戦部ワタルは、やんちゃで元気な小学4年生。図工の時間、粘土細工のロボットの出来上がりを同級生たちと勝負するワタルだったが、ワタルの作った不格好なロボットはクラスメイトの笑い者に……。何気なくポケットに手を入れると、赤い勾玉が入っていた。それは登校途中、龍神池で拾ったが、祟りが怖いので置いてきたものだ。不思議に思いながらも勾玉をロボットの首にかけると、たちまちクラスの人気者になってしまう。ロボットを「龍神丸」と名づけ上機嫌のワタルは、帰りがけに龍神池を訪れたその時、突如池から金色の龍が現れ、光に包まれた…。

ふしぎな玉を取りに行くため、ドッコイ山の双ッ龍岩へ向かっていたワタルと龍神丸。しかし、龍神丸は必要な時に呼ぶよう言い残して消えてしまった。仕方なくひとり旅を続けるワタルは、危うく崖から落ちそうなところを剣部シバラクによって助けられる。そこへ復讐のためにやってきたシュワルビネガーが、火の玉を投げつけてきた。ワタルは何とか避け、シバラクは必殺の野牛シバラク流バツの字斬りで戦う。火の玉は怪獣に変わり、さらに斬られても再生するため埒が明かない。そこへモンジャ村の忍部ヒミコがひょっこりと現れ、忍法ペッタン手裏剣で怪獣をてなずけてしまった。

アップダウンシティへやってきた一行。この町は、第一界層のボス、クルージング・トムの部下サンダーブルーによって支配され、大きな声を出すと地面が上下するようになっていた。村人の情報によると、どうやら不思議な力をもつ「神部の笛」によって超常現象を起こしているらしい。神部の笛は、クルージング・トムが所有しており、それを取り戻せば、虹が元の色に戻るというのだ。しかし、クルージング・トムの居場所を特定できないワタルたち。そこへ、現れた鳥の姿の渡部クラマが偶然にも場所を知っていたため、案内役をお願いすることになったのだが…。

空腹のワタルたちはクラマに食べ物を探してくれるよう頼むが、一向に戻ってこない。仕方なく釣りをして魚でも得ようとするが、それもむなしく何も釣れなかった。そんな折、ブリキントンに襲われていた少女・サヨリを救出する。彼女が言うには自分の住むガラガラ村に来れば、腹一杯にご馳走が食べられると言う。喜ぶワタル達だったが、ガラガラ村は、第一界層のボス、クルージング・トムの部下ジョンタンクーガーによって、毎日食べきれないほどの食事を無理矢理食べさせられていた。実はタンクーガーは昔、太っていて村人から笑い者にされていた。その復讐のために村人を太らせようと企んでいたのだ…。

ついに第一界層のボス、クルージング・トムが直々にワタル一行抹殺のために行動を開始した。クラマは、クルージング・トムの城に誘き寄せるために策略する。一方ワタルたちは、ブリキントンに襲われている村人を救出する。村人の話によると、危ういバランスを保っている巨大な要塞が村の上空を覆い、いつ倒れてくるかわからない状況だ。なんとか塔に登って村を元の状態にしたいと思うワタルたちの所へクラマが現れ、ナゾナゾが解ければ城に登ることができるという。しかも「神部の笛」は城の｢笛の間｣にあるらしい。無事に笛の間にたどり着いたワタルたちは、「神部の笛」を発見する。しかし、それは「神部の笛」ではなかった…。

第一界層の虹を赤に戻し、次なる第二界層を目指すワタルたち一行。だが、そこはあらゆるものが「アベコベ」になった、ヘンテコな世界だった。ここ、アベコーベ市は、家々も天地逆なら、歩く人々も逆さま。男は後ろ向きに、女は逆立ちして歩かねばならない。すべては第二界層のボスであるデス・ゴッドと、その手下のDR.サッカー・サマーの仕業だ。アベコーベ市の住民を助けるべく、ワタルたちはさっそくサッカー・サマーの研究所に乗り込む。

