとして参加することになる。レースは、ナビのアドバイスもあって見事優勝したのだが…。

光の獅子の山の麓までやってきたワタル一行。しかし、不安定な地盤とドナルカミ大王が対魔神用に張った結界により、容易に近づくことができない。スズメは、鳥神丸で山まで登ろうとするが、結界に弾かれて墜落してしまう。鳥神丸が落下した場所へ着いたワタルたちは、その近くの遊園地のような町へたどり着く。このアミューズタウンは、絶叫マシンが大好きなトップスピンよって支配されていて、なんと町全体を絶叫マシンに改造していた。町の中を探索をしていて、逆バンジーで山までたどり着く方法を考えたワタル。バンジーマシンの使用をかけてドードと絶叫マシン勝負をすることになる。ヒミコの納豆攻撃の加勢もあってワタルが勝利するのだが…。

何とか光の獅子の山へと到着したワタルたち。しかし、コマ状になっている作りのため、ちょっとでもバランスを保たなければ傾いてしまう。「聖樹とスズメ」、「シバラク」、「ヒミコとワタル」の３組に分かれて別の地点にたどり着き頂上を目指す。途中、ワタルとヒミコは、ひとりの老人と出会う。どうやら老人は、ここに住んでいるらしいのだが、腰を痛めて動けないらしい。しかたなく、ワタルは老人を背負って頂上へ登ることになった。老人を背負ったワタルは降り注ぐ雨の中、頂上を目指す。ついに光の獅子の神殿にたどり着いたワタル。そこにはドードが待ちかまえていた。ドードとの決着を付ける最中、老人が崖から落ちてしまう。老人を助けるためワタルも崖の下へ落下していく…。

第二界層は、樹木に町が栄えているような世界。この界層では、６つの花を咲かせなければ第三界層へ上がることはできないという。ワタル一行は、木の上にある小さな町を見つけ、そこでホタル族の少女ルスクと出会う。ホタル族は、綺麗な水がなければ生きていけない。しかし、貴重な水源の湖は、この町の支配者ルーメンが出すゴミによって汚染されていた。以前のルーメンは、物を大事にする老人だった。しかし良き心を失ってからは、通販グッズを買いあさり、飽きてはすぐに捨てる浪費家になってしまっていたのだ。ルスクはルーメンに作ってもらったオルゴールを見せ、元の姿を取り戻すよう必死に説得するが…。

ふたつめの花を探して、ワタルたちがやってきたのは、カオリタウン。ここは、かつて花々が咲き誇り、香水の名産地だった。しかし、くさい臭いが大好きという支配者メチャクッサーによって異臭漂うブリキの町に変えられていたのだ。町の唯一の生き残り、カレンからメチャクッサーの弱点が良い香りと知ったワタル。カレンが大事にしまっていた最後のバラを使って香水を作ろうと計画する。しかし途中、ドナルカミ大王の息子でドードの兄ドランの妨害を受けてしまう…。

のんびり過ごせる温泉地だったユカタ村。しかし今は、ドランを溺愛する雪女のカンプーンによって、氷の世界に変えられていた。村人たちは、カンプーンに逆らうと雪像に変えられてしまうのだ。ユカタ村でチルドというひとりの少女に出会ったワタルたちは、彼女から伝説の花を見せるから、村を助けて欲しいと頼まれる。村の氷を溶かすため、山の源泉へ向かったワタルたち。しかし、そこにはプロペランに搭乗するカンプーンの姿があった。

次の花を求めて旅立った一行は、森の中にある小さな村に着く。そこには、強欲な支配者タクロースが、トナカイのような角を持つ村人を使って、無数の星々を集めさせていた。その星とは、村人の思いから生まれるもので、必ず願いが叶うと言われているものだ。タクロースはもっと多くの星を手に入れるため、村一番の巨木・マザーツリーを切ろうと企む。ワタルはその計画を阻止しようと龍神丸で応戦する。

