都心の地下に大規模蓄電施設を作る“政府肝いりの再開発計画”をめぐって、世間からは反対の声が多発。そんな中、工事の中心を担う関係者２名が、ペンチで撲殺される事件が連続発生した！反対派の人間による犯行では…との見方が強まるも、犯人は未だ不明。現在は警視庁・特殊犯捜査係に所属する真壁有希子（天海祐希）と捜査一課の管理官・梶山勝利（田中哲司）も、工事を請け負う企業の広報担当社員・辻本裕太から話を聞くが、犯人の特定には至らず…。 ちょうどその頃――“日本初の車いすキャスター”として人気を博す倉持真人（山本耕史）は、自身の報道番組でこの連続殺人事件を取り上げ、政府を糾弾。上から目線の論調に視聴者から批判が殺到するも、どこ吹く風とばかりに…カメラの前で“犯人を挑発する発言”までも繰り出す。 その矢先のことだ。倉持は炎上キャスターから一転、悲劇のキャスターとして世間の同情を集めることになる。倉持と同居していた実父・磯貝信吾が自宅で殺害されたばかりか、第一発見者の倉持自身も襲撃される事件が発生したのだ！しかも、凶器はまたしてもペンチで…!?先の事件と同一犯の可能性も浮上する中、警視庁は取調べを行う専門チーム「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」の臨時運用を正式決定。有希子、梶山、玉垣松夫（塚地武雅）、菱本進（でんでん）、小石川春夫（小日向文世）――新天地に赴いていたキントリメンバーは再結集し、捜査に乗り出すが…。 倉持家の家政婦・時田史恵から得た“寝耳に水の証言”も相まって、“被害者”である倉持に対しても疑惑の目を向け始める有希子。やがて、有希子は倉持と別居中の妻・利津子（若村麻由美）のもとへ。事件のことは何も分からないという利津子の“些細な言動”に、どうも引っかかり…!?

再開発計画をめぐる国家プロジェクトの幹部２名に続き、番組内で犯人を挑発した人気キャスター・倉持真人（山本耕史）の実父である磯貝信吾（竜雷太）が同様の手口で殺された未曾有の連続殺人事件。被疑者が多数乱立する中、真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」は凄まじい取調べの末、ついに“真犯人”から自白を引き出すことに成功した。ところが同時に、捜査は新たな局面を迎えることになる。なんと、“真犯人”は磯貝の殺害についてはキッパリと否認。さらに…倉持と別居中の妻・利津子（若村麻由美）から、驚愕の証言が飛び出したのだ！ 「倉持の父親を殺したのは私です。夫もそれを知っています」――。この証言が真実ならば、なぜ倉持は妻をかばい、何も知らないふりをしているのか？ “特別な理由”があると考えたキントリの面々は一刻も早く、かつ確実に真相をあぶり出すため、“倉持夫婦の同時聴取”に乗り出すが…。 疑惑の夫婦を相手取った同時聴取は、捜査にさらなる混乱をもたらすことになる。キントリの揺さぶりも巧妙にかわし続ける倉持だが、利津子が犯行を認めたと聞いた途端、本当に何も知らなかったように驚き、戸惑いの表情を浮かべたのだ！ 一方、利津子は自らの犯行を裏付ける新証拠を提示。動機についても、思い詰めた様子で語り始め…。 どこまでも食い違う証言。はたして、嘘をついているのはどちらなのか!? そして、その根底にあるのは、別居後もなお２人をつなぐ夫婦愛なのか、それとも…。出口の見えない取調べが続く中、有希子は目の前の被疑者に“ある提案”を持ちかけることに。同時聴取は“想像を絶する死闘”へと発展し…!?

動画配信者・樋口結花（清水くるみ）が軽装で山に登った上に、同行していた恋人・近藤春斗（永田崇人）とはぐれて遭難。意識不明の重体で谷底に倒れていた彼女は奇跡的に救出されるが、現場近くには捜索活動中に滑落死したと思われる山岳救助隊員・土門翔（羽谷勝太）の遺体が…！しかも司法解剖の結果、この不幸な事故は“殺人事件”だった可能性が浮上する。土門の体には不審な殴打痕があり、持っていたはずの携帯電話も忽然と消えていたのだ――。 重要参考人として捜査線上に浮かび上がったのは、土門が直前まで行動を共にしていた山岳救助隊の隊長・布施正義（戸次重幸）。しかし、これまで数多くの人命を救ってきた布施は「山の神」の異名を取り、消防総監賞も受賞した立派な人物だ。真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」はすぐさま聴取に乗り出すが、布施の態度は至って誠実で、まさに神対応。供述にも疑わしい点が一つもなく…。 そんな中、“辻褄が合いすぎる布施の供述”を受け、直感的に疑念を抱いた有希子は、誘導尋問で一気に揺さぶろうと提案する。だが、布施と同じ大学の山岳部OBである管理官・梶山勝利（田中哲司）は、即座に異議を唱え…!? 時を同じくして――ようやく意識を取り戻した結花が、どういうわけか震えだした！かたや、梶山は有希子らに布施の取調べを託し、“事件”現場の山へ向かうが…。