すべてがアベコベの世界・第二界層。これを元に戻すためには、第二界層のどこかにあるという「真実の鏡」が必要だという。第二界層のボス、デス・ゴッドより先に鏡を手に入れようと、一行が次に訪れたのは、人間と動物の立場が逆転した奇妙な村。亀が子供をイジめ、牛が人間に荷車を引かせたりしている。第二界層のボス、デス・ゴッドの手下である狼男、ゼロニモが動物たちを操っているのだ。村人たちが反抗しようものなら、ゼロニモが魔神ムーンウルフを駆って大暴れする始末。そんな村を救おうと奮闘するワタルたちだったが…。

「真実の鏡」を探し求め、ワタルたちはドン・ギララ伯爵が支配するクロス・タウンへとやって来た。この町の住人は昼に眠り、夜になると活動する昼夜逆転の生活を強いられている。オマケに、ギララのキスマークによって人々の善悪の判断が逆さまになり、町は悪人だらけという有様だ。ただひとりの真人間・サクラから事情を聞き、ワタルたちはさっそく打倒ギララに動き出す。だが、そのサクラもついに捕らえられ、ギララの居城へと連れ去られてしまうのだった。

「真実の鏡」に関する手がかりを得ようと、ツク谷近くの村に立ち寄ったワタルたち。そこで一行は意地悪婆さん・おミツに激辛ダンゴを食わされ、通りすがりの美少女・モモに助けられる。モモの話によると、ドアクダーに支配されて以来、この辺りの水はすべて空に向かって落ちるようになってしまったという。「真実の鏡」が沈んでいるという湖も舞い上がり、水は今も宙に浮いたまま。そして、干上がった湖底から真実の鏡を拾い上げたのが、あの意地悪婆さん・おミツだったのだ。

「真実の鏡」が破壊され、呆然とするワタルたち。だが、鏡の破片にはおミツが本人とは似ても似つかぬ美女に、シバラクが美男子に映っている。つまり、壊されたのは「真実の鏡」ではなく「嘘の鏡」だったのだ。おミツから鏡を拾ったいきさつを聞き、ワタルたちは湖に落下した発光体が怪しいとにらむ。湖水が天に舞い上がったのも、実はその時からだったのだ。 本物の「真実の鏡」が、どこかにあるかもしれない……。ワタルたちは発光体の落下点を捜索するが、湖底から掘り出されたものは、鏡ではなく奇妙なマシンだった。ところがこのマシンには、すべてを「アベコベ」にしてしまう力があったのだ！だが、そこに横取りのチャンスをうかがっていたデス・ゴッドが現れた。

次なる第三界層は、熱風吹きすさぶ灼熱の世界だ。第三界層のボス、ソイヤ・ソイヤが現れて以来、人々は絶え間ない猛暑に苦しめられていた。そんな中、ワタルたちが辿り着いたのは、ケン・サークが支配するアツアゲ村。ケン・サークは暑い中にさらに松明を燃やし、村人たちに無理難題を突きつけ苦しめていた。村人の中には対抗しようと修行に励む者もいたが、剣の達人であるケン・サークにかなうはずもなく、ただ「特訓」という名のイジメを受けるばかりだ。ケン・サークと対決すべく、激しい修行に明け暮れるワタルだが、果たし合いの前夜、大切な「勇者の剣」がクラマによって持ち去られてしまう……。

ワタルたちが次に訪れたのは、灼熱の地面に苦しむホットプレート村。その名の通り、村には熱した鉄板が敷きつめられ、地面で目玉焼きができるほど。おまけに、村の支配者・マリアンネットが日に2回「消毒」と称して温度を上げるのだから、人々はまともに歩くこともできないで苦しんでいた。 その頃ワタルたちとはぐれたヒミコは、ひとりマリアンネットの居城へと紛れ込み、彼女と仲良しになってしまう。そうとは知らず、ヒミコを救出すべく敵城へと急ぐワタルとシバラクだったが…。