フルフル村は、果実しか食べない種族の村。しかし、主食であるフルーツは、すべてドナルカミ大王の配下のドリアンによって果物型の爆弾に変えられていた。ドリアンは、元々、果物を取るのがあまり上手に取ることができないというトラウマに悩んでいたが、その心のスキに入りこまれ「良き心」を奪われ、変貌してしまったのだ。ワタルは、村の少女ライチからドリアンが主催する鉄人爆弾レースで優勝すれば、果物を元通りに戻すという話を聞きつけ、早速レースに参加する。あらゆる障害が待ち受けている過酷なレースだったが、ヒミコの活躍によってかろうじてワタルが優勝する。納得がいかないドリアンは魔神トロピカルボンバーを召喚、フルーツ爆弾で猛攻撃を開始する。

異常なほどテンションが高いアッチチ村についたワタルたち一行。疲れ果てて村の宿屋にたどり着いたワタルは、宿屋の廊下で熱くなりすぎて倒れてしまった父を介抱する少年ヒートに出会う。ヒートが話すには、良き心を抜き取られ変貌したチワッキーが村人を常に熱血させ、冷めた人間は魔神チャッカブレスで熱くなるまでしごき、この村を支配しているというのだ。その行為を許せないワタルは、チワッキーに抗議。だが、その場所に現れたのは、ドランだった。村の先にある伝説の花を咲かすという鳳凰の木の存在を知っていたドランは、ワタルたちが手に入れる前に村人の炎を使い聖なる力で守られた木を焼き尽くそうとしていたのだ。それを阻止するため鳳凰の木へと急ぐワタル。しかし…。

鳳凰の実から出た虹を頼りにやってきた場所は、木も草も生えていない火山の麓。そこで出会った巨大なイモ虫・バグローの案内をたよりに、虹の蕾の場所までやってきたワタル一行。しかし、そこに架けられている橋は脆いため、バグローはワタルとふたりで行くことを提案。聖樹は、ワタルが名前を名乗っていないのにバグローがワタルの名前を知っていたことを不信に思う。案の定バグローはドランと第二界層のボスのマグマ・ダイチに騙されて、ワタルを罠にはめるよう指示されていたのだ…。

炎のフェニックスの力を手に入れ、第三界層へと上がってきたワタルたち。突如、ドナルカミファミリーの第３の刺客ドルクが現れる。ワタルの命を狙い、剣を向けるドルク。その刃から身を挺して守ったのは、聖樹だった。さらにドルクの剣がワタルに迫ろうとした時、ワタルたちは流砂に呑み込まれ地中に沈んでしまう。流砂によってたどり着いた先はベリーホットタウン。そこでダルマンに囲まれたワタルたちは、少女フィンに助けられる。フィンの住むベリーホットタウンは”カナヅッチー”に支配され、住人に砂を泳いで移動することを強制させ、それに従わない人間の「良き心」を抜き取っていた。しかも、灼熱の日差しから身を守るためにはお金を払わないと日陰に入ることも出来ないというのだ。

「剣王の剣」を持つ大盗賊アラジンガーを探すため、闇のバザーが開かれるボーリングの町“ストラーク”へとやってきたワタルたち一行。この町は、ポーラーボーラーというボーリング好きに支配されていて、住人は皆、着ぐるみを着せられてボーリングのピンにされ苦しめられていた。ワタルたちは人々を解放させるため、グレートボーリング勝負に挑むことになる。ポーラーボーラーは、魔神スターボーリングで鉄の玉を持ち上げ、みごと100本あったピンを倒す。ワタルも負けじとドラゴングローブを着用して挑戦するが、なかなか思うようにはいかない。

ついに「剣王の剣」を手に入れたワタルたち。しかし、その情報を既に入手していたドナルカミ大王は、第三界層のボスのリミッターをワタルたちの抹殺に送り込んでいた。ある街に着いたワタルたちは、相撲取りの恰好でぐったりしている人を目撃する。それはすべて、この町を支配しているスナノウミの仕業だった。街の人の話によれば、スナノウミは、かつては優しい力士だった。しかしドナルカミ大王によって良き心を抜かれてしまい、人々に相撲の勝負をしかけては、負けた者の心を奪っていたのだ。スナノウミと相撲勝負をすることになったワタル。スナノウミの猛攻撃に投げ飛ばされそうになるが、ワタルは何とか堪える。