金銭トラブルから放火し、パパ活の客とその家族を殺害した罪で収監された日本最年少の女性死刑囚・佐藤礼奈（大原櫻子）。「死のパパ活女子」と呼ばれ世間を騒がせた彼女が、面会に来た弁護士・清原美香（高岡早紀）に「もう一人殺したのを思い出した」と告白した！ 真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」は取調べに着手しようとするが、清原は礼奈の人権を守るため、取調室内での立会いを強く要求。断固拒否するキントリと押し問答になってしまう。 一方、礼奈への取調べも、序盤から膠着状態に陥る。アイドルのような無邪気な笑顔と、黒いフリルワンピースをまとって取調室に現れた礼奈は、終始のらりくらりとした態度で、供述も曖昧。応対した有希子や玉垣松夫（塚地武雅）も調子を崩され、あっという間に制限時間を迎えてしまう。 その矢先のことだ。礼奈が突然、被害者の名前を思い出した！ 供述によれば、彼女は「アキヤマ」という名の歯科医をダムに突き落としたという。礼奈に散々振り回されてきたこともあり、慎重かつ懐疑的になるキントリの面々。だが、なぜか菱本進（でんでん）だけは肩入れするような姿勢を見せ…!? そんな中、供述通りの場所から白骨遺体の一部が見つかった！ しかし、２回目の取調べが始まるや、有希子は礼奈の言動に違和感を覚えることに。真相につながる突破口を開くため、ついに清原の立会いを許可するが…。

３人の養子を慈しんで育て、国民からも人気を博してきた与党「民自党」初の女性幹事長・矢代樹（高橋ひとみ）。その長男で、まだ17歳の矢代卓海（坂元愛登）が自ら警察署に出頭し、私人逮捕系の動画配信者「ケルベロス」を殺害したと自供した――。 重大法案を決める国会会期中に起きた不測のスキャンダルに、官邸も騒然。「会期中は発表を控え、捜査を行ってほしい」という総理大臣・長内洋次郎（石丸幹二）の要望に疑問を感じながらも、真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」は内々で卓海の取調べを開始する。だが、卓海は動機も含め、犯行の詳細については完全黙秘！一方、母親の樹も沈黙を貫き…!? 樹の夫・矢代雄三（宇梶剛士）や、ほかの養子たちに話を聞くも、事件解決の手がかりとなる情報はまったく得られず、瞬く間に八方塞がりとなってしまうキントリ。そこへ追い打ちをかけるように、さらなる逆風が発生する。どこからか捜査の情報が漏れ、ガセネタとともにネットを席巻。三権分立を無視した警視庁や内閣の姿勢に対し、怒りの声があふれる事態となったのだ。 その矢先、何を思ったか…これまで頑として沈黙を守っていた樹が突然、捜査協力を申し出た！２人の子を持つ有希子は、同じく母親である樹と取調室で対峙。一方、キントリきっての頭脳派・小石川春夫（小日向文世）は“ある思い”を胸に、“前代未聞のゲーム”を卓海に持ちかけ…!?

医師国家試験問題の印刷も請け負う「鶴栄堂印刷」の営業部長が、近隣の公園で絞殺される事件が発生した。被疑者として浮上したのは、同じ会社に勤める契約社員・山田弘（イッセー尾形）。事件当日に現場方向へ行く山田を目撃した同社役員・蓮沼芳彦（近藤公園）によれば、山田はかねてより被害者からいじめを受けていたという。さらに捜査の結果、山田が以前から現場近くに何度も訪れていたこと、凶器が山田のパソコンのコードであることも判明。怨恨による殺人の線が濃厚になる。 ところが…この事件には、もうひとつ大きな闇が隠れていた。なんと、捜査二課が密かに追っていた医師国家試験の漏洩疑惑に、山田が“主犯”として関わっている可能性が出てきたのだ！警視庁の上層部はすぐさま、真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」に山田の事情聴取を要請。殺人事件と漏洩疑惑を一気に解決すべく、捜査二課と協力体制を敷くよう命じる。だが、捜査を担当する二課の如月憲一（林泰文）と金本公太（栗島端丸）は慇懃無礼な態度で、漏洩での送致を優先するよう、キントリに要求。両者は真っ向から衝突し…。 一方、つかみどころのない受け答えを貫く山田に有希子らは翻弄されてしまい、肝心の取調べも難航。白か黒かを明らかにするため、勝負をかけるが…!?

