警視庁捜査一課の刑事：天草那月（増田貴久）と、殺人犯を見抜く眼を持つ高校生：四鬼夕也（浮所飛貴）は、新聞記者の山田忠文（高橋努）が刺殺された事件を捜査することになる。 犯人は無事に逮捕されたものの、被害者に対する殺意はなかったと供述するのに違和感を覚える那月。そして、事件現場で那月と夕也の前に現れた探偵：八雲穂積（中山優馬）の“ある目的”とは……。 国家を揺るがす本格クライムサスペンスが幕をあける―。

相次ぐ連続殺人事件“殺意なき惨殺”。 それは、失踪中の元公安第四課の刑事で、那月の父親である天草恒河（田辺誠一）が、かつて追っていた事件と酷似していた。そんな中、那月の前に刑事部長の神原勇作（高橋克典）が現れ、「特命捜査チーム」への加入を打診される那月。 一方、夕也は弓月兵馬（松井玲奈）から“裏四鬼神流”に伝わる「闇の眼」の存在を知らされる。 夕也から奥伝書を預かった那月は、八雲の正体にたどり着くが―。

神原率いる「特命捜査チーム」に加わり、連続殺人事件“殺意なき惨殺”を追う那月。そんな中、夕也のもとに八雲から着信が入り…。一方、殺害された山田から封書を託された後輩記者・高牧絵梨佳(宮本茉由)は、山田殺害の真相、そして読み取ることができないQRコードの謎に迫るため、恒河との接触を試みる。同じ頃、「闇の眼」に操られて殺人を犯した丸岡隆(神保悟志)が、人質を取ってビルに立てこもるという事件が発生する。

恒河の名をかたり、高牧の前に姿を現わした八雲。 八雲は「闇の眼」を仕掛けようとするが、その窮地に駆け付けた恒河によって高牧は救われる。 一方、高牧に迫る危険を察知し、その行方を追っていた那月は、持ち前の洞察力を駆使して、同僚の大久保征二（笠原秀幸）とともに彼女を保護することに成功する。 その後、「特命捜査チーム」内で恒河が高牧に託したQRコードを読み取ろうとするものの、またも読み取ることができず……。

八雲の策略に陥り、逃亡を余儀なくされる恒河。 高牧と大久保を殺害した被疑者として、恒河は警察に追われる身となるが、恒河の犯行だと信じられない那月は、いつもの冷静さを欠いてしまう。 そんな那月を見兼ねた鷲巣潔（小手伸也）は、恒河が失踪する直前に託された"ある想い"を那月に伝える。 一方、事件の背後で"ある男"に接触を謀る竜崎美都(泉里香)だったが……。 そして、暗躍する八雲によって、夕也に最大の危機が迫る―。

四鬼神流の"表"と"裏"の統一をもくろむ八雲は、夕也に「手を組もう」と誘いをかけるものの、夕也は"鬼"ではなく、あくまで"人"として生きる道を選ぶと断言。 そこにタキ（竹原芳子）から連絡を受けて駆け付けた那月は八雲に銃を構えるが、夕也を人質に取られてしまう。 しかし、その場に恒河も現われ、やむを得ず八雲は逃走を図る。 八雲を追う中、「この一連の事件には"黒幕"が存在する」と那月に示唆する恒河だったが―。

八雲の「闇の眼」によって、恒河の命を奪ってしまった竜崎。 最愛の父を失ったものの、相棒として竜崎の心を救おうとする那月は、事件の黒幕を必ず突き止めると誓う。 今までの“殺意なき惨殺事件”を再捜査する那月と鷲巣は、被害者たちがガーランド米国務副長官の来日に関わっていたことに気付く。 一方、夕也は再び兵馬と会い、八雲の居場所を問い詰める。 そんな中、最後の標的を狙う八雲の前に、思いもよらぬ人物が立ちはだかるー。

10年前の悲劇が一連の事件の始まりだった―。 神原の復讐に協力している烏森は、用済みとなった八雲を始末するべく、彼が入院している病院を訪れる。 一方、恒河が遺した手帳を手掛かりに、神原の過去、そして“殺意なき惨殺事件”の真相にたどり着いた那月は、神原の凶行を阻止しようと奔走する。 刻々とガーランド米国務副長官の来日が迫る中、神原と対峙する那月と夕也。 そこには“ある人物”の姿も……。 Season２、遂に完結―。