第三界層のボス、リミッターによって異空間へと飛ばされたワタル、ヒミコ、シバラク。３人がたどり着いた先は、空に大きなシャンデリアがある町ケイコータウンだった。その町に住む人々は、街中がシャンデリアの明るさに照らされ、皆が不眠症になっていた。ワタルたちは、この街に住む少年フーミンから魔界の者ワルモンダーの手下のワットが街を支配していることを聞く。ワットは暗いところが大嫌いで、そのため巨大なシャンデリアで街を煌々と照らしていたのだ。シバラクは、壁に貼られていた創界山の地図を何気なく眺めていたが、不思議に思う。なんとその地図には第六界層までしかなかったのだ。かつて創界山が第六界層までしか存在しなかったことを思い出すシバラク…。

ワタルと炎部ワタル一行は、ビリビリタウンという町にたどり着く。そこは異常なほど静電気が発生する町であった。ワタルたちの髪の毛は静電気のせいですっかり逆立っている。肌と肌が触れ合おうものならたちまち電気の火花が散るとんでもない所。そんな静電気もそっちのけで火花を散らしているのが二人の救世主ワタル。あいも変わらず互いに自分が本物の救世主だと言い張っている。 ビリビリタウンを支配している”サンダール”はかつてパンクロッカーであったが、客を音楽で痺れさせることが出来ず、それならば静電気で痺れさせてやると、町全体に静電気を発生させたらしい。　ワタルはサンダールに立ち向かってゆくが、サンダールの静電気攻撃にやられ気を失ってしまう。

聖なる森を探すワタル一行は、無数の洞窟がある場所にたどり着いた。そこで、救世主なら、乗れるといういかにもアヤシイ列車を発見し、仕方なく乗り込むことに。そこで、またもや炎部ワタルたちと鉢合わせになる。ワタルは、彼らに聖なる森を探していることを打ち明けると、サクヤは何でも願いが叶うという天の龍馬を探しているという。お互いの目的を語り合う一行たち。しかし彼らが乗り合わせたその列車は、実はワルモンダーの手下トレイダーの罠で、救世主抹殺のために用意された汽車だったのだ。

トロッコに乗り、ビリビリマンのいる城を目指すダブルワタル一行。ようやくかすかに光が見え、ビリビリマンの城へとたどり着く。そこへ魔神エレクトロンに乗込むビリビリマンが待ち構えていた。ダブル龍神丸との戦いが始まる。エレクトロンの電撃攻撃に苦戦を強いられる龍神丸。このままではやられてしまう。ふたりのワタルは電流をとめるべく、龍神丸から降りることを決意。タービンと留めるため、どこかに操作室はないか探していたワタルは、ビリビリマンによって発見されてしまう…。

天の龍馬に乗って過去の創界山から帰還したワタルたち。聖なる森に置いてきた剣王の剣も元の状態に戻っていることだろう。再び聖なる森を目指す彼らは軽快な音楽につられてウンド村にやってきた。そこで運動会を目撃する。この村を支配するハチマッキーが村人に運動会を強要し、自身は卑怯な手段を使って優勝し、負けた人の良き心を奪っているのだ。運動会の午前の部が終わり休憩になっている隙に計画を練るワタルたちは、偶然スズメと聖樹と再会する…。

『聖なる森』が現れるというサンドヒルの村にたどり着くワタルたち。そこで待ち構えていたのは、サンドボードで砂の波乗りをしている村の支配者“オカサーフ”であった。サンドヒルは砂津波のために村の大半が砂に埋もれていて、聖杯に記されていた『聖なる泉』も砂の下に埋もれてしまっていた。掘り出そうにもオカサーフの砂津波発生装置が作り出す砂津波のために埋まる一方だった。村の住人のフィンの話によると、オカサーフは昔サンドボードが下手でみんなにバカにされていたが、ドナルカミ大王に良き心を抜かれてからは、砂津波を起こして自分以外はサンドボードが出来ないようにしてしまったという。