マスコミからも引っ張りだこの人気片付けアドバイザー・赤沢秋絵（加賀まりこ）を殺害しようとした疑いで、24歳下の夫・赤沢譲二（藤本隆宏）が逮捕された――。譲二はラグビーのスター選手として活躍した後、パーソナルジムのトレーナーに転身。自転車で転倒骨折し、リハビリのためにジムを訪れた秋絵と出会って結婚するも、世間からは「疑惑の逆玉」と揶揄されることに。今回も逮捕報道が流れるや、「遺産目当ての犯行」と騒がれる。実際、事件の１週間前には、秋絵が遺言状の内容を更新。全資産の譲渡先を慈善団体から譲二に変えており、彼が黒である可能性は極めて高かった。 一方、譲二は犯行を全面否定！大弁護団を組み、警視庁を誤認逮捕で訴えると息巻くことに。真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」による取調べでも一貫して、秋絵への愛と自身の潔白を主張する。ところが供述とは裏腹に、殺意を裏付ける証拠が続々と見つかり…。 その矢先、捜査は新局面を迎える。譲二と秋絵の秘書・山本里香（佐津川愛美）の不倫疑惑が、突如持ち上がったのだ。キントリの菱本進（でんでん）と小石川春夫（小日向文世）は事件現場の赤沢家へ赴き、里香とも対面。ところが里香からは意外にも、譲二に不利な供述が飛び出し…！ そんな中、有希子の周りでは奇妙な出来事が起き始めることに。やがて…「このケースは初めてかも」――キントリの面々も言葉を失う事件の真相が浮かび上がる！

警察学校で、あるまじき事態が発生した。それは、教官・滝川隆博（玉山鉄二）の指導のもと、射撃訓練を行っていた時のこと。学生の一人・宮本健太郎（大橋和也）が構えた拳銃が暴発！ 同期生・中里美波（森マリア）に命中したのだ――。 これは過失だったのか？ それとも、宮本は故意に発砲したのか…。官邸からの要請で、真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」は取調べに着手するが、宮本は黙秘。さらに捜査にはもうひとつ、大きな壁が立ちはだかっていた。警察学校から提供された監視カメラ映像は、宮本の様子を至近距離からとらえた映像のみ。銃弾が命中した瞬間は記録されていなかったのだ！ キントリの管理官・梶山勝利（田中哲司）は射撃場全体の映像を提出するよう要求。だが、学生たちの個人情報流出を危惧した滝川から拒否され…。 そんな中、宮本が突如「狙って撃ちました」と自白した！ 急に重い口を開いた宮本の心理に斬り込もうとする有希子。時を同じくして梶山は、一命を取り留めた美波が発した一言に引っかかり…。一方、捜査一課の刑事・渡辺鉄次（速水もこみち）と監物大二郎（鈴木浩介）は、滝川教場の学生への聴取を開始。だが、教場には異様な空気が漂い…!?

教官・滝川隆博（玉山鉄二）の指導のもと行われた警察学校の射撃訓練中、学生・宮本健太郎（大橋和也）が同期生・中里美波（森マリア）に向かって発砲した前代未聞の事件――。真壁有希子（天海祐希）ら「緊急事案対応取調班（通称・キントリ）」は、逮捕された宮本を取調べるも、発砲の理由はいまだ聞き出せないまま…。現場に居合わせた滝川教場の学生たちも、なぜか判を押したように「何も見ていない」の一点張りで、捜査は早くも暗礁に乗り上げたかに見えた。 その矢先のことだ。宮本が発砲した際、警察学校では教えない構えをとっていたことが判明する。それは、滝川が以前所属していた特殊部隊SATが採用している銃の構え方だった！もしかすると、宮本が狙ったのは美波ではなく、滝川だったのでは――。そう直感した有希子は、かつてキントリと捜査で協力した捜査一課の刑事・山上善春（工藤阿須加）のつてを頼り、滝川の過去を探るのだが…。 真の標的が滝川だったとすれば、理由はいったい何なのか!?事件の全容を解明すべく、有希子はついに滝川への取調べに踏み切り、自らの仮説をぶつけることに。だが、滝川は教官としての信念を高らかに語り、「学生に不満を持たれるような覚えはまったくない」と断言。一方、有希子も揺るぎない信念のもと、真正面から堂々と、滝川を追及し続け…。 かつての仲間である捜査一課の刑事・生駒亜美（比嘉愛未）と酒井寅三（野間口徹）も“助っ人”として合流し、総力戦で捜査にまい進するキントリメンバー。はたして、彼らがたどり着く驚愕の真相とは…？ファイナルシーズン最後の事件――各々の信念が問われる壮絶な戦い、ここに完結！