イギリス海軍の原子力潜水艦ヴィジルのバーク上等兵曹は監視任務中に不審な音を探知した。海上ではトロール船が海中に引っ張られていた。バークは浮上するべきだと主張するが聞き入れられず、その直後、彼は死体となって発見される。これを受けて、スコットランド警察の主任警部エイミー・シルヴァがヴィジルに乗り込み捜査することに。薬物の過剰摂取が死因とされる中、エイミーは他殺の痕跡を発見するが…。

エイミーは相棒カーステンの捜査でバーク殺害に関与した可能性が浮上したウォルシュ上等兵曹を尋問する。その頃、地上では、カーステンの自宅が不法侵入者に荒らされる事件が発生。潜水艦内ではエイミーを敵視するプレンティス少佐が彼女を部屋に監禁、エイミーは少佐の関与を確信する。カーステンは原子力潜水艦反対グループのメンバーで、バークの元恋人ジェイドに捜査協力を依頼するが…。

ジェイドの通話履歴から彼女が地元の下院議員と関わっていたことが判明。そんな中、バークの死がメディアにリークされる。捜査班は海軍が隠蔽していた過去のある事故のことをバークが内部告発しようとしていたと推定する。一方、トロール船を沈没させたのはヴィジルを追跡していた米国の潜水艦だったことが判明する一方、バークのＵＳＢメモリからヴィジルの女性乗組員の秘密めいた写真が発見される…。

捜査期間が３カ月に延長されエイミーは精神不安定になる。カーステンを尾行していたＭＩ５は、バークが内部告発しようとしていた件は国家機密であり暴露は公務秘密法に違反すると忠告する。そんな中、ジェイド殺害の容疑で逮捕された男の身元が判明し、彼がヴィジルの乗組員と通じていたことを突き止めた捜査班は海軍と防衛大臣に通報する。一方、エイミーは艦内の料理人のベッドからある物を発見する…。

ヴィジル艦内に散布された神経ガスの発生源を調査するため、エイミーは全身防護で食糧庫へ。一方、地上では、カーステンの捜査でジェイドの仲間のベンがロシア人スパイと関わっていたことが判明。そのスパイとイギリス海軍兵が話している写真をジェイドのパソコンから入手したベンは、これをリークしようと核反対派の地元議員に持ちかける。そんな中、ヴィジルでは、ロシア潜水艦による追尾を探知する…。

魚雷発射管の中に閉じ込められたエイミーは、必死にモールス信号を送り助けを求めるが次第に体力を消耗していく。一方、神経ガスに触れたグローヴァーは、意識不明の重体に。そんな中、ヴィジルでは破壊工作が続き、大量の海水が艦内に流れ込む。地上では、カーステンがロシア人スパイと一緒に写っていたイギリス海軍兵を特定し、ただちに海軍に通報するが、ヴィジルは通信不能状態だった…。