聖なる森へと歩みを進めるワタルたち。そこは水晶でできた森が続き、しかも第三界層のボス・リミッターが待ち受けていた。シバラクがおとりになり、聖樹とヒミコ、スズメとワタルのグループの二手に別れて剣王の剣を探し始める。ワタルは、森の中で迷子になり、ケンと名乗る少年と出会う。なんと彼は、剣王の剣の所まで案内するというのだ。その途中、クリスタルキマイラという森に住む魔獣に襲われるが、なんとか剣王の剣のある広場へやってきたワタルとケン。岩に突き刺さった剣王の剣を発見、抜こうとするがワタルには剣を抜くことができない…。

第三界層と違って第四界層は、極寒の世界。電話の町イエローページタウンを訪れたワタルたち一行。この街のテルマッツとテレマッツの兄弟は、住民同士の会話を必ず電話で話さなければいけないような街にしてこの街を支配していた。かつて良き心をもっていた頃のマッツ兄弟は、とても仲のいい兄弟だったが、電話のことになるとお互いを主張するあまり常にケンカが絶えなかった。そこをドナルカミ大王につけ込まれてしまったのだ。良き心を抜かれた人々はイタズラ電話や無言電話をかけまくってしまうという…。

次の街を目指し、雪の中を進むワタルたち。しかし、見渡す限りの銀世界に空腹のワタルは力が出ない。こんなときに「コンビニがあれば…」とぼやくワタルの目の前に突然、コンビニが現れた。熱々のおでんや肉まん、お弁当など豊富な品ぞろえにワタルは大満足。上機嫌でどれを食べようか迷うワタルとシバラクの耳に悲鳴のような声が聞こえる。空耳かとレジで精算するワタルたち。しかし、気が付くとワタルは肉まんの姿に変えられてしまっていた。シバラクとヒミコはおでんの具にスズメは、ショートケーキになっていたのだ。コンビニの店長テン・チョーに、バーコードビームで商品に変えられてしまったのだ…。

マックラータウンに着いたワタル一行。村の中へ入っていくと赤い霧が立ち込めていて、人が外でバタバタと倒れている。スリーピーという少女に出会ったワタルたちは、この村の住人がフトントによって強制的に眠らされ、しかも悪夢を見せられているということを聞く。フトントを退治するためには、あえて眠りについて悪夢世界へ乗り込んでいかなければならない。仲間がそれぞれの悪夢を体験する中、ワタルの悪夢世界は一面の砂漠世界。そこに彼はたったひとりたたずんでいた。周りに一切の気配を感じなかったが、しばらくすると無数の槍に刺さっているシバラクの上着を発見する。また、しばらく歩くと今度はヒミコ、聖樹、スズメの持ち物が串刺しになっていた。心細さと恐怖に駆られるワタル。また、歩いていくと今度は龍神丸の姿が…。

猛吹雪の中で、ワタルたちは行き倒れになっていたモノクロを助け、フォトタウンいう町へやってきた。モノクロの家までついたワタルたちは、そこでこの町を支配するパッパラチッチの話を聞く。パッパラチッチの魔神は人だけでなく空間も写し取ることができる魔法をもっていた。ワタルは町を元に戻すため、パッパラチッチが写真を撮るのを阻止しようとしたが、逆に写真を撮られカメラのフィルムの中に撮り込まれてしまう。ワタルを元に戻すためには、モノクロが開発した魔法の印画紙に焼き付けなければならない…。

第四界層の聖神を求めて旅を続けるワタルとその仲間たち。町も見つからず、野宿することとなってしまった。あまりの手がかりのなさに弱気になっているワタルを叱咤激励するシバラク。ワタルにとっては、聖神のことも気がかりだったが、それよりも虎王のことが気にかかっているのだ。フリザベートの息子として、そして魔界皇子として姿を現した虎王は今までの記憶を失っていた。ワタルにかつての虎王と翔龍子のことを聞かされた聖樹は、虎王と翔龍子という名前に何かひっかかるものを感じていた。そのころ、虎王とドードは、ワタルたち抹殺のためにいつものようにどつきあいながらワタルを追跡していた。

