榊マリコ（沢口靖子）ら京都府警科捜研に、京都市役所からの人事交流で会計係・加瀬淳平（加藤諒）が派遣されてきた。加瀬は科捜研がどんな鑑定をして、どれほど予算を使うのか興味津々な様子で…。 そんなある夜、京都市内のビジネスホテルで客や従業員、計30人以上が嘔吐、苦悶し次々と倒れる事態が発生、マリコたち科捜研メンバーも応援要請を受けて臨場する。 現場のホテルには天然温泉施設が併設されていたことから、支配人・大月裕子（大塚寧々）はもちろん、最初に駆けつけた交番巡査・新開颯太（鈴木福）も真っ先に硫化水素中毒を疑ったようだった。だが、消防の高度救助隊隊長・佐藤剛（津田寛治）が検知器で調べたところ、原因は硫化水素ではなく、何らかの毒物だとわかる。まもなく病院に搬送された被害者のうち、ホテルスタッフの男性が死亡。もしや何者かが毒物を使って無差別大量殺人を企てたのか――!?　土門薫（内藤剛志）ら捜査一課の刑事たちも捜査に乗りだす。 その後、毒物を気体にしてホテル内に充満させた可能性を考えたマリコは、事件の１週間前にホテルの排気設備を点検した設備配管工・島木陽菜（豊島心桜）のもとへ。彼女によると現場のホテルは全館一括空調を採用しており、犯人は給排気管を悪用した疑いが濃厚となるが…!? そんな中、颯太と亡くなった被害者はかつて友人関係にあり、“確執”も抱えていた事実が判明。さらに、事件現場にいた“ある人物”と被害男性の意外な関係も明らかに…。しかも、大規模イベント会場で毒物がばらまかれる恐れがあることが発覚！　マリコたちは戦慄の事態を防ぐことはできるのか!?　そして京都を揺るがす無差別大量殺傷事件の真実とは――!?

食品加工会社社員・門脇卓（真丸）の遺体が公園の石段の下で見つかり、榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは臨場。所持していたはずのスマートフォンが見当たらなかったことから、事件性を疑った捜査一課刑事・土門薫（内藤剛志）たちは捜査を開始する。 事件の夜、門脇は“あかぞら食堂”という飲食店に寄ると言いのこして退社したことが判明、食堂を訪ねたマリコたちは店主の新倉初美（西尾まり）が“もう一度食べたい思い出の料理”を再現するサービスを行っていることを知る。そんな初美の取り組みは、編集者・成瀬若葉（小西桜子）の目に留まり、“思い出料理人”として雑誌に連載されていた。死んだ門脇は昨年、閉店した人気ラーメン店の味をカップ麺として復活させるプロジェクトを手がけており、初美はそのラーメン店の味の再現を頼まれていたという。だが、初美は事件の夜、門脇が店に顔を出したかよく覚えていないと曖昧な証言しか語らない。 その矢先、初美には前科があることが発覚。20年前、言い寄って来た職場の上司を歩道橋の上から突き飛ばし、傷害罪で逮捕された過去があったのだ。しかも、門脇のスーツに付着した油脂の成分が、初美が使っているハンドクリームと一致。初美が20年前と同じく、門脇を突き落とし殺害したのではないかという疑惑が深まって…。

“城南市”まで証拠品の返却に赴いた榊マリコ（沢口靖子）は、階段を駆け下りようとした女性がよろけて転落する場面に遭遇。驚いて駆け寄った瞬間、マリコは彼女から甘い匂いが漂うのを感じ取ったほか、「ぼろの中に…」とつぶやくのを耳にする。マリコがすぐに救急要請したため彼女は一命をとりとめたが、意識は戻らず、予断を許さない状況が続いていた。 翌日、城南市職員・紅林治彦（山本圭祐）の遺体が廃工場で見つかった。遺体の首には薄いストールが巻かれたままで、そのストールで絞殺されたものと思われた。臨場したマリコは、遺体から、前日に助けた女性と同じ甘い匂いがすることに気づく。 まもなくマリコが助けた女性は城南市長・長峰志郎（尾美としのり）の娘で、市役所の“ファシリティマネジメント部”に勤務する千沙都（山田愛奈）と判明。なんと、紅林の部下だったこともわかる。紅林は市長の娘である彼女を疎んで仕事から外すこともあったらしく、それを聞いた科捜研の会計係・加瀬淳平（加藤諒）は千沙都が紅林を殺害して逃げる途中、階段から落ちたのではと推理する。 しかし、どうしても匂いが気になったマリコは臭気分析を実施！　すると、２人は“ある有毒ガス”を浴びた可能性が浮上する。２人はいったいどこで有毒ガスにさらされたというのか!?　そして「ぼろの中に」とはどういう意味なのか!?　捜査を進めるマリコに長峰市長が突然、「見せたいものがある」と声をかけてくるが…!?