マグマの海に浮かぶ島・アッチ島に「極寒の剣」「灼熱の剣」があるかも知れない――。そう考えたワタルたちだが、島に渡る術もなく、まずは対岸の村で情報収集をすることに。しかし、村はアブドラ・ザ・馬之助の支配下にあり、男たちは超激辛・マグマドリンクの生産にコキ使われていた。工場から出荷されたドリンクは村に運ばれ、法外な値段とムチャクチャな会計で人々に売りつけられる。馬之助の乱暴と押し売りに、人々は困り果てていた。見かねたワタルは馬之助を止めようとするが、ヒミコを人質にとられたあげく、工場の特設リングで対決するハメに！　だが、馬之助には、致命的な（？）弱点があった。

「極寒の剣」と「灼熱の剣」を求め、ついにアッチ島に上陸したワタルたち。島の様子をうかがおうと山頂を目指す中、一行はタッチー・ダウンとその魔神タックルメットが待ち受ける第一砦に足を踏み入れてしまう。アメフトで勝負を挑むタッチー・ダウンを、ワタルと龍神丸が見事な連携プレイで粉砕！　すると、ワタルたちの前に不思議な玉が現れ、中からひとりの老人が姿を見せた。彼の名は、ヒャクニーン仙人。ワタルが神部の笛を吹いたことで、ドアクダーによってかけられた封印から解き放たれたのだ。

第四界層は、ブリザードが吹き荒れる極寒の世界。第三界層から無事にジャンプしたものの、龍神丸はパワーを使い果たし、しばらく動くことができない。龍神丸の助言通り、ワタルはひとりファイアードラゴンを探しに出かけるのだった。 途中、ワタルはドン・キホッテに追われる少女・ユーキを救い、彼女が住むコチンコチンシティに案内される。だがそこは、突然の大寒波により、家も人も、すべてが凍りついた町だった。

極寒の剣を探し求め、イエイエ谷を目指すワタルとユーキ。そこで、ヒャクニーン仙人の兄・センニーン仙人とセンモスに出会う。今いる場所がイエイエ谷だと教えられたワタルたちは、極寒の剣の捜索を開始。人になつくことのないセンモスと仲よしになったワタルを救世主だと確信したセンニーン仙人は、極寒の剣に関係するアッサムとウララの伝説を聞かせる。かつて、春と夏を司る女神ウララと秋と冬を司る神アッサムは、深く愛し合っていた。しかし、決して会ってはいけないふたりが常に一緒にいたため、四季がなくなってしまったのだ。

吹雪はオーロラに近づくにつれて、ますます酷くなっていく。センモスに乗ったワタルとユーキは、その中を極寒の剣を求めてひたすら進んでいた。突然、センモスがバランスを崩し、ワタルたちは雪の中へ放り出されてしまう。ユーキを見失い捜索するワタルの目の前に、今までの吹雪がウソのような青空が広がっていた。あまりにも朗らかな気候に我を忘れそうになるワタルだったが、龍神丸の一声で我に返る。それはすべて、ドクトル・コスモの魔神による立体映像だったのだ。

ウララの像はなかなか極寒の剣を手離そうとせず、しかも無理に抜こうとするとウララ像に攻撃されてしまう。しかし、ユーキが懇願するとウララ像が涙を流して極寒の剣を手放した。ワタルは、極寒の剣とウララの涙の雫を手にウララ像が導く光の道を通って仲間のいる第三界層へと急ぐ…。 その頃第三界層では、シバラクとヒミコがソイヤ・ソイヤから拷問を受けていた。それを見ていたクラマは、かつて第三界層でシバラクとヒミコに助けられたことを思い出していた。このままでは焼き殺されてしまう……。