人形の町"トイズタウン"にたどり着いたワタル一行。町には様々な人形が置かれているが人影は全く無い。ひとまず手分けして情報収集することに…。シバラクは人影を感じその気配を追っていくが、そこには誰もいない。ただ腹話術人形が道端に落っこちているだけ。気にも止めないで油断していると、突如人形の目から怪光線が発せられシバラクは人形にされてしまう。スズメも同じ様に腹話術人形『マリ夫』によって人形にされてしまう。ワタルと聖樹は空を飛んでいるマリ夫の後を追ってこの町の支配者でありマリ夫の主でもあるトーイの城『人形屋敷』にたどり着く。中に入り、飾られている人形に目を奪われているワタルの背後にマリ夫の影。怪光線がワタルを襲う。とその時、聖樹の脳裏に虎王の言葉がよぎる…。

フリザベート城で目を覚ましたワタル。聖樹も無事であることにほっとするのもつかの間、聖樹はフリザベートの幻覚魔法で操られていた。ワタルに襲いかかる聖樹。あやういところでシバラクとスズメ、ヒミコが登場する。フリザベートは虎王にワタルたちの止めを刺させようとする。虎王がみずからの手でワタルを殺したときに、虎王は完全な魔界の者となるという。しかし、ワタルには自信があった。フリザベートの呪縛にとらわれ操られていたとしても、虎王は僕のトモダチだからなにがあっても自分を殺したりはしない。一緒に暗黒龍と戦った思い出を語りかけるワタル。その時、虎王の足場が崩れ落ちそうになる…。

超高層ビル群が立ち並ぶ第五界層。ここは、電車は通勤通学の人々で溢れかえり、道路も渋滞という現代都市のようだ。しかし、町中にはくたびれたスーツに身を包んだ恐竜姿のサラリーマンで溢れている。ワタルたちは、町で恐竜の子供たちに光線銃の的にされ追われている猫の“タマ”を助ける。子供たちが持っていた光線銃は、オモチャでなく本物の武器であることにワタルは驚く。この光線銃を作っているのは、ドナルカミ大王によって良き心を抜かれてしまったオモチャメーカーの社長エコノミザウルスだった。その従業員として働いていたトイノドンは、光線銃を作ることに反発し、町を平和に戻す為、安全なオモチャ作りに精を出そうとするが、邪魔をされて思うように売ることができない。ワタルたちは、トイノドンに協力し、それぞれ手分けしてオモチャつくりにとりかかり、龍神丸似の人形「恐竜大将軍」を完成させる…。

ビル群の中にひっそりとある「いこいの泉」は、そこに住む人々にとって心のオアシス。ヒミコも上機嫌で水浴びしている。そこで公園の案内人のフンゾーに出会う。つかの間の休息、しかし突如乾いた銃声が聞こえる。フンゾーから隠れるように指示されるワタルたち。フンゾーの話によるとこの銃声は、カモネギーの仕業だというのだ。カモネギーは、かつてごく普通の渡り鳥だった。ある日、いこいの泉を旅立つ日、渡り鳥の仲間たちが自分を置き去りに先に行ってしまったものだと勘違いし、仲間はずれにされたと勝手に思い込んでしまう。その心の隙を、ドナルカミ大王に良き心を抜かれてしまったのだ。それ以来、泉の周りのビルをすべて自分の要塞にしているのだという。

高層ビルの屋上にあるデンノータウン。この街の支配者イッパツヤーンは、格闘戦士ロボット「ドリーム」と住人を戦わせて負けた者の「良き心」を奪っていた。住人は勇敢にも立ち向かっていくが「ドリーム」の強さに歯が立たず、次々と良き心を奪われていった。そんな中、街に着いた早々に離ればなれになってしまったワタル一行。ワタルとはぐれたヒミコたちがたどり着いたのは、イッパツヤーンの城。そこでドリームの小鳥をいたわる優しい一面を目撃する。一方、ワタルとシバラクは負けた人々を収容する病院を訪れていた。そこで、イッパツヤーンの真の姿を知る。もともと動物ロボットのショーを開く心優しいプロモーターだったが、いつも客の入りはいまいち。頭を痛めていたところをドナルカミ大王に良き心を抜かれたのだ。