榊マリコ（沢口靖子）は京都府警本部長・佐伯志信（西田健）の依頼で、今、ネットで“幽霊屋敷”と話題をよんでいる廃屋を調べることになった。噂のせいで不法侵入が止まず、警察にも苦情が相次いでいることから、“心霊現象など存在しない”と科学で証明してほしいというのだ。深夜、涌田亜美（山本ひかる）、加瀬淳平（加藤諒）とともに幽霊屋敷に乗り込んだマリコは、心霊現象を次々と科学で解明。その検証動画を京都府警のサイトで発信する。 ところが、マリコたちが撮影した動画に霊や人魂が映っているというコメントが相次ぎ、幽霊屋敷はさらに注目を浴びてしまう。しかもその直後、廃屋の元住人・屋敷隆（ムラサトシ）が敷地内で遺体となって見つかるという事件が起きる。屋敷の遺体は目、耳、鼻から流血していたが首を絞められた痕はなく、後頭部には打撲創が残されているなど、謎だらけだった…。 廃屋を管理している不動産業者・渡会美咲（倉嶋かれん）によると、彼は３年前まで幽霊屋敷に母、妹・真奈美（森脇英理子）と暮らしていたという。しかし、母が他界し、真奈美も結婚したのを機に、ひとりで住むには広すぎるからとアパートに引っ越したらしい。アパートの大家・大河原修三（宇梶剛士）に聞くと、家賃も滞納気味だったようだが…。 その後、屋敷の変死事件は“呪われた死体”としてまたしてもネットで話題となり、彼の遺体を調べた科捜研メンバーにも恐るべき事態がふりかかることに…!?　はたして幽霊屋敷で起きた事件の真相は…!?

大手商社が手がけるサツマイモの貯蔵倉庫で若手社員・星野昴（中尾聡）の刺殺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）は臨場する。その商社では焼き芋用のサツマイモを扱う新規事業を立ち上げており、被害者が所属していた“焼き芋事業部”では、農家から仕入れたサツマイモを倉庫で寝かせて熟成させ、食品工場に送る業務を担っていた。 第一発見者の派遣社員・仲村寿里（池田朱那）によると、サツマイモの甘さを引き出すため、倉庫は常に温度も湿度も一定に保たれているらしく、それを考慮すると死後30～40時間経過しているものと思われた。また、現場に血痕が少ないことから、被害者はどこか別の場所で殺害され、倉庫に運び込まれたようだった。 上司である焼き芋事業部部長・奥寺幸太郎（岩谷健司）に事情を聴いたところ、星野は仕事に前向きで、一昨日から休暇を取っていたと話す。しかし、実は星野は業務に嫌気がさし、退職を決めていたことが発覚。土門薫（内藤剛志）はその事実を隠していた奥寺を怪しむが、彼には死亡推定時刻の夜、台湾に出張していたという鉄壁のアリバイがあった。 やがて、被害者の靴底から奥寺たちが扱っていない新種のサツマイモで作った焼き芋のかけらが見つかって…。さらに、奥寺には部下にパワハラした過去があるとわかり…!?

工業機械メーカー社員・山川郁夫（内野謙太）の遺体が神社の石段下で見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。山川は石段の上で何者かに凶器で頭部を殴られ、よろめいて転落したようだった。 ALSライトで血痕をたどっていたマリコは、現場に残された被害者の自転車に、ライトを当てると浮かび上がるインクで謎のマークがつけられていることに気づく。このマークは何を意味するものなのか!?　不審に思ったマリコたちは被害者の住まいや職場を調べるが、ほかに同じマークは見つからなかった。そして、山川は存在感が薄い人物だったという事実も浮上する。 ところが、なんと君嶋のカバンにも、同じインクで同じマークが描かれていたことが発覚！　やがてそのマークには君嶋直樹（小池徹平）の娘・莉子（伴心菜）と彼女の学童仲間・猪俣奈菜（永尾柚乃）らが結成した“放課後スパイクラブ”が関わっていることが判明、なんと彼女たちの調査ターゲットが山川だったことが明らかとなる。 いったいなぜ、奈菜たちは警察顔負けの調査活動を行い、山川を調べていたのか!?　その理由には、奈菜の母・明日香（前田亜季）がからんでいるらしく…。また、スパイクラブには学童指導員・馬場信彦（大高洋夫）が協力していることもわかり…。

身元不明の20代女性が、意識不明の状態で倒れているのが発見された。傷の状態から、事件性があると見たマリコ（沢口靖子）たち科捜研は鑑定に乗り出す。 彼女が着用していたブルゾンには“ペロブスカイト太陽電池”が付けられており、そのブルゾンは2年前、“ソリスラボ”という太陽電池開発ベンチャー企業が開いたイベント“ソーラーフェス”のために作られたものだとわかる。 マリコたちはすぐにソリスラボを訪ねるが、CEOの花澤樹（前川泰之）は多忙で取り付く島もない。研究員の平田まどか（ゆいかれん）によると、そのブルゾンは花澤とともに会社を立ち上げた研究者・辻堂祥太（池田鉄洋）がイベント後にすべて回収したはずだという。しかし、彼は花澤と対立しすでにソリスラボを辞めていた。 やがて被害者の身元が保険会社勤務の契約社員・白崎美玖（大出菜々子）と判明。事件直前、クラウドファンディングでだまされたと周囲にもらしていたことがわかる。そのクラウドファンディングは花澤の名を悪用した詐欺のようだったが、もしや辻堂が花澤への恨みからクラウドファンディング詐欺を働き、美玖に追及されて彼女を殺害しようとしたのか!?　辻堂への疑惑が深まるが、彼は「復讐はしたが罪は犯していない」と言い張って…。

