巧妙化する情報犯罪に対応するため、半年前に総理大臣・桐谷杏子（板谷由夏）と内閣官房副長官・佐生新次郎（安田顕）直轄のチーム『情報犯罪特命対策室』、通称DICT（ディクト）が発足。しかし、まだ目に見えた成果を上げられず、桐谷と佐生はマスコミ対応に追われていた。 そんな中、“情報”を悪用した強盗事件が連続して発生。田辺智代（馬場園梓）は複数の事件の共通点から『匿名・流動型犯罪グループ』、通称“トクリュウ”の犯行ではないかと推測する。ディクトの調査官・清水紗枝（黒島結菜）が犯行を行った人物を特定、南方睦郎（一ノ瀬颯）と掛川啓（金田哲）が実行犯を逮捕する。しかし、実行犯の男は指示を受けただけで、犯行グループの特定にはつながらなかった。事件の根本的な解決に至らない中、二宮奈美（沢口靖子）は室長の早見浩（松角洋平）に事件現場を直接確認したいと告げ、山内徹（横山裕）を連れて飛び出していく。 事件現場に着いた奈美は、近所の老婦人・真田富貴子（梅沢昌代）と事件に関係ない話で盛り上がる。しかし、話の中で「息子と名乗る不審な電話がかかってきた」と富貴子から聞き出し、今度電話が来たら警察に連絡するよう促した。 後日、富貴子の元に電話が。電話の相手は警察署の者だと名乗り、銀行口座の情報が漏れている可能性があるため、現金を警察で預からせてほしいと伝える。電話の後、待ち合わせ場所に現れた富貴子の元に、一人の少年が近づき…。

内閣官房副長官・佐生新次郎（安田顕）は、SNS型ロマンス詐欺グループ摘発の報告書をDICT〈ディクト〉室長・早見浩（松角洋平）に提示し、今回の検挙は氷山の一角に過ぎないと言う。去年の被害総額は1270億円以上、この詐欺によって流出した情報は国外の犯罪組織に流れ、もはや政府として看過できる規模ではない。佐生は、犯罪組織の中枢に迫り「絶対に取り逃すな」と早見に指令する。 早見から情報共有を受けた二宮奈美（沢口靖子）は、掛川啓（金田哲）とロマンス詐欺の被害者である芝田（星田英利）に接触。芝田はマッチングアプリで知り合った自称・アメリカの軍医でエマと名乗る人物に多額の送金をしていた。南方睦郎（一ノ瀬颯）は芝田が振り込んだ金の流れを、田辺智代（馬場園梓）はマッチングアプリの運営元にアカウント情報の照会を頼み、奈美と掛川は類似ケースの共通点を探る。 芝田が振り込んだ金は海外の口座に流れており、捜査は難航。しかし送金ルートで一件だけ中継口座に日本人名義のものが見つかった。奈美と掛川が会いに行ったその人物はスーパーで働く橋本咲希(桜井玲香)。奈美が「あなたの口座が盗まれ不正送金に利用されている」と咲希に話すも、心当たりはないと言う。そんな咲希の表情に微かな違和感を覚えた奈美は、スーパーの店長と咲希の同僚、藤井遥香(菜葉菜)から話を聞く。すると、咲希が仕事の休憩中、頻繁に恋人と連絡を取り合っていることが分かり…。

町工場を営む「ミズハラ製作所」の社長・水原明人(小林三十朗)は経営不振に悩んでいた。そこで商工会で紹介された税理士の上村元也(松岡広大)に助けを求める。相談を受けた上村は「外部の力を借りるべき」と助言し、水原に資金力のある株式会社「ネッブス」との経営統合を提案する。「ネッブス」の社長、奥田真斗(町田悠宇)もこの求めに応じた。水原はこれで経営が保てると安心するも、数日後、工場の口座の金が全て消えていた。資金を失い負債だけを押し付けられた水原は、自ら命を断ってしまう。 一方、佐生新次郎（安田顕）は黒澤道文(今井清隆)に目を付けていた。「宗教法人ルミナス」の教祖として宗教法人を母体とする「黒澤ホールディングス」を立ち上げた男だ。その実態は信者には高額な商品を買わせ、後継者不足や資金難に苦しむ企業には“承継ビジネス”を持ちかけるなど、様々な方法で金をだまし取る悪人だった。「ミズハラ製作所」のような被害報告も複数上がっており、佐生は、DICT室長・早見浩（松角洋平）に調査を指令。二宮奈美（沢口靖子）と南方睦郎（一ノ瀬颯）は、手始めに被害を受けた和菓子店で事情聴取を行う。すると、ここも奥田の会社と経営統合しており、店主に奥田を紹介したのは上村だった。その事実に衝撃を受ける南方。実は上村は南方の大学時代の友人だったのだ。南方は、複雑な思いを抱きながら捜査を進める中で、ある真実にたどり着く。