今度は、灼熱の剣をウララ像に戻すため、第四界層にやってきたワタルたち。ウララの像を目指すワタルは、ユーキと無事に再会。ユーキの話では、ウララ像がまた移動したというのだ。クラマは、ユーキの言動から怪しいとにらんだが、ワタルたちはクラマの言うことを信じようとはしない。信じてもらえず、苛立ちを感じたクラマは、ひとりその場を飛び去ってしまう。しかし飛び去った先でワタルと行動を共にしているはずのユーキと遭遇する。やはりワタルと行動しているのは偽物だったのだ。

ユーキとセンモスを仲間に加え、ヒエヒエ神殿に向かうワタルたち。そこへドクトル・コスモの魔神ギーガンが現れるが、戦神丸の活躍によって撃退。センニーン仙人のもとへたどり着いたワタルたちの前に、ドアクダー四天王ザン三兄弟が行く手を阻んできた。ワタル、クラマ、シバラクはそれぞれの魔神を呼んで戦うが、ザン三兄弟の強さに太刀打ちできない。空神丸と龍神丸の合体と対抗するように、ザン三兄弟の魔神もガッタイダーに変身してしまった。その驚異的な強さの前に、龍神丸必殺の登龍剣が…！

第七界層のドアクダー宮殿では、龍神丸を倒したザン兄弟が得意満面。対するドン・ゴロ将軍は、虎王のヤンチャぶりにひたすら困り顔だ。ドン・ゴロが教育係をつとめる虎王は、なんとドアクダーの息子。宮殿での暮らしに飽き飽きした虎王は、魔神邪虎丸に乗って下界へと飛び出してしまう――。 一方、龍神丸を復活させるため、ワタルたちは森に湧くという「復活の聖水」を求めて第五界層へとやって来た。だが、そこは水も空気も汚れきった、公害の世界。ヒマワリ村もヘドローナの魔神工場のせいで、すっかりヘドロとスモッグにまみれてしまっていた。

蝶の後について旅するワタルたちは、スモッグの渦を抜け、ついにセリーヌの森にたどり着く。そこで出会った謎の少年・虎王は、明るく頑丈なヒミコがいたく気に入った様子。彼女をヨメにすると言い残して去る虎王に、ワタルたちはア然とするばかりだった。 「復活の聖水」を探し歩くワタルたちは、森の番人であるビビンバから「セリーヌの花」を見せてもらう。100年に一度だけ咲くという、この花の蜜こそが「復活の聖水」なのだ。しかし、分厚いスモッグのせいで日光を浴びることができず、花はいまだ蕾のまま。そこでクラマは、空神丸をスピンさせながら上昇、空を覆うスモッグを打ち払っていく。雲間から差し込む太陽の光に、固く閉ざされていた蕾がほころびはじめた…。

清らかな水に恵まれたイタロウ村は、創界山でも指折りの水郷。しかし、クサーヤが水源である万人沼を汚してしまい、村人たちは川で泳ぐことも、魚を食べることもできない。村の老婆・バーサンから事情を聞き、万人沼を訪れる一行だが、ヘンな花の毒にヒミコが倒れてしまう。ヒミコの熱を下げるには、万人沼の中州に生えている万人草が必要だ。しかし、沼はあらゆるものを溶かすヘドロに汚染され、中州に渡ることができない。ワタルたちはバーサンに教えられ、ヘドロにも耐えられるというフシー木で舟を造り、沼に漕ぎ出すのだが…。

ヒミコの父・幻龍斎を仲間に加えたワタルたちは、ホーリーウッドがあるというランラン村にやって来た。だが、村を支配するバッド・マックスは大のレースマニアで、魔神ハングリオンを駆って人々を追い回すのが楽しみ。しかも、ハングリオンの排気ガスを吸うと、足が勝手に走り出してしまうというオマケつきだ。 バッド・マックスに、魔神以外の乗り物を使うこと、負けた方が村から出ていくことを条件に村一周スピードレースを挑まれたワタルは、タマンゴに乗って参戦。レースには虎王と、村の少年・イチローも参加する。虎王の狙いはもちろん、勝ってヒミコをヨメにすることだ。ワタルのタマンゴ、マックスのバイク、虎王のジャレオンが一斉にスタートをきり、激しいデッドヒートを繰り広げる。