とある湖畔までやってきたワタルたち。道案内を務めるタマの話によれば、間違いなく氷牙の白虎はこの場所にいるというのだ。そこへサメ型戦艦トローリングシャークが姿を現す。この戦艦の持ち主であるタツ＆ヒロは、巨大な釣り針を使って建物や車などを釣り上げてその釣果を競っていた。ワタルは、なんとかその釣り針から逃げるのだが、たまたま車のボンネットで昼寝をしていたヒミコはそのまま釣り上げられ戦艦は去ってしまう。そんなワタルたちの前にひとりの妙にフケ顔の少年が現れる。少年は、トローリングシャークを追って行方不明になった父を捜しているというが、しかしどうも芝居が白々しい。ワタルは、トローリングシャークに関係する人物だと見破るが、戦艦に乗り込むため、あえてその芝居につき合うことにする…。

工場が延々と続いている街ファクトリータウン。夜の闇に紛れて少女ステラが工場からの脱出を試みていた。たまたまその場に居合わせたスズメは、ダルマンたちに捕らえられてしまう。そのころワタルたちは、街の片隅で泣いているステラを保護する。ステラの話によると、ファクトリータウンは工場長のオヤッサーンによって支配されており、その工場では魔界魔神ジャイガンデスを製造しているというのだ。ステラの代わりに牢屋に入れられたスズメは、ダルマンたちから「心星人」と言われ、捕らえられていた。心星人とは、数千年に一度の周期で神部界を巡る浮遊都市"心星界"からやって来た人々であった。彼等は１３年前に創界山に降り立ったが、その同じ日にアンコクダーが創界山に攻め入り、心星人たちは捕らえられてしまったのだった。話に無関心だったスズメだったが…。

第五界層の聖神“氷牙の白虎”を捜し求めて旅を続けるワタルたち。ついに第五界層のボスがいるという超高層ビル“デスタワー”の入り口前にたどり着く。中に入り、先を急ぐワタルたちに対し、次から次へと二者択一の問題が投げかけられる。ワタルたちは常に死と隣り合わせの状況に追い詰められながらも、命からがら先へ進んでゆく。するとワタルの前に虎王とドードが立ちはだかる。虎王はワタルに迷い無く襲いかかる。何とか応戦するも、ワタルは登龍剣を弾き飛ばされてしまう。運悪く登龍剣はそのままエレベーターに乗ってしまい最上階に上がっていってしまう。ワタルは龍神丸を呼び出せなくなってしまい窮地に立たされる…。

第六界層にたどり着いたワタル一行。そこは見渡す限り海の世界。海を漂い路頭に迷っているワタルたちは大ガメに乗った少女“リップル”によって助けられる。リップルは第六界層の聖神が棲む『聖なる島』に最も近いサザエ島に住んでいるという。ワタルたちは早速、リップルに導かれ聖なる島に向かう。聖なる島ではサザエ島を支配するツボヤッキーと銀狼の聖神が島の上空で激しい戦闘を交わしていた。銀狼は何とかツボヤッキーの魔神“ジャイガンドラ”に傷を負わせ後退させるものの、同様に深手を負い空の彼方に去って行ってしまう。聖なる島にたどり着いたワタルたちは聖神がいるという神殿を目指し、ジャングルを突き進んで行く。すると目の前に破壊されボロボロになった神殿が現れる…。

ドードは、ワタルが虎王に向ける「トモダチ」という言葉の意味に悩んでいた。虎王にその意味を問いただすが、忌まわしき言葉と一蹴されてしまう。虎王もまた「トモダチ」という言葉にいい知れないいらだちを感じていた。 ワタルたちは海の上に浮かんだ町スフィアランドに着く。まずは、腹ごしらえからとレストランに入った一行。しかし何をするにもクレーンゲームをしなければ手に入らないというシステムに唖然となる。ワタルは、少年ホセから町を支配しているゴン・タコスが、クレーンゲームの達人で、子供たちの良き心を集めていると教えられる。一方、町でドルクの姿を発見し、後を追い浜辺までやってきた聖樹。彼はドルクから暗黒列車の話を聞く。暗黒列車とは創界山の人々の良き心をドナルカミ城へと運ぶ列車だという。

