かつてはドラゴン種族が棲息し、現在は人間種族が繁栄する地、キエサルヒマ大陸。 魔術士養成機関≪牙の塔≫で暮らしていた少年・キリランシェロは、異形の姿となって失踪した義姉・アザリーを探すために旅に出る。 それから五年。男はオーフェンと名乗り、モグリの金貸し業を営んでいた。 ある日オーフェンは、地人種族のボルカン、ドーチンとともに、エバーラスティン家の令嬢への結婚詐欺をするはめになる。

異形の姿のアザリーとついに再会するが、逃げられるオーフェン。 オーフェンはかつての師・チャイルドマンから、五年前にアザリーが異形と化した原因を知らされる。それは、古代遺産・バルトアンデルスの剣を使った魔術実験の失敗によるものだった。 アザリーを抹殺すべく行方を追うチャイルドマン達に、オーフェンは同行する。命を懸けてもアザリーを守るという決意を胸に秘めて。

チャイルドマン率いるアザリー討伐隊とオーフェンは、異形の姿のアザリーを見つけ出す。 襲い来るアザリーにオーフェンの声は届かず、討伐隊は次々に殺されてゆく。対決するチャイルドマンとアザリー、その双方の魔術を防ぎながら、アザリーを救うために説得を続けるオーフェン。しかし、チャイルドマンはとうとうアザリーを倒す。死にゆく怪物を見取るオーフェンは、ある違和感を覚えて……。

五年前、オーフェンがキリランシェロという名で≪牙の塔≫にいた頃。 ≪牙の塔≫の教師・チャイルドマンが指導するチャイルドマン教室には、キリランシェロ、ハーティア、コミクロン、アザリー、レティシャ、フォルテ、コルゴンの七人の生徒が在籍していた。 ある日、キリランシェロとアザリーは墓参りのために廃村を訪れる。そこに突然現れた襲撃者が、アザリーをさらったと告げてくる。

オーフェンはおしかけ同行者のクリーオウ、マジクと共に、≪牙の塔≫のあるタフレム市を目指して旅を続ける。 一行は道中、フェンリルの森と呼ばれる大森林の中を通る。食糧を探すマジクは、そこで巫女フィエナと出会う。近くにはドラゴン信仰者の隠れ里「偉大なる心臓」があり、マジクは住人達に捕まってしまう。 マジクを助けに向かったオーフェンは、教祖マクドガルと対峙し、追いつめられるが……。

マクドガルと対峙するオーフェンの前に、突如現れるディープ・ドラゴン。オーフェンはディープ・ドラゴンの魔術を受けるが、フィエナの癒しの力で命拾いする。 明日はマクドガルがドラゴンの聖域に向かう日で、その目的のためにフィエナは犠牲になろうとしていた。フィエナを助けたいマジク。フィエナはオーフェン達に、このまま里から逃げるように告げるが……。

オーフェンはフィエナを助けるために、マクドガルに戦いを挑む。その戦いの中、オーフェンはマクドガルがキムラック教会で見たある出来事のために、ドラゴンの聖域で強力な力を得ようとしていたことを知る。 マクドガルの意思を継ぎ、ドラゴンの聖域で強力な力を得ようと意気込む村人たち…。 その時、マクドガルや村人達がドラゴンの聖域に入ろうとするという禁忌を犯したことにより、ディープ・ドラゴンが村を滅ぼしにオーフェンたちの目の前に現れる。

ディープ・ドラゴンの子供であるレキを加えたオーフェン一行。道中、一行は謎の暗殺者に襲われる。暗殺者の顔は昔のオーフェン、キリランシェロにそっくりだった。オーフェンは義姉レティシャと再会し、一行は≪牙の塔≫のある街タフレム市に着く。街では≪牙の塔≫の長老達が暗殺される事件が起きていた。オーフェン達がレティシャ邸に泊まったその晩、オーフェンの前に現れた暗殺者は、自らをキリランシェロと名乗る。

レティシャはキリランシェロ達との、≪牙の塔≫時代のことを思い起こす。レティシャはキリランシェロとアザリーがいなくなってからの五年間、ずっと帰りを待っていた。 レティシャはその思いをオーフェンに吐露する。そこに、クリーオウがさらわれたとの知らせが入る。オーフェンはクリーオウを助けるため、暗殺者の待つチャイルドマン邸に向かう。

チャイルドマン邸に乗り込んだオーフェンは、暗殺者との戦闘を開始する。 そして暗殺者はその正体を明かす。暗殺者は天人種族の遺産である殺人人形を、アザリーが自分の理想の通りの暗殺者に変化させた物だった。アザリーはキリランシェロそっくりの人形とオーフェンを戦わせることで、オーフェンを昔のようなキリランシェロに戻そうとしていたのだった。 オーフェンは人形を通して、過去の自分と向き合うことになる。

チャイルドマン邸での戦闘で負傷したオーフェンは、レティシャ邸で休んでいた。その夜、屋敷に侵入してきた暗殺者《スタッバー》に襲われる。 翌日、少しでもオーフェンの力になりたいと願うマジクと魔術士学校へ向かう道中で、過去、オーフェンと因縁があった最高執行部ハイドラントが現れる。 さらに、オーフェンの≪牙の塔≫でのかつての師であり、≪牙の塔≫の実権を握ろうと目論むウオール・カーレンが現れる…。

マジクは≪牙の塔≫への入門申請を済ませる。オーフェン達がレティシャ邸に戻ると、クリーオウが何者かに襲われていた。襲撃者を追ったレティシャは返り討ちに遭ってしまう。 その夜、オーフェンの前にアザリーが現れ、ウオール一派はチャイルドマンが持っているはずの「世界書」を探しており、チャイルドマン教室の者達を狙っていると伝える。それを知ったオーフェンは自らウオール・カーレン達のいる≪牙の塔≫に向かう。

≪牙の塔≫に潜入したオーフェン達は、待ち構えていたウオール・カーレンの部下達と戦闘になる。敵を制したオーフェンは、ウオール・カーレンと対峙する。そこにフォルテとアザリーの加勢により、ウオール一派を捕らえ、罪を糾弾することに成功した。 アザリーはチャイルドマンが持っていたはずの「世界書」を手に入れ、次はキムラック教の総本山であるキムラック市に行くとオーフェンに告げる…。

アザリーは、チャイルドマンが何をしようとしていたかを突き止めるべく、バルトアンデルスの剣と「世界書」を携え、キムラックへ出発していた。 一方、アザリーとの決着をつけるために、一人でキムラックへ向かおうとするオーフェンだったが、クリーオウ、マジクと供にキムラックへ向かうことになり、レティシャ邸を後にする。 はたして、オーフェンたちの旅の行く末は…。