マンニーン仙人から、ヨカッタネという種子を託されたワタルたち。これを聖地ホーリーウッドに埋めれば、第五界層をもとに戻すことができるのだ。一行は、その場所を知るという占い師・コノミーを訪ねてコロガッテルの里にやって来た。里の人々は、コノミーが予言した「巨大な救世主」ワタルの到来に大喜び。そう、コロガッテルは、人形のように小さな人々が住むミニチュアの国なのだ。しかし、里はプカプカ工場が落とすゴミで汚れ放題。しかも、肝心のコノミーは、ヨメ・ハーン、ムコ・ハーン夫妻によって工場に閉じこめられているという。 ワタルたちは幻龍斎の「打ちでのハンマー」で小さくなり、紙飛行機に乗って空飛ぶプカプカ工場へと忍び込む…。

コノミーの占いに従い、ワタルたちはドラゴンシティを目指す。しかし、第五界層のボス、アック・スモッグルのせいで、市街はゴミだらけ。「大切なこと」が記されているという石碑も、巨大パイプが吐き出すゴミに埋もれてしまっている。その石碑に、緑龍の手がかりがあるかもしれない。そう考えたワタルたちは、スコップ片手にゴミの山と格闘する。そこに現れた虎王と競争し石碑を掘り当てるも、大昔の文字で記されているため誰にも読めない。虎王は辞書を取りに家に帰り、残されたワタルたちは知恵者である幻龍斎に解読を頼んではみたものの…。

南へと旅を続けるワタルたちは、ついに聖地ホーリーウッドにたどり着く。しかし、ヨカッタネを埋めさせまいと、スモッグルが辺り一帯を強力コンクリートで舗装し、その上に巨大工場を建ててしまった！　かつて豊かな森だったその場所には、カムロギと呼ばれる大木があり、第五界層のシンボルにもなっていた。しかし、今は工場が垂れ流すヘドロや煙に汚染され、見る影もない。スモッグルのワナをかいくぐり、工場から人々を解放するワタル。しかし、ヨカッタネを埋める土がどうしても見つからない。固いコンクリートに穴を開けることもできず、途方に暮れるワタルたち。

第五界層の虹をもとに戻し、ワタルたちは第六界層へとやって来た。第六界層は、魔法が支配する世界。ここ、グーグー村でも、ビビデ・ババ・デブー、ビビデ・オージ親子が魔法で男たちを眠らせ、女たちを城の舞踏会に強制参加させている。それも、オージのお后を選ぶためだけに。 さっそく城へと向かうワタルたちだが、さすがに入れるのはヒミコのみ。そこに現れたのが、オージの母であるババだ。ババはワタルたちに味方するフリをし、魔法でドレスを出してやる。きらびやかなドレスに、すっかり乗り気のシバラク。言葉使いも何だかアヤしくなっている。ババに武器を預け、ワタルたちはどうにか城に潜入することができたのだが…。

不思議なことばかりが起きるという獅子の滝。そこに現れた虎王と競争しつつ、ワタルたちはイカダに乗って川を下りはじめる。お菓子でヒミコの気を引く虎王と、あの手この手でヒミコを取り返そうとするワタル。夢中で競争するうち、ワタルたちは見覚えのある風景――獅子の滝に戻ってしまう。ここは、出口のない不思議な川なのだ。 滝から落ち、気絶した一行が目を覚ますと……なんとワタルは犬に、シバラクはカバに、虎王はトラに変身していた！　そこに、ババの次男であるビビデ・シシ・カバブーが魔神ヘルライガーで襲来。龍神丸を呼ぶ力も封じられ、絶体絶命のワタルは…。