国際NPO法人「ヒューマン・フューチャー・ブリッジ」の職員・与田健二（佐藤岳人）が殺害された。同法人は過去に寄付金を犯罪組織に流したという疑惑で、捜査二課が動いた経緯があった。概要を聞いた二宮奈美（沢口靖子）は、山内徹（横山裕）とともに検視官から詳細を聞く。すると与田の殺害手口や凶器が、山内が追っている２件のシステムエンジニア殺害事件と酷似していることが判明する。いずれもサバイバルナイフで一突き、同一犯による犯行とみられた。すべてがつながっているとすれば、DICTが追う犯罪組織の実態に迫る大きな手がかりになる。山内は犯行に使用された凶器の購入者を当たることに。 一方、奈美は掛川啓（金田哲）とともに法人の理事・杉浦吉子（黒沢あすか）を事情聴取。与田が経理担当と聞き、同僚への聞き取りを求めるも拒まれる。しかし帰り際、通りかかった経理の宮崎絵里子（円井わん）との接触に成功。動揺を見せる絵里子の様子をうけて、奈美はあえて世間話を展開する。 DICTでは清水紗枝（黒島結菜）が法人の寄付金の流れを調べていた。宗教法人を母体とする「黒澤ホールディングス」関連会社からの多額の寄付があったことが分かる。教祖・黒澤道文（今井清隆）はかつてDICTが追っていた人物だ。掛川は絵里子の様子に疑念を抱くが、奈美は「話せない事情があるのでは」と考える。そして「職員の端末がアプリで監視されている」という推測の元、捜査が始まる―。

十一年前、都議会議員だった桐谷杏子（板谷由夏）は街頭で遊説中、突然ナイフを手にした男に襲われそうになる。混乱の中、警備にあたっていた二宮奈美（沢口靖子）が男を取り押さえ、杏子を救った。感謝を述べる杏子に対し、奈美は厳しい言葉を投げかける。それが杏子、そして奈美の人生に影響を与えることとなる――これが二人の最初の出会いだった。 時は現在。DICTでは、都内の一部で発生した早朝の一斉停電について会議が開かれていた。山内徹（横山裕）が発電所へのサイバー攻撃を報告するが、発信元は不明。その最中、室長・早見浩（松角洋平）が奈美の不在に気づく。直後、清水紗枝（黒島結菜）がパソコン画面に映る異変を指摘。同じ頃、杏子のもとに佐生新次郎（安田顕）が駆け込み、SNS上に奈美の拉致を告げる犯行声明が投稿されたことを伝える。 声明には「DICTの一員が自らの安全を守れない」との嘲笑と「日没までに救出できなければ命の保証はない」との挑発的な文言。拘束された奈美の写真も瞬く間に拡散された。 だが写真からの手がかりは乏しい。防犯カメラにはジョギング中の奈美の姿が映っていたが、一斉停電の影響でその後の映像は途絶えていた。DICTはサイバー攻撃と拉致事件の関連を疑い、山内は南方睦郎（一ノ瀬颯）とともに捜索に向かう。 拉致された奈美は犯人（和田聰宏）と対峙。素顔を晒すも名乗らないその男は、奈美にアメを差し出し「ずっと見ていた」と告げる。