金属加工工場の社長・向井浩（浅田祐二）の遺体が石段の下で見つかった。打撲痕から転落事故のようにも見えたが、手のひらがまったく汚れておらず、マリコ（沢口靖子）は不審を抱く。 規制線の外に出たとき、野次馬の中から「榊師匠！」とマリコを呼ぶ声が…！　声の主は、解剖医・風丘早月（若村麻由美）の娘・亜矢（染野有来）で、マリコを“師匠”として慕う彼女は医大を卒業し現在、近くの病院で研修医として勤務しているという。 その後、頭部の打撲痕が現場の階段とは一致せず、向井の下足痕が現場にひとつも残されていなかったことが判明。どこかで殺害され遺体を遺棄された可能性が浮上する。 工場では前夜、新入社員・松井陸（羽谷勝太）らの歓迎会が開かれたが、向井は急用ができたと言って欠席していたことが判明。工場長・林健一（大堀こういち）によると向井は最近、近所の草木染職人・椛山卓司（片桐仁）や病院事務長・須黒正明（肥後克広）ともめていたことがわかる。向井の工場では冷却水用に井戸を掘ったのだが、その影響なのか草木染工房と病院、それぞれが使っていた井戸の水質が変わり、苦情が寄せられたという。 土門薫（内藤剛志）が事情を聴くと、椛山は死亡推定時刻、染液の調合をしていたと話すが、弟子の長谷部拓海（庄司浩平）によれば、そのアリバイは嘘だった。また、須黒のもとも訪ねるが、彼のアリバイを証明したのは奇しくも亜矢で…。

精密機械メーカー研究員・保岡一隆（田村健太郎）が撲殺されているのが見つかり、榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは臨場する。凶器の石にはなぜか微量のニッケル合金が付着していたほか、保岡の胃の中には未消化のクッキーが残っていた…。 付近の防犯カメラを確認した結果、驚きの事実が浮上。事件直前、京都府警捜査三課の篠宮小菊（松下由樹）が保岡に接触していたことがわかったのだ…！　彼女は“盗犯”ひと筋のたたき上げ刑事で、深夜、現場近くの自転車置き場で窃盗の警戒にあたっていたところ、保岡を見かけたという。ところが職務質問をかけようとしたとき、自転車窃盗の現行犯に遭遇。そちらを追跡したため、結局、保岡からは何も聞くことができず、その直後に彼は何者かに殺害されたものと思われた。死の直前、保岡は自転車置き場で何をしようとしていたのか…!? また、妻・実梨（瀬戸さおり）の証言で、保岡があやしい男につきまとわれていたことが発覚。最先端の半導体回路を開発している保岡の勤務先では３週間前、機密情報の流出未遂事件が起きてネットニュースになったばかりで、その男も情報流出について探っていたようだった。その後、マリコは保岡の上司・浦井文久（半田周平）や同期の研究員・根岸徳男（渋谷謙人）から事情を聴くが、やはり情報流出を警戒しているらしく入退館のセキュリティーは超厳重だった…。 その矢先、保岡こそが情報流出の首謀者であり、産業スパイに違いないとする書き込みがSNSに氾濫！　その情報はどんどん拡散されていき…!?　そんな中、小菊は保岡と接触した際の様子を思い出し、マリコと君嶋直樹（小池徹平）を”ある場所”に連れて行くが…!?

雑居ビルの前で、転落死と思われる男性の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。ビル屋上には彼の靴が残されていたが、その靴には彼自身の血痕が付着しており、自殺を装って殺害された可能性が濃厚となる。 まもなく遺体の身元は、傷害致死の前科を持つ木本吉春だと判明。木本には11年前、兵庫県内で些細なトラブルを起こし、相手男性を殴って死亡させた過去があったのだ。当時、懲役５年の判決が下り、損害賠償命令も出たはずだったが、賠償金は10年間一度も支払っていないようだった。 土門薫（内藤剛志）が11年前の事件の被害者の娘・福原楓（山谷花純）を訪ねたところ、木本は出所後すぐに行方をくらましたため、結局、賠償金は時効になってしまったと話す。その木本が殺されたことを伝えると、彼女は「ありがたいですね」という謎の言葉を口にする。 そんな中、事件を追う土門とマリコの前に、数カ月前の事件で知り合った九条署の交番巡査・新開颯太（鈴木福）が現れる。颯太は楓とは幼なじみであることを打ち明け、彼女の力になりたいと訴え、捜査本部はどこまで真実に近づいているのか教えてほしいと頼みこんで来るが―!? ところがその矢先、土門とマリコが木本の妹・沙友里（手塚真生）から事情を聴いていると、そこに楓が出現！　突然、「あなたの兄・木本吉春を殺しました」と沙友里に告げて…!? その後、楓を救いたい颯太は、鑑定に情を持ち込まないマリコと対立することに――!?