川を下ってきたワタルたちは、人面樹が生い茂る不気味な森に流れ着いた。人々はビビデファミリーのひとり、ビビデ・セイキマ・ツーの魔法により、木に変えられていたのだ。 人々をもとに戻そうと、一行はセイキマ・ツーが住む魔神墓場に乗り込む。そこは、今までに倒した魔神たちが眠る場所。かつてワタルを苦しめたドラクロス、ムーンウルフ、コンボスが……セイキマ・ツーの魔力に呼応し、ゴースト魔神として次々と墓からよみがえりワタルたちに襲いかかってくる。しかし、幽霊相手に、ワタルたちの攻撃はほとんど通用しない。龍神丸を呼んだワタルに対し、セイキマ・ツーは魔神エレファントム2号で対抗する。

第六界層をもとに戻すには、ババが持つ「千光の腕輪」が必要だという。手がかりを求め、ワタルたちはヘンデル村に立ち寄った。ところが、この村は子供だらけで、大人がひとりもいない。ビビデファミリーの四男、ビビデ・チビット・モレーテルが、10歳以上の村人に魔法の砂糖を食べさせ、幼い子供に変えてしまっていたのだ。さっそくチビットの城に潜入したワタルたちだが、お菓子の家にまんまとダマされ、子供にされてしまう。無事なのはただひとり、特異体質のヒミコのみ。一緒になってお菓子を食べていた虎王も、チビットに捕らえられてしまった。

風鈴の森は、その名の通り木に風鈴がなっているヘンな森。ここを抜ければ、ババの城に出るはずだという。しかし、風鈴の花粉がもたらす幻覚にワタルたちは森を右往左往。花粉の幻覚に酔っぱらい、眠り込んでしまったワタルたちを、鼻づまりで花粉の影響を受けなかったヒミコが、忍法「目覚まし時計」で叩き起こすのだった。 その頃、城では、ババが度重なる失敗を四天王に責められていた。そこに現れたのが、1年前に家出した息子、ビビデ・アラ・ビアンだった。彼は修行を積み、無敵の魔力を身につけ最強の魔法使いとなって帰って来たのだ…。

第七界層を目の前に、ワタルたちは魔幻ゾーンに落とされてしまう。そこは、第六界層と第七界層の狭間にある世界だ。第七界層に行くには、魔道門、魔風門、魔天門、魔界門からなる「魔幻地獄門」を抜けるしかないという。おまけに、麻婆ババによってシバラク、ヒミコ、幻龍齋が人質にとらわれてしまう。3人が捕われている「魔時計」は、針がギロチンの刃になっている。針が6時を指す前に門をくぐらなければ、3人の命はないのだ。 意を決して第一の門、魔道門に踏み込むと、そこは何とワタルがもといた現実世界。優しい両親に、大好きなユミや友達――遊ぶだけの楽しい毎日に、ワタルは次第に骨抜きにされていく。

第二の門、魔風門に待ち受けるのは、魔の風の谷のウマシカ。その名の通り、馬の頭に鹿のツノを持つ怪物で、魔風を自在に操ることができる。ウマシカは魔風で人々を誘拐し、難題を突きつけては石像に変えていた。 魔風によって魔の風の谷に運ばれたワタルとヒミコは、そこでウマシカと対峙する。しかし、ウマシカとの間に空気の壁が立ちふさがり、近づくことすらできない。壁を取り除く方法は、ただひとつ。ウマシカが出す3つの難問を解かなくてはならないのだ。第一の問題は、ロウソクの炎を消さずに歌を歌うこと。『STEP』を歌って失敗するワタル。続くヒミコは…。

ワタルが次に挑む魔天門は、「魔界のはぐれ蝙蝠（コウモリ）」こと小悪魔デブルが支配するゾーン。小さな水たまりに足を踏み入れたとたん、ワタルはその下に広がる世界――魔天門の最下層にまで落ちてしまう。出口はただひとつ、ワタルが落ちてきた水たまり＝天の穴のみだ。魔天門の頂点・天の穴を目指し、険しい岩山を登ってゆくワタルとヒミコ。だが、何度チャレンジしても、すぐに振り出しに戻ってしまう。それもそのはず、ここ魔天門は挑戦者が諦めかけたり、弱音を吐いたりするたびに逆戻りしてしまう仕掛けだったのだ。そのことに気づいたワタルは「諦めるもんか！」と強く念じながら、降りてきたロープでひたすら天の穴を目指すが…。