虹の祠の手がかりとなる黄色い鯨を捜すワタルたちは、魚が一切捕れない小島に漂着する。そこで心を閉ざしている少女“ミケル”に出会う。ミケルは、かつて黄色い鯨「マレス」と心を許しあう大の親友だったという。しかし、島を支配する釣り師ロッドマンによってマレスが捕らえられてから、人との交流を避け、心を閉ざすようになってしまったというのだ。救世主が現れればマレスを救出できるかもしれないと思うミケルだったが、ワタルを救世主だとは認める事が出来ずにいた。しかし、聖樹の説得によりワタルとの協力を決意する。ワタルとシバラクは、ロットマンをおびき寄せる囮となり、その間にスズメたちは、マレスを助け出す作戦を決行する…。

黄色い鯨マレスに導かれて虹の祠を目指すワタルと仲間たち。たどり着いた先は、海からあやしげな光を発する海のど真ん中だった。ワタルは、ヒミコを巻きこみ、光の中へと吸い込まれていく。目を覚ますとそこは深い闇に包まれた荒野だった。ふたりを出迎えたのは虹の祠の番人“キーパー”。キーパーは、ワタルに「虹の祠にたどり着くためには見えない道を正しく進まなければならない」と伝え姿を消してしまう。しかし、道らしきものは見当たらず、どこへ進めばいいのかわからないワタル。そこへ、マリンの声が響いた。虹の祠にたどり着くためには、空に輝く青い星を頼りに、何があっても決して振り向かず進まなければならない――マリンのアドバイスを受けてワタルは旅立つ…。

虹の祠にたどり着いたワタルたち。聖神から預かった勾玉を清らかなる魂の雫に触れさせなければならないのだが、その方法がわからない。そんな時、美しい海底宮殿でワタルは決死の覚悟を決めたドードと会う。ドードは、ワタルとの決着をつけるため、細工を仕掛けシバラクたちを陥れる。二人だけになったワタルとドードの対決が始まった！ ドードの気迫にワタルは反撃の余地すらない。その時ドードから信じられない言葉を耳にする。

ワタルたちは、第七界層へ上がる最後の手段として、ドナルカミ城へ「良き心」を運んでいる暗黒列車に乗り込む計画を考える。マレスの力を借りてなんとか燃料補給ステーションに侵入したワタルたちを待ちうけていたのは、ドルクだった。ドルクは、今までの苦悩を打ち消すため、魔神ルクシオンでワタルに勝負を挑む。ルクシオンと龍神丸が戦う中、ドルクの覚悟を悟った聖樹は、戦いをやめさせようとする。しかし、それもむなしくドルクは捨て身の攻撃で龍神丸もろとも溶鉱炉へ身を投げようとする。死ぬ気のドルクに聖樹が立ちはだかる。必死に説得する聖樹は、ドルクに自らの愛を告白する…。

ワタルたちは暗黒列車で何とかドナルカミ城潜入に成功した。ワタルたちは虎王たちと分かれ、アンコクダーの元まで行くというシャトルへ向かう。一方ワタルたちの仲間に加わったドルクは、記憶を取り戻した虎王と共にドナルカミ城のバリアを消滅させるために、城の奥深くに潜入してゆく。しかし城内の通路を突き進む虎王とドルクの前にドードが立ちはだかる。虎王はドルクに先を目指すように伝えると、邪虎丸でドードの駆るドーヴァルトに立ち向かってゆく。さらに先を目指すドルクの前にはドランが待ち構えていた。剣を交えるものの、ドルクはドランに手玉に取られ捕らえられてしまう…。

ドルクの処刑が執行された。奈落の底へと落下していくドルク。それを追うかのように聖樹も身を投げ出す。ドルクに追いつく聖樹。ふたりはようやくお互いの思いを確かめ合う。そんな覚悟を決めた二人を間一髪の所で救出したのは鳥神丸だった。そのころ、格段にレベルアップしているドランの魔神に苦戦するワタルたち。ドードと虎王もお互い無意味だと分かっていながら戦いに身を投じる。お互いの力量が拮抗しながら決着に至らない二人。その戦いの中、虎王は、ドードに友情めいたものを感じ、もうひとりのトモダチ、ワタルの元へと急ぐ。一方、ドルクと聖樹はシールド発生装置を解除させるため城内を奔走する。しかし、二人の前に立ちはだかったのは、ドナルカミ女王だった…。