宗教法人ルミナス会」の教祖・黒澤道文（今井清隆）が、「大災厄が日本を襲う」と終末をあおる動画を投稿、持てば救われるとする神札を信者に売りつけていた。内閣官房副長官・佐生新次郎（安田顕）は、その収益が国際犯罪組織へ流れているとにらみ、DICT室長・早見浩（松角洋平）に証拠をつかむよう命じる。 清水紗枝（黒島結菜）らは金の流れを追うが、巧妙に偽装され、送金先を特定できない。そこで二宮奈美（沢口靖子）は、オンライン潜入を提案。信者を装ってオンラインサロンに潜入し、教団施設近くの喫茶店でオフ会が開かれることをつかむ。現場に南方睦郎（一ノ瀬颯）と掛川啓（金田哲）が潜入する。 一方、山内徹（横山裕）は刑事・酒井美香（三浦真椰）から、郊外で発見された身元不明の白骨遺体について情報を得る。遺留品にはルミナス会のアイテムがあり、教団が事件に関係している可能性が高まる。 その頃、オンラインサロンで複数の裏アカを所持し内部批判をしているユーザーを清水が発見。その身元が小泉真紀（羽柴志織）であることを突き止め、南方と掛川が接触。小泉は「教団をマスコミに売ろうとした裏切り者が裁きを受け、姿を消した」と語る。その後オフ会に潜入したところ、信者内で対立が起きていることがわかり、不満分子から情報を得る方針へと動き出すDICT。奈美は道文を逮捕できる絶好の機会と意気込むが、教団では息子の聡（市川知宏）が教祖代理を務めていて…。

これまでに起きたシステム障害やシステムエンジニア連続殺人、そして二宮奈美（沢口靖子）の拉致。警視庁は、これら一連の事件に同一組織が関与していると判断し、「警察庁広域重要案件“H-WKN159”」に指定。佐生新次郎（安田顕）はDICTに対し、その全貌解明と組織の早期壊滅を命じる。 その頃、奈美は拉致事件で負った足の治療のため大学病院を訪れていた。そこで奈美は、入院患者の少女・久野真由（白山乃愛）と付き添いの看護師、清掃員とエレベーターに乗り合わせる。すると、エレベーターが緊急停止し、閉じ込められてしまう。この病院では、中野幹事長（大河内浩）の妻・光江（西見桂）の心臓手術も行われていたが、オペ室の電源も落ちて院内は混乱していた。 やがて病院の全システムがハッキングされたサイバーテロであることが判明。すべてのデータが暗号化され、PC画面には金銭を要求する犯行声明が表示された。病院側は復旧を急ぐべく、システム会社の社員・瀬野康太（味方良介）を呼ぶ。 佐生は桐谷杏子（板谷由夏）に本件と“H-WKN159”の関連を示唆。田辺智代（馬場園梓）と掛川啓（金田哲）が病院へ向かい、清水紗枝（黒島結菜）は遠隔で瀬野と連携し、捜査を進める。 エレベーター内で閉じ込められている真由は、点滴が切れれば命の危険が迫り、幹事長夫人・光江の手術再開も急を要する。そんな中、犯人から新たな挑発的メッセージが届き、緊迫の救出劇が始まる。

桐谷杏子（板谷由夏）のもとにメールが届く。メールには拘束された娘のカナ（白本彩奈）の写真が添付されていた。直後、非通知の電話が入り、相手は“娘を預かっている”と告げた。杏子はカナの安否を尋ねるも、「今後のあなた次第」と言われ、通話を切られてしまう。 この事態に警察庁は総合対策本部を設置し、内閣官房副長官・佐生新次郎（安田顕）が本部長として指揮を執る。一国の総理の娘が誘拐されるという前代未聞の事態に、DICTも極秘裏に捜査を開始。二宮奈美（沢口靖子）が「警察庁広域重要案件“H-WKN159”」との関連を示唆すると佐生は可能性を認め、この事案を「国家的危機と考えてほしい」と話した。 早見浩（松角洋平）は脅迫電話の発信元の特定を清水紗枝（黒島結菜）に、カナの足取りを掛川啓（金田哲）と南方睦郎（一ノ瀬颯）に指示。奈美は佐生とともに、首相官邸に行くことに。杏子は最も信頼を置ける人として奈美を指名し、今後の付き添いを願った。山内徹（横山裕）と田辺智代（馬場園梓）は“H-WKN159”事案の摘発で得た組織の個人口座リストを洗い直す。 総理の娘の誘拐が世間に知れ渡れば、瞬く間に拡散され、日本の統治機能や国際的信用が揺らぐ危険をはらんでいた。そんな中、週刊誌の記者・磯田涼子（加藤夏希）が佐生に突撃取材を仕掛ける。佐生はマスコミによって事件が公になるのも時間の問題と見る中、追い打ちをかけるように、杏子の不倫や不適切発言の映像がSNSで拡散され…。