幾多の試練をくぐり抜け、ワタルとヒミコはついに最後の門、魔界門にやって来た。創界山始まって以来、誰ひとり突破した者はいないというその内部を、慎重に進んでいく。だが、魔界門の番人であるニオー・アニヤンとニオー・オトート兄弟に悪をささやかれ、ワタルはすっかり悪い子になってしまった!?　ドアクダーに忠誠を誓ったワタルは、捕らわれのシバラクたちも見殺しにする始末。魔時計の針を進めて、シバラクたちがおびえる様を楽しんでいる。そんなワタルの様子に、ヒミコはオババから教わったオマジナイを思い出す。「悪い子、悪い子、飛んでいけー！」。ヒミコに思い切り頬をつねられ、正気を取り戻すワタル。

ついにドアクダーの本拠地、第七界層までやってきたワタルたち。ここで、ワタルとヒミコは今までの出来事や戦ってきた敵を思い返していた。 龍神丸との出会いで始まったワタルの旅。その後、シバラクとヒミコが仲間に加わったことによって、賑やかになっていった。各界層で、個性的な強敵とその横暴なやり方に苦しめられている人々を目の当たりにしてワタルは、龍神丸や仲間と力を合わせて少しずつ創界山の平和を取り戻していった。 ※第37話は、1話～36話まで（第一界層から第六界層）の総集編です。

ついに第七界層までたどり着いたワタルたちは、地底深く、溶岩の洞窟を進んでいた。そこに現れたのが、賞金稼ぎ・怪傑ゾロリが放ったアリ型の偵察メカ。ゾロリの借金返済のため、ワタルにかけられた1億クレジットの賞金を目当てに、その命を狙ってきたのだ。しかし、ワタルたちにチョッカイを出そうと地下洞窟を訪れた虎王が、邪虎丸で偵察メカを破壊してしまう。どうにか偵察メカの映像は、ゾロリのもとに届いたのだが…。 虎王はワタルから白龍の居所を聞かれ、ドン・ゴロの知恵を借りようと家に帰ってしまう。残されたワタルたちは、かつて聖龍妃と翔龍子に仕えていたという老人・ウルバンバと出会いのチカボッコリ遺跡に案内されるだが…。

虎王からワタルたちの居所を聞き出したドン・ゴロは、地図をもって地下洞窟へと向かった。しかし、虎王のイタズラで地図にラクガキされ、おまけにゾロリに嘘の情報を吹き込まれてしまう。 一方、白龍を探して「水晶の洞窟」を目指すワタルたちは、温泉が湧くチカチカ湖に来ていた。湖で無邪気に遊ぶヒミコと、水上スキーを楽しむ虎王だが、そこに突然、大地震が発生！　あふれ出す湖水に流され、気がつけば洞窟の中。水量が次第に増していき、あと少しで天井に届いてしまう。出口を見つけようと、水底に潜るワタルと虎王。協力し、助け合う中で、虎王はワタルから「友達」という言葉を教わるのだった。

ワタルたちはついに「水晶の洞窟」にたどり着いた。だが、洞窟内はゾロリ一味によって荒らされ、あたりは水晶のガレキだらけ。肝心の白龍は、ひときわ大きな水晶の中で眠ったままだ。ワタルは龍神丸を呼んで魔神ツインカーメンを迎え撃つ。しかし、ミイラ型に変形したツインカーメンの猛攻に、さすがの龍神丸もピンチに。そのとき、どこからともなく飛んできたミサイルがツインカーメンに命中。その一瞬を突き、ワタルは登龍剣を浴びせるのだった。 ワタルを救ったミサイルの主は、あの虎王だった。しかし虎王はワタルに一対一の勝負を挑んできた…。