ドナルカミ城内に潜入したワタル一行。先を急ぐ中、ワタルは闇の空間に引きずり込まれ、城の最下部にある巨大空間に行き着く。そこにはドナルカミ大王が最後の決戦に向けてワタルを待ち構えていた。一方、良き心に目覚めたドナルカミ女王、ドルクそして聖樹の前にドランが立ちはだかっていた。ドランはアンコクダーとある約束を交わしていた。それは一度捨てた天上界の神々の心を再び取り戻したときの「最高の良き心」を献上することだった。ドルクは母を守るため、ドランに立ち向かってゆく。ワタルは龍神丸を呼び出し、ドナルカミ大王に立ち向かう。大王は火炎攻撃で容赦なく龍神丸に襲いかかる。ワタルは火炎攻撃に対抗するために、白虎龍神丸に変身、雷の力で攻撃するものの全く効果がない。

ドランがシールド発生装置を解除したことによって、崩れ始めるドナルカミ城。重症のドナルカミ大王も連れて脱出をはかるワタルたち。しかし、ドルクとドナルカミ女王は良き心をアンコクダーにささげる目的でドランが連れ去ってしまった。なんとか倒壊する城から抜け出すワタルたち。だが突然、第六界層は暗雲に包まれてしまう。アンコクダーの住む第七界層が動き始めたのだ。なんと第六界層の海の底から浮上する第七界層。ひとまず、ドナルカミ大王の手当てをするため、虎王の隠れ家へ逃げ込むワタルたち。大王をドードに任せてワタルたちは、聖龍妃の無事を心配して聖龍殿へと向かう。アンコクダーに操られているドンゴロに見つからないように宝物殿に隠れる一行。そこでワタルは古い巻物を発見する…。

ワタルたちはついに第七界層にたどり着いた。しかし、そこはかつての平和であったころの面影はなく、荒れ放題に荒らされていたのだった。ワタルたちは巨大な空間にたどり着き、一人の青年に出会う。その青年こそ、ワタルたちが倒さなければならない敵、アンコクダーであった。その手には、ワタルの良き心が握られていた。アンコクダーは砂時計を用意し、その砂が落ちきる前に良き心の珠に触れることが出来れば、心を返すというのだ。アンコクダーはシバラクたちを砂時計の中に閉じ込めると、巨大魔神“魔導剣王”でワタルに襲いかかってくる。ドランの魔法を解かれ、魔神を呼べるようになったワタルは龍神丸を召喚して、最強にして最後の敵アンコクダーに立ち向かう…。

聖龍妃の力も及ばず、ついに光の龍の封印が解かれ、アンコクダーの「悪の心」が復活してしまった。聖龍妃は、心を抜かれてしまったワタルを目覚めさせ、第七界層の聖神の力がこもった勾玉を授け、龍神丸を超魔神に変える威力があることを告げる。そして聖龍妃は最後の力を使って、翔龍子と虎王を分離させる。初対面の感動もつかの間、お互いのやるべきことを果たすため、虎王は戦いへ、翔龍子は聖龍妃の元に残った。ワタルは、聖龍妃から授かった勾玉を使い、龍神丸を超魔神へと変身させる。しかし、アンコクダーには傷ひとつつけられない。それは、創界山の人々から奪い、心星人の技術をもって作り上げた「良き心」のヨロイをつけているからだった…。

みんなの気持ちを背負ったワタルはアンコクダーに対し渾身の一撃を繰り出す。しかし、良き心で作られたアンコクダーの鎧には傷一つ付けることが出来ない。それどころか鎧に使われている数千人分の良き心がワタルの攻撃によって消滅したという。アンコクダーは冷酷かつ残酷にワタルに攻撃を加えていった。良き心を取り戻したドランはドルクたちに、鎧の中の良き心を目覚めさせれば、アンコクダーの鎧はその力を失ってしまうと伝える。ドルク、ドード、聖樹の三人はカプセルの中に入り、良き心の結晶となってアンコクダーの鎧の中へ入り込む。一方ワタルは龍神丸から宙に放り出され、聖龍殿から離れた祠の入り口にいた。何かを感じて祠の奥へ進むと剣を発見する。それはかつて炎部ワタルがワルモンダーを倒した際に置いて行くと約束していた登龍剣であった…。