白龍のはからいで、ワタルは「龍神の盾」を得ることができた。だが、戦神丸と幻神丸を失い、シバラクたちは肩を落とすばかりだ。虹の橋がない以上は、第五界層にある「復活の聖水」を取りに帰ることもできない。2体をよみがえらせる鍵は、何ごとにもくじけない正義の心だという。白龍は戦神丸と幻神丸を光の玉に変え、ワタルたちに持たせてやるのだった。 次は、誠の勇者だけが抜けるという「龍王の剣」を探さなくてはならない。ワタルたちを第七界層の地上に送り出す前に、白龍は何万年もの昔からの創界山の歴史を語りはじめる。

ドアクダーの居城、魔神殿を目指して空をゆく龍王丸。その後を追い、邪虎丸とドンゴロも飛び立つ。地上に残された戦王丸と幻王丸は、ガッタイダーを魔神殿に行かせまいと激しい戦いを展開する。そこに現れたのは、なんとクラマが操る空王丸だった。3体の魔神が繰り出す見事な連携プレイに、ヒザを折るガッタイダー。そのとき、ドアクダーのビームがガッタイダーを直撃、ザン三兄弟を消し去ってしまった！　忠実な部下をも手にかけるドアクダーの残酷さに、シバラクたちは怒りをあらわにするのだった。 一方、魔神殿の中を進むワタルは、ドアクダーの「怒りのパルス」を頼りに、ついに謁見室へとたどり着く。だが、扉は固く閉ざされ、炎龍拳、龍雷拳でも傷ひとつつかない。

いよいよ、ドアクダーとの決戦のときが来た。だが、龍王丸戦王丸、幻王丸、空王丸の4体の魔神が一斉にかかっても、ドアクダーにはまったく歯が立たない。ケタ外れの戦闘力で圧倒するドアクダーに、4体は心をひとつに合わせ、光の矢となって魔王の剣をはじき飛ばす。ワタルたちの思わぬ抵抗に、ついに魔界の守護神・暗黒龍を復活させるドアクダー。龍の骨が次第に生身の肉体を取り戻し、まがまがしい暗黒龍の姿となってワタルたちに迫る！　かつてないほどの大地震に襲われ、崩れ落ちていく創界山。暗黒龍を倒すのが先か、山が滅びるのが先か――!?

自ら暗黒龍に乗り、金龍とワタルに対抗するドアクダー。暗黒龍の頭上に飛び移り、ドアクダーの腹に剣を突き立てるワタルだが、逆に刃を折られ、ピンチにおちいってしまう。ドアクダーを倒せるのは、唯一「龍王の剣」のみだ。金龍の背から身を乗り出し、必死で剣の柄をつかむワタル。迫り来る暗黒龍の炎を背に、ワタルはついに「龍王の剣」を抜き取る！　ドアクダーの魔力から解放され、勇者の手の中でまばゆい光を放つ剣。それに呼応するかのように各界層の龍神たちが雄叫びをあげ、ワタルのもとに集結する。彼らは金龍とともに神部七龍神に合身、ワタルを背に最後の戦いを挑むのだった…。

創界山から戻って1ヵ月後の、ある春の日。帰宅したワタルは、自分宛の小さな小包を受け取る。中身は1本のビデオテープだ。いぶかしく思いながら、居間のデッキにセットしてビックリ！　なんと、テレビからヒミコが飛び出してきたのだ。ヒミコはワタルの隣にちょこんと居座り、一緒にビデオを見る気でいる。このテープは、創界山からのビデオレターだったのだ。 ビデオに映っているのは、モンジャ村の春祭り。EXマンたちがリポーターとなり、その楽しげな様子を伝えてくれる。戦神丸のテレカを売るシバラク、トリの姿で焼き鳥屋を出すクラマ、団子をほおばる幻龍斎、相変わらず強気な虎王こと翔龍子……仲間たちが次々と姿を見せ、ワタルに呼びかけていく…。